E_Q9BLI1	ensembl134518/low_complexity	TRASDJ PROTEIN (FRAGMENT).
BTSAT1	Satellite/Centromeric  
BTSAT2	Satellite/Centromeric  
BTSAT3	Satellite/Centromeric  
BTSAT4	Satellite/Centromeric  
BTSAT6	Satellite/Centromeric  
ATCOPIA1LTR	LTR/Copia 
autorepeat_1790	ciona_repeat
autorepeat_1791	ciona_repeat
autorepeat_1792	ciona_repeat
E_Q00068	ensembl26115/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_1793	ciona_repeat
autorepeat_1794	ciona_repeat
autorepeat_1795	ciona_repeat
autorepeat_1796	ciona_repeat
autorepeat_1797	ciona_repeat
autorepeat_1798	ciona_repeat
autorepeat_1799	ciona_repeat
NTC2A	DNA/Pogo
LOOPERN2_DR	DNA
F	DNA
HERVIP10FH	LTR/ERV1
gi|3095156|gb|AF054232.1|AF054232	DNA
E_Q9P930	ensembl12650/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
gi|159639|gb|M35470.1|MSQRTR1S	DNA
ATCOPIA81_I	LTR/Copia
TV1I	LTR/Gypsy   Drosophila virilis retrotransposon TV1, an internal portion.
gi|4099804|gb|U89800.1|AGU89800	DNA
E_Q95NH0	ensembl26548/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
(TGAA)n	Simple_repeat
DMSUFFIXC	DNA
Tigger2a_Art	DNA/MER2_type 18-19 % div, 21-22% subst Eutheria; Cetartiodactyla
E_P11227	ensembl19189/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)].
E_Q9NL34	ensembl5341/trans	PROTEASE-LIKE PROTEIN (FRAGMENT).
gi|1197546|gb|U47021.1|AGU47021	DNA
DMRSP1	DNA
E_Q963U3	ensembl12835/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
WANDERER_OS	DNA
51693..86547	DNA
E_O46184	ensembl19065/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
DM176_I	LTR/Gypsy Drosophila melanogaster element 17.6
tRNA-Thr-ACG_	tRNA 
drr410	Waterman
drr411	Waterman
drr412	Waterman
drr413	Waterman
drr414	Waterman
drr415	Waterman
drr416	Waterman
drr417	Waterman
drr418	Waterman
drr419	Waterman
E_Q24701	ensembl6546/trans	PLANARIAN MARINER-9 GENE.
E_Q919G3	ensembl13336/trans	PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE.
drr420	Waterman
E_Q963X8	ensembl26549/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
169706..115790	DNA
drr421	Waterman
drr422	Waterman
drr423	Waterman
drr424	Waterman
drr425	Waterman
drr426	Waterman
IAPEz-int	LTR/ERVK  
drr427	Waterman
drr428	Waterman
drr429	Waterman
PENELOPE	LINE Drosophila virilis Penelope transposable element.
55280..182210	DNA
DMRT1A	LINE/R1 (= Pilger)
DMRT1B	LINE/R1
DMRT1C	LINE/R1
drr430	Waterman
Lx2By	LINE/L1  8% div
drr431	Waterman
drr432	Waterman
drr433	Waterman
drr434	Waterman
drr435	Waterman
DIVER	DNA
drr436	Waterman
drr437	Waterman
drr438	Waterman
drr439	Waterman
HELITRONY1	DNA/Helitron
HELITRONY2	DNA/Helitron
HELITRONY3	DNA/Helitron
HELITRONY4	DNA/Helitron
E_Q963X7	ensembl26543/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr440	Waterman
drr441	Waterman
drr442	Waterman
drr443	Waterman
drr444	Waterman
drr445	Waterman
autorepeat_6300	ciona_repeat
drr446	Waterman
autorepeat_6301	ciona_repeat
drr447	Waterman
AC9_ZM	DNA/HAT
autorepeat_6302	ciona_repeat
drr448	Waterman
autorepeat_6303	ciona_repeat
drr449	Waterman
autorepeat_6304	ciona_repeat
Zaphod2	DNA/Tip100  MER91A-C are non-autonomous derivatives and dependents; ~60 (broken) copies left; 26% kimura; full ORF 760-3288; 55% similar to Zaphod protein; gave rise to one human gene (EST 10459804); (MER69 and MER43 are more distant can be named Arthur)  Dec 2001
autorepeat_6305	ciona_repeat
autorepeat_6306	ciona_repeat
autorepeat_6307	ciona_repeat
autorepeat_6308	ciona_repeat
ATCOPIA75_I	LTR/Copia
autorepeat_6309	ciona_repeat
(CAGCG)n	Simple_repeat
(TAAAAA)n	Simple_repeat
URR1A	DNA/MER1_type
URR1B	DNA/MER1_type
ATCOPIA70LTR	LTR/Copia
gi|4099810|gb|U89803.1|AGU89803	DNA
drr450	Waterman
drr451	Waterman
drr452	Waterman
GGREP1	Unknown 18% subst level, occurs in goose
drr453	Waterman
GGREP2	Unknown Subfamilies suggest retroposon
drr454	Waterman
drr455	Waterman
AT9NMU1	DNA/MuDR
autorepeat_6310	ciona_repeat
drr456	Waterman
autorepeat_6311	ciona_repeat
drr457	Waterman
autorepeat_6312	ciona_repeat
drr458	Waterman
autorepeat_6313	ciona_repeat
drr459	Waterman
autorepeat_6314	ciona_repeat
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autorepeat_6316	ciona_repeat
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drr460	Waterman
drr461	Waterman
drr462	Waterman
drr463	Waterman
drr464	Waterman
drr465	Waterman
autorepeat_6320	ciona_repeat
ATCOPIA89LTR	LTR/Copia
drr466	Waterman
autorepeat_6321	ciona_repeat
drr467	Waterman
autorepeat_6322	ciona_repeat
drr468	Waterman
autorepeat_6323	ciona_repeat
drr469	Waterman
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autorepeat_6325	ciona_repeat
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autorepeat_6327	ciona_repeat
autorepeat_6328	ciona_repeat
autorepeat_6329	ciona_repeat
E_Q963V2	ensembl3264/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr470	Waterman
drr471	Waterman
drr472	Waterman
drr473	Waterman
drr474	Waterman
drr475	Waterman
autorepeat_6330	ciona_repeat
drr476	Waterman
autorepeat_6331	ciona_repeat
drr477	Waterman
autorepeat_6332	ciona_repeat
drr478	Waterman
autorepeat_6333	ciona_repeat
drr479	Waterman
autorepeat_6334	ciona_repeat
autorepeat_6335	ciona_repeat
autorepeat_6336	ciona_repeat
autorepeat_6337	ciona_repeat
autorepeat_6338	ciona_repeat
autorepeat_6339	ciona_repeat
190243..196983	DNA
TEKAYLTR	LTR/Gypsy
(CCTAA)n	Simple_repeat
CarLTR1A	LTR/ERVL (5 bp dups)
CarLTR1B	LTR/ERVL (5 bp dups)
drr480	Waterman
gi|6671102:3303-3503,repeat_region	DNA
drr481	Waterman
drr482	Waterman
drr483	Waterman
drr484	Waterman
drr485	Waterman
(A)n	Simple_repeat
autorepeat_6340	ciona_repeat
drr486	Waterman
autorepeat_6341	ciona_repeat
drr487	Waterman
autorepeat_3000	ciona_repeat
autorepeat_6342	ciona_repeat
drr488	Waterman
autorepeat_3001	ciona_repeat
autorepeat_6343	ciona_repeat
drr489	Waterman
autorepeat_3002	ciona_repeat
autorepeat_6344	ciona_repeat
177708..130922	DNA
autorepeat_3003	ciona_repeat
autorepeat_6345	ciona_repeat
autorepeat_6346	ciona_repeat
autorepeat_3004	ciona_repeat
autorepeat_6347	ciona_repeat
E_O96544	ensembl20162/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_3005	ciona_repeat
autorepeat_6348	ciona_repeat
autorepeat_3006	ciona_repeat
autorepeat_6349	ciona_repeat
autorepeat_3007	ciona_repeat
autorepeat_3008	ciona_repeat
autorepeat_3009	ciona_repeat
DMRSXA	DNA
DMRSXB	DNA
E_Q9ZQQ6	ensembl19122/trans	PUTATIVE NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE.
gi|159636|gb|M35467.1|MSQRTR1P	DNA
drr490	Waterman
drr491	Waterman
drr492	Waterman
drr493	Waterman
drr494	Waterman
drr495	Waterman
autorepeat_6350	ciona_repeat
drr496	Waterman
autorepeat_6351	ciona_repeat
drr497	Waterman
autorepeat_3010	ciona_repeat
autorepeat_6352	ciona_repeat
drr498	Waterman
autorepeat_3011	ciona_repeat
autorepeat_6353	ciona_repeat
drr499	Waterman
TAT1LTR_ATH	LTR/Gypsy 
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autorepeat_6354	ciona_repeat
autorepeat_6355	ciona_repeat
autorepeat_3013	ciona_repeat
autorepeat_6356	ciona_repeat
GYPSYDR2_LTR	repeat
HARBINGERN3_DR	DNA
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autorepeat_6357	ciona_repeat
autorepeat_3015	ciona_repeat
autorepeat_6358	ciona_repeat
autorepeat_3016	ciona_repeat
autorepeat_6359	ciona_repeat
autorepeat_3017	ciona_repeat
autorepeat_3018	ciona_repeat
autorepeat_3019	ciona_repeat
DM33463	DNA
DMLINEJA	DNA
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autorepeat_5701	ciona_repeat
autorepeat_5702	ciona_repeat
autorepeat_5703	ciona_repeat
autorepeat_5704	ciona_repeat
autorepeat_6360	ciona_repeat
autorepeat_5705	ciona_repeat
autorepeat_6361	ciona_repeat
autorepeat_3020	ciona_repeat
autorepeat_5706	ciona_repeat
autorepeat_6362	ciona_repeat
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autorepeat_5707	ciona_repeat
autorepeat_6363	ciona_repeat
autorepeat_5708	ciona_repeat
autorepeat_6364	ciona_repeat
ATCOPIA69_I	LTR/Copia
autorepeat_3022	ciona_repeat
autorepeat_5709	ciona_repeat
autorepeat_6365	ciona_repeat
autorepeat_3023	ciona_repeat
autorepeat_6366	ciona_repeat
autorepeat_3024	ciona_repeat
autorepeat_6367	ciona_repeat
autorepeat_3025	ciona_repeat
autorepeat_6368	ciona_repeat
E_Q9N4C9	ensembl6581/trans	Y75D11A.4 PROTEIN.
autorepeat_3026	ciona_repeat
autorepeat_6369	ciona_repeat
ROMANIAT5	LTR/Copia
autorepeat_3027	ciona_repeat
autorepeat_3028	ciona_repeat
autorepeat_3029	ciona_repeat
LOR1-int	LTR/ERV1 13% mer4 group
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autorepeat_5711	ciona_repeat
autorepeat_5712	ciona_repeat
autorepeat_5713	ciona_repeat
autorepeat_5714	ciona_repeat
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autorepeat_5715	ciona_repeat
autorepeat_6371	ciona_repeat
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autorepeat_6372	ciona_repeat
autorepeat_5717	ciona_repeat
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autorepeat_3031	ciona_repeat
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autorepeat_5719	ciona_repeat
autorepeat_6375	ciona_repeat
autorepeat_3033	ciona_repeat
autorepeat_6376	ciona_repeat
autorepeat_3034	ciona_repeat
autorepeat_6377	ciona_repeat
autorepeat_3035	ciona_repeat
autorepeat_6378	ciona_repeat
autorepeat_3036	ciona_repeat
autorepeat_6379	ciona_repeat
autorepeat_3037	ciona_repeat
autorepeat_3038	ciona_repeat
autorepeat_3039	ciona_repeat
DMDNASMEM	DNA
E_Q19911	ensembl62535/trans	HYPOTHETICAL 72.5 KDA PROTEIN.
MSR1	Satellite
MMVL30	LTR/Retroviral  
LTR39-int	LTR/ERV1 (HERV39)  
autorepeat_5720	ciona_repeat
BILBO	LINE/LOA  Drosophila subobscura non-LTR retrotransposon BILBO.
autorepeat_5721	ciona_repeat
autorepeat_5722	ciona_repeat
ATGP5LTR	LTR/Gypsy 
autorepeat_5723	ciona_repeat
CIN4E_ZM	LINE/L1
autorepeat_5724	ciona_repeat
autorepeat_6380	ciona_repeat
autorepeat_5725	ciona_repeat
autorepeat_6381	ciona_repeat
autorepeat_5726	ciona_repeat
autorepeat_6382	ciona_repeat
HAT1N_DR	DNA
autorepeat_3040	ciona_repeat
autorepeat_5727	ciona_repeat
autorepeat_6383	ciona_repeat
autorepeat_3041	ciona_repeat
autorepeat_5728	ciona_repeat
autorepeat_6384	ciona_repeat
MER101B	LTR/ERV1 mer4 group 20%
autorepeat_3042	ciona_repeat
autorepeat_5729	ciona_repeat
autorepeat_6385	ciona_repeat
autorepeat_3043	ciona_repeat
autorepeat_6386	ciona_repeat
autorepeat_3044	ciona_repeat
autorepeat_6387	ciona_repeat
autorepeat_3045	ciona_repeat
autorepeat_6388	ciona_repeat
autorepeat_3046	ciona_repeat
autorepeat_6389	ciona_repeat
autorepeat_3047	ciona_repeat
LTR10B1	LTR/ERV1 HERVI-LTR 14-17%
autorepeat_3048	ciona_repeat
autorepeat_3049	ciona_repeat
autorepeat_5730	ciona_repeat
autorepeat_5731	ciona_repeat
autorepeat_5732	ciona_repeat
autorepeat_5733	ciona_repeat
autorepeat_5734	ciona_repeat
autorepeat_6390	ciona_repeat
Contig300	WI_ciona_repeat
autorepeat_5735	ciona_repeat
autorepeat_6391	ciona_repeat
Contig301	WI_ciona_repeat
autorepeat_5736	ciona_repeat
autorepeat_6392	ciona_repeat
Contig302	WI_ciona_repeat
autorepeat_3050	ciona_repeat
autorepeat_5737	ciona_repeat
autorepeat_6393	ciona_repeat
Contig303	WI_ciona_repeat
autorepeat_3051	ciona_repeat
autorepeat_5738	ciona_repeat
autorepeat_6394	ciona_repeat
gi|3095149|gb|AF054228.1|AF054228	DNA
Contig304	WI_ciona_repeat
autorepeat_3052	ciona_repeat
autorepeat_5739	ciona_repeat
autorepeat_6395	ciona_repeat
Contig305	WI_ciona_repeat
autorepeat_3053	ciona_repeat
autorepeat_6396	ciona_repeat
Contig306	WI_ciona_repeat
autorepeat_3054	ciona_repeat
autorepeat_6397	ciona_repeat
MT2A	LTR/MaLR
Contig307	WI_ciona_repeat
autorepeat_3055	ciona_repeat
autorepeat_6398	ciona_repeat
MT2B	LTR/MaLR
Contig308	WI_ciona_repeat
autorepeat_3056	ciona_repeat
autorepeat_6399	ciona_repeat
MT2C	LTR/MaLR
autorepeat_3057	ciona_repeat
Contig309	WI_ciona_repeat
autorepeat_3058	ciona_repeat
autorepeat_3059	ciona_repeat
E_Q24335	ensembl12247/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE.
autorepeat_5740	ciona_repeat
autorepeat_5741	ciona_repeat
autorepeat_2400	ciona_repeat
autorepeat_5742	ciona_repeat
autorepeat_5743	ciona_repeat
autorepeat_2401	ciona_repeat
autorepeat_5744	ciona_repeat
Contig310	WI_ciona_repeat
autorepeat_2402	ciona_repeat
autorepeat_5745	ciona_repeat
Contig311	WI_ciona_repeat
autorepeat_2403	ciona_repeat
autorepeat_5746	ciona_repeat
MER102a	DNA/MER1_type 23%
Contig312	WI_ciona_repeat
autorepeat_2404	ciona_repeat
autorepeat_3060	ciona_repeat
autorepeat_5747	ciona_repeat
MER102b	DNA/MER1_type 23%
Contig313	WI_ciona_repeat
autorepeat_2405	ciona_repeat
autorepeat_3061	ciona_repeat
autorepeat_5748	ciona_repeat
91ES8_RN	Satellite
Contig314	WI_ciona_repeat
autorepeat_2406	ciona_repeat
autorepeat_3062	ciona_repeat
autorepeat_5749	ciona_repeat
Contig315	WI_ciona_repeat
autorepeat_2407	ciona_repeat
autorepeat_3063	ciona_repeat
ATCOPIA36_I	LTR/Copia
Contig316	WI_ciona_repeat
autorepeat_2408	ciona_repeat
autorepeat_3064	ciona_repeat
MSTA	LTR/MaLR
Contig317	WI_ciona_repeat
autorepeat_2409	ciona_repeat
autorepeat_3065	ciona_repeat
MSTB	LTR/MaLR
autorepeat_3066	ciona_repeat
MSTC	LTR/MaLR
Contig318	WI_ciona_repeat
autorepeat_3067	ciona_repeat
MSTD	LTR/MaLR
Contig319	WI_ciona_repeat
autorepeat_3068	ciona_repeat
autorepeat_3069	ciona_repeat
Leu.TAA	tRNA 
RC35S	Satellite
ATCOPIA55LTR	LTR/Copia
gi|11612469|gb|AF294482.1|AF294482	DNA
Leu.TAG	tRNA 
E_Q04135	ensembl12246/low_complexity	PUTATIVE RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE (EC 2.7.7.49) (REVERSE TRANSCRIPTASE) (ORF 2).
MER20B	DNA/MER1_type   25-26%
autorepeat_5750	ciona_repeat
autorepeat_5751	ciona_repeat
autorepeat_5752	ciona_repeat
Bridge1_FR	LINE/Penelope (unchanged)
(CAACT)n	Simple_repeat
autorepeat_2410	ciona_repeat
autorepeat_5753	ciona_repeat
(CCCTA)n	Simple_repeat
autorepeat_2411	ciona_repeat
autorepeat_5754	ciona_repeat
Contig320	WI_ciona_repeat
autorepeat_2412	ciona_repeat
autorepeat_5755	ciona_repeat
Contig321	WI_ciona_repeat
autorepeat_2413	ciona_repeat
autorepeat_5756	ciona_repeat
Contig322	WI_ciona_repeat
autorepeat_2414	ciona_repeat
autorepeat_3070	ciona_repeat
autorepeat_5757	ciona_repeat
MER104A	DNA/Tc2
Contig323	WI_ciona_repeat
autorepeat_2415	ciona_repeat
autorepeat_3071	ciona_repeat
autorepeat_5758	ciona_repeat
MER104B	DNA/Tc2
LINE2E_CE	LINE/CR1
Contig324	WI_ciona_repeat
autorepeat_2416	ciona_repeat
autorepeat_3072	ciona_repeat
autorepeat_5759	ciona_repeat
MER104C	DNA/Tc2
Contig325	WI_ciona_repeat
autorepeat_2417	ciona_repeat
autorepeat_3073	ciona_repeat
MER104D	DNA/MER2_type
Contig326	WI_ciona_repeat
autorepeat_2418	ciona_repeat
autorepeat_3074	ciona_repeat
autorepeat_2419	ciona_repeat
autorepeat_3075	ciona_repeat
Contig327	WI_ciona_repeat
autorepeat_3076	ciona_repeat
Contig328	WI_ciona_repeat
autorepeat_3077	ciona_repeat
Contig329	WI_ciona_repeat
autorepeat_3078	ciona_repeat
autorepeat_3079	ciona_repeat
HER_LINE	LINE/Shark (Scyliorhinus torazame)
E_Q9FWC7	ensembl8505/trans	PUTATIVE PLANT DISEASE RESISTANCE POLYPROTEIN.
MER21A	LTR/ERV1 mer4 group 15%
MER21B	LTR/ERV1 mer4 group 15%
DMSC15JUN	DNA
MER21C	LTR/ERV1
autorepeat_5760	ciona_repeat
autorepeat_5761	ciona_repeat
autorepeat_5762	ciona_repeat
autorepeat_2420	ciona_repeat
autorepeat_5763	ciona_repeat
DMH1H3	DNA
autorepeat_2421	ciona_repeat
autorepeat_5764	ciona_repeat
Contig330	WI_ciona_repeat
autorepeat_2422	ciona_repeat
autorepeat_5765	ciona_repeat
Contig331	WI_ciona_repeat
autorepeat_2423	ciona_repeat
autorepeat_5766	ciona_repeat
Contig332	WI_ciona_repeat
autorepeat_2424	ciona_repeat
autorepeat_3080	ciona_repeat
autorepeat_5767	ciona_repeat
Contig333	WI_ciona_repeat
autorepeat_2425	ciona_repeat
autorepeat_3081	ciona_repeat
autorepeat_5768	ciona_repeat
Contig334	WI_ciona_repeat
autorepeat_2426	ciona_repeat
autorepeat_3082	ciona_repeat
autorepeat_5769	ciona_repeat
Contig335	WI_ciona_repeat
autorepeat_2427	ciona_repeat
autorepeat_3083	ciona_repeat
autorepeat_2428	ciona_repeat
autorepeat_3084	ciona_repeat
Contig336	WI_ciona_repeat
autorepeat_2429	ciona_repeat
autorepeat_3085	ciona_repeat
Contig337	WI_ciona_repeat
autorepeat_3086	ciona_repeat
Contig338	WI_ciona_repeat
autorepeat_3087	ciona_repeat
Contig339	WI_ciona_repeat
autorepeat_3088	ciona_repeat
autorepeat_3089	ciona_repeat
MLT1A0	LTR/MaLR
MLT1A1	LTR/MaLR
MLT1A2	LTR/MaLR
ATHILA4D_LTR	LTR/Gypsy
E_Q9TZS6	ensembl11669/trans	HYPOTHETICAL 31.9 KDA PROTEIN.
(GGAGAA)n	Simple_repeat
CRUISER	DNA
ATDNAI26T9	DNA/MuDR
autorepeat_5770	ciona_repeat
autorepeat_5771	ciona_repeat
autorepeat_5772	ciona_repeat
45770..38016	DNA
autorepeat_2430	ciona_repeat
autorepeat_5773	ciona_repeat
autorepeat_2431	ciona_repeat
autorepeat_5774	ciona_repeat
Contig340	WI_ciona_repeat
autorepeat_2432	ciona_repeat
autorepeat_5775	ciona_repeat
Contig341	WI_ciona_repeat
autorepeat_2433	ciona_repeat
autorepeat_5776	ciona_repeat
Contig342	WI_ciona_repeat
autorepeat_2434	ciona_repeat
autorepeat_3090	ciona_repeat
autorepeat_5777	ciona_repeat
MER106A	DNA/MER1_type  20%
Contig343	WI_ciona_repeat
autorepeat_2435	ciona_repeat
autorepeat_3091	ciona_repeat
autorepeat_5778	ciona_repeat
MER106B	DNA/MER1_type 
Contig344	WI_ciona_repeat
autorepeat_2436	ciona_repeat
autorepeat_3092	ciona_repeat
autorepeat_5779	ciona_repeat
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Contig346	WI_ciona_repeat
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Contig348	WI_ciona_repeat
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Contig349	WI_ciona_repeat
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autorepeat_3099	ciona_repeat
gi|11612466|gb|AF294479.1|AF294479	DNA
MDG1_LTR	LTR/Gypsy
DMSAT6	Satellite  D.melanogaster satellite repeat DNA sequence.
BEL_I	LTR/PAO
MI167_AT	Other/Centromeric
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Contig356	WI_ciona_repeat
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Contig357	WI_ciona_repeat
Contig358	WI_ciona_repeat
Contig359	WI_ciona_repeat
MARINER5_CE	DNA/Mariner
tRNA-Lys-AAA	tRNA
(CTAG)n	Simple_repeat
tRNA-Thr-ACY_	tRNA 
tRNA-Lys-AAG	tRNA
ATCOPIA5LTR	LTR/Copia
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Contig361	WI_ciona_repeat
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Contig362	WI_ciona_repeat
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Tigger3b	DNA/MER2_type (MER7B)	 15% div
Contig363	WI_ciona_repeat
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Contig364	WI_ciona_repeat
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Contig365	WI_ciona_repeat
autorepeat_2458	ciona_repeat
Contig366	WI_ciona_repeat
autorepeat_2459	ciona_repeat
E_Q963V9	ensembl24243/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Contig367	WI_ciona_repeat
Contig368	WI_ciona_repeat
Contig369	WI_ciona_repeat
DMREP1	DNA
SushiiDR1	LTR/Gypsy
LTR43-internal	LTR/Retroviral
L1MD2_5end	LINE/L1
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autorepeat_1801	ciona_repeat
LOOPERN6_DR	DNA
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autorepeat_1803	ciona_repeat
autorepeat_1804	ciona_repeat
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autorepeat_2461	ciona_repeat
DMREPG	DNA
Contig370	WI_ciona_repeat
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Contig371	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2464	ciona_repeat
Contig372	WI_ciona_repeat
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MER4-internal	LTR/MER4-group  
Contig373	WI_ciona_repeat
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Contig374	WI_ciona_repeat
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Contig375	WI_ciona_repeat
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Contig376	WI_ciona_repeat
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Contig377	WI_ciona_repeat
Contig378	WI_ciona_repeat
Contig379	WI_ciona_repeat
MLT1E1	LTR/MaLR
BLOOD	DNA
MLT1E2	LTR/MaLR
MLT1E3	LTR/MaLR
NDNAX1_CE	DNA?
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autorepeat_1813	ciona_repeat
autorepeat_1814	ciona_repeat
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Contig380	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2473	ciona_repeat
Contig381	WI_ciona_repeat
autorepeat_1818	ciona_repeat
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PALTA1_CE	DNA/Tc1?
Contig382	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2475	ciona_repeat
Contig383	WI_ciona_repeat
autorepeat_2476	ciona_repeat
Contig384	WI_ciona_repeat
autorepeat_2477	ciona_repeat
Contig385	WI_ciona_repeat
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Contig386	WI_ciona_repeat
autorepeat_2479	ciona_repeat
Contig387	WI_ciona_repeat
Contig388	WI_ciona_repeat
Contig389	WI_ciona_repeat
E_Q95JM3	ensembl63139/trans	HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN.
(CCGAG)n	Simple_repeat
MLT1F1	LTR/MaLR
MLT1F2	LTR/MaLR
E_Q9U997	ensembl17145/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_1821	ciona_repeat
autorepeat_1822	ciona_repeat
autorepeat_1823	ciona_repeat
autorepeat_1824	ciona_repeat
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autorepeat_1825	ciona_repeat
autorepeat_2481	ciona_repeat
ATHILA2_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_2482	ciona_repeat
Contig390	WI_ciona_repeat
autorepeat_1827	ciona_repeat
autorepeat_2483	ciona_repeat
Contig391	WI_ciona_repeat
autorepeat_1828	ciona_repeat
autorepeat_2484	ciona_repeat
Contig392	WI_ciona_repeat
autorepeat_1829	ciona_repeat
autorepeat_2485	ciona_repeat
Contig393	WI_ciona_repeat
autorepeat_2486	ciona_repeat
Contig394	WI_ciona_repeat
autorepeat_2487	ciona_repeat
Contig395	WI_ciona_repeat
autorepeat_2488	ciona_repeat
Contig396	WI_ciona_repeat
autorepeat_2489	ciona_repeat
Contig397	WI_ciona_repeat
Contig398	WI_ciona_repeat
Contig399	WI_ciona_repeat
48139,179527	DNA
E_Q00962	ensembl26198/trans	ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)].
MLT1G1	LTR/MaLR
Mariner1a_GG	DNA/Mariner closest match to lacewing mariner U11650;  bp 389-730 not a consensus but from GenBank AP003795; about 360 nucleotides deleted at pos ~388
MLT1G3	LTR/MaLR incomplete 5' end
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autorepeat_1831	ciona_repeat
autorepeat_1832	ciona_repeat
autorepeat_1833	ciona_repeat
ATCOPIA21LTR	LTR/Copia 
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autorepeat_2491	ciona_repeat
autorepeat_1836	ciona_repeat
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autorepeat_1837	ciona_repeat
autorepeat_2493	ciona_repeat
autorepeat_1838	ciona_repeat
autorepeat_2494	ciona_repeat
E_Q94240	ensembl8796/low_complexity	HYPOTHETICAL 67.0 KDA PROTEIN.
autorepeat_1839	ciona_repeat
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autorepeat_2496	ciona_repeat
autorepeat_2497	ciona_repeat
autorepeat_2498	ciona_repeat
autorepeat_2499	ciona_repeat
E_Q9XUR0	ensembl20243/trans	T05F1.12 PROTEIN.
MLT1H1	LTR/MaLR
MLT1H2	LTR/MaLR  
HERVP71A_I	LTR/ERV1 LTR71
LTR11	LTR/ERV	supposedly HTLV related; 2 copies so far; young.. 
autorepeat_1840	ciona_repeat
autorepeat_1841	ciona_repeat
autorepeat_1842	ciona_repeat
autorepeat_1843	ciona_repeat
autorepeat_1844	ciona_repeat
autorepeat_1845	ciona_repeat
autorepeat_1846	ciona_repeat
autorepeat_1847	ciona_repeat
autorepeat_1848	ciona_repeat
ATGP2NLTR1	LTR/Gypsy
autorepeat_1849	ciona_repeat
RIRE8B_I	LTR/Rice gypsy
ATLANTYS1_LTR	LTR/Gypsy
L1PA12_5end	LINE/L1
(CAGTA)n	Simple_repeat
SSRS2	Satellite/Centromeric  
URR1	Other
autorepeat_1850	ciona_repeat
autorepeat_1851	ciona_repeat
autorepeat_1852	ciona_repeat
autorepeat_1853	ciona_repeat
autorepeat_1854	ciona_repeat
CASAT	Satellite/Carp (Carassius auratus)
autorepeat_1855	ciona_repeat
autorepeat_1856	ciona_repeat
autorepeat_1857	ciona_repeat
autorepeat_1858	ciona_repeat
autorepeat_1859	ciona_repeat
L1M4_5end	LINE/L1
MLT1J1	LTR/MaLR
MLT1J2	LTR/MaLR
AY1_DH	Unknown D.hydei y chromosome-specific ay1 repetitive sequence.
E_O15639	ensembl97986/trans	MULTIFUNCTIONAL PROTEIN (FRAGMENT).
autorepeat_1860	ciona_repeat
autorepeat_1861	ciona_repeat
autorepeat_1862	ciona_repeat
GSAT_MM	Satellite
autorepeat_1863	ciona_repeat
autorepeat_1864	ciona_repeat
autorepeat_1865	ciona_repeat
autorepeat_1866	ciona_repeat
HATN10_DR	DNA
autorepeat_1867	ciona_repeat
autorepeat_1868	ciona_repeat
autorepeat_1869	ciona_repeat
SHOOTER_ZM	DNA/En-Spm
CATCH3I_DR	LTR
gi|600841|gb|U11655.1|AGU11655	DNA
autorepeat_1870	ciona_repeat
autorepeat_1871	ciona_repeat
autorepeat_1872	ciona_repeat
autorepeat_1873	ciona_repeat
autorepeat_1874	ciona_repeat
autorepeat_1875	ciona_repeat
autorepeat_1876	ciona_repeat
autorepeat_1877	ciona_repeat
autorepeat_1878	ciona_repeat
autorepeat_1879	ciona_repeat
112403	DNA
E_Q963V7	ensembl3274/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
E_Q9AVN2	ensembl8247/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
(CAGGG)n	Simple_repeat
ATCOPIA74LTR	LTR/Copia
autorepeat_1880	ciona_repeat
autorepeat_1881	ciona_repeat
autorepeat_1882	ciona_repeat
autorepeat_1883	ciona_repeat
autorepeat_1884	ciona_repeat
autorepeat_1885	ciona_repeat
autorepeat_1886	ciona_repeat
RLTR2_MM	LTR/ERV
autorepeat_1887	ciona_repeat
autorepeat_1888	ciona_repeat
autorepeat_1889	ciona_repeat
INVADER2	DNA
166021	DNA
INVADER3	DNA
INVADER4	DNA
INVADER5	DNA
Arthur1	DNA/Tip100  26% kimura subst
E_Q18309	ensembl9734/trans	C29F5.6 PROTEIN.
TC2_FR1	DNA/TC2  3.5% Kimura Closest similarity to HsTC2. TA duplication.
TC2_FR2	DNA/TC2  closest similarity to TC2_FR1; very young,  ave 4.5 % kimura, while having lots of CGs.
TC2_FR4	DNA/TC2 similar at DNA level to TC2_FR2; 3.5% div, TA duplication; ORF (222-1058) incomplete, still miss a bit.
TC2_FR5	DNA/TC2  
TC2_FR6	DNA/TC2 2.2% subst level. Partly non-consensus: only 3 copies not the TC2_FR6a internal deletion product
autorepeat_1890	ciona_repeat
autorepeat_1891	ciona_repeat
B2L_S	SINE/B4  B2-like retroposon from Sciurognathi
autorepeat_1892	ciona_repeat
autorepeat_1893	ciona_repeat
CERP1	Unknown
autorepeat_1894	ciona_repeat
CERP2	DNA?
autorepeat_1895	ciona_repeat
E_P91908	ensembl12620/low_complexity	M04C7.2 PROTEIN.
CERP3	Unknown
autorepeat_1896	ciona_repeat
Maui	LINE/L2 I made this into a consensus sequence; most significantly added a 242 bp fragment of the 3' UTR (pos 4351-4592) 
CERP4	DNA
autorepeat_1897	ciona_repeat
autorepeat_1898	ciona_repeat
autorepeat_1899	ciona_repeat
RSINE1	SINE/B4 (B5)
RNRAL	LTR/Retroviral
gi|18087061|gb|AF387852.1|AF387852	DNA
RMER17A2	LTR/ERVK  8-9% div
RIRE3_LTR	LTR/Rice
Asn.GTT	tRNA 
B1_MM	SINE/Alu
MER52-int	LTR/ERV1
L1M2a_5end	LINE/L1
autorepeat_7000	ciona_repeat
autorepeat_7001	ciona_repeat
autorepeat_7002	ciona_repeat
MER2	DNA/MER2_type   15-16% div
autorepeat_7003	ciona_repeat
MER3	DNA/MER1_type  16% div
MER110-int	LTR/ERV1
autorepeat_7004	ciona_repeat
autorepeat_7005	ciona_repeat
(TACG)n	Simple_repeat
autorepeat_7006	ciona_repeat
MER6	DNA/MER2_type  
autorepeat_7007	ciona_repeat
E_Q9NBI4	ensembl9023/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_7008	ciona_repeat
ATCOPIA82_I	LTR/Copia
MER8	DNA/MER2_type   12% (21% with CGs)
autorepeat_7009	ciona_repeat
MER9	LTR/ERVK 9-10% div
ROXELEMENT	DNA
RIRE1_OS_LTR	LTR/Copia
MTE2	LTR/MaLR
MTE3	LTR/MaLR
(CACGA)n	Simple_repeat
E_Q95SX7	ensembl12250/low_complexity	LD46618P.
autorepeat_7010	ciona_repeat
STONOR_ZM_LTR	LTR/Copia
autorepeat_7011	ciona_repeat
autorepeat_7012	ciona_repeat
autorepeat_7013	ciona_repeat
HARBINGERN7_DR	DNA
autorepeat_7014	ciona_repeat
autorepeat_7015	ciona_repeat
autorepeat_7016	ciona_repeat
autorepeat_7017	ciona_repeat
E_O01419	ensembl12282/low_complexity	POL PROTEIN.
autorepeat_7018	ciona_repeat
autorepeat_7019	ciona_repeat
67872..78296	DNA
Pigibakku	DNA/PiggyBac  incomplete; only three copies; not a consensus; strong similarity to PiggyBac (IFP2)
drr500	Waterman
drr501	Waterman
drr502	Waterman
MDM2_OS	DNA/MuDR
drr503	Waterman
Chaplin8	DNA/MER1 product of ORF 932-2767 is > 60% similar to Charlie8 transposase over full-length; 5.5% subst level.
drr504	Waterman
drr505	Waterman
drr506	Waterman
tRNA-SeC(e)-TGA	tRNA
drr507	Waterman
drr508	Waterman
drr509	Waterman
autorepeat_7020	ciona_repeat
autorepeat_7021	ciona_repeat
autorepeat_7022	ciona_repeat
autorepeat_7023	ciona_repeat
autorepeat_7024	ciona_repeat
autorepeat_7025	ciona_repeat
autorepeat_7026	ciona_repeat
autorepeat_7027	ciona_repeat
autorepeat_7028	ciona_repeat
autorepeat_7029	ciona_repeat
LTR52-int	LTR/ERVL
drr510	Waterman
LTRJI1_OS	LTR
drr511	Waterman
drr512	Waterman
drr513	Waterman
drr514	Waterman
drr515	Waterman
drr516	Waterman
drr517	Waterman
drr518	Waterman
drr519	Waterman
autorepeat_7030	ciona_repeat
autorepeat_7031	ciona_repeat
autorepeat_7032	ciona_repeat
autorepeat_7033	ciona_repeat
autorepeat_7034	ciona_repeat
autorepeat_7035	ciona_repeat
autorepeat_7036	ciona_repeat
autorepeat_7037	ciona_repeat
autorepeat_7038	ciona_repeat
autorepeat_7039	ciona_repeat
55955	DNA
GYPSY2	DNA
GYPSY3	DNA
GYPSY4	DNA
GYPSY5	DNA
GYPSY6	DNA
drr520	Waterman
drr521	Waterman
drr522	Waterman
LMER1	Other/rabbit  
drr523	Waterman
drr524	Waterman
drr525	Waterman
ATGP9LTR	LTR/Gypsy
(CTTAT)n	Simple_repeat
drr526	Waterman
drr527	Waterman
drr528	Waterman
drr529	Waterman
autorepeat_7040	ciona_repeat
autorepeat_7041	ciona_repeat
autorepeat_7042	ciona_repeat
autorepeat_7043	ciona_repeat
autorepeat_7044	ciona_repeat
autorepeat_7045	ciona_repeat
DNA9TA1_DR	DNA
autorepeat_7046	ciona_repeat
autorepeat_7047	ciona_repeat
autorepeat_7048	ciona_repeat
autorepeat_7049	ciona_repeat
HELITRON2_OS	DNA/Helitron
(CAGAA)n	Simple_repeat
drr530	Waterman
drr531	Waterman
drr532	Waterman
drr533	Waterman
drr534	Waterman
drr535	Waterman
drr536	Waterman
a_repeat	ciona_repeat
drr537	Waterman
drr538	Waterman
gi|3095155|gb|AF054231.1|AF054231	DNA
drr539	Waterman
XLGST1	Unknown
autorepeat_7050	ciona_repeat
XLGST2	Unknown
autorepeat_7051	ciona_repeat
XLGST3	Unknown
autorepeat_7052	ciona_repeat
autorepeat_7053	ciona_repeat
autorepeat_7054	ciona_repeat
E_Q963T5	ensembl26545/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_7055	ciona_repeat
autorepeat_7056	ciona_repeat
ROO_LTR	LTR/PAO
autorepeat_7057	ciona_repeat
autorepeat_7058	ciona_repeat
autorepeat_7059	ciona_repeat
Oamar1	DNA/Mariner  
drr540	Waterman
drr541	Waterman
drr542	Waterman
drr543	Waterman
tRNA-Leu-TTA	tRNA
drr544	Waterman
drr545	Waterman
autorepeat_6400	ciona_repeat
drr546	Waterman
autorepeat_6401	ciona_repeat
drr547	Waterman
autorepeat_6402	ciona_repeat
drr548	Waterman
gi|159618|gb|M93691.1|MSQRT2RET	DNA
DMALU1	DNA
autorepeat_6403	ciona_repeat
drr549	Waterman
autorepeat_6404	ciona_repeat
autorepeat_7060	ciona_repeat
tRNA-Leu-TTG	tRNA
autorepeat_6405	ciona_repeat
autorepeat_7061	ciona_repeat
autorepeat_6406	ciona_repeat
autorepeat_7062	ciona_repeat
autorepeat_6407	ciona_repeat
autorepeat_7063	ciona_repeat
autorepeat_6408	ciona_repeat
autorepeat_7064	ciona_repeat
ATCOPIA76_I	LTR/Copia
autorepeat_6409	ciona_repeat
autorepeat_7065	ciona_repeat
autorepeat_7066	ciona_repeat
autorepeat_7067	ciona_repeat
autorepeat_7068	ciona_repeat
autorepeat_7069	ciona_repeat
E_O18575	ensembl13663/trans	MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT).
ATCOPIA59LTR	LTR/Copia
drr550	Waterman
drr551	Waterman
drr552	Waterman
drr553	Waterman
drr554	Waterman
drr555	Waterman
(CAAGT)n	Simple_repeat
autorepeat_6410	ciona_repeat
drr556	Waterman
autorepeat_6411	ciona_repeat
drr557	Waterman
autorepeat_6412	ciona_repeat
drr558	Waterman
autorepeat_6413	ciona_repeat
drr559	Waterman
autorepeat_6414	ciona_repeat
autorepeat_7070	ciona_repeat
autorepeat_6415	ciona_repeat
autorepeat_7071	ciona_repeat
autorepeat_6416	ciona_repeat
autorepeat_7072	ciona_repeat
autorepeat_6417	ciona_repeat
autorepeat_7073	ciona_repeat
autorepeat_6418	ciona_repeat
autorepeat_7074	ciona_repeat
autorepeat_6419	ciona_repeat
autorepeat_7075	ciona_repeat
GRANDE1_ZD	LTR/Zea  Z.diploperennis DNA for Grande1-4 retrotransposon.
autorepeat_7076	ciona_repeat
autorepeat_7077	ciona_repeat
autorepeat_7078	ciona_repeat
autorepeat_7079	ciona_repeat
ATGP10_I	LTR/Gypsy
drr560	Waterman
drr561	Waterman
drr562	Waterman
drr563	Waterman
drr564	Waterman
drr565	Waterman
autorepeat_6420	ciona_repeat
drr566	Waterman
autorepeat_6421	ciona_repeat
drr567	Waterman
E_Q9AVN4	ensembl8248/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_6422	ciona_repeat
drr568	Waterman
autorepeat_6423	ciona_repeat
drr569	Waterman
L1M4c_5end	LINE/L1   (L1P2_5+L1M7_5)
gi|6671107:227-441,	DNA
autorepeat_6424	ciona_repeat
autorepeat_7080	ciona_repeat
autorepeat_6425	ciona_repeat
autorepeat_7081	ciona_repeat
autorepeat_6426	ciona_repeat
autorepeat_7082	ciona_repeat
autorepeat_6427	ciona_repeat
autorepeat_7083	ciona_repeat
autorepeat_6428	ciona_repeat
autorepeat_7084	ciona_repeat
autorepeat_6429	ciona_repeat
autorepeat_7085	ciona_repeat
autorepeat_7086	ciona_repeat
autorepeat_7087	ciona_repeat
KIDDOB_OS	DNA
autorepeat_7088	ciona_repeat
ACCORD_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_7089	ciona_repeat
FLAM_A	SINE/Alu  
FLAM_C	SINE/Alu
CIRCE	LINE/Composite
drr570	Waterman
drr571	Waterman
drr572	Waterman
drr573	Waterman
PBANG1,	DNA
DM14G722	DNA
drr574	Waterman
drr575	Waterman
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drr576	Waterman
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drr577	Waterman
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drr578	Waterman
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drr579	Waterman
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B2_Mm1	SINE/B2
(CAGC)n	Simple_repeat
B2_Mm2	SINE/B2
drr580	Waterman
drr581	Waterman
Cheshire	DNA/MER1_type  22% div
drr582	Waterman
DM14G731	DNA
drr583	Waterman
drr584	Waterman
drr585	Waterman
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drr586	Waterman
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drr587	Waterman
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drr588	Waterman
autorepeat_3101	ciona_repeat
autorepeat_6443	ciona_repeat
drr589	Waterman
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ATCOPIA93LTR	LTR/Copia
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gi|6671105:31-146,	DNA
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HATN5A_DR	DNA
drr590	Waterman
drr591	Waterman
ATCOPIA9LTR	LTR/Copia 
drr592	Waterman
drr593	Waterman
ATTIR16T3A	DNA
drr594	Waterman
drr595	Waterman
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drr596	Waterman
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drr597	Waterman
BRIDGE1_FR	LINE/Pufferfish  
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drr598	Waterman
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drr599	Waterman
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FRAM	SINE/Alu
gi|1381115|gb|L78801.1|MSQTNCDSA	DNA
Trillian_a	DNA/AcHobo  12jul2001
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HSREP522	Satellite/telomeric
autorepeat_5801	ciona_repeat
gi|5804795|emb|AJ006551.1|AGA6551	DNA
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autorepeat_5803	ciona_repeat
autorepeat_5804	ciona_repeat
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57185..183094	DNA
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HE1_DR1	SINE
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ETnERV2	LTR/ERVK  (RLTR13 LTRs)
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ETnERV3	LTR/ERVK  (RLTR13Ba LTRs)
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autorepeat_3127	ciona_repeat
E_Q9U5P0	ensembl3536/trans	POLYMERASE POLYPROTEIN (FRAGMENT).
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GYPSY5_LTR	LTR/Gypsy
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MER110A	LTR/ERV1
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PALTA5_CE	DNA/Tc1
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His.GTG	tRNA 
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autorepeat_3138	ciona_repeat
autorepeat_3139	ciona_repeat
86243..68671	DNA
DMPORTO1	DNA
E_O76193	ensembl28019/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
PIF12_ZM	DNA/IS5 (Harbinger/PIF)
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Ile.GAT	tRNA 
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CR1POL	LINE/Chicken  
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DNA14-5-1_DR	DNA
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autorepeat_6489	ciona_repeat
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autorepeat_3148	ciona_repeat
Hu-U36a	snoRNA Human U36a gmeth c/d snoRNA intron 5 rpL7a gi|3392914:137-208,
autorepeat_3149	ciona_repeat
Hu-U36b	snoRNA Human U36b gmeth c/d snoRNA intron 4 rpL7a gi|3392913:42-112,
Hu-U36c	snoRNA Human U36c gmeth c/d snoRNA intron 6 rpL7a gi|3392915:119-186,
ATCOPIA10_I	LTR/Copia
E_Q9KPI3	ensembl7531/trans	RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE.
Val.AAC	tRNA 
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autorepeat_5831	ciona_repeat
autorepeat_5832	ciona_repeat
autorepeat_5833	ciona_repeat
ATCOPIA25LTR	LTR/Copia
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Contig400	WI_ciona_repeat
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Contig401	WI_ciona_repeat
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Contig402	WI_ciona_repeat
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Contig403	WI_ciona_repeat
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autorepeat_6494	ciona_repeat
Contig404	WI_ciona_repeat
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autorepeat_5839	ciona_repeat
autorepeat_6495	ciona_repeat
Contig405	WI_ciona_repeat
autorepeat_3153	ciona_repeat
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Contig406	WI_ciona_repeat
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Contig407	WI_ciona_repeat
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Contig408	WI_ciona_repeat
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Contig409	WI_ciona_repeat
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autorepeat_3159	ciona_repeat
E_Q27281	ensembl6264/trans	TC1-LIKE TRANSPOSASE.
HAT4_CE	DNA/HAT
(TAAAA)n	Simple_repeat
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autorepeat_5841	ciona_repeat
autorepeat_5842	ciona_repeat
Dong2_FR	LINE/Dong-R4  20% divergence Perhaps intermediates with this one and Dong_FR abound, but can't see too many. Probably mixture of subs; misses much of 5' end
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autorepeat_2501	ciona_repeat
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Contig410	WI_ciona_repeat
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Contig411	WI_ciona_repeat
autorepeat_2503	ciona_repeat
autorepeat_5846	ciona_repeat
Contig412	WI_ciona_repeat
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autorepeat_5847	ciona_repeat
Contig413	WI_ciona_repeat
autorepeat_2505	ciona_repeat
autorepeat_3161	ciona_repeat
autorepeat_5848	ciona_repeat
Contig414	WI_ciona_repeat
autorepeat_2506	ciona_repeat
autorepeat_3162	ciona_repeat
autorepeat_5849	ciona_repeat
Contig415	WI_ciona_repeat
autorepeat_2507	ciona_repeat
autorepeat_3163	ciona_repeat
ATCOPIA37_I	LTR/Copia
Contig416	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2509	ciona_repeat
autorepeat_3165	ciona_repeat
Contig417	WI_ciona_repeat
autorepeat_3166	ciona_repeat
Contig418	WI_ciona_repeat
autorepeat_3167	ciona_repeat
Contig419	WI_ciona_repeat
autorepeat_3168	ciona_repeat
Hu-U38a	snoRNA Human U38a gmeth c/d snoRNA intron intron 4 ribosomal protein S8 gi|1770734|emb|X97582.1|HSU38ASNR
autorepeat_3169	ciona_repeat
Hu-U38b	snoRNA Human U38b gmeth c/d snoRNA intron intron 5 ribosomal protein S8 gi|1770735|emb|X97583.1|HSU38BSNR
NAREP1	DNA
MER30B	DNA/MER1_type  11% div  (reversed March 2002)
L1PA15-16_5end	LINE/L1
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Contig420	WI_ciona_repeat
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autorepeat_5855	ciona_repeat
Contig421	WI_ciona_repeat
autorepeat_2513	ciona_repeat
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Contig422	WI_ciona_repeat
autorepeat_2514	ciona_repeat
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autorepeat_5857	ciona_repeat
Contig423	WI_ciona_repeat
autorepeat_2515	ciona_repeat
autorepeat_3171	ciona_repeat
autorepeat_5858	ciona_repeat
Contig424	WI_ciona_repeat
autorepeat_2516	ciona_repeat
autorepeat_3172	ciona_repeat
autorepeat_5859	ciona_repeat
E_Q04514	ensembl15342/low_complexity	TRANSPOSASE MARINER.
Contig425	WI_ciona_repeat
autorepeat_2517	ciona_repeat
autorepeat_3173	ciona_repeat
ATHILA4A_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_2518	ciona_repeat
autorepeat_3174	ciona_repeat
Contig426	WI_ciona_repeat
autorepeat_2519	ciona_repeat
autorepeat_3175	ciona_repeat
B2_Felidae	SINE/B2 13% div
Contig427	WI_ciona_repeat
autorepeat_3176	ciona_repeat
Contig428	WI_ciona_repeat
autorepeat_3177	ciona_repeat
Contig429	WI_ciona_repeat
autorepeat_3178	ciona_repeat
autorepeat_3179	ciona_repeat
MER4B-int	LTR/ERV1 mer4 group
HERV15	LTR/ERV1   LTR15 5%
67747	DNA
HERV16	LTR/ERVL  LTR16 >20% div
MER31A	LTR/ERV1 mer4 group   22% div
HERV17	LTR/ERV1  LTR17 < 6% div (HERV-W)
MER31B	LTR/ERV1 mer4 group   18% div
RIRE3_OS_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_5861	ciona_repeat
autorepeat_5862	ciona_repeat
autorepeat_2520	ciona_repeat
autorepeat_5863	ciona_repeat
autorepeat_2521	ciona_repeat
autorepeat_5864	ciona_repeat
Contig430	WI_ciona_repeat
autorepeat_2522	ciona_repeat
autorepeat_5865	ciona_repeat
Contig431	WI_ciona_repeat
autorepeat_2523	ciona_repeat
autorepeat_5866	ciona_repeat
HATN14_DR	DNA
TOL2_OL	DNA/Medaka (Oryzias latipes)
Contig432	WI_ciona_repeat
autorepeat_2524	ciona_repeat
autorepeat_3180	ciona_repeat
autorepeat_5867	ciona_repeat
Contig433	WI_ciona_repeat
autorepeat_2525	ciona_repeat
autorepeat_3181	ciona_repeat
autorepeat_5868	ciona_repeat
Contig434	WI_ciona_repeat
autorepeat_2526	ciona_repeat
autorepeat_3182	ciona_repeat
autorepeat_5869	ciona_repeat
autorepeat_2527	ciona_repeat
autorepeat_3183	ciona_repeat
Contig435	WI_ciona_repeat
autorepeat_2528	ciona_repeat
autorepeat_3184	ciona_repeat
Contig436	WI_ciona_repeat
autorepeat_2529	ciona_repeat
autorepeat_3185	ciona_repeat
Contig437	WI_ciona_repeat
autorepeat_3186	ciona_repeat
DMIFACA	DNA
Contig438	WI_ciona_repeat
autorepeat_3187	ciona_repeat
Contig439	WI_ciona_repeat
autorepeat_3188	ciona_repeat
autorepeat_3189	ciona_repeat
MLT2A1	LTR/ERVL  8% div
Ricksha	DNA  19%
MLT2A2	LTR/ERVL  10% div
ALUII_DM	Unknown D.melanogaster Alu II repetitive sequence.
HERV23	LTR/MER4-group  
autorepeat_5870	ciona_repeat
autorepeat_5871	ciona_repeat
autorepeat_5872	ciona_repeat
RIRE7_I	LTR/Rice
autorepeat_2530	ciona_repeat
autorepeat_5873	ciona_repeat
autorepeat_2531	ciona_repeat
autorepeat_5874	ciona_repeat
Contig440	WI_ciona_repeat
autorepeat_2532	ciona_repeat
autorepeat_5875	ciona_repeat
Contig441	WI_ciona_repeat
autorepeat_2533	ciona_repeat
autorepeat_5876	ciona_repeat
Contig442	WI_ciona_repeat
autorepeat_2534	ciona_repeat
autorepeat_3190	ciona_repeat
autorepeat_5877	ciona_repeat
Contig443	WI_ciona_repeat
autorepeat_2535	ciona_repeat
autorepeat_3191	ciona_repeat
autorepeat_5878	ciona_repeat
autorepeat_2536	ciona_repeat
autorepeat_3192	ciona_repeat
autorepeat_5879	ciona_repeat
Contig444	WI_ciona_repeat
autorepeat_2537	ciona_repeat
autorepeat_3193	ciona_repeat
Contig445	WI_ciona_repeat
autorepeat_2538	ciona_repeat
autorepeat_3194	ciona_repeat
Contig446	WI_ciona_repeat
autorepeat_2539	ciona_repeat
autorepeat_3195	ciona_repeat
Contig447	WI_ciona_repeat
autorepeat_3196	ciona_repeat
Contig448	WI_ciona_repeat
autorepeat_3197	ciona_repeat
Contig449	WI_ciona_repeat
autorepeat_3198	ciona_repeat
autorepeat_3199	ciona_repeat
MLT2B1	LTR/ERVL 17.5% div
MLT2B2	LTR/ERVL  18% div
MLT2B3	LTR/ERVL 18-19% div
E_Q9P958	ensembl19910/trans	POL (REVERSE TRANSCRIPTASE-RNASE H) (FRAGMENT).
MLT2B4	LTR/ERVL 21%
HERV30	LTR/ERV1 8-9% div, LTR30
MLT2B5	LTR/ERVL
autorepeat_5880	ciona_repeat
ATCOPIA78LTR	LTR/Copia
autorepeat_5881	ciona_repeat
autorepeat_5882	ciona_repeat
5S	rRNA
autorepeat_2540	ciona_repeat
autorepeat_5883	ciona_repeat
E_Q9LRU8	ensembl17899/trans	NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN.
autorepeat_2541	ciona_repeat
autorepeat_5884	ciona_repeat
GGCAN	Unknown young, associated with (CA)n
Contig450	WI_ciona_repeat
autorepeat_2542	ciona_repeat
autorepeat_5885	ciona_repeat
Contig451	WI_ciona_repeat
autorepeat_2543	ciona_repeat
autorepeat_5886	ciona_repeat
RLTR6_MM	LTR/ERV1  VL30
Contig452	WI_ciona_repeat
autorepeat_2544	ciona_repeat
autorepeat_5887	ciona_repeat
autorepeat_2545	ciona_repeat
autorepeat_5888	ciona_repeat
101254,109812	DNA
Contig453	WI_ciona_repeat
autorepeat_2546	ciona_repeat
autorepeat_5889	ciona_repeat
Contig454	WI_ciona_repeat
autorepeat_2547	ciona_repeat
Contig455	WI_ciona_repeat
autorepeat_2548	ciona_repeat
Contig456	WI_ciona_repeat
autorepeat_2549	ciona_repeat
Contig457	WI_ciona_repeat
Contig458	WI_ciona_repeat
E_Q9Y1H7	ensembl25438/trans	POL.
Contig459	WI_ciona_repeat
gi|159631|gb|M35462.1|MSQRTR1K	DNA
MLT2C1	LTR/ERVL  17% div
Contig1	WI_ciona_repeat
MLT2C2	LTR/ERVL 17-18% div
Contig2	WI_ciona_repeat
gi|3095148|gb|AF054227.1|AF054227	DNA
Contig3	WI_ciona_repeat
Contig4	WI_ciona_repeat
Contig5	WI_ciona_repeat
Contig6	WI_ciona_repeat
Contig7	WI_ciona_repeat
Contig8	WI_ciona_repeat
Contig9	WI_ciona_repeat
E_Q94GJ1	ensembl7081/trans	PUTATIVE POLYPROTEIN.
(GGA)n	Simple_repeat
MER34B	LTR/ERV1 mer4 group 14-16%
MER34C	LTR/ERV1 mer4 group
autorepeat_5890	ciona_repeat
MER34D	LTR/ERV1 mer4 group 15%
autorepeat_5891	ciona_repeat
autorepeat_5892	ciona_repeat
autorepeat_2550	ciona_repeat
autorepeat_5893	ciona_repeat
MLT2CA	LTR/Retroviral
autorepeat_2551	ciona_repeat
autorepeat_5894	ciona_repeat
MLT2CB	LTR/Retroviral
Contig460	WI_ciona_repeat
autorepeat_2552	ciona_repeat
autorepeat_5895	ciona_repeat
Contig461	WI_ciona_repeat
autorepeat_2553	ciona_repeat
autorepeat_5896	ciona_repeat
ATCOPIA8ALTR	LTR/Copia 
autorepeat_2554	ciona_repeat
autorepeat_5897	ciona_repeat
Contig462	WI_ciona_repeat
autorepeat_2555	ciona_repeat
autorepeat_5898	ciona_repeat
154388	DNA
Contig463	WI_ciona_repeat
autorepeat_2556	ciona_repeat
autorepeat_5899	ciona_repeat
Contig464	WI_ciona_repeat
autorepeat_2557	ciona_repeat
Contig465	WI_ciona_repeat
autorepeat_2558	ciona_repeat
Contig466	WI_ciona_repeat
autorepeat_2559	ciona_repeat
Contig467	WI_ciona_repeat
Contig468	WI_ciona_repeat
Contig469	WI_ciona_repeat
ATCOPIA38_LTR	LTR/Copia
HELENA_RT	LINE
autorepeat_1900	ciona_repeat
autorepeat_1901	ciona_repeat
gi|11612468|gb|AF294481.1|AF294481	DNA
autorepeat_1902	ciona_repeat
autorepeat_1903	ciona_repeat
autorepeat_1904	ciona_repeat
autorepeat_2560	ciona_repeat
autorepeat_1905	ciona_repeat
autorepeat_2561	ciona_repeat
Contig470	WI_ciona_repeat
autorepeat_1906	ciona_repeat
autorepeat_2562	ciona_repeat
autorepeat_1907	ciona_repeat
autorepeat_2563	ciona_repeat
Contig471	WI_ciona_repeat
autorepeat_1908	ciona_repeat
autorepeat_2564	ciona_repeat
Contig472	WI_ciona_repeat
autorepeat_1909	ciona_repeat
autorepeat_2565	ciona_repeat
Contig473	WI_ciona_repeat
autorepeat_2566	ciona_repeat
PAL3A_CE	DNA
Contig474	WI_ciona_repeat
autorepeat_2567	ciona_repeat
Contig475	WI_ciona_repeat
autorepeat_2568	ciona_repeat
Contig476	WI_ciona_repeat
autorepeat_2569	ciona_repeat
Contig477	WI_ciona_repeat
Contig478	WI_ciona_repeat
Contig479	WI_ciona_repeat
DIVER2_I	LTR/PAO
Trp.CCA	tRNA 
autorepeat_1910	ciona_repeat
autorepeat_1911	ciona_repeat
autorepeat_1912	ciona_repeat
autorepeat_1913	ciona_repeat
autorepeat_1914	ciona_repeat
autorepeat_2570	ciona_repeat
DMSAT353	DNA
autorepeat_1915	ciona_repeat
autorepeat_2571	ciona_repeat
autorepeat_1916	ciona_repeat
autorepeat_2572	ciona_repeat
Bov-tA1	SINE/BovA  
Contig480	WI_ciona_repeat
autorepeat_1917	ciona_repeat
autorepeat_2573	ciona_repeat
MERVL_LTR	LTR/ERVL
Bov-tA2	SINE/BovA  
Contig481	WI_ciona_repeat
autorepeat_1918	ciona_repeat
autorepeat_2574	ciona_repeat
Bov-tA3	SINE/BovA  
Contig482	WI_ciona_repeat
autorepeat_1919	ciona_repeat
autorepeat_2575	ciona_repeat
R2B_DM	LINE/R2
Contig483	WI_ciona_repeat
autorepeat_2576	ciona_repeat
Contig484	WI_ciona_repeat
autorepeat_2577	ciona_repeat
Contig485	WI_ciona_repeat
autorepeat_2578	ciona_repeat
Contig486	WI_ciona_repeat
autorepeat_2579	ciona_repeat
Contig487	WI_ciona_repeat
Contig488	WI_ciona_repeat
Contig489	WI_ciona_repeat
(TAGG)n	Simple_repeat
HERV70	LTR/ERV1
HY1	scRNA
HY3	scRNA
E_O18569	ensembl62543/trans	MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT).
HY4	scRNA
HY5	scRNA
autorepeat_1920	ciona_repeat
autorepeat_1921	ciona_repeat
REP522	Satellite/telomeric (follows L1 fragment; includes palindromic 'MER122')
autorepeat_1922	ciona_repeat
autorepeat_1923	ciona_repeat
gi|3095153|gb|AF054230.1|AF054230	DNA
autorepeat_1924	ciona_repeat
autorepeat_2580	ciona_repeat
MLT2FA	LTR/Retroviral
autorepeat_1925	ciona_repeat
autorepeat_2581	ciona_repeat
ATHILA3_I	LTR/Gypsy
MLT2FB	LTR/Retroviral
autorepeat_1926	ciona_repeat
autorepeat_2582	ciona_repeat
Contig490	WI_ciona_repeat
autorepeat_1927	ciona_repeat
autorepeat_2583	ciona_repeat
Contig491	WI_ciona_repeat
autorepeat_1928	ciona_repeat
autorepeat_2584	ciona_repeat
Contig492	WI_ciona_repeat
autorepeat_1929	ciona_repeat
autorepeat_2585	ciona_repeat
Contig493	WI_ciona_repeat
autorepeat_2586	ciona_repeat
Contig494	WI_ciona_repeat
autorepeat_2587	ciona_repeat
Contig495	WI_ciona_repeat
autorepeat_2588	ciona_repeat
Contig496	WI_ciona_repeat
autorepeat_2589	ciona_repeat
Contig497	WI_ciona_repeat
Contig498	WI_ciona_repeat
Contig499	WI_ciona_repeat
ATHILA7A_I	LTR/Gypsy
autorepeat_1930	ciona_repeat
autorepeat_1931	ciona_repeat
autorepeat_1932	ciona_repeat
autorepeat_1933	ciona_repeat
autorepeat_1934	ciona_repeat
autorepeat_2590	ciona_repeat
autorepeat_1935	ciona_repeat
autorepeat_2591	ciona_repeat
autorepeat_1936	ciona_repeat
autorepeat_2592	ciona_repeat
autorepeat_1937	ciona_repeat
autorepeat_2593	ciona_repeat
autorepeat_1938	ciona_repeat
autorepeat_2594	ciona_repeat
autorepeat_1939	ciona_repeat
autorepeat_2595	ciona_repeat
E_Q24699	ensembl6553/trans	PLANARIAN MARINER-5 GENE.
autorepeat_2596	ciona_repeat
autorepeat_2597	ciona_repeat
autorepeat_2598	ciona_repeat
autorepeat_2599	ciona_repeat
TAT1_ATH	LTR/Gypsy 
(CATCC)n	Simple_repeat
MER39B	LTR/ERV1 mer4 group 10%
L1M4_orf2	LINE/L1
autorepeat_1940	ciona_repeat
autorepeat_1941	ciona_repeat
autorepeat_1942	ciona_repeat
autorepeat_1943	ciona_repeat
autorepeat_1944	ciona_repeat
autorepeat_1945	ciona_repeat
autorepeat_1946	ciona_repeat
autorepeat_1947	ciona_repeat
autorepeat_1948	ciona_repeat
autorepeat_1949	ciona_repeat
(CGGT)n	Simple_repeat
E_Q9BPQ0	ensembl16639/low_complexity	POLYPROTEIN (FRAGMENT).
MER39b	Unknown/MER21_group
autorepeat_1950	ciona_repeat
autorepeat_1951	ciona_repeat
autorepeat_1952	ciona_repeat
autorepeat_1953	ciona_repeat
autorepeat_1954	ciona_repeat
autorepeat_1955	ciona_repeat
autorepeat_1956	ciona_repeat
PAL8D_CE	DNA/HAT?
autorepeat_1957	ciona_repeat
(GAAAA)n	Simple_repeat
autorepeat_1958	ciona_repeat
autorepeat_1959	ciona_repeat
ORR1B-int	LTR/MaLR
gi|5804799|emb|AJ006554.1|AST6554	DNA
Chaplin1a_FR	DNA/MER1  GTCTAGAN duplication sites like MER1 group, 6% kimura
L1_MM_3end	LINE/L1
GypsyDR1	LTR/Gypsy
GypsyDR2	LTR/Gypsy
autorepeat_1960	ciona_repeat
autorepeat_1961	ciona_repeat
INVADER3_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_1962	ciona_repeat
autorepeat_1963	ciona_repeat
autorepeat_1964	ciona_repeat
HE1_HJ	SINE/Shark Heterodontus japonica
autorepeat_1965	ciona_repeat
autorepeat_1966	ciona_repeat
autorepeat_1967	ciona_repeat
autorepeat_1968	ciona_repeat
autorepeat_1969	ciona_repeat
gi|159624|gb|M35451.1|MSQRTR1D	DNA
ATCOPIA44LTR	LTR/Copia
Arg.TCG	tRNA 
autorepeat_1970	ciona_repeat
autorepeat_1971	ciona_repeat
autorepeat_1972	ciona_repeat
autorepeat_1973	ciona_repeat
autorepeat_1974	ciona_repeat
autorepeat_1975	ciona_repeat
EN1_ZM	DNA/En-Spm
autorepeat_1976	ciona_repeat
Arg.TCT	tRNA 
autorepeat_1977	ciona_repeat
autorepeat_1978	ciona_repeat
autorepeat_1979	ciona_repeat
E_Q9U1R6	ensembl62537/trans	Y7A5A.4 PROTEIN.
Samurai_LTR	LTR/Gypsy (unchanged)
autorepeat_1980	ciona_repeat
E_Q9N3W4	ensembl31068/trans	HYPOTHETICAL 78.9 KDA PROTEIN.
autorepeat_1981	ciona_repeat
autorepeat_1982	ciona_repeat
ERV2-I_DR	LTR/ERV
autorepeat_1983	ciona_repeat
autorepeat_1984	ciona_repeat
autorepeat_1985	ciona_repeat
autorepeat_1986	ciona_repeat
autorepeat_1987	ciona_repeat
autorepeat_1988	ciona_repeat
autorepeat_1989	ciona_repeat
tRNA-Leu-TTA(m)	tRNA (mitochondrial)
HATN1_DR	DNA
autorepeat_1990	ciona_repeat
autorepeat_1991	ciona_repeat
autorepeat_1992	ciona_repeat
RLTR10B	LTR/ERVK
autorepeat_1993	ciona_repeat
RLTR10C	LTR/ERVK
autorepeat_1994	ciona_repeat
RLTR10D	LTR/ERVK
autorepeat_1995	ciona_repeat
autorepeat_1996	ciona_repeat
autorepeat_1997	ciona_repeat
autorepeat_1998	ciona_repeat
autorepeat_1999	ciona_repeat
(TAAA)n	Simple_repeat
37768..45296	DNA
L1-3_DR	LINE/L1
tRNA-Met_	tRNA
RLTR11A	LTR/ERVK  MYSERV
E_Q66162	ensembl17409/trans	ORF V.
RLTR11B	LTR/ERVK  MYSERV
B2	SINE/B2
SWIMMER1	LINE/Medaka (Oryzias latipes)
B3	SINE/B2
B4	SINE/B4 (B4s are composite ID-B1 elements)
DNA13TA1_DR	DNA
MULV-int	LTR/ERV1  
E_O65863	ensembl15888/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
L1M3d_5end	LINE/L1  
CR1-B	LINE/CR1
CR1-F	LINE/CR1
BS	LINE/Jockey  BS Retrotransposon.
HE1_MM	SINE/Shark (Mustelus manazo)
autorepeat_7100	ciona_repeat
autorepeat_7101	ciona_repeat
autorepeat_7102	ciona_repeat
autorepeat_7103	ciona_repeat
autorepeat_7104	ciona_repeat
autorepeat_7105	ciona_repeat
autorepeat_7106	ciona_repeat
autorepeat_7107	ciona_repeat
autorepeat_7108	ciona_repeat
ATCOPIA83_I	LTR/Copia
autorepeat_7109	ciona_repeat
ATHILA3_LTR	LTR/Gypsy
IAP	LTR/Retroviral  
MUDR	DNA/Maize
(CGTAA)n	Simple_repeat
RLTR13A	LTR/ERVK 
RLTR13B	LTR/ERVK 
RLTR13C	LTR/ERVK 
RLTR13D	LTR/ERVK 
ONREP	Satellite/Cichlid (Oreochromis niloticus)
autorepeat_7110	ciona_repeat
autorepeat_7111	ciona_repeat
autorepeat_7112	ciona_repeat
autorepeat_7113	ciona_repeat
autorepeat_7114	ciona_repeat
autorepeat_7115	ciona_repeat
autorepeat_7116	ciona_repeat
autorepeat_7117	ciona_repeat
autorepeat_7118	ciona_repeat
RHM5_XL	Satellite  similarity to tRNAs Xed out
autorepeat_7119	ciona_repeat
drr600	Waterman
drr601	Waterman
drr602	Waterman
drr603	Waterman
DS	DNA/Maize  Maize mutant wx-m1 Dissociation (Ds) insertion sequence.
drr604	Waterman
drr605	Waterman
drr606	Waterman
drr607	Waterman
drr608	Waterman
drr609	Waterman
autorepeat_7120	ciona_repeat
autorepeat_7121	ciona_repeat
autorepeat_7122	ciona_repeat
autorepeat_7123	ciona_repeat
autorepeat_7124	ciona_repeat
autorepeat_7125	ciona_repeat
autorepeat_7126	ciona_repeat
autorepeat_7127	ciona_repeat
autorepeat_7128	ciona_repeat
autorepeat_7129	ciona_repeat
ID1	SINE
ID2	SINE/ID
ID3	SINE/ID
drr610	Waterman
MER41-int	LTR/ERV1 mer4 group  
ID4	SINE/ID
ID5	SINE/ID
drr611	Waterman
ID6	SINE/ID
drr612	Waterman
drr613	Waterman
16061	DNA
drr614	Waterman
drr615	Waterman
drr616	Waterman
DMORM2	DNA
drr617	Waterman
DMORM3	DNA
drr618	Waterman
drr619	Waterman
autorepeat_7130	ciona_repeat
DMORM6	DNA
autorepeat_7131	ciona_repeat
autorepeat_7132	ciona_repeat
autorepeat_7133	ciona_repeat
autorepeat_7134	ciona_repeat
autorepeat_7135	ciona_repeat
autorepeat_7136	ciona_repeat
autorepeat_7137	ciona_repeat
autorepeat_7138	ciona_repeat
autorepeat_7139	ciona_repeat
(CAACG)n	Simple_repeat
FB	DNA
gi|1196518|gb|L76160.1|MSQREP	DNA
ORR1A	LTR/MaLR
ORR1B	LTR/MaLR
ORR1C	LTR/MaLR
ORR1D	LTR/MaLR
gi|18087060|gb|AF387851.1|AF387851	DNA
drr620	Waterman
drr621	Waterman
drr622	Waterman
drr623	Waterman
G2	DNA
drr624	Waterman
G3	DNA
drr625	Waterman
drr626	Waterman
drr627	Waterman
drr628	Waterman
drr629	Waterman
autorepeat_7140	ciona_repeat
autorepeat_7141	ciona_repeat
autorepeat_7142	ciona_repeat
autorepeat_7143	ciona_repeat
autorepeat_7144	ciona_repeat
autorepeat_7145	ciona_repeat
autorepeat_7146	ciona_repeat
autorepeat_7147	ciona_repeat
autorepeat_7148	ciona_repeat
autorepeat_7149	ciona_repeat
ATCOPIA50_I	LTR/Copia
ATCOPIA97_LTR	LTR/Copia
L1MB4_5end	LINE/L1
BOV-A2	SINE/BovA  
L1P_orf2	LINE/L1
gi|16266046|gb|AF378002.1|AF378002	DNA
drr630	Waterman
drr631	Waterman
drr632	Waterman
drr633	Waterman
drr634	Waterman
drr635	Waterman
drr636	Waterman
drr637	Waterman
drr638	Waterman
drr639	Waterman
autorepeat_7150	ciona_repeat
autorepeat_7151	ciona_repeat
autorepeat_7152	ciona_repeat
autorepeat_7153	ciona_repeat
autorepeat_7154	ciona_repeat
autorepeat_7155	ciona_repeat
autorepeat_7156	ciona_repeat
autorepeat_7157	ciona_repeat
autorepeat_7158	ciona_repeat
autorepeat_7159	ciona_repeat
E_Q99S60	ensembl7538/trans	HYPOTHETICAL PROTEIN SAV2209.
135462	DNA
E_Q10256	ensembl63167/trans	HYPOTHETICAL PROTEIN C56F8.08 IN CHROMOSOME I.
gi|159621|gb|M35448.1|MSQRTR1A	DNA
drr640	Waterman
drr641	Waterman
drr642	Waterman
drr643	Waterman
drr644	Waterman
drr645	Waterman
autorepeat_6500	ciona_repeat
drr646	Waterman
autorepeat_6501	ciona_repeat
drr647	Waterman
autorepeat_6502	ciona_repeat
drr648	Waterman
autorepeat_6503	ciona_repeat
drr649	Waterman
autorepeat_6504	ciona_repeat
autorepeat_7160	ciona_repeat
autorepeat_6505	ciona_repeat
autorepeat_7161	ciona_repeat
autorepeat_6506	ciona_repeat
autorepeat_7162	ciona_repeat
BSRa	Satellite 
autorepeat_6507	ciona_repeat
autorepeat_7163	ciona_repeat
BSRb	Satellite
autorepeat_6508	ciona_repeat
autorepeat_7164	ciona_repeat
ATCOPIA77_I	LTR/Copia
autorepeat_6509	ciona_repeat
autorepeat_7165	ciona_repeat
autorepeat_7166	ciona_repeat
BSRd	Satellite
autorepeat_7167	ciona_repeat
autorepeat_7168	ciona_repeat
BSRf	Satellite
autorepeat_7169	ciona_repeat
gi|3095146|gb|AF054226.1|AF054226	DNA
drr650	Waterman
drr651	Waterman
drr652	Waterman
drr653	Waterman
drr654	Waterman
drr655	Waterman
autorepeat_6510	ciona_repeat
drr656	Waterman
autorepeat_6511	ciona_repeat
drr657	Waterman
autorepeat_6512	ciona_repeat
drr658	Waterman
autorepeat_6513	ciona_repeat
drr659	Waterman
autorepeat_6514	ciona_repeat
autorepeat_7170	ciona_repeat
autorepeat_6515	ciona_repeat
autorepeat_7171	ciona_repeat
autorepeat_6516	ciona_repeat
autorepeat_7172	ciona_repeat
autorepeat_6517	ciona_repeat
autorepeat_7173	ciona_repeat
SATI_RN	Satellite
autorepeat_6518	ciona_repeat
autorepeat_7174	ciona_repeat
autorepeat_6519	ciona_repeat
autorepeat_7175	ciona_repeat
autorepeat_7176	ciona_repeat
autorepeat_7177	ciona_repeat
autorepeat_7178	ciona_repeat
autorepeat_7179	ciona_repeat
drr660	Waterman
drr661	Waterman
E_Q18285	ensembl11668/trans	HYPOTHETICAL 36.6 KDA PROTEIN.
drr662	Waterman
drr663	Waterman
drr664	Waterman
drr665	Waterman
autorepeat_6520	ciona_repeat
drr666	Waterman
autorepeat_6521	ciona_repeat
drr667	Waterman
autorepeat_6522	ciona_repeat
drr668	Waterman
autorepeat_6523	ciona_repeat
drr669	Waterman
autorepeat_6524	ciona_repeat
autorepeat_7180	ciona_repeat
(CGCTA)n	Simple_repeat
autorepeat_6525	ciona_repeat
autorepeat_7181	ciona_repeat
ATMU6N1	DNA/MuDR
autorepeat_6526	ciona_repeat
autorepeat_7182	ciona_repeat
autorepeat_6527	ciona_repeat
autorepeat_7183	ciona_repeat
autorepeat_6528	ciona_repeat
autorepeat_7184	ciona_repeat
autorepeat_6529	ciona_repeat
autorepeat_7185	ciona_repeat
autorepeat_7186	ciona_repeat
autorepeat_7187	ciona_repeat
Tigger1	DNA/MER2_type   14% div (11.5% outside CpGs)
autorepeat_7188	ciona_repeat
Tigger2	DNA/MER2_type   14% div
autorepeat_7189	ciona_repeat
Tigger3	DNA/MER2_type (MER7)   15% div
Tigger4	DNA/MER2_type (MER46)  14% div
Tigger5	DNA/MER2_type (MER47)
Tigger7	DNA/MER2_type (MER44)
Tigger8	DNA/MER2_type 29%
ARNOLD1	DNA/MuDR
ARNOLD2	DNA/MuDR
ARNOLD3	DNA/MuDR
ARNOLD4	DNA/MuDR
ATCOPIA63LTR	LTR/Copia
drr670	Waterman
drr671	Waterman
drr672	Waterman
L1	LINE/L1
drr673	Waterman
L2	LINE/L2
drr674	Waterman
L3	LINE/CR1 30% div
drr675	Waterman
autorepeat_6530	ciona_repeat
drr676	Waterman
autorepeat_6531	ciona_repeat
drr677	Waterman
autorepeat_6532	ciona_repeat
drr678	Waterman
autorepeat_6533	ciona_repeat
drr679	Waterman
autorepeat_6534	ciona_repeat
autorepeat_7190	ciona_repeat
autorepeat_6535	ciona_repeat
autorepeat_7191	ciona_repeat
autorepeat_6536	ciona_repeat
autorepeat_7192	ciona_repeat
autorepeat_6537	ciona_repeat
autorepeat_7193	ciona_repeat
autorepeat_6538	ciona_repeat
autorepeat_7194	ciona_repeat
autorepeat_6539	ciona_repeat
autorepeat_7195	ciona_repeat
autorepeat_7196	ciona_repeat
autorepeat_7197	ciona_repeat
autorepeat_7198	ciona_repeat
autorepeat_7199	ciona_repeat
GSATX	Satellite/centromeric
U6atac	snRNA U62823.1 Human small nuclear RNA U6atac, partial sequence
GSAT_	Satellite/centromeric
78981	DNA
ATGP9BI	LTR/Gypsy
drr680	Waterman
drr681	Waterman
drr682	Waterman
drr683	Waterman
drr684	Waterman
drr685	Waterman
autorepeat_6540	ciona_repeat
drr686	Waterman
autorepeat_6541	ciona_repeat
drr687	Waterman
MER66-internal	LTR/MER4-group 
autorepeat_3200	ciona_repeat
autorepeat_6542	ciona_repeat
drr688	Waterman
autorepeat_3201	ciona_repeat
autorepeat_6543	ciona_repeat
TEKAY_ZM_LTR	LTR/Gypsy
drr689	Waterman
autorepeat_6544	ciona_repeat
autorepeat_3202	ciona_repeat
autorepeat_6545	ciona_repeat
autorepeat_3203	ciona_repeat
autorepeat_6546	ciona_repeat
autorepeat_3204	ciona_repeat
autorepeat_6547	ciona_repeat
autorepeat_3205	ciona_repeat
autorepeat_6548	ciona_repeat
E_O46185	ensembl12258/low_complexity	PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_3206	ciona_repeat
autorepeat_6549	ciona_repeat
autorepeat_3207	ciona_repeat
autorepeat_3208	ciona_repeat
ATCOPIA44_I	LTR/Copia
ATREP10A	DNA/Helitron
autorepeat_3209	ciona_repeat
ATREP10B	DNA/Helitron
ATCOPIA65ALTR	LTR/Copia
ATREP10C	DNA/Helitron
ATREP10D	DNA/Helitron
TC1L_SS	DNA/Salmon (Salmo salar)
HERVK3	LTR/ERVK  LTR3
drr690	Waterman
GYPSY2_LTR	LTR/Gypsy
drr691	Waterman
(CACCC)n	Simple_repeat
HERVK9	LTR/ERVK  MER9 LTRs 7% div
E_Q07995	ensembl12241/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE HOMOLOG PROTEIN.
drr692	Waterman
drr693	Waterman
drr694	Waterman
drr695	Waterman
autorepeat_6550	ciona_repeat
drr696	Waterman
autorepeat_6551	ciona_repeat
drr697	Waterman
autorepeat_3210	ciona_repeat
autorepeat_6552	ciona_repeat
drr698	Waterman
Lx	LINE/L1
autorepeat_6553	ciona_repeat
drr699	Waterman
autorepeat_3211	ciona_repeat
autorepeat_6554	ciona_repeat
autorepeat_3212	ciona_repeat
autorepeat_6555	ciona_repeat
autorepeat_3213	ciona_repeat
autorepeat_6556	ciona_repeat
autorepeat_3214	ciona_repeat
autorepeat_6557	ciona_repeat
autorepeat_3215	ciona_repeat
autorepeat_6558	ciona_repeat
autorepeat_3216	ciona_repeat
autorepeat_6559	ciona_repeat
autorepeat_3217	ciona_repeat
autorepeat_3218	ciona_repeat
autorepeat_3219	ciona_repeat
ATREP11A	DNA/Helitron
E_Q23379	ensembl1836/trans	HYPOTHETICAL 28.1 KDA PROTEIN.
ARTSINE1A	SINE 
ARTSINE1B	SINE
ARTSINE1C	SINE 
autorepeat_100	ciona_repeat
autorepeat_101	ciona_repeat
autorepeat_102	ciona_repeat
autorepeat_103	ciona_repeat
autorepeat_104	ciona_repeat
autorepeat_105	ciona_repeat
autorepeat_106	ciona_repeat
autorepeat_107	ciona_repeat
autorepeat_5900	ciona_repeat
autorepeat_108	ciona_repeat
autorepeat_5901	ciona_repeat
autorepeat_109	ciona_repeat
autorepeat_5902	ciona_repeat
autorepeat_5903	ciona_repeat
autorepeat_5904	ciona_repeat
autorepeat_6560	ciona_repeat
autorepeat_5905	ciona_repeat
autorepeat_6561	ciona_repeat
autorepeat_5906	ciona_repeat
autorepeat_6562	ciona_repeat
18S_ribosomal_RNA_gene	ciona_repeat
autorepeat_3220	ciona_repeat
autorepeat_5907	ciona_repeat
autorepeat_6563	ciona_repeat
INVADER1_I	LTR/Gypsy
autorepeat_3221	ciona_repeat
autorepeat_5908	ciona_repeat
autorepeat_6564	ciona_repeat
autorepeat_3222	ciona_repeat
autorepeat_5909	ciona_repeat
autorepeat_6565	ciona_repeat
autorepeat_3223	ciona_repeat
autorepeat_6566	ciona_repeat
autorepeat_3224	ciona_repeat
autorepeat_6567	ciona_repeat
autorepeat_3225	ciona_repeat
autorepeat_6568	ciona_repeat
autorepeat_3226	ciona_repeat
autorepeat_6569	ciona_repeat
autorepeat_3227	ciona_repeat
autorepeat_3228	ciona_repeat
autorepeat_3229	ciona_repeat
autorepeat_110	ciona_repeat
autorepeat_111	ciona_repeat
autorepeat_112	ciona_repeat
autorepeat_113	ciona_repeat
autorepeat_114	ciona_repeat
autorepeat_115	ciona_repeat
autorepeat_116	ciona_repeat
autorepeat_117	ciona_repeat
autorepeat_5910	ciona_repeat
DM14G7VR	DNA
37905..51019	DNA
autorepeat_118	ciona_repeat
autorepeat_5911	ciona_repeat
autorepeat_119	ciona_repeat
autorepeat_5912	ciona_repeat
GRTE9	SINE/Tortoise (Geoclemys reevessi)
autorepeat_5913	ciona_repeat
E_O45287	ensembl51717/low_complexity	C31C9.5 PROTEIN.
autorepeat_5914	ciona_repeat
autorepeat_6570	ciona_repeat
MICROPIA_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_6571	ciona_repeat
autorepeat_5916	ciona_repeat
autorepeat_6572	ciona_repeat
autorepeat_3230	ciona_repeat
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autorepeat_3238	ciona_repeat
Hu-U45a	snoRNA Human U45a gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321851|emb|X96644.1|HSA5ASN
autorepeat_3239	ciona_repeat
Hu-U45b	snoRNA Human U45b gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321852|emb|X96645.1|HSA5BSN
DMTNFB	DNA
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autorepeat_122	ciona_repeat
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autorepeat_5927	ciona_repeat
autorepeat_6583	ciona_repeat
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autorepeat_3245	ciona_repeat
autorepeat_6588	ciona_repeat
autorepeat_3246	ciona_repeat
autorepeat_6589	ciona_repeat
autorepeat_3247	ciona_repeat
AluYa5a2	SINE/Alu
autorepeat_3248	ciona_repeat
autorepeat_3249	ciona_repeat
127675	DNA
(CGGAG)n	Simple_repeat
E_P03355	ensembl19188/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)].
autorepeat_130	ciona_repeat
autorepeat_131	ciona_repeat
autorepeat_132	ciona_repeat
autorepeat_133	ciona_repeat
autorepeat_134	ciona_repeat
autorepeat_135	ciona_repeat
TV1LTR	LTR/Gypsy  LTR from TV1 retrotransposon.
autorepeat_136	ciona_repeat
autorepeat_137	ciona_repeat
autorepeat_5930	ciona_repeat
autorepeat_138	ciona_repeat
autorepeat_5931	ciona_repeat
autorepeat_139	ciona_repeat
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autorepeat_5933	ciona_repeat
autorepeat_5934	ciona_repeat
autorepeat_6590	ciona_repeat
Contig500	WI_ciona_repeat
autorepeat_5935	ciona_repeat
autorepeat_6591	ciona_repeat
Contig501	WI_ciona_repeat
autorepeat_5936	ciona_repeat
autorepeat_6592	ciona_repeat
Contig502	WI_ciona_repeat
autorepeat_3250	ciona_repeat
autorepeat_5937	ciona_repeat
autorepeat_6593	ciona_repeat
Contig503	WI_ciona_repeat
autorepeat_3251	ciona_repeat
autorepeat_5938	ciona_repeat
autorepeat_6594	ciona_repeat
Contig504	WI_ciona_repeat
autorepeat_3252	ciona_repeat
autorepeat_5939	ciona_repeat
autorepeat_6595	ciona_repeat
Contig505	WI_ciona_repeat
autorepeat_3253	ciona_repeat
autorepeat_6596	ciona_repeat
gi|6671103:290-410,	DNA
Contig506	WI_ciona_repeat
autorepeat_3254	ciona_repeat
autorepeat_6597	ciona_repeat
autorepeat_3255	ciona_repeat
autorepeat_6598	ciona_repeat
Contig507	WI_ciona_repeat
autorepeat_3256	ciona_repeat
autorepeat_6599	ciona_repeat
Contig508	WI_ciona_repeat
autorepeat_3257	ciona_repeat
Contig509	WI_ciona_repeat
autorepeat_3258	ciona_repeat
autorepeat_3259	ciona_repeat
154253..4768	DNA
BC1_MM	SINE/ID (becomes scRNA in annotation)
autorepeat_140	ciona_repeat
autorepeat_141	ciona_repeat
LTR25-int	LTR/ERV1 mer4 group
autorepeat_142	ciona_repeat
E_Q9SK60	ensembl21178/trans	PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN.
(CATGC)n	Simple_repeat
autorepeat_143	ciona_repeat
autorepeat_144	ciona_repeat
autorepeat_145	ciona_repeat
autorepeat_146	ciona_repeat
autorepeat_147	ciona_repeat
autorepeat_5940	ciona_repeat
autorepeat_148	ciona_repeat
autorepeat_5941	ciona_repeat
autorepeat_149	ciona_repeat
autorepeat_5942	ciona_repeat
S2	DNA
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autorepeat_5943	ciona_repeat
autorepeat_2601	ciona_repeat
autorepeat_5944	ciona_repeat
GRANDE1_ZD_I	LTR/Gypsy
Contig510	WI_ciona_repeat
autorepeat_2602	ciona_repeat
autorepeat_5945	ciona_repeat
Contig511	WI_ciona_repeat
autorepeat_2603	ciona_repeat
autorepeat_5946	ciona_repeat
Contig512	WI_ciona_repeat
autorepeat_2604	ciona_repeat
autorepeat_3260	ciona_repeat
autorepeat_5947	ciona_repeat
F_Prefect_a	DNA/Tip100  12jul2001
Contig513	WI_ciona_repeat
autorepeat_2605	ciona_repeat
autorepeat_3261	ciona_repeat
autorepeat_5948	ciona_repeat
Contig514	WI_ciona_repeat
autorepeat_2606	ciona_repeat
autorepeat_3262	ciona_repeat
autorepeat_5949	ciona_repeat
Contig515	WI_ciona_repeat
autorepeat_2607	ciona_repeat
autorepeat_3263	ciona_repeat
ATCOPIA38_I	LTR/Copia
autorepeat_2608	ciona_repeat
autorepeat_3264	ciona_repeat
Contig516	WI_ciona_repeat
autorepeat_2609	ciona_repeat
autorepeat_3265	ciona_repeat
Contig517	WI_ciona_repeat
autorepeat_3266	ciona_repeat
Contig518	WI_ciona_repeat
autorepeat_3267	ciona_repeat
Contig519	WI_ciona_repeat
autorepeat_3268	ciona_repeat
autorepeat_3269	ciona_repeat
IVK_DM	LINE/Jockey
113814,53219	DNA
autorepeat_150	ciona_repeat
autorepeat_151	ciona_repeat
autorepeat_152	ciona_repeat
autorepeat_153	ciona_repeat
autorepeat_154	ciona_repeat
IR4	DNA
autorepeat_155	ciona_repeat
autorepeat_156	ciona_repeat
autorepeat_157	ciona_repeat
autorepeat_5950	ciona_repeat
autorepeat_158	ciona_repeat
autorepeat_5951	ciona_repeat
autorepeat_159	ciona_repeat
autorepeat_5952	ciona_repeat
autorepeat_2610	ciona_repeat
autorepeat_5953	ciona_repeat
autorepeat_2611	ciona_repeat
autorepeat_5954	ciona_repeat
Contig520	WI_ciona_repeat
autorepeat_2612	ciona_repeat
autorepeat_5955	ciona_repeat
Charlie12_GGa	DNA/MER1 Nonautonomous element with a ~1700 bp deletion at pos 233. About 80% identical at DNA level to Charlie12 in human genome. 16% subst level.
Contig521	WI_ciona_repeat
autorepeat_2613	ciona_repeat
autorepeat_5956	ciona_repeat
Contig522	WI_ciona_repeat
autorepeat_2614	ciona_repeat
autorepeat_3270	ciona_repeat
autorepeat_5957	ciona_repeat
CEREP1A	DNA/HAT
Contig523	WI_ciona_repeat
autorepeat_2615	ciona_repeat
autorepeat_3271	ciona_repeat
autorepeat_5958	ciona_repeat
Contig524	WI_ciona_repeat
autorepeat_2616	ciona_repeat
autorepeat_3272	ciona_repeat
autorepeat_5959	ciona_repeat
autorepeat_2617	ciona_repeat
autorepeat_3273	ciona_repeat
Contig525	WI_ciona_repeat
autorepeat_2618	ciona_repeat
autorepeat_3274	ciona_repeat
Contig526	WI_ciona_repeat
autorepeat_2619	ciona_repeat
autorepeat_3275	ciona_repeat
Contig527	WI_ciona_repeat
autorepeat_3276	ciona_repeat
Contig528	WI_ciona_repeat
autorepeat_3277	ciona_repeat
Contig529	WI_ciona_repeat
autorepeat_3278	ciona_repeat
autorepeat_3279	ciona_repeat
DM14G7PRL	DNA
RC14	DNA
DM14G7PRU	DNA
autorepeat_160	ciona_repeat
autorepeat_161	ciona_repeat
autorepeat_162	ciona_repeat
autorepeat_163	ciona_repeat
MER41A	LTR/ERV1 mer4 group  young
autorepeat_164	ciona_repeat
MER41B	LTR/ERV1 mer4 group 9-10% 
autorepeat_165	ciona_repeat
MER41C	LTR/ERV1 mer4 group PRIMA41 LTR  9% div incl CGs
autorepeat_166	ciona_repeat
MER41D	LTR/ERV1 mer4 group 14%
autorepeat_167	ciona_repeat
autorepeat_5960	ciona_repeat
MER41E	LTR/ERV1 mer4 group 13%
autorepeat_168	ciona_repeat
autorepeat_5961	ciona_repeat
U1	snRNA
autorepeat_169	ciona_repeat
autorepeat_5962	ciona_repeat
MER41F	LTR/ERV1
U2	snRNA
autorepeat_2620	ciona_repeat
autorepeat_5963	ciona_repeat
MER41G	LTR/ERV1
Su	DNA
U3	snRNA
autorepeat_2621	ciona_repeat
autorepeat_5964	ciona_repeat
U4	snRNA
Contig530	WI_ciona_repeat
autorepeat_2622	ciona_repeat
autorepeat_5965	ciona_repeat
U5	snRNA
Contig531	WI_ciona_repeat
autorepeat_2623	ciona_repeat
autorepeat_5966	ciona_repeat
E_Q9FL83	ensembl31136/trans	NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN.
U6	snRNA
Contig532	WI_ciona_repeat
autorepeat_2624	ciona_repeat
autorepeat_3280	ciona_repeat
autorepeat_5967	ciona_repeat
CEREP2A	Unknown
U7	snRNA
Contig533	WI_ciona_repeat
autorepeat_2625	ciona_repeat
autorepeat_3281	ciona_repeat
autorepeat_5968	ciona_repeat
U8	snRNA
autorepeat_2626	ciona_repeat
autorepeat_3282	ciona_repeat
autorepeat_5969	ciona_repeat
Contig534	WI_ciona_repeat
autorepeat_2627	ciona_repeat
autorepeat_3283	ciona_repeat
Contig535	WI_ciona_repeat
autorepeat_2628	ciona_repeat
autorepeat_3284	ciona_repeat
Contig536	WI_ciona_repeat
autorepeat_2629	ciona_repeat
autorepeat_3285	ciona_repeat
Contig537	WI_ciona_repeat
autorepeat_3286	ciona_repeat
Contig538	WI_ciona_repeat
autorepeat_3287	ciona_repeat
gi|6671106:2786-4707,	DNA
Contig539	WI_ciona_repeat
autorepeat_3288	ciona_repeat
autorepeat_3289	ciona_repeat
tRNA-Gln-CAA	tRNA
ATCOPIA48LTR	LTR/Copia
TTO1_NT	LTR/Rice (1338AA), complete cds.
DMPOGOR11	DNA
tRNA-Gln-CAG	tRNA
autorepeat_170	ciona_repeat
autorepeat_171	ciona_repeat
autorepeat_172	ciona_repeat
autorepeat_173	ciona_repeat
autorepeat_174	ciona_repeat
autorepeat_175	ciona_repeat
autorepeat_176	ciona_repeat
autorepeat_177	ciona_repeat
autorepeat_5970	ciona_repeat
autorepeat_178	ciona_repeat
autorepeat_5971	ciona_repeat
autorepeat_179	ciona_repeat
autorepeat_5972	ciona_repeat
autorepeat_2630	ciona_repeat
autorepeat_5973	ciona_repeat
autorepeat_2631	ciona_repeat
autorepeat_5974	ciona_repeat
Contig540	WI_ciona_repeat
autorepeat_2632	ciona_repeat
autorepeat_5975	ciona_repeat
Contig541	WI_ciona_repeat
autorepeat_2633	ciona_repeat
autorepeat_5976	ciona_repeat
Contig542	WI_ciona_repeat
autorepeat_2634	ciona_repeat
autorepeat_3290	ciona_repeat
autorepeat_5977	ciona_repeat
autorepeat_2635	ciona_repeat
autorepeat_3291	ciona_repeat
autorepeat_5978	ciona_repeat
Contig543	WI_ciona_repeat
autorepeat_2636	ciona_repeat
autorepeat_3292	ciona_repeat
autorepeat_5979	ciona_repeat
Contig544	WI_ciona_repeat
autorepeat_2637	ciona_repeat
autorepeat_3293	ciona_repeat
Contig545	WI_ciona_repeat
autorepeat_2638	ciona_repeat
autorepeat_3294	ciona_repeat
Contig546	WI_ciona_repeat
autorepeat_2639	ciona_repeat
autorepeat_3295	ciona_repeat
Contig547	WI_ciona_repeat
autorepeat_3296	ciona_repeat
Contig548	WI_ciona_repeat
autorepeat_3297	ciona_repeat
Contig549	WI_ciona_repeat
autorepeat_3298	ciona_repeat
autorepeat_3299	ciona_repeat
HARBINGER1_DR	DNA
RC35	Satellite
autorepeat_180	ciona_repeat
autorepeat_181	ciona_repeat
autorepeat_182	ciona_repeat
autorepeat_183	ciona_repeat
autorepeat_184	ciona_repeat
autorepeat_185	ciona_repeat
autorepeat_186	ciona_repeat
autorepeat_187	ciona_repeat
autorepeat_5980	ciona_repeat
autorepeat_188	ciona_repeat
autorepeat_5981	ciona_repeat
autorepeat_189	ciona_repeat
autorepeat_5982	ciona_repeat
autorepeat_2640	ciona_repeat
autorepeat_5983	ciona_repeat
ATCOPIA35_LTR	LTR/Copia
autorepeat_2641	ciona_repeat
autorepeat_5984	ciona_repeat
Contig550	WI_ciona_repeat
autorepeat_2642	ciona_repeat
autorepeat_5985	ciona_repeat
Contig551	WI_ciona_repeat
autorepeat_2643	ciona_repeat
autorepeat_5986	ciona_repeat
EXPANDER1_DR	N
autorepeat_2644	ciona_repeat
autorepeat_5987	ciona_repeat
SushiiDR1_LTR	LTR/Gypsy
Contig552	WI_ciona_repeat
autorepeat_2645	ciona_repeat
autorepeat_5988	ciona_repeat
Contig553	WI_ciona_repeat
autorepeat_2646	ciona_repeat
autorepeat_5989	ciona_repeat
Contig554	WI_ciona_repeat
autorepeat_2647	ciona_repeat
Contig555	WI_ciona_repeat
autorepeat_2648	ciona_repeat
Contig556	WI_ciona_repeat
autorepeat_2649	ciona_repeat
Contig557	WI_ciona_repeat
Contig558	WI_ciona_repeat
Contig559	WI_ciona_repeat
ETnERV	LTR/ERVK
autorepeat_190	ciona_repeat
autorepeat_191	ciona_repeat
autorepeat_192	ciona_repeat
autorepeat_193	ciona_repeat
MER44A	DNA/MER2_type  16%
autorepeat_194	ciona_repeat
MER44B	DNA/MER2_type    16%
autorepeat_195	ciona_repeat
MER44C	DNA/MER2_type  16%
autorepeat_196	ciona_repeat
HATN5_DR	DNA
MER44D	DNA/MER2_type  15% (MER44B in repbase)
autorepeat_197	ciona_repeat
autorepeat_5990	ciona_repeat
autorepeat_198	ciona_repeat
autorepeat_5991	ciona_repeat
autorepeat_199	ciona_repeat
autorepeat_5992	ciona_repeat
tRNA-Met	tRNA
autorepeat_2650	ciona_repeat
autorepeat_5993	ciona_repeat
autorepeat_2651	ciona_repeat
autorepeat_5994	ciona_repeat
CELE12A	DNA/Pogo
Contig560	WI_ciona_repeat
autorepeat_2652	ciona_repeat
autorepeat_5995	ciona_repeat
CR1-1_DR	LINE/L2
CELE12B	DNA/Pogo
autorepeat_2653	ciona_repeat
autorepeat_5996	ciona_repeat
Contig561	WI_ciona_repeat
autorepeat_2654	ciona_repeat
autorepeat_5997	ciona_repeat
E_O18577	ensembl62542/trans	MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT).
Contig562	WI_ciona_repeat
autorepeat_2655	ciona_repeat
autorepeat_5998	ciona_repeat
Contig563	WI_ciona_repeat
autorepeat_2656	ciona_repeat
autorepeat_5999	ciona_repeat
Contig564	WI_ciona_repeat
autorepeat_2657	ciona_repeat
Contig565	WI_ciona_repeat
autorepeat_2658	ciona_repeat
Contig566	WI_ciona_repeat
autorepeat_2659	ciona_repeat
Contig567	WI_ciona_repeat
Contig568	WI_ciona_repeat
Contig569	WI_ciona_repeat
CATCH2LTR_DR	LTR
IVK	DNA
gi|1480673|gb|U60875.1|AAU60875	DNA
L1-7_DR	LINE/L1
MER45A	DNA/AcHobo  22% div
MER45B	DNA/AcHobo  22% div 
MER45C	DNA/AcHobo  22% div
Dong_FR	LINE/Dong-R4 These are site specific LINEs in other organisms. Very young (ave 6%, but some < 1% diverged). First Dong-R4 type LINE in vertebrates, as far as I know.
autorepeat_2660	ciona_repeat
autorepeat_2661	ciona_repeat
autorepeat_2662	ciona_repeat
ATCOPIA82LTR	LTR/Copia
Contig570	WI_ciona_repeat
autorepeat_2663	ciona_repeat
Contig571	WI_ciona_repeat
autorepeat_2664	ciona_repeat
Contig572	WI_ciona_repeat
autorepeat_2665	ciona_repeat
Contig573	WI_ciona_repeat
autorepeat_2666	ciona_repeat
Contig574	WI_ciona_repeat
autorepeat_2667	ciona_repeat
Contig575	WI_ciona_repeat
autorepeat_2668	ciona_repeat
Contig576	WI_ciona_repeat
autorepeat_2669	ciona_repeat
Contig577	WI_ciona_repeat
MER45R	DNA/AcHobo
Contig578	WI_ciona_repeat
Contig579	WI_ciona_repeat
ROO_I	LTR/PAO
E_Q963Y9	ensembl39856/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
162380..161838	DNA
MER46C	DNA/MER2_type (Zombi_c)   14% div
139093..165245	DNA
TC1_DM	DNA/Tc1
autorepeat_2670	ciona_repeat
autorepeat_2671	ciona_repeat
autorepeat_2672	ciona_repeat
Contig580	WI_ciona_repeat
autorepeat_2673	ciona_repeat
CELE14B	DNA
Contig581	WI_ciona_repeat
autorepeat_2674	ciona_repeat
Contig582	WI_ciona_repeat
autorepeat_2675	ciona_repeat
Contig583	WI_ciona_repeat
autorepeat_2676	ciona_repeat
Contig584	WI_ciona_repeat
autorepeat_2677	ciona_repeat
Contig585	WI_ciona_repeat
autorepeat_2678	ciona_repeat
Contig586	WI_ciona_repeat
autorepeat_2679	ciona_repeat
Contig587	WI_ciona_repeat
Contig588	WI_ciona_repeat
Contig589	WI_ciona_repeat
DGYSAT1	Satellite  D.gymnobasis satellite repeat.
(CAATA)n	Simple_repeat
139416	DNA
MER47A	DNA/MER2_type  (Tigger5)  17%
MER47B	DNA/MER2_type (Tigger5)
E_Q95T57	ensembl41098/low_complexity	GH20809P.
autorepeat_2680	ciona_repeat
autorepeat_2681	ciona_repeat
ATHILA4_I	LTR/Gypsy
autorepeat_2682	ciona_repeat
Contig590	WI_ciona_repeat
autorepeat_2683	ciona_repeat
RIRE8B_OS_I	LTR/Gypsy
Contig591	WI_ciona_repeat
autorepeat_2684	ciona_repeat
Contig592	WI_ciona_repeat
autorepeat_2685	ciona_repeat
Contig593	WI_ciona_repeat
autorepeat_2686	ciona_repeat
Contig594	WI_ciona_repeat
autorepeat_2687	ciona_repeat
Contig595	WI_ciona_repeat
autorepeat_2688	ciona_repeat
Contig596	WI_ciona_repeat
autorepeat_2689	ciona_repeat
Contig597	WI_ciona_repeat
Contig598	WI_ciona_repeat
Contig599	WI_ciona_repeat
ATCOPIA27_LTR	LTR/Copia
E_P34472	ensembl9098/trans	HYPOTHETICAL 136.3 KDA PROTEIN F58A4.5 IN CHROMOSOME III.
autorepeat_2690	ciona_repeat
autorepeat_2691	ciona_repeat
autorepeat_2692	ciona_repeat
autorepeat_2693	ciona_repeat
L1MDa_5end	LINE/L1
autorepeat_2694	ciona_repeat
autorepeat_2695	ciona_repeat
(CGAAT)n	Simple_repeat
autorepeat_2696	ciona_repeat
autorepeat_2697	ciona_repeat
autorepeat_2698	ciona_repeat
autorepeat_2699	ciona_repeat
MLT1F-int	LTR/MaLR
gi|3095144|gb|AF054225.1|AF054225	DNA
Dr000001	Recon
Dr000002	Recon
Dr000003	Recon
Dr000004	Recon
SRP_RNA	miscRNA X04248.1 HS7SLRNA 1-99=ALU-like, 226-299=ALU-like use -lcmask option to mask lowercase
Dr000005	Recon
Dr000006	Recon
Dr000007	Recon
Dr000008	Recon
Dr000009	Recon
ATCOPIA1I	LTR/Copia 
ATCLUST1	Satellite
Dr000010	Recon
Dr000011	Recon
Dr000012	Recon
(CAAGG)n	Simple_repeat
Dr000013	Recon
Dr000014	Recon
Dr000015	Recon
Dr000016	Recon
Dr000017	Recon
Dr000018	Recon
(CAGTC)n	Simple_repeat
Dr000019	Recon
ATCOPIA2I	LTR/Copia 
ATCOPIA14LTR	LTR/Copia 
TIR9TA1B_CE	DNA/HAT
MER83A-int	LTR/ERV1 mer4 group
(CCCA)n	Simple_repeat
197907,71411,9154	DNA
gi|11612467|gb|AF294480.1|AF294480	DNA
Dr000020	Recon
Dr000021	Recon
Dr000022	Recon
Dr000023	Recon
ATCOPIA90_I	LTR/Copia
Dr000024	Recon
36965..2809	DNA
Dr000025	Recon
Dr000026	Recon
E_Q63288	ensembl10113/trans	L1 RETROPOSON, ORF2 MRNA (FRAGMENT).
Dr000027	Recon
Dr000028	Recon
Dr000029	Recon
E_Q9P969	ensembl16822/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
ATCOPIA3I	LTR/Copia 
Dr000030	Recon
Dr000031	Recon
MER84-int	LTR/ERV1 mer4 group
Dr000032	Recon
Dr000033	Recon
Dr000034	Recon
Hu-U39_U55	snoRNA Human U39 gmeth c/d snoRNA intron 1 ribosomal protein S8 gi|1770522|emb|Z69626.1|HSSNO39HU
Dr000035	Recon
Dr000036	Recon
ATGP2LTR1	LTR/Gypsy 
Dr000037	Recon
Dr000038	Recon
Dr000039	Recon
ATCOPIA4I	LTR/Copia 
BATUMI_I	LTR/PAO
Dr000040	Recon
Dr000041	Recon
Dr000042	Recon
Dr000043	Recon
Dr000044	Recon
Dr000045	Recon
Dr000046	Recon
Dr000047	Recon
Dr000048	Recon
Dr000049	Recon
ATCOPIA5I	LTR/Copia 
ONSAT	Satellite/Cichlid (Oreochromis niloticus)
gi|11612464|gb|AF294477.1|AF294477	DNA
Dr000050	Recon
Dr000051	Recon
Dr000052	Recon
BARE1IS_HV	LTR GI:4512250
Dr000053	Recon
Dr000054	Recon
Dr000055	Recon
Dr000056	Recon
Dr000057	Recon
Dr000058	Recon
Dr000059	Recon
gi|6671105:146-665,	DNA
113397..197761	DNA
ATCOPIA6I	LTR/Copia 
Dr000060	Recon
Dr000061	Recon
Dr000062	Recon
Dr000063	Recon
Dr000064	Recon
Dr000065	Recon
Dr000066	Recon
Dr000067	Recon
Dr000068	Recon
Dr000069	Recon
ATCOPIA67LTR	LTR/Copia
ATCOPIA7I	LTR/Copia 
Chaplin1_FR	DNA/MER1  GTCTAGAN duplication sites like MER1 group, match to Charlie5 & 8 over translated bp 300-720 region
Dr000070	Recon
Dr000071	Recon
Dr000072	Recon
Dr000073	Recon
Dr000074	Recon
Dr000075	Recon
Dr000076	Recon
Dr000077	Recon
Dr000078	Recon
Dr000079	Recon
TIGGU2	DNA/Tigger TA duplication; high protein similarity (~70%) to Tigger3 and other Tiggers in human genome. 5% kimura
autorepeat_7200	ciona_repeat
autorepeat_7201	ciona_repeat
autorepeat_7202	ciona_repeat
E_Q90246	ensembl17088/trans	BATTRACHOCOTTUS BAIKALENSIS ORF1 AND ORF2 GENES.
autorepeat_7203	ciona_repeat
autorepeat_7204	ciona_repeat
MER76-int	LTR/ERVL
autorepeat_7205	ciona_repeat
autorepeat_7206	ciona_repeat
MER4A1	LTR/ERV1 11%
MER4A2	LTR/MER4-group
autorepeat_7207	ciona_repeat
RCA1	Satellite
autorepeat_7208	ciona_repeat
ATCOPIA84_I	LTR/Copia
Dr000080	Recon
autorepeat_7209	ciona_repeat
Dr000081	Recon
Dr000082	Recon
Dr000083	Recon
Dr000084	Recon
MUDRN1_OS	DNA/MuDR
Dr000085	Recon
Dr000086	Recon
Dr000087	Recon
FERV-R1_LTR	LTR/ERV1
Dr000088	Recon
Dr000089	Recon
E_Q9SKI8	ensembl8966/trans	PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN.
SINEC_Cf2	SINE/Lys  9% (
E_Q9AKZ8	ensembl4154/trans	PUTATIVE TRANSPOSASE.
NPAL0A_CE	DNA
ATCOPIA9I	LTR/Copia 
(CACGC)n	Simple_repeat
Gln.CTG	tRNA 
autorepeat_7210	ciona_repeat
20022	DNA
autorepeat_7211	ciona_repeat
autorepeat_7212	ciona_repeat
RETROSOR1_SB_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_7213	ciona_repeat
autorepeat_7214	ciona_repeat
autorepeat_7215	ciona_repeat
autorepeat_7216	ciona_repeat
autorepeat_7217	ciona_repeat
Kopi2_LTR	LTR/Copia
autorepeat_7218	ciona_repeat
Dr000090	Recon
autorepeat_7219	ciona_repeat
Dr000091	Recon
Dr000092	Recon
Dr000093	Recon
Dr000094	Recon
Dr000095	Recon
Dr000096	Recon
Dr000097	Recon
(CAAAA)n	Simple_repeat
Dr000098	Recon
Dr000099	Recon
(CCGGA)n	Simple_repeat
DM06920	DNA
drr700	Waterman
drr701	Waterman
drr702	Waterman
drr703	Waterman
drr704	Waterman
drr705	Waterman
drr706	Waterman
drr707	Waterman
drr708	Waterman
drr709	Waterman
autorepeat_7220	ciona_repeat
autorepeat_7221	ciona_repeat
autorepeat_7222	ciona_repeat
autorepeat_7223	ciona_repeat
autorepeat_7224	ciona_repeat
autorepeat_7225	ciona_repeat
autorepeat_7226	ciona_repeat
autorepeat_7227	ciona_repeat
autorepeat_7228	ciona_repeat
autorepeat_7229	ciona_repeat
RCC9	Satellite
E_Q9HQ43	ensembl54099/trans	VNG1339C.
drr710	Waterman
drr711	Waterman
E_Q963Y2	ensembl7719/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr712	Waterman
drr713	Waterman
drr714	Waterman
drr715	Waterman
drr716	Waterman
drr717	Waterman
drr718	Waterman
drr719	Waterman
autorepeat_7230	ciona_repeat
autorepeat_7231	ciona_repeat
autorepeat_7232	ciona_repeat
autorepeat_7233	ciona_repeat
autorepeat_7234	ciona_repeat
autorepeat_7235	ciona_repeat
autorepeat_7236	ciona_repeat
MER4D1	LTR/ERV1
autorepeat_7237	ciona_repeat
RCD1	Satellite
autorepeat_7238	ciona_repeat
autorepeat_7239	ciona_repeat
Lys.CTT	tRNA 
DrDIRS1	LTR/DIRS1 7% subst, several realted subs (no LTRs but TIRs instead)
drr720	Waterman
drr721	Waterman
drr722	Waterman
drr723	Waterman
drr724	Waterman
drr725	Waterman
drr726	Waterman
drr727	Waterman
drr728	Waterman
drr729	Waterman
autorepeat_7240	ciona_repeat
autorepeat_7241	ciona_repeat
autorepeat_7242	ciona_repeat
autorepeat_7243	ciona_repeat
autorepeat_7244	ciona_repeat
autorepeat_7245	ciona_repeat
STONOR_I	LTR/Maize copia
autorepeat_7246	ciona_repeat
MER4E1	LTR/ERV1 8%
autorepeat_7247	ciona_repeat
autorepeat_7248	ciona_repeat
autorepeat_7249	ciona_repeat
ATCOPIA51_I	LTR/Copia
MARINER_DMA	DNA/Tc1  D.mauritiana transposable element mariner, complete cds.
(CAGAC)n	Simple_repeat
E_P03934	ensembl11591/trans	TRANSPOSABLE ELEMENT TC1 TRANSPOSASE.
MER61-internal	LTR/MER4-group  
drr730	Waterman
drr731	Waterman
drr732	Waterman
drr733	Waterman
TEKAY_I	LTR/Gypsy Arabidopsis Internal part of gypsy/Ty3-type retrotransposon Tekay.
drr734	Waterman
drr735	Waterman
drr736	Waterman
drr737	Waterman
MER68-int	LTR/ERVL  first 230 bp and MER68 LTRs are ERV1ish
drr738	Waterman
drr739	Waterman
autorepeat_7250	ciona_repeat
TC1_SS	DNA/Tc1
autorepeat_7251	ciona_repeat
E_O44313	ensembl13488/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_7252	ciona_repeat
autorepeat_7253	ciona_repeat
autorepeat_7254	ciona_repeat
autorepeat_7255	ciona_repeat
autorepeat_7256	ciona_repeat
autorepeat_7257	ciona_repeat
autorepeat_7258	ciona_repeat
autorepeat_7259	ciona_repeat
E_Q9BLI4	ensembl21864/trans	TRAS4 PROTEIN (FRAGMENT).
TC1_TF	DNA/Salmon (Salmo salar)
LTRCER1	LTR/Gypsy
drr740	Waterman
drr741	Waterman
drr742	Waterman
L1M1_5end	LINE/L1
ACROBAT1	DNA
drr743	Waterman
drr744	Waterman
drr745	Waterman
autorepeat_6600	ciona_repeat
drr746	Waterman
autorepeat_6601	ciona_repeat
drr747	Waterman
autorepeat_6602	ciona_repeat
drr748	Waterman
autorepeat_6603	ciona_repeat
drr749	Waterman
autorepeat_6604	ciona_repeat
autorepeat_7260	ciona_repeat
autorepeat_6605	ciona_repeat
autorepeat_7261	ciona_repeat
ORR1A-INT	LTR/MaLR
autorepeat_6606	ciona_repeat
autorepeat_7262	ciona_repeat
autorepeat_6607	ciona_repeat
autorepeat_7263	ciona_repeat
autorepeat_6608	ciona_repeat
autorepeat_7264	ciona_repeat
ATCOPIA78_I	LTR/Copia
DMU89994	DNA
autorepeat_6609	ciona_repeat
autorepeat_7265	ciona_repeat
autorepeat_7266	ciona_repeat
autorepeat_7267	ciona_repeat
autorepeat_7268	ciona_repeat
autorepeat_7269	ciona_repeat
E_O97916	ensembl75213/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE.
drr750	Waterman
drr751	Waterman
drr752	Waterman
drr753	Waterman
E_Q963W8	ensembl45109/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr754	Waterman
drr755	Waterman
autorepeat_6610	ciona_repeat
drr756	Waterman
autorepeat_6611	ciona_repeat
drr757	Waterman
autorepeat_6612	ciona_repeat
drr758	Waterman
autorepeat_6613	ciona_repeat
drr759	Waterman
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autorepeat_7270	ciona_repeat
autorepeat_6615	ciona_repeat
autorepeat_7271	ciona_repeat
autorepeat_6616	ciona_repeat
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autorepeat_7275	ciona_repeat
autorepeat_7276	ciona_repeat
autorepeat_7277	ciona_repeat
autorepeat_7278	ciona_repeat
E_O46180	ensembl105263/low_complexity	NON-LTR RETROTRANSPOSON REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_7279	ciona_repeat
FUGUREP4a	Unknown 18% kimura, > 500 copies in genome (REP4a & b)
FUGUREP4b	Unknown
drr760	Waterman
drr761	Waterman
drr762	Waterman
drr763	Waterman
drr764	Waterman
drr765	Waterman
autorepeat_6620	ciona_repeat
drr766	Waterman
autorepeat_6621	ciona_repeat
drr767	Waterman
autorepeat_6622	ciona_repeat
drr768	Waterman
autorepeat_6623	ciona_repeat
drr769	Waterman
autorepeat_6624	ciona_repeat
autorepeat_7280	ciona_repeat
autorepeat_6625	ciona_repeat
autorepeat_7281	ciona_repeat
autorepeat_6626	ciona_repeat
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autorepeat_6627	ciona_repeat
autorepeat_7283	ciona_repeat
autorepeat_6628	ciona_repeat
autorepeat_7284	ciona_repeat
autorepeat_6629	ciona_repeat
autorepeat_7285	ciona_repeat
autorepeat_7286	ciona_repeat
autorepeat_7287	ciona_repeat
autorepeat_7288	ciona_repeat
autorepeat_7289	ciona_repeat
BRODYAGA1	DNA/MuDR
MST-int	LTR/MaLR
drr770	Waterman
drr771	Waterman
drr772	Waterman
gi|600843|gb|U11657.1|AGU11657	DNA
drr773	Waterman
drr774	Waterman
RIRE7_OS_I	LTR/Gypsy
drr775	Waterman
autorepeat_6630	ciona_repeat
drr776	Waterman
autorepeat_6631	ciona_repeat
drr777	Waterman
autorepeat_6632	ciona_repeat
drr778	Waterman
autorepeat_6633	ciona_repeat
drr779	Waterman
autorepeat_6634	ciona_repeat
autorepeat_7290	ciona_repeat
autorepeat_6635	ciona_repeat
autorepeat_7291	ciona_repeat
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autorepeat_7292	ciona_repeat
autorepeat_6637	ciona_repeat
autorepeat_7293	ciona_repeat
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autorepeat_7294	ciona_repeat
autorepeat_6639	ciona_repeat
autorepeat_7295	ciona_repeat
autorepeat_7296	ciona_repeat
autorepeat_7297	ciona_repeat
autorepeat_7298	ciona_repeat
autorepeat_7299	ciona_repeat
TKSAT1	Satellite/Newt  (Triturus karelini)
TKSAT3	Satellite/Newt  (Triturus karelini)
7696	DNA
MER4-int	LTR/ERV1 mer4 group  
drr780	Waterman
drr781	Waterman
drr782	Waterman
drr783	Waterman
TC1_XL	DNA/Tc1
drr784	Waterman
drr785	Waterman
autorepeat_6640	ciona_repeat
drr786	Waterman
autorepeat_6641	ciona_repeat
drr787	Waterman
autorepeat_3300	ciona_repeat
autorepeat_6642	ciona_repeat
drr788	Waterman
autorepeat_6643	ciona_repeat
drr789	Waterman
autorepeat_3301	ciona_repeat
autorepeat_6644	ciona_repeat
SSU_ribosomal(18S)	rDNA U13369.1 Human ribosomal DNA complete repeating unit [3657..5527]
autorepeat_3302	ciona_repeat
autorepeat_6645	ciona_repeat
autorepeat_3303	ciona_repeat
autorepeat_6646	ciona_repeat
autorepeat_3304	ciona_repeat
autorepeat_6647	ciona_repeat
autorepeat_3305	ciona_repeat
autorepeat_6648	ciona_repeat
autorepeat_3306	ciona_repeat
autorepeat_6649	ciona_repeat
autorepeat_3307	ciona_repeat
autorepeat_3308	ciona_repeat
ATCOPIA45_I	LTR/Copia
autorepeat_3309	ciona_repeat
Hu-HBII-52	snoRNA Human HBII-52 gmeth?(unknown) c/d snoRNA gi|8896064|gb|AF250841.1|AF250841
E_Q01375	ensembl12268/low_complexity	CONTAINS REVERSE TRANSCRIPTASE AND CYS FINGER DOMAINS.
E_P21328	ensembl12266/low_complexity	RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE FROM MOBILE ELEMENT JOCKEY (EC 2.7.7.49) (REVERSE TRANSCRIPTASE).
tRNA-Ala-GCY_	tRNA
HERVH48	LTR/ERV1  MER48 LTRs
Harlequin	LTR/ERV1  LTR2  < 9% div
drr790	Waterman
drr791	Waterman
HATN9_DR	DNA
drr792	Waterman
HELICOP1	DNA/Helicop
drr793	Waterman
C_Oc	SINE/rabbit  
HELICOP2	DNA/Helicop
drr794	Waterman
drr795	Waterman
autorepeat_6650	ciona_repeat
drr796	Waterman
autorepeat_6651	ciona_repeat
drr797	Waterman
autorepeat_6652	ciona_repeat
drr798	Waterman
autorepeat_3310	ciona_repeat
autorepeat_6653	ciona_repeat
drr799	Waterman
autorepeat_3311	ciona_repeat
autorepeat_6654	ciona_repeat
autorepeat_3312	ciona_repeat
autorepeat_6655	ciona_repeat
autorepeat_3313	ciona_repeat
autorepeat_6656	ciona_repeat
autorepeat_3314	ciona_repeat
autorepeat_6657	ciona_repeat
gi|3095142|gb|AF054224.1|AF054224	DNA
THE1-int	LTR/MaLR
autorepeat_3315	ciona_repeat
autorepeat_6658	ciona_repeat
autorepeat_3316	ciona_repeat
autorepeat_6659	ciona_repeat
autorepeat_3317	ciona_repeat
autorepeat_3318	ciona_repeat
autorepeat_3319	ciona_repeat
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autorepeat_201	ciona_repeat
autorepeat_202	ciona_repeat
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autorepeat_204	ciona_repeat
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autorepeat_206	ciona_repeat
autorepeat_207	ciona_repeat
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autorepeat_209	ciona_repeat
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autorepeat_6661	ciona_repeat
autorepeat_6662	ciona_repeat
autorepeat_3320	ciona_repeat
autorepeat_6663	ciona_repeat
ATCOPIA86LTR	LTR/Copia
INVADER2_I	LTR/Gypsy
autorepeat_3321	ciona_repeat
autorepeat_6664	ciona_repeat
autorepeat_3322	ciona_repeat
autorepeat_6665	ciona_repeat
autorepeat_3323	ciona_repeat
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autorepeat_3325	ciona_repeat
autorepeat_6668	ciona_repeat
autorepeat_3326	ciona_repeat
autorepeat_6669	ciona_repeat
autorepeat_3327	ciona_repeat
autorepeat_3328	ciona_repeat
autorepeat_3329	ciona_repeat
114003..28747,102056..159596	DNA
WIS21A_TA_LTR	LTR/Copia
(CGGG)n	Simple_repeat
autorepeat_210	ciona_repeat
autorepeat_211	ciona_repeat
autorepeat_212	ciona_repeat
autorepeat_213	ciona_repeat
autorepeat_214	ciona_repeat
autorepeat_215	ciona_repeat
38856..109651	DNA
autorepeat_216	ciona_repeat
autorepeat_217	ciona_repeat
OPIE2_I	LTR/Maize
autorepeat_218	ciona_repeat
DNA21TA1_DR	DNA
autorepeat_219	ciona_repeat
DMINCP31	DNA
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autorepeat_6671	ciona_repeat
autorepeat_6672	ciona_repeat
autorepeat_3330	ciona_repeat
autorepeat_6673	ciona_repeat
autorepeat_3331	ciona_repeat
autorepeat_6674	ciona_repeat
autorepeat_3332	ciona_repeat
autorepeat_6675	ciona_repeat
autorepeat_3333	ciona_repeat
autorepeat_6676	ciona_repeat
autorepeat_3334	ciona_repeat
autorepeat_6677	ciona_repeat
autorepeat_3335	ciona_repeat
autorepeat_6678	ciona_repeat
ATLINE1_1	LINE/L1
autorepeat_3336	ciona_repeat
autorepeat_6679	ciona_repeat
ATLINE1_2	LINE/L1 
autorepeat_3337	ciona_repeat
autorepeat_3338	ciona_repeat
autorepeat_3339	ciona_repeat
ATLINE1_4	LINE/L1
ATLINE1_5	LINE/L1
MAGELLAN	LTR/Maize  sequence, consensus sequence.
ATLINE1_6	LINE/L1
MER83-internal	LTR/Retroviral
Hu-HBII-85	snoRNA Human HBII-85 gmeth?(unknown) c/d snoRNA gi|8896064|gb|AF250841.1|AF250841
autorepeat_220	ciona_repeat
ATCOPIA40_LTR	LTR/Copia
autorepeat_221	ciona_repeat
autorepeat_222	ciona_repeat
autorepeat_223	ciona_repeat
autorepeat_224	ciona_repeat
autorepeat_225	ciona_repeat
autorepeat_226	ciona_repeat
autorepeat_227	ciona_repeat
autorepeat_228	ciona_repeat
autorepeat_229	ciona_repeat
autorepeat_6680	ciona_repeat
E_O36977	ensembl27437/trans	POL POLYPROTEIN (FRAGMENT).
autorepeat_6681	ciona_repeat
autorepeat_6682	ciona_repeat
107277..7178	DNA
autorepeat_3340	ciona_repeat
autorepeat_6683	ciona_repeat
autorepeat_3341	ciona_repeat
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autorepeat_3346	ciona_repeat
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autorepeat_3347	ciona_repeat
autorepeat_3348	ciona_repeat
autorepeat_3349	ciona_repeat
ATGAGPOL1	LTR/Gypsy 
Val.CAC	tRNA 
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autorepeat_233	ciona_repeat
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Contig600	WI_ciona_repeat
autorepeat_6691	ciona_repeat
Contig601	WI_ciona_repeat
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Contig602	WI_ciona_repeat
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autorepeat_6693	ciona_repeat
Contig603	WI_ciona_repeat
autorepeat_3351	ciona_repeat
autorepeat_6694	ciona_repeat
Contig604	WI_ciona_repeat
autorepeat_3352	ciona_repeat
autorepeat_6695	ciona_repeat
Contig605	WI_ciona_repeat
autorepeat_3353	ciona_repeat
autorepeat_6696	ciona_repeat
autorepeat_3354	ciona_repeat
autorepeat_6697	ciona_repeat
Contig606	WI_ciona_repeat
autorepeat_3355	ciona_repeat
autorepeat_6698	ciona_repeat
Lx2B	LINE/L1 11% div (subfams in it)
Contig607	WI_ciona_repeat
autorepeat_3356	ciona_repeat
autorepeat_6699	ciona_repeat
Contig608	WI_ciona_repeat
autorepeat_3357	ciona_repeat
Contig609	WI_ciona_repeat
autorepeat_3358	ciona_repeat
autorepeat_3359	ciona_repeat
MSPI_TV	Satellite/Newt  (Triturus vulgaris)
ATGAGPOL1_LTR	LTR/Gypsy
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SeC(e).TCA	tRNA
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SINEC_old	SINE/Lys 20%, but only 14% kimura outside CGs
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ATCOPIA39_I	LTR/Copia
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Hu-U58a	snoRNA Human U58a gemth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321842|emb|X96657.1|HSA18ASN
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Hu-U58b	snoRNA Human U58b gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321843|emb|X96658.1|HSA18BSN
L1MCb_5end	LINE/L1
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MER50B	LTR/ERV1 15%
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ATCOPIA18LTR	LTR/Copia 
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GYPSY3LTR_DR	LTR/Gypsy
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gi|159615|gb|M93690.1|MSQRT1RET	DNA
L1P3b_5end	LINE/L1
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MER51A	LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication   (13% div)
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MER51B	LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication   (10% div)
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MER51C	LTR/ERV1 mer4 group
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MER51D	LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication   (10% div)
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MER51E	LTR/ERV1
DM297_I	LTR/Gypsy
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(GGGGA)n	Simple_repeat
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RCS5	Satellite
ATCOPIA32_LTR	LTR/Copia
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E_O62616	ensembl18661/low_complexity	TRANSPOSASE.
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MER52A	LTR/ERV1 mer4 group 19%
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MER52C	LTR/ERV1 mer4 group  11% div
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SSNHEI	Unknown/Salmon (Salmo salar)
MER52D	LTR/ERV1
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E_Q963T9	ensembl52572/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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Contig656	WI_ciona_repeat
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E_O49920	ensembl15887/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Contig657	WI_ciona_repeat
Contig658	WI_ciona_repeat
Contig659	WI_ciona_repeat
TOM_LTR	LTR/Gypsy
55712,83652..89771	DNA
E_Q95NG9	ensembl26552/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
ATCOPIA52LTR	LTR/Copia
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ECE1LTR	LTR/ERV
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ACRO1	Satellite/acromeric in all short arms of acromeric chromosomes
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(CGAA)n	Simple_repeat
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MER54A	LTR/ERVL mer73-type  19% div
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MER54B	LTR/ERVL mer73-type  17% div
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Contig665	WI_ciona_repeat
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Contig666	WI_ciona_repeat
LINE2B_CE	LINE/CR1
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Contig667	WI_ciona_repeat
Contig668	WI_ciona_repeat
Contig669	WI_ciona_repeat
E_O44988	ensembl9735/trans	K09H9.4 PROTEIN.
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Contig676	WI_ciona_repeat
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Contig677	WI_ciona_repeat
Contig678	WI_ciona_repeat
gi|18087058|gb|AF387850.1|AF387850	DNA
Contig679	WI_ciona_repeat
G_DM	LINE/Jockey
Chaplin5_FR	DNA/MER1 quite similar to Charlie1; most copies Chaplin5a; bp 592-2154 not a consensus
gi|5804803|emb|AJ006557.1|AFU6557	DNA
REM1_XL	DNA
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Contig680	WI_ciona_repeat
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Contig681	WI_ciona_repeat
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Contig682	WI_ciona_repeat
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Contig683	WI_ciona_repeat
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Contig684	WI_ciona_repeat
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Contig685	WI_ciona_repeat
(CAGT)n	Simple_repeat
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Contig686	WI_ciona_repeat
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Contig687	WI_ciona_repeat
Contig688	WI_ciona_repeat
Contig689	WI_ciona_repeat
ATCOPIA38ALTR	LTR/Copia
LTR1_CE	LTR
ATTIRTA1	DNA/Tc1  transposon.
L1MA1	LINE/L1
L1MA2	LINE/L1
L1MA3	LINE/L1
L1MA4	LINE/L1
L1MA5	LINE/L1
L1MA6	LINE/L1
MER57A	LTR/ERV1 mer4 group 15%
L1MA7	LINE/L1
MER57B	LTR/ERV1 mer4 group 13.5%
PALTTAA3_CE	DNA/PiggyBac?
L1MA8	LINE/L1
L1MA9	LINE/L1
hY3_RNA	scRNA g174900 (from Steitz PNAS 1984
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ATHILA5_I	LTR/Gypsy
Contig690	WI_ciona_repeat
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Contig691	WI_ciona_repeat
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Contig692	WI_ciona_repeat
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Contig693	WI_ciona_repeat
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Contig694	WI_ciona_repeat
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Contig695	WI_ciona_repeat
(CCCTAG)n	Simple_repeat
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Contig696	WI_ciona_repeat
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Contig697	WI_ciona_repeat
Contig698	WI_ciona_repeat
Contig699	WI_ciona_repeat
WIS21A_TA_I	LTR/Copia
L1MB1	LINE/L1
MARINER2_CE	DNA/Mariner
L1MB2	LINE/L1
L1MB3	LINE/L1
L1MB4	LINE/L1
L1MB5	LINE/L1
L1MEd_5end	LINE/L1
L1MB6	LINE/L1  
MER58A	DNA/MER1_type  22% div
L1MB7	LINE/L1
MER58B	DNA/MER1_type  22% div
L1MB8	LINE/L1
MER58C	DNA/MER1_type  22% div
MER58D	DNA/MER1_type  22% div
ATCOPIA2LTR	LTR/Copia 
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LTR1_DR	LTR/ERV
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CINFUL2_LTR	LTR/Maize gypsy
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Dr000100	Recon
Dr000101	Recon
Dr000102	Recon
Dr000103	Recon
Dr000104	Recon
Dr000105	Recon
MC1_SS	Satellite/Centromeric  
Dr000106	Recon
Dr000107	Recon
HERVHC2	LTR/Retroviral  
L1MC1	LINE/L1
Dr000108	Recon
L1MC2	LINE/L1
DM176_LTR	LTR/Gypsy Drosophila melanogaster element 17.6.
Dr000109	Recon
L1MC3	LINE/L1
L1MC4	LINE/L1
L1MC5	LINE/L1
DM42215	DNA
L1M3de_5end	LINE/L1
MARINER2_DM	DNA/Tc1
LOOPERN3_DR	DNA
gi|3095132|gb|AF054219.1|AF054219	DNA
E_Q9NBJ4	ensembl9045/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Dr000110	Recon
Dr000111	Recon
Dr000112	Recon
Dr000113	Recon
Dr000114	Recon
Dr000115	Recon
Dr000116	Recon
Dr000117	Recon
L1MD1	LINE/L1
Dr000118	Recon
DMRG	DNA
L1MD2	LINE/L1
Dr000119	Recon
L1MD3	LINE/L1
Tyr.ATA	tRNA 
PRE1_SS	SINE/Pig  
Dr000120	Recon
Dr000121	Recon
Dr000122	Recon
Dr000123	Recon
ATCOPIA91_I	LTR/Copia
Dr000124	Recon
Dr000125	Recon
Dr000126	Recon
(CAT)n	Simple_repeat
Dr000127	Recon
L1ME1	LINE/L1
Dr000128	Recon
L1ME2	LINE/L1
Dr000129	Recon
L1ME3	LINE/L1 first 250 bp from E2
CATCH1_LTR	LTR/Pufferfish  
E_O61446	ensembl18658/low_complexity	TRANSPOSASE.
E_O61452	ensembl6401/trans	TRANSPOSASE.
Dr000130	Recon
Dr000131	Recon
Dr000132	Recon
Dr000133	Recon
Dr000134	Recon
Dr000135	Recon
Dr000136	Recon
Dr000137	Recon
Dr000138	Recon
Dr000139	Recon
Gly.CCC	tRNA 
HERVK11D	LTR/ERVK MER11D LTRs
MLT-int	LTR/MaLR  MLT1A1
pTR5	LTR/ERV1  (includes part of LTR12/HERV9)
Dr000140	Recon
Dr000141	Recon
Dr000142	Recon
Dr000143	Recon
Dr000144	Recon
Dr000145	Recon
Dr000146	Recon
Dr000147	Recon
Dr000148	Recon
Dr000149	Recon
E_Q962E2	ensembl12263/low_complexity	POL PROTEIN.
TNR8_OS	DNA/
E_O76197	ensembl105211/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
gi|3095140|gb|AF054223.1|AF054223	DNA
gi|18029447|gb|AF387862.1|AF387862	DNA
Dr000150	Recon
Dr000151	Recon
Dr000152	Recon
Dr000153	Recon
Dr000154	Recon
Dr000155	Recon
Dr000156	Recon
Dr000157	Recon
Dr000158	Recon
Dr000159	Recon
SUBTEL_sat	Satellite
TEKAY_LTR	LTR/Gypsy Arabidopsis  LTR from gypsy/Ty3-type retrotransposon TEKAY.
58318,143296..169330,149205	DNA
Dr000160	Recon
Dr000161	Recon
70717..3453,88444	DNA
Dr000162	Recon
Dr000163	Recon
Dr000164	Recon
Dr000165	Recon
Dr000166	Recon
Dr000167	Recon
Dr000168	Recon
Dr000169	Recon
HERVK14C	LTR/ERVK  LTR14C
S2_DM	DNA/Tc1
TEKAYI	LTR/Gypsy
COPIA_LTR	LTR/Copia  Drosophila melanogaster transposable element copia.
Dr000170	Recon
Dr000171	Recon
gi|18001004|gb|AF295693.1|AF295693	DNA
Dr000172	Recon
Hu-Z17a	snoRNA Human Z17a gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|3176037|HSA224024  targets Um121
Dr000173	Recon
Hu-Z17b	snoRNA Human Z17b gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|317603|HSA224025  targets Um121
Dr000174	Recon
Dr000175	Recon
Dr000176	Recon
Dr000177	Recon
Dr000178	Recon
60752	DNA
Dr000179	Recon
CR1L	LINE/CR1  
VI_XL	DNA
autorepeat_7300	ciona_repeat
autorepeat_7301	ciona_repeat
autorepeat_7302	ciona_repeat
autorepeat_7303	ciona_repeat
autorepeat_7304	ciona_repeat
autorepeat_7305	ciona_repeat
autorepeat_7306	ciona_repeat
MER5A1	DNA/MER1_type
autorepeat_7307	ciona_repeat
autorepeat_7308	ciona_repeat
ATCOPIA85_I	LTR/Copia
Dr000180	Recon
LINEJ1_DM	LINE/Jockey  D.melanogaster LINE element J-1.
autorepeat_7309	ciona_repeat
Dr000181	Recon
Tigger2a	DNA/MER2_type (MER28)  14% div
Dr000182	Recon
Dr000183	Recon
Dr000184	Recon
Dr000185	Recon
Dr000186	Recon
Dr000187	Recon
gi|159633|gb|M35464.1|MSQRTR1M	DNA
Dr000188	Recon
Dr000189	Recon
E_O89815	ensembl14779/trans	POL POLYPROTEIN (FRAGMENT).
ATCOPIA71LTR	LTR/Copia
DM_YOYO	DNA
autorepeat_7310	ciona_repeat
autorepeat_7311	ciona_repeat
autorepeat_7312	ciona_repeat
autorepeat_7313	ciona_repeat
autorepeat_7314	ciona_repeat
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autorepeat_7316	ciona_repeat
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autorepeat_7318	ciona_repeat
autorepeat_7319	ciona_repeat
Dr000190	Recon
Dr000191	Recon
Tigger3a	DNA/MER2_type (MER7A)  15% div
Dr000192	Recon
Dr000193	Recon
Tigger3c	DNA/MER2_type (MER7C)  15% div
Dr000194	Recon
Tigger3d	DNA/MER2_type (GOLEM_C)
Dr000195	Recon
Dr000196	Recon
Dr000197	Recon
Dr000198	Recon
Dr000199	Recon
LLME	LINE/L1
Hu-U82a_Z25	snoRNA Human U82a_Z25 gmeth c/d snoRNA intron 5 nucleolin gi|4995297|emb|AJ011568.1|HSA011568
TC2_FR1a	DNA/TC2  3.5% Kimura
TC2_FR1b	DNA/TC2  3.5% Kimura
drr800	Waterman
drr801	Waterman
drr802	Waterman
drr803	Waterman
drr804	Waterman
DNAREP1_DM	DNA
drr805	Waterman
drr806	Waterman
E_Q19923	ensembl4958/low_complexity	HYPOTHETICAL 42.0 KDA PROTEIN.
drr807	Waterman
drr808	Waterman
drr809	Waterman
autorepeat_7320	ciona_repeat
autorepeat_7321	ciona_repeat
autorepeat_7322	ciona_repeat
autorepeat_7323	ciona_repeat
autorepeat_7324	ciona_repeat
autorepeat_7325	ciona_repeat
autorepeat_7326	ciona_repeat
autorepeat_7327	ciona_repeat
autorepeat_7328	ciona_repeat
autorepeat_7329	ciona_repeat
Tigger4a	DNA/MER2_type (MER46A)  14% div
Tigger4b	DNA/MER2_type (MER46B)  14% div
CR1DR1	LINE/L2
CR1DR2	LINE/L2
TC2_FR2a	DNA/TC2 
TC2_FR3A	DNA/TC2  Closest sim at prot level to to TC2_FR2; 7.5% subst. Not complete coding seq.
drr810	Waterman
drr811	Waterman
drr812	Waterman
drr813	Waterman
drr814	Waterman
drr815	Waterman
gi|5804800|emb|AJ006555.1|AST6555	DNA
drr816	Waterman
drr817	Waterman
drr818	Waterman
drr819	Waterman
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FERV-R_LTR	LTR/ERV1
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DMHPRT3	DNA
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MER65-int	LTR/ERV1 mer4 group  
E_Q9ZTP1	ensembl8370/trans	PRPOL (FRAGMENT).
drr820	Waterman
drr821	Waterman
drr822	Waterman
drr823	Waterman
drr824	Waterman
drr825	Waterman
E_Q9AVM8	ensembl8249/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr826	Waterman
drr827	Waterman
Beagle	DNA
drr828	Waterman
drr829	Waterman
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autorepeat_7341	ciona_repeat
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ATENSAT1	Satellite
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ATENSAT2	Satellite
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Tigger6a	DNA/MER2_type 14%  occurs in mouse: horizontal or vertical, appears same sequence
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Tigger6b	DNA/MER2_type 14%
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L1MM_5000	LINE/L1
ATLANTYS1_I	LTR/Gypsy
CR1-B1a	LINE/CR1 7.5% and lower  (B', CR1_GG)
CR1-B1b	LINE/CR1 12% (B')
BUR1	Composite (Big Ugly Repeat 1) 
TC2_FR4a	DNA/TC2 closest similarity to TC2_FR2; 2% div, TA duplication; lot younger than TC2_FR4, independent invasion or evolution in genome?
drr830	Waterman
drr831	Waterman
drr832	Waterman
drr833	Waterman
drr834	Waterman
drr835	Waterman
L1F_5end	LINE/L1
drr836	Waterman
drr837	Waterman
drr838	Waterman
drr839	Waterman
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HARBINGERN4_DR	DNA
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CR1-B2a	LINE/CR1 16% (A')
CR1-B2b	LINE/CR1 17% (A')
CR1-B2c	LINE/CR1 18% (A')
drr840	Waterman
drr841	Waterman
drr842	Waterman
MINOS	DNA/Tc1  D.hydei minos transposon-like element encoding transposase.
drr843	Waterman
drr844	Waterman
drr845	Waterman
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drr846	Waterman
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Ala.AGC	tRNA 
drr847	Waterman
gi|4099806|gb|U89801.1|AGU89801	DNA
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drr848	Waterman
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drr849	Waterman
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ATCOPIA79_I	LTR/Copia
(CATCT)n	Simple_repeat
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CR1-B3a	LINE/CR1 4% (C') 
MSTB1	LTR/MaLR
TC2_FR6a	DNA/TC2  2.2% subst level.
MSTB2	LTR/MaLR
drr850	Waterman
drr851	Waterman
drr852	Waterman
drr853	Waterman
drr854	Waterman
drr855	Waterman
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drr856	Waterman
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drr857	Waterman
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drr858	Waterman
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drr859	Waterman
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autorepeat_4039	ciona_repeat
CR1-B4a	LINE/CR1 12%  
CR1-B4b	LINE/CR1 19%    
DS_ZM	DNA/HAT
drr860	Waterman
drr861	Waterman
drr862	Waterman
drr863	Waterman
drr864	Waterman
drr865	Waterman
META1_LTR	LTR/Copia
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drr866	Waterman
autorepeat_6721	ciona_repeat
drr867	Waterman
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drr868	Waterman
ATGP6LTR	LTR/Gypsy
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drr869	Waterman
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174936..177278	DNA
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MER57-int	LTR/ERV1 mer4 group  
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gi|159626|gb|M35453.1|MSQRTR1F	DNA
autorepeat_4049	ciona_repeat
CR1-B5a	LINE/CR1 14%  (D')
CR1-B5b	LINE/CR1 15% (D')
drr870	Waterman
drr871	Waterman
drr872	Waterman
drr873	Waterman
drr874	Waterman
drr875	Waterman
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drr876	Waterman
autorepeat_6731	ciona_repeat
drr877	Waterman
autorepeat_6732	ciona_repeat
drr878	Waterman
autorepeat_6733	ciona_repeat
drr879	Waterman
NINJA_LTR	LTR/PAO  LTR from retrotransposon NINJA.
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autorepeat_4053	ciona_repeat
autorepeat_7396	ciona_repeat
autorepeat_4054	ciona_repeat
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(CCCCAG)n	Simple_repeat
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autorepeat_7398	ciona_repeat
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autorepeat_7399	ciona_repeat
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autorepeat_4059	ciona_repeat
CR1-B6a	LINE/CR1 20% (E')
CR1-B6b	LINE/CR1 24% (E')
E_P03554	ensembl17408/trans	ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)].
drr880	Waterman
drr881	Waterman
drr882	Waterman
TEKAY_ZM_I	LTR/Gypsy
drr883	Waterman
drr884	Waterman
drr885	Waterman
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drr886	Waterman
autorepeat_6741	ciona_repeat
drr887	Waterman
autorepeat_6742	ciona_repeat
drr888	Waterman
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autorepeat_6743	ciona_repeat
drr889	Waterman
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ATCOPIA32B_I	LTR/Copia
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ATCOPIA46_I	LTR/Copia
E_Q9BM81	ensembl6935/low_complexity	GAG-POL POLYPROTEIN.
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CERP16	Unknown
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MURVYLTR	LTR/Retroviral
ATCOPIA56LTR	LTR/Copia
ATENSPM1	DNA/En-Spm
Hu-U16	snoRNA Human U16 gmeth c/d snoRNA intron ?? L1h ribosomal protein gi|394721|emb|X72205.1|HSL1H
ATENSPM2	DNA/En-Spm
ATENSPM3	DNA/En-Spm
Hu-U18	snoRNA Human U18 gmeth c/d snoRNA intron 2? ribosomal protein L4? 28S No GENBANK entry. Literature PMID|7507233
drr890	Waterman
ATENSPM4	DNA/En-Spm
Hu-U19	snoRNA Human U19 pu haca snoRNA intron of non-coding protein gene(see PMID|98292204 gi|1296741|emb|X94290|HSSNRNAHL
drr891	Waterman
Tc1-4_DR	DNA/TC1
ATENSPM5	DNA/En-Spm
drr892	Waterman
ATENSPM6	DNA/En-Spm
drr893	Waterman
ATENSPM7	DNA/En-Spm
drr894	Waterman
ATENSPM8	DNA/En-Spm
drr895	Waterman
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ATENSPM9	DNA/En-Spm
drr896	Waterman
autorepeat_6751	ciona_repeat
drr897	Waterman
tRNA-Cys-TGC	tRNA             
L1M3a_5end	LINE/L1
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drr898	Waterman
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drr899	Waterman
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autorepeat_3412	ciona_repeat
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tRNA-Trp-TGG	tRNA
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autorepeat_4071	ciona_repeat
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LINE2F_CE	LINE/CR1
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autorepeat_4075	ciona_repeat
autorepeat_4076	ciona_repeat
autorepeat_4077	ciona_repeat
E_Q95NZ6	ensembl41950/trans	HYPOTHETICAL PROTEIN B0302.6 (B0302.6 PROTEIN).
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autorepeat_4079	ciona_repeat
(CGAAG)n	Simple_repeat
Hu-U20	snoRNA Human U20 gmeth c/d snoRNA intron 11 nucleolin gi|536776|emb|Z34290.1|HSSNRU20
Hu-U21	snoRNA Human U21 gmeth c/d snoRNA intron 1 ribosomal protein L5 gi|562758:944-1038
Hu-U22	snoRNA Human U22 gmeth c/d snoRNA intron 9 UHG gi|598240:797-921,
autorepeat_300	ciona_repeat
LTR57-int	LTR/ERVL
Hu-U23	snoRNA Human U23 pu haca snoRNA gi|3334736|emb|AJ007015.1|HSA7015
autorepeat_301	ciona_repeat
Hu-U24	snoRNA Human U24 gmeth c/d snoRNA intron 2? ribosomal protein L7a gi|929665|emb|Z48764.1|HSU24SNRN
autorepeat_302	ciona_repeat
tRNA-Cys-TGY	tRNA
Hu-U25	snoRNA Human U25 gmeth c/d snoRNA intron 1 UHG gi|3420903|AF081279,346-412
autorepeat_303	ciona_repeat
(CG)n	Simple_repeat
Hu-U26	snoRNA Human U26 gmeth c/d snoRNA intron 2 UHG gi|1200185
E_Q9LJA7	ensembl3533/trans	SIMILARITY TO EN/SPM-LIKE TRANSPOSON PROTEIN.
autorepeat_304	ciona_repeat
Hu-U27	snoRNA Human U27 gmeth c/d snoRNA intron 3 UHG gi|1200185:1298-1369
autorepeat_305	ciona_repeat
Hu-U28	snoRNA Human U28 gmeth c/d snoRNA intron 4 UHG gi|1200185:1686-1760
autorepeat_306	ciona_repeat
Hu-U29	snoRNA Human U29 gmeth c/d snoRNA intron 6 UHG gi|1200185:2415-2479
autorepeat_307	ciona_repeat
gi|4099812|gb|U89804.1|AGU89804	DNA
autorepeat_308	ciona_repeat
autorepeat_309	ciona_repeat
gi|3095130|gb|AF054218.1|AF054218	DNA
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autorepeat_6761	ciona_repeat
autorepeat_6762	ciona_repeat
autorepeat_3420	ciona_repeat
autorepeat_6763	ciona_repeat
INVADER3_I	LTR/Gypsy
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DME278684	DNA
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autorepeat_3427	ciona_repeat
autorepeat_4083	ciona_repeat
autorepeat_3428	ciona_repeat
autorepeat_4084	ciona_repeat
autorepeat_3429	ciona_repeat
autorepeat_4085	ciona_repeat
E_Q963Z1	ensembl6864/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_4086	ciona_repeat
autorepeat_4087	ciona_repeat
gi|5804797|emb|AJ006553.1|AAR6553	DNA
autorepeat_4088	ciona_repeat
autorepeat_4089	ciona_repeat
Hu-U30	snoRNA Human U30 gmeth c/d snoRNA intron 7 UHG gi|1200185:2651-2720
Hu-U31	snoRNA Human U31 gmeth c/d snoRNA intron 8 UHG gi|1200185:2989-3056
Hu-U32	snoRNA Human U32 gmeth c/d snoRNA intron 2 ribosomal protein L13a gi|1770523:88-163
autorepeat_310	ciona_repeat
Hu-U33	snoRNA Human U33 gmeth C/D box snoRNA intron 4 ribosomal protein L13a gi|1770728:98-175
autorepeat_311	ciona_repeat
Hu-U34	snoRNA Human U34 gmeth C/D snoRNA intron 5 ribosomal protein L13a gi|1770729
autorepeat_312	ciona_repeat
Hu-U35	snoRNA Human U35 gmeth C/D snoRNA intron 6 ribosomal protein L13a gi|1770730:136-212
autorepeat_313	ciona_repeat
autorepeat_314	ciona_repeat
Hu-U37	snoRNA Human U37 gmeth C/D snoRNA intron 4 elongation factor 2 gi|1770733:153-218,
autorepeat_315	ciona_repeat
autorepeat_316	ciona_repeat
DMYRETTR3	DNA
autorepeat_317	ciona_repeat
DMYRETTR4	DNA
autorepeat_318	ciona_repeat
DMYRETTR5	DNA
MAIAPLTR	LTR/Retroviral
autorepeat_319	ciona_repeat
DMYRETTR6	DNA
HERV3	LTR/ERV1   15% div, with LTR4s 
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autorepeat_6773	ciona_repeat
autorepeat_3431	ciona_repeat
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HERV9	LTR/ERV1  LTR12
autorepeat_3432	ciona_repeat
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autorepeat_3433	ciona_repeat
autorepeat_6776	ciona_repeat
autorepeat_3434	ciona_repeat
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autorepeat_6777	ciona_repeat
autorepeat_3435	ciona_repeat
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autorepeat_3436	ciona_repeat
autorepeat_4092	ciona_repeat
autorepeat_6779	ciona_repeat
autorepeat_3437	ciona_repeat
autorepeat_4093	ciona_repeat
E_Q9TXT0	ensembl21422/low_complexity	HYPOTHETICAL 55.5 KDA PROTEIN.
autorepeat_3438	ciona_repeat
autorepeat_4094	ciona_repeat
autorepeat_3439	ciona_repeat
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SINEC_CF	SINE/dog  
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HERVE	LTR/ERV1  LTR2
BURDOCK_LTR	LTR/Gypsy  LTR from D.melanogaster BURDOCK retrotransposon.
IR3_CE	DNA
HERVH	LTR/ERV1  LTR7
E_Q963W0	ensembl3266/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
HERVI	LTR/ERV1  LTR10
Hu-U41	snoRNA Human U41 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321845|emb|X96640.1|HSA1SN
Hu-U42	snoRNA Human U42 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321848|emb|X96641.1|HSA2SN
autorepeat_320	ciona_repeat
Hu-U43	snoRNA Human U43 gmeth c/d snoRNA intron 1 rpl3 gene gi|7159731|emb|AJ238853.1|HSA238853
autorepeat_321	ciona_repeat
HERVK	LTR/ERVK  LTR5
Hu-U44	snoRNA Human U44 gmeth c/d snoRNA intron 5 gas5 (99038196) gi|1321850|emb|X96643.1|HSA4SN
autorepeat_322	ciona_repeat
HERVL	LTR/ERVL  8% div MLT2A1/A2 LTRs
autorepeat_323	ciona_repeat
autorepeat_324	ciona_repeat
Hu-U47	snoRNA Human U47 gmeth c/d box snoRNA intron 10 gas5 (99038196) gi|5031292:3549-3613,
autorepeat_325	ciona_repeat
Hu-U48	snoRNA Human U48 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321855|emb|X96648.1|HSA8SN
autorepeat_326	ciona_repeat
Hu-U49	snoRNA Human U49 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321856|emb|X96649.1|HSA9SN
autorepeat_327	ciona_repeat
autorepeat_328	ciona_repeat
HERVR	LTR/ERV1  
autorepeat_329	ciona_repeat
autorepeat_6780	ciona_repeat
E_Q9NBI3	ensembl9016/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_6781	ciona_repeat
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ATCOPIA90LTR	LTR/Copia
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E_Q17569	ensembl63512/trans	C01G5.6 PROTEIN.
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Hu-E2	snoRNA Human E2 pu haca snoRNA intron 4 37kD laminin receptor precursor/p40 ribosome associated protein gi|174905|HUME2SNRNA
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Hu-E3	snoRNA Human E3 pu haca snoRNA intron8 translation initiation factor 4AII gi|409222|HUMSNE32X
SINEC_Cf	SINE/Lys 5% (3.7% kimura outside CG)
Hu-U50	snoRNA Human U50 gmeth c/d snoRNa intron 6 U50HG gi|5821114:1992-2066,
Hu-U51	snoRNA Human U51 gmeth c/d box snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321835|emb|X96650.1|HSA11SN
Hu-U52	snoRNA Human U52 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321836|emb|X96651.1|HSA12SN
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Hu-U53	snoRNA Human U53 gmeth c/d box snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321837|emb|X96652.1|HSA13SN
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Hu-U54	snoRNA Human U54 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321838|emb|X96653.1|HSA14SN
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Hu-U56	snoRNA Human U56 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321840|emb|X96655.1|HSA16SN
autorepeat_334	ciona_repeat
Hu-U57	snoRNA Human U57 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321841|emb|X96656.1|HSA17SN
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autorepeat_336	ciona_repeat
Hu-U59	snoRNA Human U59 gmeth c/d snoRNA intron 2 ATP synthase beta (8674114) gi|1321844|emb|X96659.1|HSA19SN
E_Q9VID6	ensembl5345/trans	CG8672 PROTEIN (FRAGMENT).
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ATCOPIA6LTR	LTR/Copia 
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TRANSPAC_I	LTR/Gypsy
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Hu-U60	snoRNA Human U60 gmeth c/d snoRNA intron ?? ?? (8674114) gi|1321846|emb|X96660.1|HSA20SN
Hu-U61	snoRNA Human U61 gmeth c/d snoRNa intron ?? ?? (8674114) gi|1321847|emb|X96661.1|HSA21SN
Hu-U62	snoRNA Human U62 gmeth c/d snoRNA gi|1794262|gb|U72851.1|HSU72851
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MAPVLTR	LTR/Retroviral
Hu-U63	snoRNA Human U63 gmeth c/d snoRNA gi|1794263|gb|U72852.1|HSU72852
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Hu-U64	snoRNA Human U64 pu haca snoRNA intron ? ribosomal protein S4 gi|2145434|emb|Y11158.1|HSSNOU64
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Hu-U65	snoRNA Human U65 pu haca snoRNA gi|2145435|emb|Y11159.1|HSSNOU65
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Hu-U66	snoRNA Human U66 pu haca snoRNA gi|2145436|emb|Y11160.1|HSSNOU66
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Hu-U67	snoRNA Human U67 pu haca snoRNA intron ?? translation initiation factor eIF4aI gi|2145437|emb|Y11161.1|HSSNOU67
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Hu-U68	snoRNA Human U68 pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145438|emb|Y11162.1|HSSNOU68
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Hu-U69	snoRNA Human U69 pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145439|emb|Y11163.1|HSSNOU69
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Contig719	WI_ciona_repeat
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DNA25TWA1_DR	DNA
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LTR49-int	LTR/ERV1 mer4 group
12814..111425	DNA
E_Q9SY99	ensembl3534/trans	T25B24.14 PROTEIN.
Hu-U70	snoRNA Human U70 pu haca snoRNA intron 3 Q1Z 7F5 gi|2145440|HSSNOU70
Hu-U72	snoRNA Human U72 pu haca snoRNA ?intron 4 ribosomal protein L30? gi|2145443|emb|Y11167.1|HSSNOU72
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Hu-U74	snoRNA Human U74 gmeth c/d snoRNA intron 1 gas5 (99038196) gi|5031292:245-316,
autorepeat_352	ciona_repeat
Hu-U75	snoRNA Human U75 gmeth c/d snoRNA intron 2 gas5 (99038196) gi|5031292:1052-1111,
autorepeat_353	ciona_repeat
Hu-U76	snoRNA Human U76 gmeth c/d snoRNA intron 3 gas5 (99038196) gi|5031292:1275-1355,
autorepeat_354	ciona_repeat
Hu-U77	snoRNA Human U77 gmeth c/d snoRNA intron 4 gas5 (99038196) gi|5031292:1617-1677,
autorepeat_355	ciona_repeat
Hu-U78	snoRNA Human U78 gmeth c/d snoRNA intron 6 gas5 (99038196) gi|5031292:2301-2354,
autorepeat_356	ciona_repeat
Hu-U79	snoRNA Human U79 gmeth c/d snoRNA intron 7 gas5 (99038196) gi|5031292:2555-2635,
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NDNAX2_CE	DNA?
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Contig725	WI_ciona_repeat
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Contig726	WI_ciona_repeat
PALTA2_CE	DNA/Tc1?
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Contig727	WI_ciona_repeat
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Contig728	WI_ciona_repeat
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SINEC_Fc	SINE/Lys 2-3% div
Contig729	WI_ciona_repeat
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35274	DNA
GYPSY3I_DR	LTR/Gypsy
Hu-U80	snoRNA Human U80 gmeth c/d box snoRNA intron 8 gas5 (99038196) gi|5031292:3081-3151,
Hu-U81	snoRNA Human U81 gmeth c/d box snoRNA intron 11 gas5 (99038196) gi|5031292:3766-3808,
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MYS_LTR	LTR/ERVK
Hu-U83	snoRNA Human U83 gmeth(nonrRNA??) c/d snoRNA intron 5 BAT1 gi|6073536|emb|AJ243200.1|HSA243200
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Hu-U84	snoRNA Human U84 gmeth (nonrRNA??) c/d snoRNA intron 4 BAT1?? gi|6073527|emb|AJ243199.1|HSA243199
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MER61A	LTR/ERV1 mer4 group 15% div
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MER61B	LTR/ERV1 mer4 group 13%
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MER61C	LTR/ERV1 mer4 group 13%
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MER61D	LTR/ERV1 mer4 group (was LTR20)  15-16% div
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MER61E	LTR/ERV1 mer4 group (was LTR20B)  10% div
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MER61F	LTR/ERV1
55938..185192	DNA
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Contig730	WI_ciona_repeat
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Contig731	WI_ciona_repeat
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Contig736	WI_ciona_repeat
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Contig737	WI_ciona_repeat
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Contig738	WI_ciona_repeat
autorepeat_3487	ciona_repeat
Contig739	WI_ciona_repeat
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autorepeat_3489	ciona_repeat
HSRIRT	LTR/Retroviral  
Mariner1b_GG	DNA/Mariner 33 bp TIR, TA dups, 14-15% subst level, surprisingly common (expect ~ 20,000 in genome)
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autorepeat_374	ciona_repeat
E_Q9BLH9	ensembl134522/low_complexity	TRASSC4 PROTEIN (FRAGMENT).
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SINE1OS	SINE/Rice  Rice p-SINE1 retroposon.
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Contig740	WI_ciona_repeat
PRIMA41-int	LTR/ERV1  MER41B/C LTRs
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Contig741	WI_ciona_repeat
ATCOPIA22LTR	LTR/Copia
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Contig742	WI_ciona_repeat
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Contig743	WI_ciona_repeat
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Contig744	WI_ciona_repeat
L2a	LINE/L2
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Contig745	WI_ciona_repeat
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Contig746	WI_ciona_repeat
L2b	LINE/L2
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Contig747	WI_ciona_repeat
GSATII	Satellite/centromeric
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Contig748	WI_ciona_repeat
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Contig749	WI_ciona_repeat
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autorepeat_3499	ciona_repeat
E_Q93137	ensembl16630/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE.
E_Q9ZQU2	ensembl20738/low_complexity	POLYPROTEIN (FRAGMENT).
HAT1_CE	DNA/HAT
(CACG)n	Simple_repeat
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E_Q963T8	ensembl42564/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_384	ciona_repeat
MER63A	DNA/MER1_type  23% div
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MER63B	DNA/MER1_type  23% div
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MER63C	DNA/MER1_type  23% div
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MER63D	DNA/MER1_type   23% div
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RSG1	LINE/Salmon (Salmo gairdneri)
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LTR5_Hs	LTR/ERVK HERVK LTR (youngest sub < 1% div)
Contig750	WI_ciona_repeat
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Contig751	WI_ciona_repeat
169353,186651..86937	DNA
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Contig752	WI_ciona_repeat
autorepeat_2845	ciona_repeat
Contig753	WI_ciona_repeat
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Contig754	WI_ciona_repeat
autorepeat_2847	ciona_repeat
Contig755	WI_ciona_repeat
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Contig756	WI_ciona_repeat
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L3b	LINE/CR1
l1MM_5end	LINE/L1
Contig757	WI_ciona_repeat
Contig758	WI_ciona_repeat
Contig759	WI_ciona_repeat
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autorepeat_393	ciona_repeat
E_O61447	ensembl18660/low_complexity	TRANSPOSASE.
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autorepeat_395	ciona_repeat
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autorepeat_397	ciona_repeat
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GTWIN_LTR	LTR/Gypsy
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HAT1_DR	DNA
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Contig760	WI_ciona_repeat
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Contig761	WI_ciona_repeat
autorepeat_2854	ciona_repeat
Contig762	WI_ciona_repeat
autorepeat_2855	ciona_repeat
Contig763	WI_ciona_repeat
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E_Q9J4C7	ensembl24225/trans	POL.
Contig764	WI_ciona_repeat
autorepeat_2857	ciona_repeat
Contig765	WI_ciona_repeat
autorepeat_2858	ciona_repeat
Contig766	WI_ciona_repeat
autorepeat_2859	ciona_repeat
WHOOPER	Unknown/Crane (Grus americana)
Contig767	WI_ciona_repeat
Contig768	WI_ciona_repeat
Contig769	WI_ciona_repeat
MER65A	LTR/ERV1 mer4 group  14%
MER65B	LTR/ERV1 mer4 group (may not exist)
MER65C	LTR/ERV1 mer4 group  15-16%
MER65D	LTR/ERV1 17%
52614..167386	DNA
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autorepeat_2861	ciona_repeat
autorepeat_2862	ciona_repeat
Contig770	WI_ciona_repeat
autorepeat_2863	ciona_repeat
Contig771	WI_ciona_repeat
autorepeat_2864	ciona_repeat
Contig772	WI_ciona_repeat
autorepeat_2865	ciona_repeat
Contig773	WI_ciona_repeat
autorepeat_2866	ciona_repeat
L1PBa1_5end	LINE/L1 13%
HATN11_DR	DNA
Contig774	WI_ciona_repeat
autorepeat_2867	ciona_repeat
Contig775	WI_ciona_repeat
autorepeat_2868	ciona_repeat
Contig776	WI_ciona_repeat
autorepeat_2869	ciona_repeat
Contig777	WI_ciona_repeat
Contig778	WI_ciona_repeat
Contig779	WI_ciona_repeat
MULVLTR	LTR/Retroviral
ATHPOGO	DNA/Pogo 
DMTPOD	DNA
PABL_B-int	LTR/ERV1
MER66A	LTR/ERV1 mer4 group  16%
MER66B	LTR/ERV1 mer4 group  17%
MER66C	LTR/ERV1
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autorepeat_2871	ciona_repeat
autorepeat_2872	ciona_repeat
Contig780	WI_ciona_repeat
autorepeat_2873	ciona_repeat
Contig781	WI_ciona_repeat
autorepeat_2874	ciona_repeat
Contig782	WI_ciona_repeat
autorepeat_2875	ciona_repeat
Contig783	WI_ciona_repeat
autorepeat_2876	ciona_repeat
Contig784	WI_ciona_repeat
autorepeat_2877	ciona_repeat
Contig785	WI_ciona_repeat
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Contig786	WI_ciona_repeat
autorepeat_2879	ciona_repeat
Contig787	WI_ciona_repeat
Contig788	WI_ciona_repeat
Contig789	WI_ciona_repeat
(CCTAT)n	Simple_repeat
gi|159641|gb|M35472.1|MSQRTR1U	DNA
E_Q22244	ensembl6444/trans	T06C10.5 PROTEIN.
tRNA-Asp-GAC	tRNA               
(CAATC)n	Simple_repeat
MER67A	LTR/ERV1 mer4 group  18% div
MER67B	LTR/ERV1 mer4 group   22% div
MER67C	LTR/ERV1 mer4 group   21% div
64768	DNA
MER67D	LTR/ERV1 mer4 group   20% div
DMZAM	DNA
ATCOPIA75LTR	LTR/Copia
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autorepeat_2881	ciona_repeat
autorepeat_2882	ciona_repeat
Contig790	WI_ciona_repeat
autorepeat_2883	ciona_repeat
Contig791	WI_ciona_repeat
autorepeat_2884	ciona_repeat
Contig792	WI_ciona_repeat
autorepeat_2885	ciona_repeat
TIR9TA1_CE	DNA
Contig793	WI_ciona_repeat
autorepeat_2886	ciona_repeat
Contig794	WI_ciona_repeat
RLTR3_MM	LTR/ERV   MMTV
autorepeat_2887	ciona_repeat
Contig795	WI_ciona_repeat
autorepeat_2888	ciona_repeat
Contig796	WI_ciona_repeat
autorepeat_2889	ciona_repeat
Contig797	WI_ciona_repeat
Contig798	WI_ciona_repeat
tRNA-Asp-GAY	tRNA 
Contig799	WI_ciona_repeat
(CACCT)n	Simple_repeat
88191..26055	DNA
MER68A	Unknown/MER21_group
MER68B	Unknown/MER21_group
SINEC_Mv	SINE/Lys mink
MER57-internal	LTR/MER4-group  
STONOR_ZM_I	LTR/Copia
autorepeat_2890	ciona_repeat
autorepeat_2891	ciona_repeat
gi|1480678|gb|U60880.1|AAU60880	DNA
autorepeat_2892	ciona_repeat
autorepeat_2893	ciona_repeat
autorepeat_2894	ciona_repeat
autorepeat_2895	ciona_repeat
autorepeat_2896	ciona_repeat
autorepeat_2897	ciona_repeat
SSSINESAT	SINE/Salmon (Salmo salar)
autorepeat_2898	ciona_repeat
E_Q963V3	ensembl7715/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_2899	ciona_repeat
LIMPET1	DNA/MuDR
Dr000200	Recon
Dr000201	Recon
Dr000202	Recon
Dr000203	Recon
Dr000204	Recon
Dr000205	Recon
E_Q89703	ensembl7697/trans	ORF 3.
Dr000206	Recon
Dr000207	Recon
Dr000208	Recon
Dr000209	Recon
MER69A	DNA/AcHobo  26% div
(CGGGA)n	Simple_repeat
MER69B	DNA/AcHobo  26% div
THE1-INTERNAL	LTR/MaLR
MURVY-int	LTR/ERV1  (with RLTR5)
Dr000210	Recon
Dr000211	Recon
Dr000212	Recon
Dr000213	Recon
Dr000214	Recon
Dr000215	Recon
Dr000216	Recon
Dr000217	Recon
Dr000218	Recon
19371,191973	DNA
Dr000219	Recon
E_Q9AYK7	ensembl20615/trans	PUTATIVE GYPSY-TYPE RETROTRANSPOSON POLYPROTEIN.
TZ86L_ZM	Unknown
autorepeat_8000	ciona_repeat
autorepeat_8001	ciona_repeat
autorepeat_8002	ciona_repeat
autorepeat_8003	ciona_repeat
autorepeat_8004	ciona_repeat
Dr000220	Recon
autorepeat_8005	ciona_repeat
Dr000221	Recon
autorepeat_8006	ciona_repeat
Dr000222	Recon
autorepeat_8007	ciona_repeat
Dr000223	Recon
autorepeat_8008	ciona_repeat
ATCOPIA92_I	LTR/Copia
Dr000224	Recon
B2_Mv	SINE/carnivores  
autorepeat_8009	ciona_repeat
Dr000225	Recon
Dr000226	Recon
Dr000227	Recon
E_Q05410	ensembl89/trans	TRANSPOSASE (FRAGMENT).
Dr000228	Recon
Dr000229	Recon
BLACKJACK	DNA/AcHobo 19%
163209..174983	DNA
SINEC_Pv	SINE/carnivores  
E_Q963Y8	ensembl39855/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
DIVER_I	LTR/PAO
autorepeat_8010	ciona_repeat
autorepeat_8011	ciona_repeat
autorepeat_8012	ciona_repeat
autorepeat_8013	ciona_repeat
autorepeat_8014	ciona_repeat
Dr000230	Recon
autorepeat_8015	ciona_repeat
CINFUL2_ZM_LTR	LTR/Gypsy
Dr000231	Recon
autorepeat_8016	ciona_repeat
Dr000232	Recon
autorepeat_8017	ciona_repeat
Dr000233	Recon
autorepeat_8018	ciona_repeat
Dr000234	Recon
autorepeat_8019	ciona_repeat
Dr000235	Recon
Dr000236	Recon
Dr000237	Recon
Dr000238	Recon
Dr000239	Recon
Kopi1	LTR/Copia The product of ORF 121-1923 is 62% similar to the C-terminal part of the pol gene of TNT and RIR1 in Rice, and to other representatives of the Copia class of LTR elements. The consensus is 5' truncated. Very short LTRs. Average subst level only 1.2%. perhpas a dozen copies, mostly solo-LTRs. First Copia-like element in vertebrates. (Kopi is Japanese for copy, of course)
(TAG)n	Simple_repeat
ATHILA4A_I	LTR/Gypsy
FERVLTR4a	LTR/ERV1 7% div 4 bp dups
FERVLTR4b	LTR/ERV1 6% div
DMBLPP	DNA
FERVLTR4c	LTR/ERV1 8% div
FERVLTR4d	LTR/ERV1 5% div
L1PA13_5end	LINE/L1
autorepeat_8020	ciona_repeat
E_Q9BM80	ensembl6933/low_complexity	GAG-POL POLYPROTEIN.
autorepeat_8021	ciona_repeat
(CATGT)n	Simple_repeat
autorepeat_8022	ciona_repeat
autorepeat_8023	ciona_repeat
autorepeat_8024	ciona_repeat
Dr000240	Recon
autorepeat_8025	ciona_repeat
Dr000241	Recon
autorepeat_8026	ciona_repeat
Dr000242	Recon
autorepeat_8027	ciona_repeat
Dr000243	Recon
autorepeat_8028	ciona_repeat
autorepeat_8029	ciona_repeat
Dr000244	Recon
Dr000245	Recon
Dr000246	Recon
Dr000247	Recon
Dr000248	Recon
Dr000249	Recon
gi|159628|gb|M35456.1|MSQRTR1H	DNA
TOM_I	LTR/Gypsy
autorepeat_8030	ciona_repeat
autorepeat_8031	ciona_repeat
TX1_Fur1	LINE/L1 Both open reading frames of Tx1_Fur encode products closely related to those of Tx1 in Xenopus laevis. The first (bp 230_1141) shows 55% similarity over the N-terminal 190 AA;  the same region is 34% similar to the gag region of the lymphoproliferative disease virus. There are more distnat matches to GAG-[proteins of all other LTR retrotransposons.  The pol ORF (pos 1723-5625) is 53% similar to the pol product of Xenopus Tx1. The 'composite' nature of Tx1 is thus conserved, and does not represent a collaboration between two transposable elements, as was one hypothesis by Garrett et al (Mol Cell Biol 1989 Jul;9(7):3018-27). Like the closely related LINE1, multiple subfamilies are defined by the 3' UTR and Tx_Fur appears to be an old constitutent in the Fugu genome.
E_Q963W9	ensembl45110/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_8032	ciona_repeat
MER70-int	LTR/ERVL MER70 LTRs autonomous element -> should become ERVL70
TX1_Fur2	LINE/L1 3' end of LINE-like element ~66% identical at DNA level to Tx1_Fur1
autorepeat_8033	ciona_repeat
Hu-U3	snoRNA Human U3 rRNA cleavage c/d snoRNA |HSU3
autorepeat_8034	ciona_repeat
Dr000250	Recon
autorepeat_8035	ciona_repeat
Dr000251	Recon
autorepeat_8036	ciona_repeat
Dr000252	Recon
autorepeat_8037	ciona_repeat
autorepeat_8038	ciona_repeat
Hu-U8	snoRNA Human U8 rRNA cleavage c/d snoRNA No GENBANK entry. Literature PMID|2531075
Dr000253	Recon
autorepeat_8039	ciona_repeat
Dr000254	Recon
Dr000255	Recon
Dr000256	Recon
Dr000257	Recon
Dr000258	Recon
Dr000259	Recon
CANDYSTRIPE1_SB	DNA
PAL8A_CE	DNA/HAT
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autorepeat_8041	ciona_repeat
autorepeat_8042	ciona_repeat
autorepeat_8043	ciona_repeat
autorepeat_8044	ciona_repeat
Dr000260	Recon
autorepeat_8045	ciona_repeat
Dr000261	Recon
RT1B	DNA
autorepeat_8046	ciona_repeat
RT1C	DNA
autorepeat_8047	ciona_repeat
Dr000262	Recon
autorepeat_8048	ciona_repeat
Dr000263	Recon
autorepeat_8049	ciona_repeat
Dr000264	Recon
HELITRON3_OS	DNA/Helitron
Dr000265	Recon
Dr000266	Recon
Dr000267	Recon
Dr000268	Recon
Dr000269	Recon
(TA)n	Simple_repeat
DM_ROO	DNA
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autorepeat_8051	ciona_repeat
autorepeat_8052	ciona_repeat
autorepeat_8053	ciona_repeat
autorepeat_8054	ciona_repeat
Dr000270	Recon
autorepeat_8055	ciona_repeat
ATCOPIA41LTR	LTR/Copia
autorepeat_8056	ciona_repeat
Dr000271	Recon
autorepeat_8057	ciona_repeat
Dr000272	Recon
autorepeat_8058	ciona_repeat
Dr000273	Recon
autorepeat_8059	ciona_repeat
Dr000274	Recon
Dr000275	Recon
Dr000276	Recon
Dr000277	Recon
Dr000278	Recon
Dr000279	Recon
E_Q9C0U0	ensembl21259/trans	HYPOTHETICAL 137.3 KDA PROTEIN.
autorepeat_7400	ciona_repeat
autorepeat_7401	ciona_repeat
autorepeat_7402	ciona_repeat
Charlie1	DNA/MER1_type  22%
autorepeat_7403	ciona_repeat
MIR3	SINE/MIR
Charlie2	DNA/MER1_type  24-25% div
autorepeat_7404	ciona_repeat
autorepeat_8060	ciona_repeat
Charlie3	DNA/MER1_type (mer1)  9% div
autorepeat_7405	ciona_repeat
autorepeat_8061	ciona_repeat
Charlie4	DNA/MER1_type  23% div
autorepeat_7406	ciona_repeat
autorepeat_8062	ciona_repeat
Charlie5	DNA/MER1_type  19% div
autorepeat_7407	ciona_repeat
autorepeat_8063	ciona_repeat
Charlie6	DNA/MER1_type  20% div 
autorepeat_7408	ciona_repeat
autorepeat_8064	ciona_repeat
ATCOPIA86_I	LTR/Copia
Charlie7	DNA/MER1_type ~23%
autorepeat_7409	ciona_repeat
autorepeat_8065	ciona_repeat
E_Q963U1	ensembl1730/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Dr000280	Recon
Charlie8	DNA/MER1_type ~25% MER102
autorepeat_8066	ciona_repeat
Dr000281	Recon
autorepeat_8067	ciona_repeat
Charlie9	DNA/MER1_type 19% (MER112)
Dr000282	Recon
autorepeat_8068	ciona_repeat
Dr000283	Recon
autorepeat_8069	ciona_repeat
Dr000284	Recon
Dr000285	Recon
Dr000286	Recon
Dr000287	Recon
Dr000288	Recon
Dr000289	Recon
ATLANTYS3_LTR	LTR/Gypsy
XBR_XL	DNA/T2
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autorepeat_7411	ciona_repeat
autorepeat_7412	ciona_repeat
autorepeat_7413	ciona_repeat
autorepeat_7414	ciona_repeat
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autorepeat_8072	ciona_repeat
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autorepeat_8073	ciona_repeat
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autorepeat_8074	ciona_repeat
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autorepeat_8075	ciona_repeat
Dr000290	Recon
autorepeat_8076	ciona_repeat
Dr000291	Recon
autorepeat_8077	ciona_repeat
Dr000292	Recon
autorepeat_8078	ciona_repeat
Dr000293	Recon
autorepeat_8079	ciona_repeat
Dr000294	Recon
Dr000295	Recon
Dr000296	Recon
Dr000297	Recon
(CAAAC)n	Simple_repeat
Dr000298	Recon
Dr000299	Recon
gi|1480675|gb|U60877.1|AAU60877	DNA
drr900	Waterman
drr901	Waterman
drr902	Waterman
GSATX_	Satellite/centromeric
drr903	Waterman
drr904	Waterman
drr905	Waterman
E_Q9UAI3	ensembl920/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr906	Waterman
drr907	Waterman
drr908	Waterman
drr909	Waterman
autorepeat_7420	ciona_repeat
SSSINE1	SINE/Pig  
autorepeat_7421	ciona_repeat
autorepeat_7422	ciona_repeat
autorepeat_7423	ciona_repeat
autorepeat_7424	ciona_repeat
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autorepeat_8083	ciona_repeat
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autorepeat_7429	ciona_repeat
autorepeat_8085	ciona_repeat
GypsyDR2_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_8086	ciona_repeat
Hu-Z6	snoRNA Human Z6 gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|4128150|HSAJ10679  targets Cm3670
MTV9LTR1_SM	LTR/ERV
autorepeat_8087	ciona_repeat
KIDDOC_OS	DNA
autorepeat_8088	ciona_repeat
L1M2b_5end	LINE/L1
autorepeat_8089	ciona_repeat
drr910	Waterman
drr911	Waterman
drr912	Waterman
drr913	Waterman
drr914	Waterman
(CTACT)n	Simple_repeat
drr915	Waterman
drr916	Waterman
drr917	Waterman
drr918	Waterman
drr919	Waterman
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autorepeat_8096	ciona_repeat
autorepeat_8097	ciona_repeat
autorepeat_8098	ciona_repeat
autorepeat_8099	ciona_repeat
E_O23757	ensembl11145/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
E_Q9WI36	ensembl17406/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
drr920	Waterman
drr921	Waterman
drr922	Waterman
drr923	Waterman
drr924	Waterman
drr925	Waterman
drr926	Waterman
drr927	Waterman
drr928	Waterman
drr929	Waterman
autorepeat_7440	ciona_repeat
autorepeat_7441	ciona_repeat
autorepeat_4100	ciona_repeat
autorepeat_7442	ciona_repeat
autorepeat_4101	ciona_repeat
autorepeat_7443	ciona_repeat
autorepeat_7444	ciona_repeat
autorepeat_4102	ciona_repeat
autorepeat_7445	ciona_repeat
autorepeat_4103	ciona_repeat
autorepeat_7446	ciona_repeat
ATCOPIA94LTR	LTR/Copia
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autorepeat_4105	ciona_repeat
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autorepeat_4106	ciona_repeat
autorepeat_7449	ciona_repeat
autorepeat_4107	ciona_repeat
autorepeat_4108	ciona_repeat
ATCOPIA53_I	LTR/Copia
autorepeat_4109	ciona_repeat
ATLANTYS2_I	LTR/Gypsy
drr930	Waterman
gi|18001003|gb|AF295692.1|AF295692	DNA
drr931	Waterman
drr932	Waterman
drr933	Waterman
(TATAA)n	Simple_repeat
drr934	Waterman
drr935	Waterman
E_Q24690	ensembl103864/low_complexity	HYPOTHETICAL 141.0 KDA PROTEIN.
drr936	Waterman
drr937	Waterman
drr938	Waterman
drr939	Waterman
autorepeat_7450	ciona_repeat
TLD1	Unknown
autorepeat_7451	ciona_repeat
BRIDGE2_FR	LINE/Pufferfish  
TLD2	Unknown
autorepeat_4110	ciona_repeat
autorepeat_7452	ciona_repeat
TLD3	Unknown
EASEL	LTR/Salmon (Oncorhynchus keta)
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autorepeat_4111	ciona_repeat
autorepeat_7454	ciona_repeat
autorepeat_4112	ciona_repeat
autorepeat_7455	ciona_repeat
autorepeat_4113	ciona_repeat
autorepeat_7456	ciona_repeat
autorepeat_4114	ciona_repeat
autorepeat_7457	ciona_repeat
E_P10272	ensembl24230/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE].
autorepeat_4115	ciona_repeat
autorepeat_7458	ciona_repeat
autorepeat_4116	ciona_repeat
autorepeat_7459	ciona_repeat
SAMURAI_LTR	LTR/Pufferfish
autorepeat_4117	ciona_repeat
E_P23074	ensembl14606/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE].
autorepeat_4118	ciona_repeat
autorepeat_4119	ciona_repeat
TA1-2_LTR	LTR/Copia
drr940	Waterman
drr941	Waterman
drr942	Waterman
drr943	Waterman
drr944	Waterman
drr945	Waterman
autorepeat_6800	ciona_repeat
Asp.GTC	tRNA 
drr946	Waterman
autorepeat_6801	ciona_repeat
drr947	Waterman
ATGP2NI1	LTR/Gypsy
autorepeat_6802	ciona_repeat
drr948	Waterman
autorepeat_6803	ciona_repeat
drr949	Waterman
autorepeat_6804	ciona_repeat
autorepeat_7460	ciona_repeat
autorepeat_6805	ciona_repeat
autorepeat_7461	ciona_repeat
autorepeat_6806	ciona_repeat
autorepeat_7462	ciona_repeat
autorepeat_4120	ciona_repeat
autorepeat_6807	ciona_repeat
autorepeat_7463	ciona_repeat
autorepeat_4121	ciona_repeat
autorepeat_6808	ciona_repeat
autorepeat_7464	ciona_repeat
gi|159642|gb|M93689.1|MSQT1RET	DNA
autorepeat_4122	ciona_repeat
autorepeat_6809	ciona_repeat
autorepeat_7465	ciona_repeat
autorepeat_4123	ciona_repeat
autorepeat_7466	ciona_repeat
autorepeat_4124	ciona_repeat
autorepeat_7467	ciona_repeat
autorepeat_4125	ciona_repeat
autorepeat_7468	ciona_repeat
autorepeat_4126	ciona_repeat
autorepeat_7469	ciona_repeat
autorepeat_4127	ciona_repeat
autorepeat_4128	ciona_repeat
autorepeat_4129	ciona_repeat
drr950	Waterman
drr951	Waterman
(CATA)n	Simple_repeat
drr952	Waterman
BARI1	DNA/Tc1
drr953	Waterman
drr954	Waterman
5721,124739,81702	DNA
drr955	Waterman
ANGEL	DNA/HAT
autorepeat_6810	ciona_repeat
drr956	Waterman
autorepeat_6811	ciona_repeat
drr957	Waterman
autorepeat_6812	ciona_repeat
drr958	Waterman
autorepeat_6813	ciona_repeat
drr959	Waterman
autorepeat_6814	ciona_repeat
autorepeat_7470	ciona_repeat
autorepeat_6815	ciona_repeat
autorepeat_7471	ciona_repeat
autorepeat_6816	ciona_repeat
autorepeat_7472	ciona_repeat
(CAGTT)n	Simple_repeat
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autorepeat_6817	ciona_repeat
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autorepeat_4131	ciona_repeat
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autorepeat_4134	ciona_repeat
autorepeat_7477	ciona_repeat
autorepeat_4135	ciona_repeat
autorepeat_7478	ciona_repeat
autorepeat_4136	ciona_repeat
autorepeat_7479	ciona_repeat
E_Q18125	ensembl9619/trans	HYPOTHETICAL 51.7 KDA PROTEIN.
autorepeat_4137	ciona_repeat
E_Q93139	ensembl16622/low_complexity	ORF2.
autorepeat_4138	ciona_repeat
autorepeat_4139	ciona_repeat
MAPMS33	Other
TOS1_OS	LTR
drr960	Waterman
drr961	Waterman
drr962	Waterman
drr963	Waterman
LTR10A	LTR/ERV1  HERVI-LTR 14%
drr964	Waterman
LTR10B	LTR/ERV1 HERVI-LTR 13-14% (plus matches to distinct subs)
drr965	Waterman
LTR10C	LTR/ERV1 HERVI-LTR 6%
autorepeat_6820	ciona_repeat
drr966	Waterman
LTR10D	LTR/ERV1 HERVI-LTR 10% div 
autorepeat_6821	ciona_repeat
drr967	Waterman
gi|11612462|gb|AF294475.1|AF294475	DNA
LTR10E	LTR/ERV1 HERVI-LTR 10% div
autorepeat_6822	ciona_repeat
drr968	Waterman
autorepeat_6823	ciona_repeat
LTR10F	LTR/ERV1
drr969	Waterman
autorepeat_6824	ciona_repeat
autorepeat_7480	ciona_repeat
LTR10G	LTR/ERV1 14%
autorepeat_6825	ciona_repeat
autorepeat_7481	ciona_repeat
autorepeat_6826	ciona_repeat
autorepeat_7482	ciona_repeat
autorepeat_4140	ciona_repeat
autorepeat_6827	ciona_repeat
autorepeat_7483	ciona_repeat
autorepeat_4141	ciona_repeat
autorepeat_6828	ciona_repeat
autorepeat_7484	ciona_repeat
autorepeat_4142	ciona_repeat
autorepeat_6829	ciona_repeat
autorepeat_7485	ciona_repeat
autorepeat_4143	ciona_repeat
autorepeat_7486	ciona_repeat
autorepeat_4144	ciona_repeat
autorepeat_7487	ciona_repeat
autorepeat_4145	ciona_repeat
autorepeat_7488	ciona_repeat
autorepeat_4146	ciona_repeat
autorepeat_7489	ciona_repeat
autorepeat_4147	ciona_repeat
autorepeat_4148	ciona_repeat
autorepeat_4149	ciona_repeat
FUGUSAT1	Satellite mini-satellite_repeat_118-bp_Brenner_et_al_1993
VANDAL18NA	DNA/MuDR
VANDAL18NB	DNA/MuDR
drr970	Waterman
drr971	Waterman
drr972	Waterman
130594..103316	DNA
drr973	Waterman
drr974	Waterman
drr975	Waterman
autorepeat_6830	ciona_repeat
drr976	Waterman
TC1DR1	DNA/TC1
autorepeat_6831	ciona_repeat
drr977	Waterman
TC1DR2	DNA/TC1
autorepeat_6832	ciona_repeat
drr978	Waterman
TC1DR3	DNA/TC1
autorepeat_6833	ciona_repeat
drr979	Waterman
ATCOPIA26LTR	LTR/Copia
autorepeat_6834	ciona_repeat
autorepeat_7490	ciona_repeat
DMHCHRMA	DNA
autorepeat_6835	ciona_repeat
autorepeat_7491	ciona_repeat
autorepeat_6836	ciona_repeat
autorepeat_7492	ciona_repeat
autorepeat_4150	ciona_repeat
autorepeat_6837	ciona_repeat
autorepeat_7493	ciona_repeat
77905..46088	DNA
autorepeat_4151	ciona_repeat
autorepeat_6838	ciona_repeat
autorepeat_7494	ciona_repeat
autorepeat_4152	ciona_repeat
autorepeat_6839	ciona_repeat
autorepeat_7495	ciona_repeat
autorepeat_4153	ciona_repeat
autorepeat_7496	ciona_repeat
autorepeat_4154	ciona_repeat
autorepeat_7497	ciona_repeat
Hu-U71a	snoRNA Human U71a pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145441|emb|Y11165.1|HSSNOU71A
autorepeat_4155	ciona_repeat
autorepeat_7498	ciona_repeat
CEREBA_I	LTR/Barley gypsy
Hu-U71b	snoRNA Human U71b pu haca snoRNA intron ?? ?? gi|2145442|emb|Y11166.1|HSSNOU71B
autorepeat_4156	ciona_repeat
autorepeat_7499	ciona_repeat
RLTRSRC_MA	LTR/ERV
autorepeat_4157	ciona_repeat
autorepeat_4158	ciona_repeat
autorepeat_4159	ciona_repeat
(CAGG)n	Simple_repeat
drr980	Waterman
drr981	Waterman
drr982	Waterman
drr983	Waterman
drr984	Waterman
LTR12B	LTR/ERV1
drr985	Waterman
autorepeat_6840	ciona_repeat
LTR12C	LTR/ERV1
drr986	Waterman
IAPEy-int	LTR/ERVK
autorepeat_6841	ciona_repeat
LTR12D	LTR/ERV1
drr987	Waterman
autorepeat_6842	ciona_repeat
LTR12E	LTR/ERV1
drr988	Waterman
L1PA10	LINE/L1
autorepeat_3500	ciona_repeat
autorepeat_6843	ciona_repeat
drr989	Waterman
L1PA11	LINE/L1
autorepeat_3501	ciona_repeat
autorepeat_6844	ciona_repeat
L1PA12	LINE/L1
autorepeat_3502	ciona_repeat
autorepeat_6845	ciona_repeat
L1PA13	LINE/L1
autorepeat_3503	ciona_repeat
autorepeat_6846	ciona_repeat
L1PA14	LINE/L1
autorepeat_3504	ciona_repeat
autorepeat_4160	ciona_repeat
autorepeat_6847	ciona_repeat
L1PA15	LINE/L1
autorepeat_3505	ciona_repeat
autorepeat_4161	ciona_repeat
autorepeat_6848	ciona_repeat
E_Q93645	ensembl9699/low_complexity	F30A10.7 PROTEIN.
L1PA16	LINE/L1
autorepeat_3506	ciona_repeat
autorepeat_4162	ciona_repeat
autorepeat_6849	ciona_repeat
autorepeat_3507	ciona_repeat
autorepeat_4163	ciona_repeat
L1PA17	LINE/L1
autorepeat_3508	ciona_repeat
autorepeat_4164	ciona_repeat
ATCOPIA47_I	LTR/Copia
autorepeat_3509	ciona_repeat
autorepeat_4165	ciona_repeat
autorepeat_4166	ciona_repeat
autorepeat_4167	ciona_repeat
autorepeat_4168	ciona_repeat
autorepeat_4169	ciona_repeat
FUGUREP1	Unknown
FUGUREP2	Unknown  has satellitic qualities
FUGUREP3	DNA/MuDR?  18% kimura,  faint homology at protein level to Arnold4 in Arabidopsis (E val 0.009), possibly not significant
drr990	Waterman
drr991	Waterman
drr992	Waterman
drr993	Waterman
E_Q9NBX4	ensembl12276/low_complexity	HYPOTHETICAL 102.8 KDA PROTEIN.
LTR13A	LTR/ERVK
drr994	Waterman
R1_DM	LINE/R1  R1Dm.
drr995	Waterman
autorepeat_6850	ciona_repeat
drr996	Waterman
DOC2	DNA
autorepeat_6851	ciona_repeat
drr997	Waterman
DOC3	DNA
autorepeat_6852	ciona_repeat
drr998	Waterman
autorepeat_3510	ciona_repeat
autorepeat_6853	ciona_repeat
drr999	Waterman
autorepeat_3511	ciona_repeat
autorepeat_6854	ciona_repeat
autorepeat_3512	ciona_repeat
autorepeat_6855	ciona_repeat
autorepeat_3513	ciona_repeat
autorepeat_6856	ciona_repeat
148129	DNA
autorepeat_3514	ciona_repeat
autorepeat_4170	ciona_repeat
autorepeat_6857	ciona_repeat
autorepeat_3515	ciona_repeat
autorepeat_4171	ciona_repeat
autorepeat_6858	ciona_repeat
autorepeat_3516	ciona_repeat
autorepeat_4172	ciona_repeat
autorepeat_6859	ciona_repeat
autorepeat_3517	ciona_repeat
autorepeat_4173	ciona_repeat
autorepeat_3518	ciona_repeat
autorepeat_4174	ciona_repeat
Hu-U73a	snoRNA Human U73a gmeth c/d snoRNA intron 4 ribosomal protein S3a (RPS3a) gi|1841927|HSZ83334
autorepeat_3519	ciona_repeat
autorepeat_4175	ciona_repeat
Hu-U73b	snoRNA Human U73b gmeth c/d snoRNa intron 3 ribosomal protein S3a gi|1841927
autorepeat_4176	ciona_repeat
autorepeat_4177	ciona_repeat
ATHILA	LTR/Gypsy
autorepeat_4178	ciona_repeat
autorepeat_4179	ciona_repeat
autorepeat_400	ciona_repeat
autorepeat_401	ciona_repeat
autorepeat_402	ciona_repeat
autorepeat_403	ciona_repeat
E_Q9U1P8	ensembl11666/trans	Y94A7B.2 PROTEIN.
autorepeat_404	ciona_repeat
autorepeat_405	ciona_repeat
autorepeat_406	ciona_repeat
autorepeat_407	ciona_repeat
CATCH_I	LTR/Pufferfish  
(GGAA)n	Simple_repeat
autorepeat_408	ciona_repeat
autorepeat_409	ciona_repeat
LTR14A	LTR/ERVK  6% div HERVK14-LTR
LTR14B	LTR/ERVK  6% div HERVK14-LTR
LTR14C	LTR/ERVK HERVK14C-LTR
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autorepeat_6861	ciona_repeat
autorepeat_6862	ciona_repeat
autorepeat_3520	ciona_repeat
autorepeat_6863	ciona_repeat
INVADER4_I	LTR/Gypsy
autorepeat_3521	ciona_repeat
autorepeat_6864	ciona_repeat
autorepeat_3522	ciona_repeat
autorepeat_6865	ciona_repeat
autorepeat_3523	ciona_repeat
autorepeat_6866	ciona_repeat
HATN15_DR	DNA
TOL3_OL	DNA/Medaka  (Oryzias latipes)
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autorepeat_4180	ciona_repeat
autorepeat_6867	ciona_repeat
autorepeat_3525	ciona_repeat
autorepeat_4181	ciona_repeat
autorepeat_6868	ciona_repeat
autorepeat_3526	ciona_repeat
autorepeat_4182	ciona_repeat
autorepeat_6869	ciona_repeat
autorepeat_3527	ciona_repeat
autorepeat_4183	ciona_repeat
autorepeat_3528	ciona_repeat
autorepeat_4184	ciona_repeat
autorepeat_3529	ciona_repeat
autorepeat_4185	ciona_repeat
autorepeat_4186	ciona_repeat
autorepeat_4187	ciona_repeat
autorepeat_4188	ciona_repeat
autorepeat_4189	ciona_repeat
(AGGGGG)n	Simple_repeat
autorepeat_410	ciona_repeat
autorepeat_411	ciona_repeat
Ala_tRNA	tRNA
ARNOLDY1	DNA/MuDR
autorepeat_412	ciona_repeat
ARNOLDY2	DNA/MuDR
autorepeat_413	ciona_repeat
ATCOPIA60LTR	LTR/Copia
autorepeat_414	ciona_repeat
autorepeat_415	ciona_repeat
autorepeat_416	ciona_repeat
autorepeat_417	ciona_repeat
autorepeat_418	ciona_repeat
autorepeat_419	ciona_repeat
27374,102467..46115	DNA
152069,22298..49677,24221..55237,68737..64729,147450..126626	DNA
autorepeat_6870	ciona_repeat
autorepeat_6871	ciona_repeat
autorepeat_6872	ciona_repeat
autorepeat_3530	ciona_repeat
autorepeat_6873	ciona_repeat
autorepeat_3531	ciona_repeat
autorepeat_6874	ciona_repeat
autorepeat_3532	ciona_repeat
autorepeat_6875	ciona_repeat
autorepeat_3533	ciona_repeat
autorepeat_6876	ciona_repeat
autorepeat_3534	ciona_repeat
autorepeat_4190	ciona_repeat
autorepeat_6877	ciona_repeat
autorepeat_3535	ciona_repeat
autorepeat_4191	ciona_repeat
autorepeat_6878	ciona_repeat
autorepeat_3536	ciona_repeat
autorepeat_4192	ciona_repeat
autorepeat_6879	ciona_repeat
autorepeat_3537	ciona_repeat
autorepeat_4193	ciona_repeat
autorepeat_3538	ciona_repeat
autorepeat_4194	ciona_repeat
105796,128056..122367,140834..123527,98585..45562	DNA
DM23420	DNA
autorepeat_3539	ciona_repeat
autorepeat_4195	ciona_repeat
autorepeat_4196	ciona_repeat
autorepeat_4197	ciona_repeat
autorepeat_4198	ciona_repeat
autorepeat_4199	ciona_repeat
E_Q963Z3	ensembl7725/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
E_O61451	ensembl18662/low_complexity	TRANSPOSASE.
autorepeat_420	ciona_repeat
autorepeat_421	ciona_repeat
autorepeat_422	ciona_repeat
autorepeat_423	ciona_repeat
autorepeat_424	ciona_repeat
autorepeat_425	ciona_repeat
autorepeat_426	ciona_repeat
gi|1420918|gb|U55049.1|AGU55049	DNA
autorepeat_427	ciona_repeat
AluSg1	SINE/Alu
autorepeat_428	ciona_repeat
autorepeat_429	ciona_repeat
LTR16A	LTR/ERVL   >20% div  HERV(L)16 LTR
LTR16B	LTR/ERVL   >20% div HERV(L)16 LTR
LTR16C	LTR/ERVL  23-25% div HERV(L)16 LTR
ATMU1	DNA/MuDR
autorepeat_6880	ciona_repeat
ATCOPIA79LTR	LTR/Copia
ATMU2	DNA/MuDR
autorepeat_6881	ciona_repeat
LTR16D	LTR/ERVL 28% div, 37% kimura 20jul2001
ATMU3	DNA/MuDR
(CAG)n	Simple_repeat
autorepeat_6882	ciona_repeat
ATMU4	DNA/MuDR
autorepeat_3540	ciona_repeat
autorepeat_6883	ciona_repeat
autorepeat_3541	ciona_repeat
autorepeat_6884	ciona_repeat
ATMU5	DNA/MuDR
autorepeat_3542	ciona_repeat
autorepeat_6885	ciona_repeat
ATMU6	DNA/MuDR
autorepeat_3543	ciona_repeat
autorepeat_6886	ciona_repeat
ATMU7	DNA/MuDR
autorepeat_3544	ciona_repeat
autorepeat_6887	ciona_repeat
ATMU8	DNA/MuDR
autorepeat_3545	ciona_repeat
autorepeat_6888	ciona_repeat
ATMU9	DNA/MuDR
autorepeat_3546	ciona_repeat
autorepeat_6889	ciona_repeat
autorepeat_3547	ciona_repeat
autorepeat_3548	ciona_repeat
autorepeat_3549	ciona_repeat
(CACGT)n	Simple_repeat
Gln.TTG	tRNA 
E_Q9U998	ensembl7152/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_430	ciona_repeat
autorepeat_431	ciona_repeat
autorepeat_432	ciona_repeat
autorepeat_433	ciona_repeat
autorepeat_434	ciona_repeat
autorepeat_435	ciona_repeat
autorepeat_436	ciona_repeat
autorepeat_437	ciona_repeat
autorepeat_438	ciona_repeat
autorepeat_439	ciona_repeat
autorepeat_6890	ciona_repeat
Contig800	WI_ciona_repeat
LTR46-int	LTR/ERV1
autorepeat_6891	ciona_repeat
Contig801	WI_ciona_repeat
autorepeat_6892	ciona_repeat
Contig802	WI_ciona_repeat
autorepeat_3550	ciona_repeat
autorepeat_6893	ciona_repeat
BHIKHARI_I	LTR
Contig803	WI_ciona_repeat
autorepeat_3551	ciona_repeat
autorepeat_6894	ciona_repeat
autorepeat_3552	ciona_repeat
autorepeat_6895	ciona_repeat
Contig804	WI_ciona_repeat
autorepeat_3553	ciona_repeat
autorepeat_6896	ciona_repeat
Contig805	WI_ciona_repeat
MER41-internal	LTR/MER4-group  
ATCOPIA8BLTR	LTR/Copia 
autorepeat_3554	ciona_repeat
autorepeat_6897	ciona_repeat
Contig806	WI_ciona_repeat
autorepeat_3555	ciona_repeat
autorepeat_6898	ciona_repeat
Contig807	WI_ciona_repeat
autorepeat_3556	ciona_repeat
autorepeat_6899	ciona_repeat
Contig808	WI_ciona_repeat
autorepeat_3557	ciona_repeat
Contig809	WI_ciona_repeat
(GGAGA)n	Simple_repeat
autorepeat_3558	ciona_repeat
autorepeat_3559	ciona_repeat
REP3	LTR/ERVL 20% div, 5 bp target duplication site
PB1D7	SINE/Alu
PB1D9	SINE/Alu
E_O76252	ensembl15363/low_complexity	TRANSPOSASE.
autorepeat_440	ciona_repeat
gi|3095138|gb|AF054222.1|AF054222	DNA
autorepeat_441	ciona_repeat
L1MC4_5end	LINE/L1
autorepeat_442	ciona_repeat
autorepeat_443	ciona_repeat
autorepeat_444	ciona_repeat
autorepeat_445	ciona_repeat
autorepeat_446	ciona_repeat
autorepeat_447	ciona_repeat
autorepeat_448	ciona_repeat
autorepeat_449	ciona_repeat
LTR18A	LTR/ERVL HERVL18 LTR    14-15% div, not obs in other mammals
LTR18B	LTR/ERVL HERVL18 LTR    14-15% div, not obs in other mammals
NTS_DM	Other D. melanogaster rRNA nontranscribed spacer.
autorepeat_2900	ciona_repeat
autorepeat_2901	ciona_repeat
E_Q9NBI9	ensembl9019/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Contig810	WI_ciona_repeat
autorepeat_2902	ciona_repeat
Contig811	WI_ciona_repeat
autorepeat_2903	ciona_repeat
Contig812	WI_ciona_repeat
autorepeat_2904	ciona_repeat
autorepeat_3560	ciona_repeat
autorepeat_2905	ciona_repeat
autorepeat_3561	ciona_repeat
autorepeat_2906	ciona_repeat
Contig813	WI_ciona_repeat
autorepeat_3562	ciona_repeat
Contig814	WI_ciona_repeat
autorepeat_2907	ciona_repeat
autorepeat_3563	ciona_repeat
Contig815	WI_ciona_repeat
autorepeat_2908	ciona_repeat
autorepeat_3564	ciona_repeat
Contig816	WI_ciona_repeat
autorepeat_2909	ciona_repeat
autorepeat_3565	ciona_repeat
Contig817	WI_ciona_repeat
autorepeat_3566	ciona_repeat
E_Q963X9	ensembl12574/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Contig818	WI_ciona_repeat
autorepeat_3567	ciona_repeat
Contig819	WI_ciona_repeat
autorepeat_3568	ciona_repeat
autorepeat_3569	ciona_repeat
gi|6671102:1412-1645,	DNA
E_Q9C697	ensembl31140/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE, PUTATIVE.
autorepeat_450	ciona_repeat
autorepeat_451	ciona_repeat
autorepeat_452	ciona_repeat
autorepeat_453	ciona_repeat
autorepeat_454	ciona_repeat
autorepeat_455	ciona_repeat
MER70B	LTR/ERVL 21%    5 bp duplications
autorepeat_456	ciona_repeat
autorepeat_457	ciona_repeat
autorepeat_458	ciona_repeat
autorepeat_459	ciona_repeat
LTR19A	LTR/ERV1 10% mer4 group
LTR19B	LTR/ERV1  8% mer4 group
autorepeat_2910	ciona_repeat
SINE3-1	SINE
LTR19C	LTR/ERV1 ~13% div
autorepeat_2911	ciona_repeat
Contig820	WI_ciona_repeat
autorepeat_2912	ciona_repeat
Contig821	WI_ciona_repeat
autorepeat_2913	ciona_repeat
autorepeat_2914	ciona_repeat
autorepeat_3570	ciona_repeat
Contig822	WI_ciona_repeat
autorepeat_2915	ciona_repeat
autorepeat_3571	ciona_repeat
Lys.TTT	tRNA 
Contig823	WI_ciona_repeat
autorepeat_2916	ciona_repeat
autorepeat_3572	ciona_repeat
Contig824	WI_ciona_repeat
autorepeat_2917	ciona_repeat
autorepeat_3573	ciona_repeat
GYPSYDR1_LTR	repeat
Contig825	WI_ciona_repeat
autorepeat_2918	ciona_repeat
autorepeat_3574	ciona_repeat
Contig826	WI_ciona_repeat
autorepeat_2919	ciona_repeat
autorepeat_3575	ciona_repeat
Contig827	WI_ciona_repeat
autorepeat_3576	ciona_repeat
Contig828	WI_ciona_repeat
autorepeat_3577	ciona_repeat
Contig829	WI_ciona_repeat
autorepeat_3578	ciona_repeat
autorepeat_3579	ciona_repeat
L1PA8A	LINE/L1
E_Q967Q8	ensembl15359/low_complexity	MARINER-LIKE TRANSPOSASE.
autorepeat_460	ciona_repeat
F_Prefect	DNA/Tip100  12jul2001
autorepeat_461	ciona_repeat
autorepeat_462	ciona_repeat
autorepeat_463	ciona_repeat
autorepeat_464	ciona_repeat
DM1731	LTR/Copia  Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 sequence.
autorepeat_465	ciona_repeat
(CAAA)n	Simple_repeat
autorepeat_466	ciona_repeat
autorepeat_467	ciona_repeat
autorepeat_468	ciona_repeat
RTE1	LINE/RTE
autorepeat_469	ciona_repeat
autorepeat_2920	ciona_repeat
gi|6671106:<1-2793,	DNA
autorepeat_2921	ciona_repeat
Contig830	WI_ciona_repeat
autorepeat_2922	ciona_repeat
autorepeat_2923	ciona_repeat
Contig831	WI_ciona_repeat
autorepeat_2924	ciona_repeat
autorepeat_3580	ciona_repeat
Contig832	WI_ciona_repeat
(CAGAT)n	Simple_repeat
autorepeat_2925	ciona_repeat
autorepeat_3581	ciona_repeat
Contig833	WI_ciona_repeat
autorepeat_2926	ciona_repeat
autorepeat_3582	ciona_repeat
HIND3_MS	Unknown/Bass (Morone sp)
autorepeat_2927	ciona_repeat
Contig834	WI_ciona_repeat
autorepeat_3583	ciona_repeat
Contig835	WI_ciona_repeat
autorepeat_2928	ciona_repeat
autorepeat_3584	ciona_repeat
Contig836	WI_ciona_repeat
autorepeat_2929	ciona_repeat
autorepeat_3585	ciona_repeat
Contig837	WI_ciona_repeat
LTR25-internal	LTR/Retroviral?
autorepeat_3586	ciona_repeat
Contig838	WI_ciona_repeat
autorepeat_3587	ciona_repeat
Contig839	WI_ciona_repeat
autorepeat_3588	ciona_repeat
autorepeat_3589	ciona_repeat
RMER12	LTR
GYPSY_LTR	LTR/Gypsy
AluJb	SINE/Alu
ACRO1_	Satellite/acromeric
RIRE3_OSLTR	LTR/Gypsy
RMER14	LTR
RMER15	LTR
RMER16	LTR
RMER19	LTR  6p dupl, orientation unknown
autorepeat_470	ciona_repeat
COPIA2_I	LTR/Copia
autorepeat_471	ciona_repeat
autorepeat_472	ciona_repeat
autorepeat_473	ciona_repeat
autorepeat_474	ciona_repeat
AluJo	SINE/Alu
autorepeat_475	ciona_repeat
MER72B	LTR/ERV1 18%
autorepeat_476	ciona_repeat
RMER1A	Unknown
autorepeat_477	ciona_repeat
RMER1B	Unknown
autorepeat_478	ciona_repeat
autorepeat_479	ciona_repeat
ATHILA8A_I	LTR/Gypsy
autorepeat_2930	ciona_repeat
autorepeat_2931	ciona_repeat
autorepeat_2932	ciona_repeat
Contig840	WI_ciona_repeat
DMSUF1	DNA
autorepeat_2933	ciona_repeat
Contig841	WI_ciona_repeat
DMSUF2	DNA
autorepeat_2934	ciona_repeat
autorepeat_3590	ciona_repeat
Contig842	WI_ciona_repeat
DMSUF3	DNA
autorepeat_2935	ciona_repeat
autorepeat_3591	ciona_repeat
B2_Cat	SINE/B2 2-3% div
Contig843	WI_ciona_repeat
DMSUF4	DNA
autorepeat_2936	ciona_repeat
autorepeat_3592	ciona_repeat
Contig844	WI_ciona_repeat
TIR23T5A_CE	DNA
DMSUF5	DNA
autorepeat_2937	ciona_repeat
autorepeat_3593	ciona_repeat
Contig845	WI_ciona_repeat
autorepeat_2938	ciona_repeat
autorepeat_3594	ciona_repeat
Contig846	WI_ciona_repeat
RLTR7_RN	LTR/ERVK
autorepeat_2939	ciona_repeat
autorepeat_3595	ciona_repeat
Contig847	WI_ciona_repeat
autorepeat_3596	ciona_repeat
Contig848	WI_ciona_repeat
autorepeat_3597	ciona_repeat
Contig849	WI_ciona_repeat
RMER20	LTR/ERVK?
autorepeat_3598	ciona_repeat
ZMGYPSYX1	LTR/Maize
autorepeat_3599	ciona_repeat
OSVALDO_LTR	LTR/Gypsy
170429..51533	DNA
autorepeat_480	ciona_repeat
autorepeat_481	ciona_repeat
autorepeat_482	ciona_repeat
autorepeat_483	ciona_repeat
autorepeat_484	ciona_repeat
autorepeat_485	ciona_repeat
autorepeat_486	ciona_repeat
LTR38-int	LTR/ERV1  mer4 group 
KORV_LTR	LTR/Koala
autorepeat_487	ciona_repeat
autorepeat_488	ciona_repeat
autorepeat_489	ciona_repeat
autorepeat_2940	ciona_repeat
autorepeat_2941	ciona_repeat
autorepeat_2942	ciona_repeat
Contig850	WI_ciona_repeat
autorepeat_2943	ciona_repeat
Contig851	WI_ciona_repeat
autorepeat_2944	ciona_repeat
Contig852	WI_ciona_repeat
autorepeat_2945	ciona_repeat
Contig853	WI_ciona_repeat
autorepeat_2946	ciona_repeat
Contig854	WI_ciona_repeat
autorepeat_2947	ciona_repeat
Contig855	WI_ciona_repeat
autorepeat_2948	ciona_repeat
Contig856	WI_ciona_repeat
DMHSP7	DNA
autorepeat_2949	ciona_repeat
Contig857	WI_ciona_repeat
Contig858	WI_ciona_repeat
CEMUDR1	DNA/MuDR
Contig859	WI_ciona_repeat
CEMUDR2	DNA/MuDR
RMER30	DNA/MER1_type bp 90 to end matches bp 110-end of MER30 87%
UB3_XL	DNA/T2
autorepeat_490	ciona_repeat
autorepeat_491	ciona_repeat
autorepeat_492	ciona_repeat
autorepeat_493	ciona_repeat
autorepeat_494	ciona_repeat
MER74A	LTR/ERVL mer73-type  20% div
autorepeat_495	ciona_repeat
MER74B	LTR/ERVL mer73-type  22% div
(TTAA)n	Simple_repeat
autorepeat_496	ciona_repeat
MER74C	LTR/ERVL mer73-type  22% div LTRs of HERV-L74
autorepeat_497	ciona_repeat
autorepeat_498	ciona_repeat
autorepeat_499	ciona_repeat
autorepeat_2950	ciona_repeat
autorepeat_2951	ciona_repeat
autorepeat_2952	ciona_repeat
Contig860	WI_ciona_repeat
autorepeat_2953	ciona_repeat
TOURIST_ZM	DNA
Contig861	WI_ciona_repeat
autorepeat_2954	ciona_repeat
Contig862	WI_ciona_repeat
autorepeat_2955	ciona_repeat
Contig863	WI_ciona_repeat
autorepeat_2956	ciona_repeat
Contig864	WI_ciona_repeat
autorepeat_2957	ciona_repeat
Contig865	WI_ciona_repeat
autorepeat_2958	ciona_repeat
Contig866	WI_ciona_repeat
autorepeat_2959	ciona_repeat
Contig867	WI_ciona_repeat
Contig868	WI_ciona_repeat
PARIS	DNA/Tc1
Contig869	WI_ciona_repeat
SMAIDIV	SINE/Salmon (Oncorhynchus keta)
MMERGLN-int	LTR/ERV1  (has RLTR1 LTRs)
4240,110658	DNA
MER75B	DNA/T2_type  11% div
RMER4A	LTR/ERVK 12% div, 6 bp dup
RMER4B	LTR/ERVK 13% div, 6 bp dup
autorepeat_2960	ciona_repeat
autorepeat_2961	ciona_repeat
autorepeat_2962	ciona_repeat
Contig870	WI_ciona_repeat
autorepeat_2963	ciona_repeat
Contig871	WI_ciona_repeat
gi|600845|gb|U11659.1|AGU11659	DNA
autorepeat_2964	ciona_repeat
Contig872	WI_ciona_repeat
autorepeat_2965	ciona_repeat
Contig873	WI_ciona_repeat
autorepeat_2966	ciona_repeat
Contig874	WI_ciona_repeat
autorepeat_2967	ciona_repeat
Contig875	WI_ciona_repeat
autorepeat_2968	ciona_repeat
Contig876	WI_ciona_repeat
TRSA_OS	Satellite  Rice RSOs81X19 insert DNA with repeat units R1-R6.
autorepeat_2969	ciona_repeat
Contig877	WI_ciona_repeat
Contig878	WI_ciona_repeat
Contig879	WI_ciona_repeat
LSU_ribosomal(28S)	rDNA U13369.1 Human ribosomal DNA complete repeating unit [7935..12969]
ATCOPIA45LTR	LTR/Copia
DMIS176	DNA
E_Q947Y5	ensembl24060/trans	PUTATIVE RETROELEMENT.
TABOR_LTR	LTR/Gypsy
Cys.GCA	tRNA 
autorepeat_2970	ciona_repeat
autorepeat_2971	ciona_repeat
autorepeat_2972	ciona_repeat
Contig880	WI_ciona_repeat
autorepeat_2973	ciona_repeat
E_Q95NQ7	ensembl12575/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
E_O61453	ensembl6402/trans	TRANSPOSASE.
Contig881	WI_ciona_repeat
autorepeat_2974	ciona_repeat
Contig882	WI_ciona_repeat
autorepeat_2975	ciona_repeat
Contig883	WI_ciona_repeat
autorepeat_2976	ciona_repeat
E_Q95NS6	ensembl3271/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Contig884	WI_ciona_repeat
autorepeat_2977	ciona_repeat
Contig885	WI_ciona_repeat
autorepeat_2978	ciona_repeat
Contig886	WI_ciona_repeat
autorepeat_2979	ciona_repeat
Contig887	WI_ciona_repeat
Contig888	WI_ciona_repeat
Contig889	WI_ciona_repeat
REX3	LINE/Fish
RMER6A	LTR 12-13%
RMER6B	LTR   13-14%  6bp dup
autorepeat_2980	ciona_repeat
autorepeat_2981	ciona_repeat
autorepeat_2982	ciona_repeat
ATHILA7_I	LTR/Gypsy
Contig890	WI_ciona_repeat
autorepeat_2983	ciona_repeat
Contig891	WI_ciona_repeat
autorepeat_2984	ciona_repeat
Contig892	WI_ciona_repeat
autorepeat_2985	ciona_repeat
Contig893	WI_ciona_repeat
autorepeat_2986	ciona_repeat
Contig894	WI_ciona_repeat
autorepeat_2987	ciona_repeat
Contig895	WI_ciona_repeat
autorepeat_2988	ciona_repeat
Contig896	WI_ciona_repeat
autorepeat_2989	ciona_repeat
Contig897	WI_ciona_repeat
Contig898	WI_ciona_repeat
Contig899	WI_ciona_repeat
ATHILA4C_LTR	LTR/Gypsy
gi|5804805|emb|AJ006558.1|AME6558	DNA
HATN2_DR	DNA
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autorepeat_2991	ciona_repeat
autorepeat_2992	ciona_repeat
CELE46A	DNA
autorepeat_2993	ciona_repeat
CELE46B	DNA
autorepeat_2994	ciona_repeat
autorepeat_2995	ciona_repeat
autorepeat_2996	ciona_repeat
autorepeat_2997	ciona_repeat
autorepeat_2998	ciona_repeat
ATCOPIA10_LTR	LTR/Copia
autorepeat_2999	ciona_repeat
Dr000300	Recon
Dr000301	Recon
Dr000302	Recon
S_DM	DNA/Tc1
Dr000303	Recon
Dr000304	Recon
Dr000305	Recon
Dr000306	Recon
E_Q9ZQU1	ensembl10413/trans	POLYPROTEIN (FRAGMENT).
Dr000307	Recon
Dr000308	Recon
Dr000309	Recon
L1-4_DR	LINE/L1
(CATCG)n	Simple_repeat
ATMSAT1	Satellite
(CTAGT)n	Simple_repeat
L1PBa_5end	LINE/L1
Hu-E1_U17a	snoRNA Human E1 rRNa cleavage haca snoRNA intron 1 RCC1 (see notation for gi|292871) gi|409220|HUMSNE17X  5' ETS & 18S (x-linked)
Dr000310	Recon
E_Q95JI3	ensembl63140/trans	HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN.
Dr000311	Recon
Dr000312	Recon
IAPLTR_MA	LTR/ERVK
Dr000313	Recon
Dr000314	Recon
Dr000315	Recon
Dr000316	Recon
Dr000317	Recon
Dr000318	Recon
Dr000319	Recon
E_Q9XXW0	ensembl16637/low_complexity	ENDONUCLEASE AND REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN.
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autorepeat_8101	ciona_repeat
autorepeat_8102	ciona_repeat
autorepeat_8103	ciona_repeat
autorepeat_8104	ciona_repeat
Dr000320	Recon
L1_5end	LINE/L1
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Dr000321	Recon
AluSc	SINE/Alu
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Dr000322	Recon
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Dr000323	Recon
autorepeat_8108	ciona_repeat
ATCOPIA93_I	LTR/Copia
Dr000324	Recon
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AluSg	SINE/Alu
Dr000325	Recon
Dr000326	Recon
Dr000327	Recon
Dr000328	Recon
Dr000329	Recon
AluSp	SINE/Alu
AluSq	SINE/Alu
136419	DNA
AluSx	SINE/Alu
Val.TAC	tRNA 
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E_O17298	ensembl4817/trans	HYPOTHETICAL 39.6 KDA PROTEIN.
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Dr000331	Recon
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Dr000332	Recon
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Dr000333	Recon
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Dr000334	Recon
Dr000335	Recon
Dr000336	Recon
Dr000337	Recon
Dr000338	Recon
DME9736	DNA
Dr000339	Recon
109683	DNA
autorepeat_8120	ciona_repeat
PMR6	Other
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Dr000340	Recon
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Dr000341	Recon
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Dr000342	Recon
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Dr000343	Recon
autorepeat_8129	ciona_repeat
Dr000344	Recon
Dr000345	Recon
Dr000346	Recon
PAL5A_CE	DNA
Dr000347	Recon
Dr000348	Recon
Dr000349	Recon
DMSUPF	DNA
ALR6/alpha	Satellite/centromeric
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autorepeat_8131	ciona_repeat
autorepeat_8132	ciona_repeat
autorepeat_8133	ciona_repeat
autorepeat_8134	ciona_repeat
Dr000350	Recon
autorepeat_8135	ciona_repeat
Dr000351	Recon
autorepeat_8136	ciona_repeat
autorepeat_8137	ciona_repeat
E_O64612	ensembl42634/trans	PUTATIVE NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE.
Dr000352	Recon
autorepeat_8138	ciona_repeat
Dr000353	Recon
autorepeat_8139	ciona_repeat
Dr000354	Recon
Dr000355	Recon
Dr000356	Recon
Dr000357	Recon
Dr000358	Recon
Dr000359	Recon
SINEC_Fc2	SINE/Lys 10% div, undoubtedly heterologous
ATCOPIA11LTR	LTR/Copia 
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autorepeat_8141	ciona_repeat
autorepeat_8142	ciona_repeat
autorepeat_8143	ciona_repeat
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Dr000360	Recon
autorepeat_8145	ciona_repeat
autorepeat_8146	ciona_repeat
Dr000361	Recon
autorepeat_8147	ciona_repeat
ALR_	Satellite/centromeric
Dr000362	Recon
autorepeat_8148	ciona_repeat
Dr000363	Recon
autorepeat_8149	ciona_repeat
Dr000364	Recon
ALRa	Satellite/centromeric
Dr000365	Recon
ALRb	Satellite/centromeric
ATCOPIA60_I	LTR/Copia
Dr000366	Recon
Dr000367	Recon
Dr000368	Recon
Dr000369	Recon
autorepeat_8150	ciona_repeat
E_O42691	ensembl26192/trans	POL-LIKE PEPTIDE.
autorepeat_8151	ciona_repeat
autorepeat_8152	ciona_repeat
autorepeat_8153	ciona_repeat
autorepeat_8154	ciona_repeat
autorepeat_8155	ciona_repeat
Dr000370	Recon
autorepeat_8156	ciona_repeat
Dr000371	Recon
COPIA_DM	LTR/Copia  Drosophila melanogaster transposable element copia.
autorepeat_8157	ciona_repeat
Dr000372	Recon
autorepeat_8158	ciona_repeat
Dr000373	Recon
autorepeat_8159	ciona_repeat
Dr000374	Recon
Dr000375	Recon
OOREP1	Other/Satellite  
Dr000376	Recon
Dr000377	Recon
Dr000378	Recon
FB4_DM	DNA/Tc1  Transposable element FB4 (foldback element) from Drosophila.
Dr000379	Recon
CATCH3LTR_DR	LTR
NICER_RN	LTR
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autorepeat_7503	ciona_repeat
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ATCOPIA87_I	LTR/Copia
autorepeat_7509	ciona_repeat
autorepeat_8165	ciona_repeat
Dr000380	Recon
AluYc	SINE/Alu 3% outside CpGs
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Dr000381	Recon
autorepeat_8167	ciona_repeat
Ser.AGA	tRNA 
Dr000382	Recon
autorepeat_8168	ciona_repeat
Dr000383	Recon
autorepeat_8169	ciona_repeat
Dr000384	Recon
Dr000385	Recon
Dr000386	Recon
Dr000387	Recon
Dr000388	Recon
E_Q9FZG5	ensembl16096/trans	T2E6.4.
19973..177280	DNA
Dr000389	Recon
HOBO	DNA/HAT
Rex1_FurC	LINE/Rex-Babar Described by Volff et al (Mol. Biol. Evol. 17 (11), 1673-1684 (2000)), but no sequences were deposited to GenBank for Fugu. One ORF only from bp 174-3158. Possibly incomplete 5' end though. Average substitution level 5% (partially by subfamilies, esp. in 3' UTR) (there are 3 more Rex1_Furs; not yet tried to reconstruct)
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CATCH2I_DR	LTR
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Dr000390	Recon
autorepeat_8176	ciona_repeat
Dr000391	Recon
autorepeat_8177	ciona_repeat
Dr000392	Recon
(TGAG)n	Simple_repeat
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Dr000393	Recon
autorepeat_8179	ciona_repeat
Dr000394	Recon
gi|3095136|gb|AF054221.1|AF054221	DNA
E_Q963U7	ensembl25356/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
Dr000395	Recon
Dr000396	Recon
Dr000397	Recon
Dr000398	Recon
(TTAAA)n	Simple_repeat
Dr000399	Recon
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gi|5804812|emb|AJ006563.1|AAR6563	DNA
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L1M3e_5end	LINE/L1
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INVADER5_LTR	LTR/Gypsy
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PTSAT	Satellite/Warbler (Phylloscopus trochilus)
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autorepeat_8188	ciona_repeat
autorepeat_8189	ciona_repeat
ATCOPIA64LTR	LTR/Copia
E_O23410	ensembl20322/trans	STRONG HOMOLOGY TO REVERSE TRANSCRIPTASE (REVERSE TRANSCRIPTASE LIKE PROTEIN).
L1HS	LINE/L1
HERVK_14	LTR/Retroviral  associated with LTR14 < 10% div
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L1MEa_5end	LINE/L1
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autorepeat_8199	ciona_repeat
TC1_FR1	DNA/TC1 TC1-like DNA transposon, closest (40-50% at protein level) to TDR1 in Danio. Coding region 150-1190. 15% Kimura.
TA1-2_I	LTR/Copia
TC1_FR2	DNA/TC1  protein encoded from 319-1344 closest to TC1_FR1 (51% sim over 333 AA) and C elegans TC1 (51% sim over 293 AA); TA dups with, strong bias for (TA)n sites
TC1_FR3	DNA/TC1 protein encoded from 347-1158, equally similar to TC1 and TC1_FR1 (56% sim over 272 AA); 6.4% subst level
TC1_FR4	DNA/TC1 product of bp 361-1407 is 72% similar to TC1 in Xenopus (TC1_XL); 2.5% div.
TC1_FR5	DNA/TC1 2.8% subst level; prduct of ORF 219-1031 48% similar to C elegans TC1 over 200 AA.
Zaphod	DNA/AcHobo 25%
133167	DNA
(GGGAGA)n	Simple_repeat
tRNA-Ser-AGC	tRNA
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autorepeat_7541	ciona_repeat
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autorepeat_4202	ciona_repeat
autorepeat_7545	ciona_repeat
MLT1A	LTR/MaLR
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autorepeat_7546	ciona_repeat
MLT1B	LTR/MaLR 20% div
autorepeat_4204	ciona_repeat
autorepeat_7547	ciona_repeat
MLT1C	LTR/MaLR 20% div
MER89-int	LTR/ERV1 20%
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MLT1D	LTR/MaLR
autorepeat_4206	ciona_repeat
autorepeat_7549	ciona_repeat
MLT1E	LTR/MaLR
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MLT1F	LTR/MaLR
autorepeat_4208	ciona_repeat
ATCOPIA54_I	LTR/Copia
MLT1G	LTR/MaLR (was MLT1G and G2)
autorepeat_4209	ciona_repeat
MLT1H	LTR/MaLR
MLT1I	LTR/MaLR   24% div
MLT1J	LTR/MaLR
ATLANTYS3_I	LTR/Gypsy
MLT1K	LTR/MaLR
MLT1L	LTR/MaLR
tRNA-Ser-AGY	tRNA
Leu	tRNA.CAA 
RIRE2_LTR	LTR/Rice
gi|1197545|gb|U47020.1|AGU47020	DNA
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MLT2A	LTR/Retroviral  8% div
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MLT2B	LTR/Retroviral  8% div
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MLT2D	LTR/ERVL 17% div
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MLT2E	LTR/ERVL 27% div
autorepeat_4217	ciona_repeat
MLT2F	LTR/ERVL
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MLT2G	LTR/Retroviral
ATCOPIA11I	LTR/Copia 
MER51-int	LTR/ERV1 mer4 group
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GSAT	Satellite/centromeric
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Ala.CGC	tRNA 
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ATCOPIA12I	LTR/Copia 
autorepeat_4229	ciona_repeat
E_Q9ZPT5	ensembl10515/trans	PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN.
autorepeat_6910	ciona_repeat
autorepeat_6911	ciona_repeat
73333	DNA
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autorepeat_6914	ciona_repeat
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LOR1a	LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication
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autorepeat_6916	ciona_repeat
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LOR1b	LTR/ERV1 mer4 group 4bp duplication
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autorepeat_4231	ciona_repeat
autorepeat_6918	ciona_repeat
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E_Q23636	ensembl11661/trans	C31A11.8 PROTEIN (Y46G5A.32 PROTEIN).
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autorepeat_7578	ciona_repeat
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autorepeat_4237	ciona_repeat
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ATCOPIA13I	LTR/Copia 
autorepeat_4239	ciona_repeat
Pro.AGG	tRNA 
HERVK11	LTR/ERVK  MER11 LTRs
HERVK13	LTR/ERVK  LTR13
HERVK14	LTR/ERVK  LTR14 < 10% div
MAGELLAN_ZM	LTR/Gypsy
ATHILA5_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_6921	ciona_repeat
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autorepeat_6923	ciona_repeat
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autorepeat_6925	ciona_repeat
autorepeat_7581	ciona_repeat
183339,18116	DNA
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autorepeat_4242	ciona_repeat
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autorepeat_7585	ciona_repeat
autorepeat_4243	ciona_repeat
autorepeat_7586	ciona_repeat
DIVER2_LTR	LTR/PAO
autorepeat_4244	ciona_repeat
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MUDR_ZM	DNA/MuDR
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autorepeat_7588	ciona_repeat
autorepeat_4246	ciona_repeat
autorepeat_7589	ciona_repeat
autorepeat_4247	ciona_repeat
autorepeat_4248	ciona_repeat
ATCOPIA14I	LTR/Copia 
autorepeat_4249	ciona_repeat
E_Q963U8	ensembl12832/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
HERVK22	LTR/ERVK  LTR22  9% div
MIR	SINE/MIR
HELENA	LINE
E_Q19551	ensembl11664/trans	HYPOTHETICAL 39.6 KDA PROTEIN.
DANA	SINE
LTR21A	LTR/ERV1  <9% div
LTR21B	LTR/ERV1  <9% div
autorepeat_6930	ciona_repeat
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E_Q961V7	ensembl12245/low_complexity	GH03753P.
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Gly.TCC	tRNA 
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YREP_MM	Unknown/Y-chromosomal
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ATCOPIA15I	LTR/Copia 
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gi|3347855|gb|AF060859.1|AF060859	DNA
(CCTAG)n	Simple_repeat
NPAL5A_CE	DNA
LTR22A	LTR/ERVK 6bp duplications   7% div
LTR22B	LTR/ERVK 6bp duplications 
(G)n	Simple_repeat
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L1_Art	LINE/L1  
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gi|18001002|gb|AF295691.1|AF295691	DNA
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ATCOPIA48_I	LTR/Copia
DIRSDR1	LTR/DIRS1
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Hu-U82b	snoRNA Human U82b gmeth c/d snoRNA intron 3(paper) rpl3 gi|7159729:1537-1591,
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UB7_XL	DNA/T2
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ATCOPIA16I	LTR/Copia 
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(CACCG)n	Simple_repeat
TNR1_OS	DNA/En-Spm
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Trillian	DNA/AcHobo  12jul2001
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E_Q94LS2	ensembl25459/trans	PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE.
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VIRDR1	LTR/ERV
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Hu-U83a	snoRNA Human U83a gmeth c/s snoRNA intron 5(paper) rpl3 gi|7159729:3125-3219,
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Hu-U83b	snoRNA Human U83b gmeth c/d snoRNA intron 7(paper) rpl3 gi|7159729:4521-4613,
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ATCOPIA17I	LTR/Copia 
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E_Q24700	ensembl6555/trans	PLANARIAN MARINER-8 GENE.
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LTR24B	LTR/ERV1 mer4 group   12%
LTR24C	LTR/ERV1 mer4 group  15%
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INVADER5_I	LTR/Gypsy
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E_O00549	ensembl123482/trans	ORF2-LIKE PROTEIN (FRAGMENT).
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ATCOPIA18I	LTR/Copia 
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ATCOPIA49LTR	LTR/Copia
MML	LINE
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RAL_RN	LTR
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(CATTA)n	Simple_repeat
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Ricksha_0	DNA 19% (perhaps MuDR class?)
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LTR16A1	LTR/ERVL  >20% div HERV(L)16 LTR
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ATCOPIA19I	LTR/Copia 
gi|11612461|gb|AF294474.1|AF294474	DNA
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LTR43-int	LTR/ERV1 mer4 group
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gi|159635|gb|M35466.1|MSQRTR1O	DNA
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LTR26B	LTR/ERV1 <15% div
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LTR26E	LTR/ERV1 12% div
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155475	DNA
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ATMU10	DNA/MuDR
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ATMU11	DNA/MuDR
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Ricksha_a	DNA
E_Q9NL37	ensembl70319/low_complexity	PROTEASE AND REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN.
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Ricksha_b	DNA
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Ricksha_c	DNA
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DMH55SUF	DNA
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MDG3_DM	LTR/Gypsy   Internal part of D.melanogaster MDG3 retrotransposon.
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LTR27B	LTR/ERV1 
HATN6_DR	DNA
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Contig900	WI_ciona_repeat
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Contig901	WI_ciona_repeat
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Contig902	WI_ciona_repeat
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Contig903	WI_ciona_repeat
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CR1-2_DR	LINE/L2
Contig904	WI_ciona_repeat
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Contig905	WI_ciona_repeat
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Contig906	WI_ciona_repeat
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Contig907	WI_ciona_repeat
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L1-8_DR	LINE/L1
E_Q9NBI8	ensembl9034/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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ACCORD_I	LTR/Gypsy
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ATCOPIA83LTR	LTR/Copia
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LONGPAL1	DNA/MuDR
LONGPAL2	DNA/MuDR
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LONGPAL3	DNA/MuDR
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PTVM13	Satellite/Newt  (Triturus vulgaris)
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gi|3095129|gb|AF054217.1|AF054217	DNA
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HELITRON1	DNA/Helitron
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HELITRON2	DNA/Helitron
BARE1_HV	LTR/Barley
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HELITRON3	DNA/Helitron
MMAR1	DNA/Mariner MMAJ9240 Mus musculus mariner related transposon mar1, clone mmmlec4
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HELITRON4	DNA/Helitron
HELITRON5	DNA/Helitron
E_Q17003	ensembl81316/low_complexity	PUTATIVE REVERSE TRANSCRIPTASE.
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autorepeat_562	ciona_repeat
autorepeat_563	ciona_repeat
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MRSPSLTR	LTR/Retroviral
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ALR10/alpha	Satellite/centromeric
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MMB1F	SINE/B1
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MER1A	DNA/MER1_type  9% div
CER1	LTR/Gypsy
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MER1B	DNA/MER1_type  9% div
GYPSY4_LTR	LTR/Gypsy
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88439	DNA
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MER20	DNA/MER1_type   25-26%
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autorepeat_577	ciona_repeat
MER22	Unknown
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ATHILA8B_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_3692	ciona_repeat
autorepeat_3693	ciona_repeat
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MTA	LTR/MaLR
autorepeat_3695	ciona_repeat
MTB	LTR/MaLR
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MTC	LTR/MaLR
65196..69084	DNA
autorepeat_3697	ciona_repeat
MTD	LTR/MaLR
autorepeat_3698	ciona_repeat
MTE	LTR/MaLR
autorepeat_3699	ciona_repeat
MER2B	DNA/MER2_type 
E_O17300	ensembl51766/low_complexity	HYPOTHETICAL 40.1 KDA PROTEIN.
MTF	LTR/MaLR
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autorepeat_581	ciona_repeat
autorepeat_582	ciona_repeat
HSMAR1	DNA/Mariner  10-11%
MU1	DNA/Maize transposable element Mu1 sequence.
autorepeat_583	ciona_repeat
HSMAR2	DNA/Mariner  11%
autorepeat_584	ciona_repeat
autorepeat_585	ciona_repeat
MER30	DNA/MER1_type  11% (reversed March 2002)
MER83B	LTR/ERV1 mer4 group  15% div
autorepeat_586	ciona_repeat
MER83C	LTR/ERV1 mer4 group  15% div
autorepeat_587	ciona_repeat
autorepeat_588	ciona_repeat
MER33	DNA/MER1_type  16% div
autorepeat_589	ciona_repeat
MER34	LTR/ERV1 mer4 group 19%
MER35	Unknown (old, but only two copies so far...)
MER39	LTR/ERV1 mer4 group 14%
MLT1-int	LTR/MaLR  MLT1C
L1PA17_5end	LINE/L1  5end of L1PA16, PA17 and PB4  (22% div, 27% kimura, reflecting the mixture of subfamilies) jul.19.2001
gi|3095134|gb|AF054220.1|AF054220	DNA
Met.CAT	tRNA 
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autorepeat_596	ciona_repeat
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autorepeat_598	ciona_repeat
autorepeat_599	ciona_repeat
MER45	DNA/MER1_type  22% div
ATCOPIA15LTR	LTR/Copia 
TIR9TA1C_CE	DNA/HAT
MER49	LTR/ERV1 mer4 group   (18%)
MER4A	LTR/ERV1 mer4 group  11%
MER4B	LTR/ERV1 mer4 group 13-14%
MER4C	LTR/ERV1 mer4 group 11%
MER4D	LTR/ERV1 mer4 group 14.5% 
MER4E	LTR/ERV1 mer4 group 10%
tRNA_Ala-GCA	tRNA
XMTX1_I	LTR
tRNA-Arg-CGA_	tRNA
Lx2	LINE/L1
Lx3	LINE/L1
Lx4	LINE/L1
MER50	LTR/ERV1 mer4 group   17% div
Lx5	LINE/L1  18%
Lx6	LINE/L1
Lx7	LINE/L1  19% div
MER53	DNA 16-17% found in other mammals
Lx8	LINE/L1 24% div, 30% kim 
Lx9	LINE/L1
MER5A	DNA/MER1_type
MER5B	DNA/MER1_type
MER5C	DNA/MER1_type
70592..111348	DNA
Furousha2	DNA/hAT_Tol2 miss small bit (xs)
(CGAGA)n	Simple_repeat
MER68	LTR/ERVL 17%
MER69	DNA/AcHobo  26% div
BTLTR1	LTR  
DMBARI1	DNA
MER6A	DNA/MER2_type   17-18%
MER6B	DNA/MER2_type   17-18%
MER6C	DNA/MER2_type   17-18%
L1PA2	LINE/L1
L1PA3	LINE/L1
L1PA4	LINE/L1
L1PA5	LINE/L1
L1PA6	LINE/L1
L1PA7	LINE/L1
L1PA8	LINE/L1
L1PA9	LINE/L1
MER72	LTR/ERV1 mer4 group 15.5%
(CATAA)n	Simple_repeat
MER73	LTR/ERVL mer73-type 18.5% div
E_O18590	ensembl62513/trans	MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT).
MER75	DNA/T2_type   11% div
MER76	LTR/ERVL  19% div
MER77	LTR/ERVL 18%
MARNA	DNA/Mariner  27-28%  190 bp TIRs flanking a bit of marinery seq, closest thing to a foldback element in our genome
(CCCGAA)n	Simple_repeat
L1PB1	LINE/L1
L1PB2	LINE/L1
DMIS297	DNA
E_Q963X0	ensembl12577/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
L1PB3	LINE/L1
L1PB4	LINE/L1
Lys	tRNA.TTT 
MER81	DNA/AcHobo   18%
MER82	DNA/MER2_type 18-19%
MER83	LTR/ERV1 mer4 group  15% div
DNA9NNN1_DR	DNA
MER84	LTR/ERV1 mer4 group 11-12%
MER85	DNA/T2_type   <7% div
MER86	Unknown
MER87	LTR/ERV1 mer4 group  20-21%
MER88	LTR/ERVL mer73-type  21% div
MER89	LTR/ERV1  19-20% 4 bp duplications
(CCGCT)n	Simple_repeat
24978..111603	DNA
Dr000400	Recon
Dr000401	Recon
L1P3_5end	LINE/L1
Dr000402	Recon
Dr000403	Recon
Dr000404	Recon
Dr000405	Recon
Dr000406	Recon
Dr000407	Recon
Dr000408	Recon
HERVKC4	LTR/ERVK  LTR14
Dr000409	Recon
ATHPOGON1	DNA/Pogo 10%
ATHPOGON2	DNA/Pogo 7%
MER90	LTR/ERV1  20%  4 bp duplications
ATHPOGON3	DNA/Pogo
ATCOPIA68LTR	LTR/Copia
MER93	LTR/MER4-group?
CENSAT_MC	Satellite/Centromeric
MER94	DNA/AcHobo   18% div
MER95	LTR/ERV  20% div
MER96	DNA/MER1_type?  8bp duplication 20% div
MER99	DNA   15% div
HMSBEAGLE_I	LTR/Gypsy
MER9B	LTR/ERVK 8%
DM1731_I	LTR/Copia  Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 sequence.
E_Q963U2	ensembl12831/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
E_Q946U0	ensembl29353/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
JH12_XL	DNA
autorepeat_8200	ciona_repeat
autorepeat_8201	ciona_repeat
autorepeat_8202	ciona_repeat
autorepeat_8203	ciona_repeat
E_O88915	ensembl25473/trans	L1 RETROTRANSPOSON, TF SUBFAMILY L1MD-TF30, PARTIAL SEQUENCE.
autorepeat_8204	ciona_repeat
autorepeat_8205	ciona_repeat
autorepeat_8206	ciona_repeat
ATCOPIA37_LTR	LTR/Copia
autorepeat_8207	ciona_repeat
autorepeat_8208	ciona_repeat
ATCOPIA94_I	LTR/Copia
autorepeat_8209	ciona_repeat
L1MDb_5end	LINE/L1
LTR19-int	LTR/ERV1 mer4 group
autorepeat_8210	ciona_repeat
autorepeat_8211	ciona_repeat
autorepeat_8212	ciona_repeat
autorepeat_8213	ciona_repeat
autorepeat_8214	ciona_repeat
autorepeat_8215	ciona_repeat
autorepeat_8216	ciona_repeat
autorepeat_8217	ciona_repeat
autorepeat_8218	ciona_repeat
autorepeat_8219	ciona_repeat
4.5SRNA	scRNA
181_base_approx_tandem_repeat	ciona_repeat
E_Q963X3	ensembl20181/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
ATHILA4C_I	LTR/Gypsy
autorepeat_8220	ciona_repeat
autorepeat_8221	ciona_repeat
autorepeat_8222	ciona_repeat
autorepeat_8223	ciona_repeat
autorepeat_8224	ciona_repeat
autorepeat_8225	ciona_repeat
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autorepeat_8227	ciona_repeat
HAL1	LINE/L1
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autorepeat_8229	ciona_repeat
PRIMA4-int	LTR/ERV1
E_Q9FYJ4	ensembl19109/trans	F17F8.5.
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SINE_SM	SINE/Salmon (Prosopium spilonotus)
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L1M2a1_5end	LINE/L1
GGLTR1	LTR/ERV
GGLTR2	LTR/ERV
SATR1	Satellite
SATR2	Satellite
E_Q83169	ensembl9177/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
Samurai_I	LTR/Gypsy (unchanged)
(CACTA)n	Simple_repeat
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ATCOPIA61_I	LTR/Copia
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ATCOPIA29_LTR	LTR/Copia
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autorepeat_8257	ciona_repeat
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(CGGGGG)n	Simple_repeat
tRNA-Thr-ACA	tRNA 
HPAI	SINE/Salmon (Oncorhynchus nerka)
tRNA-Thr-ACG	tRNA 
DIVER_LTR	LTR/PAO
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autorepeat_7601	ciona_repeat
autorepeat_7602	ciona_repeat
autorepeat_7603	ciona_repeat
E_Q9AXI7	ensembl9513/trans	PUTATIVE POL3-LIKE REVERSE TRANSCRIPTASE.
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autorepeat_8260	ciona_repeat
ORR1A-int	LTR/MaLR
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autorepeat_7606	ciona_repeat
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tRNA-Thr-ACT	tRNA
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ATCOPIA88_I	LTR/Copia
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autorepeat_8266	ciona_repeat
autorepeat_8267	ciona_repeat
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tRNA-Thr-ACY	tRNA 
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ZMGYPSYX1_ZM	LTR/Gypsy 
BMSAT1	Other/Satellite  
Thr.AGT	tRNA 
SINE_VV	SINE/Vicugna
TABOR_I	LTR/Gypsy
INVADER2_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_7612	ciona_repeat
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MADE1	DNA/Mariner 10-11%
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E_Q9XEM4	ensembl25298/trans	POLYPROTEIN.
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MYSPL-internal	LTR/Retroviral  
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DMGYPF1A	DNA
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DMHFL1	DNA
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gi|1381117|gb|L78802.1|MSQTNCDSB	DNA
autorepeat_8299	ciona_repeat
E_Q9DAF3	ensembl63138/trans	1700011N24RIK PROTEIN.
ORSL	DNA/AcHobo  21% div, 8 bp dups
gi|11612475|gb|AF294488.1|AF294488	DNA
TXZ19	DNA/Tc1
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(CAATT)n	Simple_repeat
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autorepeat_4304	ciona_repeat
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ERV2-LTR_DR	LTR/ERV
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autorepeat_4307	ciona_repeat
autorepeat_4308	ciona_repeat
ATCOPIA55_I	LTR/Copia
ATCOPIA20I	LTR/Copia 
NOMAD_I	LTR/Gypsy
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PMR66	Other
(CAGAG)n	Simple_repeat
KORV_I	LTR/Koala
157113..117225	DNA
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ATCOPIA21I	LTR/Copia 
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DM176	LTR/Gypsy Drosophila melanogaster element 17.6.
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autorepeat_7661	ciona_repeat
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ATCOPIA87LTR	LTR/Copia
L1_BT	LINE/L1  
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159496	DNA
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autorepeat_7665	ciona_repeat
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autorepeat_4328	ciona_repeat
ATCOPIA22I	LTR/Copia
autorepeat_4329	ciona_repeat
ATHILA2_LTR	LTR/Gypsy
PMR89	Other
gi|5804809|emb|AJ006561.1|AME6561	DNA
L1_CC	LINE/L1
L1_CP	LINE/L1
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autorepeat_7671	ciona_repeat
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autorepeat_7673	ciona_repeat
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autorepeat_7674	ciona_repeat
autorepeat_4331	ciona_repeat
BHIKHARI_LTR	LTR
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autorepeat_4339	ciona_repeat
HERVL18	LTR/ERVL  LTR18
E_Q9TYN7	ensembl4813/trans	Y39F10A.4 PROTEIN.
E_Q9C4A2	ensembl20800/low_complexity	POL-LIKE PROTEIN POL-2.
ATTIRX1A	DNA
ATTIRX1B	DNA
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ATTIRX1C	DNA
autorepeat_7681	ciona_repeat
ATTIRX1D	DNA
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autorepeat_4341	ciona_repeat
E_Q46666	ensembl7536/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
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autorepeat_4343	ciona_repeat
Charlie10	DNA/MER1_type (MER5) 22.5% kimura
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Charlie11	DNA/MER1_type  incomplete termini (just too diverged to handle); gave rise to Buster 3; copies 25% diverged from consensus: average Kimura substitution level is >30% (excluding Buster3 which shows 16% substitution level in the coding region); 
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Charlie12	DNA/MER1 Autonomous elements that gave rise to MER30 elements. Only two copies in genome (on 2q37.3 and 7q22.1). Reconstructed from these; only MER30-like sequences are consensus. Product >55% similar to Charlie8. See Charlie12_GG in chicken.lib (March 2002)
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ATCOPIA24I	LTR/Copia
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autorepeat_1008	ciona_repeat
E_Q963Z4	ensembl7726/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
L1M2_5end	LINE/L1
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(GAAA)n	Simple_repeat
(CACAA)n	Simple_repeat
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ATDNA1T9A	DNA/MuDR
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autorepeat_4352	ciona_repeat
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autorepeat_7695	ciona_repeat
E_Q06035	ensembl83761/trans	GAG,PROTEASE,ENDONUCLEASE, REVERSE TRANSCRIPTASE,RNASEH.
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HARBINGERN1_DR	DNA
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autorepeat_4359	ciona_repeat
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ATCOPIA25I	LTR/Copia
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autorepeat_1019	ciona_repeat
HERVL32	LTR/ERVL  LTR32 17% div
(CTATA)n	Simple_repeat
Charlie1a	DNA/MER1_type 22%
Charlie1b	DNA/MER1_type  22%
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autorepeat_3705	ciona_repeat
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autorepeat_3706	ciona_repeat
autorepeat_1020	ciona_repeat
E_Q946T5	ensembl21191/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_3708	ciona_repeat
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ATCOPIA49_I	LTR/Copia
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autorepeat_4368	ciona_repeat
autorepeat_1025	ciona_repeat
autorepeat_4369	ciona_repeat
autorepeat_1026	ciona_repeat
ATCOPIA26I	LTR/Copia
E_Q963Y4	ensembl7720/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_1028	ciona_repeat
autorepeat_1029	ciona_repeat
HERVL40	LTR/ERVL  LTR40  24% div
ATMUN1	DNA/MuDR
ATMUN2	DNA/MuDR
L1_Fc	LINE/L1  4% div
Charlie2a	DNA/MER1_type  24-25% div
Charlie2b	DNA/MER1_type
1425	DNA
LTR33A	LTR/ERVL
ATCOPIA19LTR	LTR/Copia 
E_Q9Y739	ensembl7153/trans	POLYPROTEIN.
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autorepeat_3711	ciona_repeat
autorepeat_3712	ciona_repeat
autorepeat_3713	ciona_repeat
E_O44147	ensembl134516/trans	HYPOTHETICAL 44.0 KDA PROTEIN.
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autorepeat_3714	ciona_repeat
autorepeat_4371	ciona_repeat
autorepeat_3715	ciona_repeat
autorepeat_4372	ciona_repeat
autorepeat_3716	ciona_repeat
autorepeat_1030	ciona_repeat
197966..142255	DNA
autorepeat_4373	ciona_repeat
autorepeat_3717	ciona_repeat
autorepeat_1031	ciona_repeat
autorepeat_4374	ciona_repeat
autorepeat_3718	ciona_repeat
autorepeat_1032	ciona_repeat
autorepeat_4375	ciona_repeat
autorepeat_3719	ciona_repeat
autorepeat_4376	ciona_repeat
autorepeat_1033	ciona_repeat
ATHILA8ALTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_1034	ciona_repeat
autorepeat_4378	ciona_repeat
autorepeat_1035	ciona_repeat
autorepeat_4379	ciona_repeat
autorepeat_1036	ciona_repeat
STALKER3_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_1037	ciona_repeat
autorepeat_1038	ciona_repeat
DME010298	DNA
autorepeat_1039	ciona_repeat
tRNA-Met-e	tRNA           
autorepeat_600	ciona_repeat
autorepeat_601	ciona_repeat
autorepeat_602	ciona_repeat
autorepeat_603	ciona_repeat
tRNA-Met-i	tRNA
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autorepeat_605	ciona_repeat
autorepeat_606	ciona_repeat
autorepeat_607	ciona_repeat
autorepeat_608	ciona_repeat
S75830	DNA
autorepeat_609	ciona_repeat
autorepeat_3720	ciona_repeat
autorepeat_3721	ciona_repeat
autorepeat_3722	ciona_repeat
DMLTR3	LTR/Gypsy  D.melanogaster gypsy transposon sc1, 5' LTR.
autorepeat_3723	ciona_repeat
ATGP3LTR	LTR/Gypsy 
autorepeat_4380	ciona_repeat
autorepeat_3724	ciona_repeat
DMLTR5	LTR/Gypsy
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autorepeat_3725	ciona_repeat
autorepeat_4382	ciona_repeat
autorepeat_3726	ciona_repeat
autorepeat_1040	ciona_repeat
autorepeat_4383	ciona_repeat
autorepeat_3727	ciona_repeat
autorepeat_1041	ciona_repeat
autorepeat_4384	ciona_repeat
autorepeat_3728	ciona_repeat
176727..2700	DNA
autorepeat_4385	ciona_repeat
autorepeat_3729	ciona_repeat
autorepeat_1042	ciona_repeat
autorepeat_4386	ciona_repeat
autorepeat_1043	ciona_repeat
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autorepeat_1044	ciona_repeat
autorepeat_4388	ciona_repeat
autorepeat_1045	ciona_repeat
autorepeat_4389	ciona_repeat
autorepeat_1046	ciona_repeat
(CTAGG)n	Simple_repeat
autorepeat_1047	ciona_repeat
autorepeat_1048	ciona_repeat
ATSINE1	SINE
autorepeat_1049	ciona_repeat
ATSINE3	SINE
tRNA-Arg-CGY_	tRNA
ATSINE4	SINE
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autorepeat_611	ciona_repeat
autorepeat_612	ciona_repeat
HERVL66	LTR/ERVL LTR66
autorepeat_613	ciona_repeat
autorepeat_614	ciona_repeat
HERVL68	LTR/ERVL  MER68 LTRs
autorepeat_615	ciona_repeat
Charlie4a	DNA/MER1_type (MER80)  23% div
autorepeat_616	ciona_repeat
autorepeat_617	ciona_repeat
autorepeat_618	ciona_repeat
autorepeat_619	ciona_repeat
DMSAT01	DNA
IAPLTR1_MM	LTR/ERVK
autorepeat_3730	ciona_repeat
DMSAT02	DNA
autorepeat_3731	ciona_repeat
DMSAT03	DNA
autorepeat_3732	ciona_repeat
DMSAT04	DNA
autorepeat_3733	ciona_repeat
DMSAT05	DNA
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autorepeat_3734	ciona_repeat
DMSAT06	DNA
autorepeat_4391	ciona_repeat
autorepeat_3735	ciona_repeat
autorepeat_4392	ciona_repeat
autorepeat_3736	ciona_repeat
autorepeat_1050	ciona_repeat
DMSAT07	DNA
autorepeat_4393	ciona_repeat
autorepeat_3737	ciona_repeat
DMSAT08	DNA
RCSAT1	Satellite/Frog (Rana catesbeiana)
autorepeat_4394	ciona_repeat
autorepeat_3738	ciona_repeat
autorepeat_1051	ciona_repeat
DMSAT09	DNA
70159	DNA
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autorepeat_3739	ciona_repeat
autorepeat_1052	ciona_repeat
autorepeat_4396	ciona_repeat
autorepeat_1053	ciona_repeat
autorepeat_4397	ciona_repeat
autorepeat_1054	ciona_repeat
182179..183818	DNA
autorepeat_4398	ciona_repeat
autorepeat_1055	ciona_repeat
autorepeat_4399	ciona_repeat
autorepeat_1056	ciona_repeat
autorepeat_1057	ciona_repeat
autorepeat_1058	ciona_repeat
autorepeat_1059	ciona_repeat
autorepeat_620	ciona_repeat
HERVL74	LTR/ERVL  MER74C LTRs 22% 
autorepeat_621	ciona_repeat
autorepeat_622	ciona_repeat
autorepeat_623	ciona_repeat
autorepeat_624	ciona_repeat
autorepeat_625	ciona_repeat
autorepeat_626	ciona_repeat
autorepeat_627	ciona_repeat
autorepeat_628	ciona_repeat
190194	DNA
autorepeat_629	ciona_repeat
autorepeat_3740	ciona_repeat
ATCOPIA18A_I	LTR/Copia
autorepeat_3741	ciona_repeat
autorepeat_3742	ciona_repeat
autorepeat_3743	ciona_repeat
autorepeat_3744	ciona_repeat
autorepeat_3745	ciona_repeat
autorepeat_3746	ciona_repeat
autorepeat_3747	ciona_repeat
autorepeat_1060	ciona_repeat
autorepeat_3748	ciona_repeat
autorepeat_1061	ciona_repeat
TRAM_LTR	LTR/PAO  D.miranda TRAM retrotransposon; long terminal repeat.
autorepeat_3749	ciona_repeat
autorepeat_1062	ciona_repeat
autorepeat_1063	ciona_repeat
autorepeat_1064	ciona_repeat
Trillian1	DNA/Tip100 (NIMBUS is another good name) partial coding region (ORF from 499-1212) is only 60% similar to transposases of members of the Tip100/Zaphod group of hAT eleemnts; 5% div., 8 bp duplications. (flyng profesor from Harry Potter; I know pretty weak, but hooch sounds just good)
autorepeat_1065	ciona_repeat
Trillian2	DNA/Tip100 17-18% kimura; internal deletion product. TIRs very similar to Trillian1.
autorepeat_1066	ciona_repeat
autorepeat_1067	ciona_repeat
autorepeat_1068	ciona_repeat
autorepeat_1069	ciona_repeat
autorepeat_630	ciona_repeat
ATCOPIA53LTR	LTR/Copia
autorepeat_631	ciona_repeat
autorepeat_632	ciona_repeat
autorepeat_633	ciona_repeat
autorepeat_634	ciona_repeat
autorepeat_635	ciona_repeat
autorepeat_636	ciona_repeat
autorepeat_637	ciona_repeat
autorepeat_638	ciona_repeat
gi|1480677|gb|U60879.1|AAU60879	DNA
autorepeat_639	ciona_repeat
LTR37A	LTR/ERV1 mer4 group  24% div
LTR37B	LTR/ERV1 mer4 group  24% div
autorepeat_3750	ciona_repeat
autorepeat_3751	ciona_repeat
autorepeat_3752	ciona_repeat
autorepeat_3753	ciona_repeat
(CAAAT)n	Simple_repeat
autorepeat_3754	ciona_repeat
autorepeat_3755	ciona_repeat
autorepeat_3756	ciona_repeat
autorepeat_3757	ciona_repeat
autorepeat_1070	ciona_repeat
181115..114141,67277..143782,190035..169142	DNA
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autorepeat_3759	ciona_repeat
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LINE2C_CE	LINE/CR1
drr1000	Waterman
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drr1001	Waterman
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drr1002	Waterman
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drr1003	Waterman
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drr1004	Waterman
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drr1007	Waterman
drr1008	Waterman
drr1009	Waterman
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LTR38B	LTR/ERV1 mer4 group  15%
DMSC13JUN	DNA
LTR38C	LTR/ERV1 12%
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drr1010	Waterman
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drr1011	Waterman
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drr1012	Waterman
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TIRANT_LTR	LTR/Gypsy  Long terminal repeat from D.melanogaster retrotransposon Tirant.
drr1013	Waterman
autorepeat_1086	ciona_repeat
Chaplin6_FR	DNA/MER1 Product of ORF 272-2164 is over 70% similar (over 583 AA) to the 'human' Charlie6 transposase; there are some 'subfamilies', some young (down to 2% div), some older;  multiple invasions or evolution in germline?
drr1014	Waterman
autorepeat_1087	ciona_repeat
drr1015	Waterman
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drr1016	Waterman
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drr1017	Waterman
drr1018	Waterman
drr1019	Waterman
GTWIN_I	LTR/Gypsy
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REM2_XL	DNA
L1_MM	LINE/L1
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HsTc2	DNA/Tc2 (MER104) 25% 
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drr1020	Waterman
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drr1021	Waterman
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drr1023	Waterman
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drr1024	Waterman
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drr1025	Waterman
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drr1026	Waterman
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drr1027	Waterman
drr1028	Waterman
drr1029	Waterman
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LTR2_CE	LTR
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MER91A	DNA/Tip100
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MER91B	DNA/Tip100
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MER91C	DNA/Tip100
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E_Q00067	ensembl12297/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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DIVER2	DNA
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Sushi_I	LTR/Gypsy (unchanged)
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drr1030	Waterman
drr1031	Waterman
drr1032	Waterman
drr1033	Waterman
drr1034	Waterman
drr1035	Waterman
drr1036	Waterman
ACCORD	DNA
drr1037	Waterman
tRNA-Phe-TTC	tRNA
drr1038	Waterman
drr1039	Waterman
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autorepeat_671	ciona_repeat
autorepeat_672	ciona_repeat
autorepeat_673	ciona_repeat
MARINER3_CE	DNA/Mariner
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MER92A	LTR/ERV1 mer4 group  20-21%
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MER92B	LTR/ERV1 mer4 group  21%
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MER92C	LTR/ERV1 mer4 group  20-21%
autorepeat_677	ciona_repeat
DM16883C	DNA
gi|11612460|gb|AF294473.1|AF294473	DNA
autorepeat_678	ciona_repeat
BS1_ZM_LTR	LTR
autorepeat_679	ciona_repeat
BGLII	LTR/ERVK 6bp duplications
POGO	DNA/Pogo  D.melanogaster DNA for transposable element pogoR11.
ATCOPIA3LTR	LTR/Copia 
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LTR2_DR	LTR/ERV
autorepeat_3791	ciona_repeat
autorepeat_3792	ciona_repeat
L1MCc_5end	LINE/L1
autorepeat_3793	ciona_repeat
TNR1	DNA/Rice  Transposable DNA element Tnr1.
autorepeat_3794	ciona_repeat
TNR2	SINE/Rice  Tnr2 short interspersed element.
autorepeat_3795	ciona_repeat
TNR3	DNA/Rice  transposon Tnr3.
E_Q9NL35	ensembl16760/trans	PROTEASE-LIKE PROTEIN (FRAGMENT).
autorepeat_3796	ciona_repeat
tRNA-Phe-TTY	tRNA
autorepeat_3797	ciona_repeat
autorepeat_3798	ciona_repeat
autorepeat_3799	ciona_repeat
drr1040	Waterman
drr1041	Waterman
drr1042	Waterman
drr1043	Waterman
drr1044	Waterman
GC_rich	Low_complexity
drr1045	Waterman
drr1046	Waterman
drr1047	Waterman
drr1048	Waterman
drr1049	Waterman
autorepeat_680	ciona_repeat
autorepeat_681	ciona_repeat
autorepeat_682	ciona_repeat
autorepeat_683	ciona_repeat
autorepeat_684	ciona_repeat
autorepeat_685	ciona_repeat
MER93B	LTR/ERV1
autorepeat_686	ciona_repeat
autorepeat_687	ciona_repeat
autorepeat_688	ciona_repeat
autorepeat_689	ciona_repeat
POLY_A	Simple_repeat
LOOPERN4_DR	DNA
E_Q963W7	ensembl15800/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
POLY_G	Simple_repeat
drr1050	Waterman
drr1051	Waterman
drr1052	Waterman
drr1053	Waterman
drr1054	Waterman
drr1055	Waterman
drr1056	Waterman
drr1057	Waterman
DMCS182	DNA
drr1058	Waterman
(CTAAA)n	Simple_repeat
drr1059	Waterman
autorepeat_690	ciona_repeat
autorepeat_691	ciona_repeat
autorepeat_692	ciona_repeat
autorepeat_693	ciona_repeat
MER93a	LTR/ERV1 mer4 group 20-21%
autorepeat_694	ciona_repeat
MER93b	LTR/ERV1 mer4 group 18%
autorepeat_695	ciona_repeat
HERVK_9	LTR/Retroviral  7% div
autorepeat_696	ciona_repeat
autorepeat_697	ciona_repeat
autorepeat_698	ciona_repeat
autorepeat_699	ciona_repeat
LTR2_FR	LTR Only 7 copies, no association with a nic full retrotransposon. Darn. 1-3% divergence, max
drr1060	Waterman
drr1061	Waterman
drr1062	Waterman
drr1063	Waterman
drr1064	Waterman
drr1065	Waterman
drr1066	Waterman
E_Q9NBJ0	ensembl9040/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr1067	Waterman
drr1068	Waterman
E_Q9WMZ5	ensembl31341/trans	(CLONE L85-15) ORF (FRAGMENT).
drr1069	Waterman
110657..83432	DNA
L1_RN	LINE/L1
Xist_RNA	miscRNA M97168.1 HUMXIST Homo sapiens X (inactive)-specific transcript complete exon
E_Q963Y6	ensembl7721/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
drr1070	Waterman
drr1071	Waterman
39073..177766,130807	DNA
ISAT_RN	Satellite
drr1072	Waterman
gi|3095128|gb|AF054216.1|AF054216	DNA
drr1073	Waterman
CANDYSTRIPE1	DNA/Sorghum
drr1074	Waterman
drr1075	Waterman
drr1076	Waterman
drr1077	Waterman
drr1078	Waterman
drr1079	Waterman
MERVL	LTR/ERVL  
MER96B	DNA/MER1_type?  8bp duplication 20% div
Catch_I	LTR/PAO (unchanged)
PRIMA4_LTR	LTR/ERV1
drr1080	Waterman
drr1081	Waterman
drr1082	Waterman
drr1083	Waterman
drr1084	Waterman
drr1085	Waterman
drr1086	Waterman
drr1087	Waterman
drr1088	Waterman
gi|159630|gb|M35461.1|MSQRTR1J	DNA
drr1089	Waterman
acrocentrix	Satellite
PB1D10	SINE/Alu
drr1090	Waterman
drr1091	Waterman
drr1092	Waterman
drr1093	Waterman
drr1094	Waterman
drr1095	Waterman
drr1096	Waterman
drr1097	Waterman
ATGP2I	LTR/Gypsy 
drr1098	Waterman
drr1099	Waterman
MER97a	DNA/MER1_type?  24% div
MER97b	DNA/MER1_type?  24% div
MER97c	DNA/MER1_type?  24% div (MER108 in Repbase)
HERVFH19	LTR/ERV1 LTR19
9158..5372	DNA
L1MD_5end	LINE/L1
D-repeat	SINE/Artiodactyls  
E_Q963Y0	ensembl14183/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
tRNA-Tyr-TAC	tRNA 
(CGA)n	Simple_repeat
LTR3B1	LTR/ERVK HERVK3 LTR  9-10% div
ATGP3I	LTR/Gypsy 
HERVFH21	LTR/ERV1  LTR21  < 9% div
tRNA-Tyr-TAT	tRNA 
ID_B1	SINE/B4 (ancestral? looks like perfect ID-D1F chimaera)
ATCOPIA34_LTR	LTR/Copia
CEREBA_LTR	LTR/Barley gypsy
TNR11_OS	DNA
G2_DM	LINE/Jockey
Expander	LINE/RTE (unchanged)
TURMOIL1	DNA/Harbinger
TURMOIL2	DNA/Harbinger
DM35403	DNA
DM35404	DNA
LTR3B_	LTR/ERVK HERVK3 LTR  9-10% div
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autorepeat_8301	ciona_repeat
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autorepeat_8308	ciona_repeat
ATCOPIA95_I	LTR/Copia
E_Q20400	ensembl6580/trans	F44E8.1 PROTEIN.
autorepeat_8309	ciona_repeat
ATGP5I	LTR/Gypsy 
ZAM_I	LTR/Gypsy
MDG1_I	LTR/Gypsy
ATCOPIA72LTR	LTR/Copia
autorepeat_8310	ciona_repeat
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autorepeat_8312	ciona_repeat
autorepeat_8313	ciona_repeat
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autorepeat_8316	ciona_repeat
autorepeat_8317	ciona_repeat
autorepeat_8318	ciona_repeat
autorepeat_8319	ciona_repeat
ATGP6I	LTR/Gypsy 
Gly.GCC	tRNA 
SAALUI	Satellite/Salmon  (Salvelinus alpinus)
(GAA)n	Simple_repeat
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autorepeat_8321	ciona_repeat
autorepeat_8322	ciona_repeat
autorepeat_8323	ciona_repeat
autorepeat_8324	ciona_repeat
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autorepeat_8326	ciona_repeat
autorepeat_8327	ciona_repeat
autorepeat_8328	ciona_repeat
autorepeat_8329	ciona_repeat
Telomerase_RNA	miscRNA AF221907.1 Homo sapiens telomerase RNA gene, sequence [98..548] RNA product from FEATURES
ATGP7I	LTR/Gypsy
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autorepeat_8332	ciona_repeat
autorepeat_8333	ciona_repeat
GSATII_	Satellite/centromeric
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autorepeat_8336	ciona_repeat
autorepeat_8337	ciona_repeat
autorepeat_8338	ciona_repeat
autorepeat_8339	ciona_repeat
ATGP8I	LTR/Gypsy
ARET1LTR	LTR/Gypsy Arabidopsis  LTR from Ty3/Gypsy-type retrotransposon ARET1.
HELITRONY1A	DNA/Helitron
HELITRONY1B	DNA/Helitron
HELITRONY1C	DNA/Helitron
IDEFIX_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_8342	ciona_repeat
autorepeat_5001	ciona_repeat
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hY5_RNA	scRNA K01564.1 g174901 84bp Steitz 1984
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autorepeat_8345	ciona_repeat
autorepeat_5003	ciona_repeat
autorepeat_8346	ciona_repeat
gi|159623|gb|M35450.1|MSQRTR1C	DNA
autorepeat_5004	ciona_repeat
autorepeat_8347	ciona_repeat
autorepeat_5005	ciona_repeat
autorepeat_8348	ciona_repeat
(TAAG)n	Simple_repeat
autorepeat_5006	ciona_repeat
autorepeat_8349	ciona_repeat
autorepeat_5007	ciona_repeat
autorepeat_5008	ciona_repeat
ATCOPIA62_I	LTR/Copia
autorepeat_5009	ciona_repeat
E_Q9FDH6	ensembl7540/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
RIRE1_OS_I	LTR/Copia
105913	DNA
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autorepeat_8351	ciona_repeat
autorepeat_5010	ciona_repeat
autorepeat_8352	ciona_repeat
autorepeat_8353	ciona_repeat
autorepeat_5011	ciona_repeat
autorepeat_8354	ciona_repeat
autorepeat_5012	ciona_repeat
autorepeat_8355	ciona_repeat
autorepeat_5013	ciona_repeat
autorepeat_8356	ciona_repeat
HARBINGERN5_DR	DNA
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autorepeat_8357	ciona_repeat
autorepeat_5015	ciona_repeat
autorepeat_8358	ciona_repeat
E_Q95NL1	ensembl7717/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_8359	ciona_repeat
autorepeat_5017	ciona_repeat
XLTAN	Unknown    interspersed tandem
autorepeat_5018	ciona_repeat
autorepeat_5019	ciona_repeat
DME302712	DNA
ATGP9BLTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_7707	ciona_repeat
autorepeat_8363	ciona_repeat
DM20D5M10	DNA
autorepeat_5021	ciona_repeat
autorepeat_7708	ciona_repeat
autorepeat_8364	ciona_repeat
ATCOPIA89_I	LTR/Copia
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autorepeat_7709	ciona_repeat
autorepeat_8365	ciona_repeat
autorepeat_5023	ciona_repeat
autorepeat_8366	ciona_repeat
autorepeat_5024	ciona_repeat
autorepeat_8367	ciona_repeat
Ser.CGA	tRNA 
autorepeat_5025	ciona_repeat
autorepeat_8368	ciona_repeat
autorepeat_5026	ciona_repeat
autorepeat_8369	ciona_repeat
autorepeat_5027	ciona_repeat
autorepeat_5028	ciona_repeat
autorepeat_5029	ciona_repeat
(CGTAG)n	Simple_repeat
E_Q9N9Z1	ensembl6809/low_complexity	ENDONUCLEASE/REVERSE TRANSCRIPTASE.
autorepeat_7710	ciona_repeat
ATDNATA1	DNA/Mariner
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autorepeat_7712	ciona_repeat
autorepeat_7713	ciona_repeat
autorepeat_7714	ciona_repeat
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autorepeat_7715	ciona_repeat
autorepeat_8371	ciona_repeat
ATDNA12T3A	DNA
(CGAT)n	Simple_repeat
autorepeat_7716	ciona_repeat
autorepeat_8372	ciona_repeat
autorepeat_5030	ciona_repeat
autorepeat_7717	ciona_repeat
autorepeat_8373	ciona_repeat
autorepeat_5031	ciona_repeat
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autorepeat_8374	ciona_repeat
autorepeat_5032	ciona_repeat
autorepeat_7719	ciona_repeat
autorepeat_8375	ciona_repeat
autorepeat_5033	ciona_repeat
autorepeat_8376	ciona_repeat
autorepeat_5034	ciona_repeat
autorepeat_8377	ciona_repeat
autorepeat_5035	ciona_repeat
autorepeat_8378	ciona_repeat
autorepeat_5036	ciona_repeat
autorepeat_8379	ciona_repeat
DMSATEA	DNA
autorepeat_5037	ciona_repeat
autorepeat_5038	ciona_repeat
DMSATEB	DNA
autorepeat_5039	ciona_repeat
CEREBA_HV_LTR	LTR/Gypsy
DMSATEC	DNA
DMSATED	DNA
E_Q95NN0	ensembl52570/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
ATIS112A	DNA/Harbinger
gi|6671103:<1-210,	DNA
autorepeat_7720	ciona_repeat
autorepeat_7721	ciona_repeat
autorepeat_7722	ciona_repeat
ATGP7LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_7723	ciona_repeat
autorepeat_7724	ciona_repeat
autorepeat_8380	ciona_repeat
autorepeat_7725	ciona_repeat
autorepeat_8381	ciona_repeat
autorepeat_7726	ciona_repeat
autorepeat_8382	ciona_repeat
autorepeat_5040	ciona_repeat
autorepeat_7727	ciona_repeat
autorepeat_8383	ciona_repeat
autorepeat_5041	ciona_repeat
autorepeat_7728	ciona_repeat
autorepeat_8384	ciona_repeat
autorepeat_5042	ciona_repeat
autorepeat_7729	ciona_repeat
autorepeat_8385	ciona_repeat
autorepeat_5043	ciona_repeat
autorepeat_8386	ciona_repeat
autorepeat_5044	ciona_repeat
autorepeat_8387	ciona_repeat
autorepeat_5045	ciona_repeat
autorepeat_8388	ciona_repeat
autorepeat_5046	ciona_repeat
autorepeat_8389	ciona_repeat
autorepeat_5047	ciona_repeat
autorepeat_5048	ciona_repeat
HSAT5_	Satellite
autorepeat_5049	ciona_repeat
OCR	Unknown
DMCATRDNA	DNA
DTSAT1	Satellite  D.tristis tandemly repeated satellite DNA.
gi|5804796|emb|AJ006552.1|AGA6552	DNA
autorepeat_7730	ciona_repeat
autorepeat_7731	ciona_repeat
autorepeat_7732	ciona_repeat
autorepeat_7733	ciona_repeat
autorepeat_7734	ciona_repeat
autorepeat_8390	ciona_repeat
tRNA-Gly-GGA	tRNA 
autorepeat_7735	ciona_repeat
autorepeat_8391	ciona_repeat
autorepeat_7736	ciona_repeat
autorepeat_8392	ciona_repeat
tRNA-Gly-GGC	tRNA
autorepeat_5050	ciona_repeat
autorepeat_7737	ciona_repeat
autorepeat_8393	ciona_repeat
autorepeat_5051	ciona_repeat
autorepeat_7738	ciona_repeat
autorepeat_8394	ciona_repeat
autorepeat_5052	ciona_repeat
autorepeat_7739	ciona_repeat
autorepeat_8395	ciona_repeat
autorepeat_5053	ciona_repeat
autorepeat_8396	ciona_repeat
tRNA-Gly-GGG	tRNA
autorepeat_5054	ciona_repeat
autorepeat_8397	ciona_repeat
autorepeat_5055	ciona_repeat
autorepeat_8398	ciona_repeat
autorepeat_5056	ciona_repeat
autorepeat_8399	ciona_repeat
autorepeat_5057	ciona_repeat
autorepeat_5058	ciona_repeat
autorepeat_5059	ciona_repeat
L1A_Oc	LINE/L1  
DM1688ED	DNA
tRNA-Gly-GGY	tRNA
autorepeat_7740	ciona_repeat
autorepeat_7741	ciona_repeat
autorepeat_7742	ciona_repeat
autorepeat_4400	ciona_repeat
autorepeat_7743	ciona_repeat
tRNA-Val-GTA	tRNA
autorepeat_4401	ciona_repeat
autorepeat_7744	ciona_repeat
autorepeat_4402	ciona_repeat
DM1688EP	DNA
autorepeat_7745	ciona_repeat
autorepeat_4403	ciona_repeat
autorepeat_7746	ciona_repeat
autorepeat_4404	ciona_repeat
autorepeat_5060	ciona_repeat
autorepeat_7747	ciona_repeat
autorepeat_4405	ciona_repeat
autorepeat_5061	ciona_repeat
autorepeat_7748	ciona_repeat
autorepeat_4406	ciona_repeat
tRNA-Val-GTG	tRNA
autorepeat_5062	ciona_repeat
autorepeat_7749	ciona_repeat
autorepeat_4407	ciona_repeat
autorepeat_5063	ciona_repeat
autorepeat_4408	ciona_repeat
autorepeat_5064	ciona_repeat
ATCOPIA56_I	LTR/Copia
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CR1-F1a	LINE/CR1 5% (F')
CR1-F1b	LINE/CR1 8.5% (F')
ATCOPIA57LTR	LTR/Copia
CR1-F1c	LINE/CR1 16% (F')
E_Q9W5R4	ensembl21484/trans	CG17495 PROTEIN.
tRNA-Val-GTT	tRNA
tRNA-Val-GTY	tRNA
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TA11	LINE/L1 
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TA12	LINE/L1 
CR1-F2a	LINE/CR1 13% (F')
CR1-F2b	LINE/CR1 16% (F')
CR1-F2c	LINE/CR1 15.5% (F')
CR1-F2d	LINE/CR1 15% (F')
E_Q9W5K1	ensembl6885/trans	CG18257 PROTEIN.
gi|18087071|gb|AF387859.1|AF387859	DNA
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Tinker	DNA
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tRNA-Pro-CCA	tRNA
L1M2_orf2	LINE/L1
tRNA-Pro-CCG	tRNA 
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E_Q963U6	ensembl25355/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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Kopi1_LTR	LTR/Copia
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DMRT412G	DNA
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tRNA-Pro-CCT	tRNA           
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Pro.CGG	tRNA 
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tRNA-Pro-CCY	tRNA 
E_Q9NL32	ensembl20721/low_complexity	POL POLYPROTEIN (FRAGMENT).
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gi|3095126|gb|AF054215.1|AF054215	DNA
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ATCOPIA91LTR	LTR/Copia
Kopi2_I	LTR/Copia A few young elements with surprisingly many deletions. Clear similarity to Copia-like proteins, but no full ORF. Very short LTRs. A third copia-like element is present currently with only one copy. Kopi1,2 and 3 are about 80% similar (DNA level). Copies of Kopi1 and 2 are < 4% diverged from consensus. These are the first Copia-liek LTR elements in chordates, as far as I know.
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OPIE2LTR	LTR/Maize
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ATCOPIA23_I	LTR/Copia
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E_Q9NAG6	ensembl11663/trans	Y48C3A.2 PROTEIN.
LTR40a	LTR/ERVL 5 bp duplications  24% div HERVL40 LTR
LTR40b	LTR/ERVL 5 bp duplications  25% div HERVL40 LTR
LTR40c	LTR/ERVL 5 bp duplications  25% div HERVL40 LTR
ATCOPIA7LTR	LTR/Copia 
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CMR32SAT	Satellite/Carp (Cirrhina mrigala)
TZSAT	Satellite/Cichlid (Tilapia zillii)
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gi|11612474|gb|AF294487.1|AF294487	DNA
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MYSERV	LTR/ERVK  
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ID_RN	SINE/ID
101239,150047	DNA
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MER65-internal	LTR/MER4-group  
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DNA25TWA2_DR	DNA
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SIMPLEHAT1	DNA/HAT
SIMPLEHAT2	DNA/HAT
LTR43B	LTR/ERV1 15%
NDNAX3_CE	DNA?
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gi|4099808|gb|U89802.1|AGU89802	DNA
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DMTRDNA	DNA
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PALTA3_CE	DNA/Tc1?
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5S_DM	RNA  Drosophila melagonaster 5S DNA sequence.
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autorepeat_1136	ciona_repeat
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Catch1_LTR	LTR/PAO (unchanged)
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(CCGCG)n	Simple_repeat
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OM2	SINE/Salmon (Oncorhynchus masou)
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BC200	SINE/Alu	(becomes scRNA in annotation)
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E_Q9P968	ensembl16044/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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(TGGA)n	Simple_repeat
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LTR45B	LTR/ERV1 mer4 group 13-15%
(CATTC)n	Simple_repeat
LTR45C	LTR/ERV1 17%
(CAAAAA)n	Simple_repeat
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HP_FR1	DNA/Tc4?  hairpin.rev has match to region containing Tc4-like coding capacity
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HP_FR2	DNA  'HP' for hairpin (~300 bp TIRs)) Just a place-holder name; 18% kimura subst level; terminal TAs probably duplication sites
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18870..83616	DNA
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HAT2_CE	DNA/HAT
L1M3b_5end	LINE/L1
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L1MA10	LINE/L1
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MMPERSP2	Other
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LTR47A	LTR/ERVL 15% HERVL47 LTR
LTR47B	LTR/ERVL 11% HERVL47 LTR
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MAR_CE	DNA/Mariner
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Phe.GAA	tRNA 
drr1100	Waterman
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drr1101	Waterman
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drr1102	Waterman
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drr1103	Waterman
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drr1104	Waterman
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drr1105	Waterman
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drr1106	Waterman
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drr1107	Waterman
drr1108	Waterman
drr1109	Waterman
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SINEC_a	SINE/Lys  11%
LTR48B	LTR/ERV1 mer4 group 15% (was LTR29B)
SINEC_b	SINE/Lys 13% div
SINEC_c	SINE/Lys 16%
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MSAT1_CE	Satellite
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FW_DM	LINE/Jockey
HATN12_DR	DNA
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drr1110	Waterman
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drr1111	Waterman
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drr1112	Waterman
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TIRANT_I	LTR/Gypsy
drr1113	Waterman
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drr1114	Waterman
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drr1115	Waterman
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drr1116	Waterman
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drr1117	Waterman
drr1118	Waterman
drr1119	Waterman
E_Q9WHJ2	ensembl27436/trans	POL POLYPROTEIN (FRAGMENT).
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MER21-int	LTR/ERV1
E_Q963X5	ensembl19415/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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MMB1	SINE/B1
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MMB2	SINE
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drr1120	Waterman
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drr1121	Waterman
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drr1122	Waterman
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drr1123	Waterman
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drr1126	Waterman
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drr1127	Waterman
drr1128	Waterman
drr1129	Waterman
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L1MA4A	LINE/L1
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MMURS-int	LTR/ERV1  
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ATCOPIA76LTR	LTR/Copia
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autorepeat_3882	ciona_repeat
gi|1197547|gb|U47022.1|AGU47022	DNA
autorepeat_3883	ciona_repeat
autorepeat_3884	ciona_repeat
autorepeat_3885	ciona_repeat
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RLTR4_MM	LTR/ERV1  MuLV
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autorepeat_3889	ciona_repeat
drr1130	Waterman
drr1131	Waterman
drr1132	Waterman
SINE1_CE	SINE
drr1133	Waterman
drr1134	Waterman
SINE_AFC	SINE/Cichlid  (Lepidiolamprologus elongatus)
drr1135	Waterman
drr1136	Waterman
drr1137	Waterman
drr1138	Waterman
drr1139	Waterman
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L1MA5A	LINE/L1
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E_Q963U0	ensembl2247/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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drr1140	Waterman
drr1141	Waterman
drr1142	Waterman
drr1143	Waterman
drr1144	Waterman
drr1145	Waterman
drr1146	Waterman
drr1147	Waterman
Ala.TGC	tRNA 
drr1148	Waterman
drr1149	Waterman
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VANDAL1	DNA/MuDR
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VANDAL2	DNA/MuDR
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VANDAL3	DNA/MuDR
VANDAL4	DNA/MuDR
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VANDAL5	DNA/MuDR
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VANDAL6	DNA/MuDR
DRL1	DNA/HAT
VANDAL7	DNA/MuDR
VANDAL8	DNA/MuDR
VANDAL9	DNA/MuDR
TOS1	LTR/Rice  O.sativa retrotransposon Tos1-2
drr1150	Waterman
drr1151	Waterman
drr1152	Waterman
drr1153	Waterman
drr1154	Waterman
drr1155	Waterman
drr1156	Waterman
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drr1158	Waterman
drr1159	Waterman
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MT-INTERNAL	LTR/MaLR
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drr1161	Waterman
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drr1162	Waterman
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drr1163	Waterman
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drr1164	Waterman
autorepeat_9004	ciona_repeat
drr1165	Waterman
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drr1166	Waterman
DNA15TA1_DR	DNA
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drr1167	Waterman
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drr1168	Waterman
autorepeat_9008	ciona_repeat
drr1169	Waterman
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L1VL1_5end	LINE/L1
HSATII	Satellite
7SLRNA	SINE/Alu
E_Q95P03	ensembl52567/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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drr1171	Waterman
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drr1172	Waterman
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drr1173	Waterman
autorepeat_9013	ciona_repeat
drr1174	Waterman
E_P26810	ensembl19186/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)].
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drr1175	Waterman
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drr1176	Waterman
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drr1177	Waterman
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drr1178	Waterman
MU_OS	DNA/MuDR
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drr1179	Waterman
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drr1180	Waterman
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drr1181	Waterman
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drr1182	Waterman
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drr1183	Waterman
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drr1184	Waterman
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drr1185	Waterman
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drr1186	Waterman
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drr1187	Waterman
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drr1188	Waterman
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drr1189	Waterman
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MMVL30-int	LTR/ERV1  
(CAATG)n	Simple_repeat
(CATAC)n	Simple_repeat
HUERS-P1	LTR/ERV1 LTR8/8A (mer4-group) 10-11 % div, some subs < 5% diverged
HUERS-P2	LTR/ERV1 mer4 group  LTR1  11% div 
HUERS-P3	LTR/ERV1 mer4 group  LTR8  11% div
drr1190	Waterman
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drr1191	Waterman
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drr1192	Waterman
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drr1193	Waterman
autorepeat_9033	ciona_repeat
drr1194	Waterman
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drr1195	Waterman
ATCOPIA31_LTR	LTR/Copia
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drr1196	Waterman
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drr1197	Waterman
autorepeat_9037	ciona_repeat
drr1198	Waterman
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drr1199	Waterman
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Kanga1	DNA/Tc2 (MER104) 25% 
GYPSY5I_DR	LTR/Gypsy
DMHMRRPTA	DNA
DMHMRRPTB	DNA
PAL8B_CE	DNA/HAT
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autorepeat_9041	ciona_repeat
autorepeat_9042	ciona_repeat
autorepeat_9043	ciona_repeat
E_O77041	ensembl25993/low_complexity	DNA, W-SAMURAI RAPD MARKER IN RETROTRANPOSABLE ELEMENT (REVERSE TRANSCRIPTASE), STRAIN C108 (FRAGMENT).
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STALKER	DNA
RNSATI	Other
9443	DNA
DrLINE	LINE/Zebrafish  
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ATCOPIA42LTR	LTR/Copia
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E_O12817	ensembl14604/trans	PRO-POL PROTEIN (FRAGMENT).
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autorepeat_9058	ciona_repeat
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gi|159637|gb|M35468.1|MSQRTR1Q	DNA
SST1	Satellite/centromeric
gi|3095124|gb|AF054214.1|AF054214	DNA
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ATCOPIA96_I	LTR/Copia
142489..78987,112848..190483	DNA
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autorepeat_9066	ciona_repeat
autorepeat_9067	ciona_repeat
TAG1	DNA/HAT
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TAG2	DNA/HAT
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gi|1197544|gb|U47019.1|AGU47019	DNA
CEREP3	Unknown
CEREP4	Unknown
CEREP5	Unknown
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BARE1_HV_LTR	LTR/Copia
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autorepeat_9078	ciona_repeat
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NINJA_I	LTR/PAO  LTR retrotransposon NINJA, internal sequence.
PIF12	DNA/Maize  DNA transposon PIF-12.
P_DB	DNA/P
E_Q9NBH9	ensembl9014/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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P_DG	DNA/P
ATCOPIA23_LTR	LTR/Copia
autorepeat_8423	ciona_repeat
E_P27401	ensembl18827/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE].
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KIDDOD_OS	DNA
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L1-1_DR	LINE/L1
MMGSAT	Satellite
INE1	DNA
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ZP3AR_MM	Satellite
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H19_RNA	miscRNA AF087017.1 Homo sapiens H19 gene, complete sequence // all 5 exons extracted from FEATURES
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SINE1_OS	SINE
Ronin1_LTR	LTR/Gypsy
ALR	Satellite/centromeric
(CACTC)n	Simple_repeat
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MTVLTR	LTR/Retroviral
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ATCOPIA95LTR	LTR/Copia
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ATCOPIA63_I	LTR/Copia
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CELETC2	DNA/Pogo
L1PA14_5end	LINE/L1
(CCGTA)n	Simple_repeat
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DOC2_DM	LINE/Jockey
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Thr.CGT	tRNA 
PB1	SINE/Alu
PPI251	DNA
RLTRETN_MM	LTR/ERVK
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autorepeat_7811	ciona_repeat
autorepeat_7812	ciona_repeat
autorepeat_7813	ciona_repeat
E_P91742	ensembl6503/trans	TRANSPOSASE (FRAGMENT).
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autorepeat_5137	ciona_repeat
autorepeat_5138	ciona_repeat
autorepeat_5139	ciona_repeat
(CAAAG)n	Simple_repeat
(CCGGG)n	Simple_repeat
GRANDE1_ZD_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_7821	ciona_repeat
autorepeat_7822	ciona_repeat
PIR_XL	DNA/T2
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autorepeat_7825	ciona_repeat
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autorepeat_8482	ciona_repeat
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autorepeat_7827	ciona_repeat
autorepeat_8483	ciona_repeat
autorepeat_5141	ciona_repeat
autorepeat_7828	ciona_repeat
autorepeat_8484	ciona_repeat
BLASTOPIA_LTR	LTR/Gypsy   LTR retrotransposon.
autorepeat_5142	ciona_repeat
autorepeat_7829	ciona_repeat
autorepeat_8485	ciona_repeat
autorepeat_5143	ciona_repeat
autorepeat_8486	ciona_repeat
autorepeat_5144	ciona_repeat
autorepeat_8487	ciona_repeat
autorepeat_5145	ciona_repeat
autorepeat_8488	ciona_repeat
autorepeat_5146	ciona_repeat
autorepeat_8489	ciona_repeat
autorepeat_5147	ciona_repeat
autorepeat_5148	ciona_repeat
tRNA-Asn-AAC	tRNA
autorepeat_5149	ciona_repeat
TANS	Satellite/Newt (Hydromantes genei)
ATCOPIA30_I	LTR/Copia
D20S16	Satellite
E_O18558	ensembl103876/low_complexity	LIAN-AA1 RETROTRANSPOSON PROTEIN.
tRNA-Ser-TCA(m)	tRNA (mitochondrial)
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tRNA-Asn-AAT	tRNA
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autorepeat_7832	ciona_repeat
autorepeat_7833	ciona_repeat
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autorepeat_5155	ciona_repeat
autorepeat_8498	ciona_repeat
autorepeat_5156	ciona_repeat
autorepeat_8499	ciona_repeat
TIR43YW1_CE	DNA
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autorepeat_5158	ciona_repeat
autorepeat_5159	ciona_repeat
B1F	SINE/Alu
RIRE2_OS_LTR	LTR/Gypsy
MER57A-int	LTR/ERV1
DM412B_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_7841	ciona_repeat
autorepeat_7842	ciona_repeat
autorepeat_4500	ciona_repeat
autorepeat_7843	ciona_repeat
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autorepeat_4502	ciona_repeat
autorepeat_7845	ciona_repeat
autorepeat_4503	ciona_repeat
autorepeat_7846	ciona_repeat
autorepeat_4504	ciona_repeat
autorepeat_5160	ciona_repeat
autorepeat_7847	ciona_repeat
autorepeat_4505	ciona_repeat
autorepeat_5161	ciona_repeat
autorepeat_7848	ciona_repeat
autorepeat_4506	ciona_repeat
autorepeat_5162	ciona_repeat
autorepeat_7849	ciona_repeat
autorepeat_4507	ciona_repeat
autorepeat_5163	ciona_repeat
autorepeat_4508	ciona_repeat
VANDAL10	DNA/MuDR
autorepeat_5164	ciona_repeat
ATCOPIA57_I	LTR/Copia
autorepeat_4509	ciona_repeat
VANDAL11	DNA/MuDR
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VANDAL12	DNA/MuDR
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VANDAL13	DNA/MuDR
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VANDAL14	DNA/MuDR
autorepeat_5168	ciona_repeat
VANDAL15	DNA/MuDR
autorepeat_5169	ciona_repeat
VANDAL16	DNA/MuDR
VANDAL17	DNA/MuDR
VANDAL18	DNA/MuDR
GYPSY2_I	LTR/Gypsy
R2_DM	LINE/R2 R2Dm
autorepeat_7850	ciona_repeat
L1M2c_5end	LINE/L1
autorepeat_7851	ciona_repeat
autorepeat_7852	ciona_repeat
E_Q95NJ9	ensembl15358/low_complexity	MARINER-LIKE TRANSPOSASE (TRANSPOSABLE ELEMENT MARINER, COMPLETE CDS).
autorepeat_4510	ciona_repeat
autorepeat_7853	ciona_repeat
autorepeat_4511	ciona_repeat
autorepeat_7854	ciona_repeat
autorepeat_4512	ciona_repeat
autorepeat_7855	ciona_repeat
autorepeat_4513	ciona_repeat
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autorepeat_4514	ciona_repeat
autorepeat_5170	ciona_repeat
autorepeat_7857	ciona_repeat
autorepeat_4515	ciona_repeat
autorepeat_5171	ciona_repeat
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autorepeat_5172	ciona_repeat
autorepeat_7859	ciona_repeat
autorepeat_4517	ciona_repeat
autorepeat_5173	ciona_repeat
autorepeat_4518	ciona_repeat
autorepeat_5174	ciona_repeat
VANDAL20	DNA/MuDR
autorepeat_4519	ciona_repeat
ATCOPIA41I	LTR/Copia
VANDAL21	DNA/MuDR
autorepeat_5175	ciona_repeat
autorepeat_5176	ciona_repeat
VANDAL22	DNA/MuDR
autorepeat_5177	ciona_repeat
autorepeat_5178	ciona_repeat
TAR1	Satellite/telomeric
autorepeat_5179	ciona_repeat
B3A	SINE/B2
Vault_RNA-AF045143	miscRNA AF045143.1 Homo sapiens vault-associated RNA 1, complete sequence
Vault_RNA-AF045144	miscRNA AF045144.1 Homo sapiens vault-associated RNA 2, complete sequence
Vault_RNA-AF045145	miscRNA AF045145.1 Homo sapiens vault-associated RNA 3, complete sequence
autorepeat_7860	ciona_repeat
autorepeat_7861	ciona_repeat
autorepeat_7862	ciona_repeat
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(CCCGA)n	Simple_repeat
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autorepeat_7864	ciona_repeat
autorepeat_4522	ciona_repeat
autorepeat_7865	ciona_repeat
autorepeat_4523	ciona_repeat
autorepeat_7866	ciona_repeat
autorepeat_4524	ciona_repeat
autorepeat_5180	ciona_repeat
autorepeat_7867	ciona_repeat
autorepeat_4525	ciona_repeat
autorepeat_5181	ciona_repeat
autorepeat_7868	ciona_repeat
E_Q03270	ensembl10608/trans	RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TYPE I RETROTRANSPOSABLE ELEMENT R1 [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE] (FRAGMENT).
autorepeat_4526	ciona_repeat
autorepeat_5182	ciona_repeat
autorepeat_7869	ciona_repeat
autorepeat_4527	ciona_repeat
CELE1	DNA/Tc1?
autorepeat_5183	ciona_repeat
autorepeat_4528	ciona_repeat
CELE2	DNA
autorepeat_5184	ciona_repeat
autorepeat_4529	ciona_repeat
ATCOPIA42I	LTR/Copia
autorepeat_5185	ciona_repeat
CELE4	DNA
autorepeat_5186	ciona_repeat
autorepeat_5187	ciona_repeat
CELE6	DNA/Tc1?
autorepeat_5188	ciona_repeat
CELE7	DNA
autorepeat_5189	ciona_repeat
B4A	SINE/B4
TART	LINE/Telomere
E_Q02881	ensembl7907/trans	UHU TRANSPOSON (LAMBDA-HET3).
ATCOPIA61LTR	LTR/Copia
(CTAA)n	Simple_repeat
autorepeat_7870	ciona_repeat
autorepeat_7871	ciona_repeat
autorepeat_7872	ciona_repeat
autorepeat_4530	ciona_repeat
autorepeat_7873	ciona_repeat
autorepeat_4531	ciona_repeat
autorepeat_7874	ciona_repeat
autorepeat_4532	ciona_repeat
autorepeat_7875	ciona_repeat
autorepeat_4533	ciona_repeat
autorepeat_7876	ciona_repeat
autorepeat_4534	ciona_repeat
autorepeat_5190	ciona_repeat
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ATCOPIA43I	LTR/Copia
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E_Q96H41	ensembl13745/trans	SET DOMAIN AND MARINER TRANSPOSASE FUSION GENE.
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ENDOVIR1_I	LTR/Copia
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122116..161284	DNA
SINE_FR1a	SINE/Mermaid  12% kimura (at least two subs) bp 1-75 are tRNA derived, resembling SINE_AF of cychlids, bp 181-306 (end) are similar to MER6. Danio has similar tRNA-MER6 combination, but the tRNA part has a different origin. A SINE_Fugu like SINE is found in Perch as well. The SINE-MER6 element in Danio has been named 'mermaid' by a Japanese group (Biochem. Biophys. Res. Commun. 220 (1), 226-232 1996). I had described them in my dissertation and 1996 COGD review as well.
autorepeat_1209	ciona_repeat
SINE_FR1b	SINE/Mermaid  13% kim
SINE_FR1c	SINE/Mermaid 14% kim
76776..18789	DNA
SINE_FR1d	SINE/Mermaid  17% kim (at least two subs)
PALTTTAAA1	DNA
PALTTTAAA2	DNA
PALTTTAAA3	DNA
gi|3095114|gb|AF054209.1|AF054209	DNA
(CACAC)n	Simple_repeat
DMCOPIA	DNA
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autorepeat_1218	ciona_repeat
autorepeat_1219	ciona_repeat
gi|6671102:4666-7307,repeat_region	DNA
(CCGAA)n	Simple_repeat
E_Q24693	ensembl6545/trans	MARINER-1 PROTEIN.
DSAT	Satellite
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HERVH_48	LTR/Retroviral  
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autorepeat_3905	ciona_repeat
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autorepeat_3906	ciona_repeat
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E_Q9P967	ensembl16047/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_1221	ciona_repeat
autorepeat_4564	ciona_repeat
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E_Q963U5	ensembl52574/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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BOVB_VA	LINE/Viper (Vipera ammodytes)
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Hu-Z12	snoRNA Human Z12 gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|4128149|HSAJ10676
391,77827,77655	DNA
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tRNA-Ser(Sec)	tRNA
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autorepeat_1233	ciona_repeat
2699..28182,170074..44469,168219..25961,101666..22945,46002,107940	DNA
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autorepeat_1234	ciona_repeat
autorepeat_4578	ciona_repeat
autorepeat_1235	ciona_repeat
NVSAT1	Satellite/Newt (Notophthalmus viridescens)
E_O82276	ensembl25455/trans	PUTATIVE NON-LTR RETROELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE.
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QUASIMODO_I	LTR/Gypsy
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LTR54B	LTR/ERV1  15%
ATCOPIA38B_LTR	LTR/Copia
gi|600842|gb|U11656.1|AGU11656	DNA
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autorepeat_1249	ciona_repeat
Hu-Z30	snoRNA Human Z30 gmeth?(U6) c/d snoRNA intron ?? ??gi|4128140|emb|AJ007733.1|HSAJ7733
Hu-Z32	snoRNA Human Z32 gmeth? c/d snoRNA intron ?? ?? gi|5777823|emb|AJ009638.1|HSAJ9638
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TZF28	DNA/TC1
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gi|3095122|gb|AF054213.1|AF054213	DNA
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autorepeat_1255	ciona_repeat
autorepeat_4599	ciona_repeat
autorepeat_1256	ciona_repeat
autorepeat_1257	ciona_repeat
E_P14350	ensembl11366/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE].
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LTRMDG3_DM	LTR/Gypsy   LTR of MDG3 retrotransposon.
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autorepeat_3945	ciona_repeat
autorepeat_3946	ciona_repeat
FERV-R1_I	LTR/ERV1 Internal sequence of an endogenous retrovirus, most closely related (thus far) to the walleye epidermal hyperplasia virus type 2 (53%  AA similiarity of pol gene product). Reverse transcription appears primed from a tRNA-Arg-CGY (hence FERV-R). Some copies are < 3% diverged from this consensus.
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ALRa_	Satellite/centromeric
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E_Q13539	ensembl6505/trans	MARINER TRANSPOSASE.
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autorepeat_1269	ciona_repeat
LR9A	Unknown
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gi|11612473|gb|AF294486.1|AF294486	DNA
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DMMDG3	DNA
RETROSOR1_SB_I	LTR/Gypsy
autorepeat_832	ciona_repeat
POR	DNA
Hu-U14-3	snoRNA Human U14-3 gmeth c/d snoRNA intron 3 ribosomal protein S13 gi|1754632|D88010
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autorepeat_834	ciona_repeat
Hu-U14-5	snoRNA Human U14-5 gmeth c/d snoRNA intron 5 ribosomal protein S13 gi|1754632
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autorepeat_836	ciona_repeat
autorepeat_837	ciona_repeat
E_Q9BLI0	ensembl11601/trans	TRASSC3 PROTEIN (FRAGMENT).
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(TGGAA)n	Simple_repeat
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ALRb_	Satellite/centromeric
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drr1200	Waterman
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drr1201	Waterman
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drr1202	Waterman
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drr1203	Waterman
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drr1204	Waterman
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drr1205	Waterman
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drr1206	Waterman
autorepeat_1279	ciona_repeat
drr1207	Waterman
drr1208	Waterman
drr1209	Waterman
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NDNA1TNA_OS	DNA
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(CAGGA)n	Simple_repeat
autorepeat_847	ciona_repeat
gi|432429|gb|U03849.1|AGU03849	DNA
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MMSQR1	Other
MMSQR2	Other
MMSQR4	Other
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autorepeat_3967	ciona_repeat
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DM1731_LTR	LTR/Copia  Drosophila melanogaster retrotransposon 1731 sequence.
GYPSY6A_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_3969	ciona_repeat
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drr1210	Waterman
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drr1211	Waterman
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drr1212	Waterman
autorepeat_1285	ciona_repeat
drr1213	Waterman
autorepeat_1286	ciona_repeat
drr1214	Waterman
autorepeat_1287	ciona_repeat
drr1215	Waterman
PROTOP1_DR	DNA
autorepeat_1288	ciona_repeat
drr1216	Waterman
autorepeat_1289	ciona_repeat
drr1217	Waterman
ATCOPIA46LTR	LTR/Copia
drr1218	Waterman
drr1219	Waterman
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autorepeat_3971	ciona_repeat
(CCGG)n	Simple_repeat
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autorepeat_3973	ciona_repeat
autorepeat_3974	ciona_repeat
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autorepeat_3976	ciona_repeat
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autorepeat_3978	ciona_repeat
autorepeat_1291	ciona_repeat
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drr1220	Waterman
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drr1221	Waterman
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drr1222	Waterman
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drr1223	Waterman
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drr1224	Waterman
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drr1225	Waterman
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autorepeat_861	ciona_repeat
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autorepeat_863	ciona_repeat
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autorepeat_865	ciona_repeat
autorepeat_866	ciona_repeat
E_Q9LTU5	ensembl63161/trans	DNA-DAMAGE INDUCIBLE PROTEIN DDI1-LIKE.
autorepeat_867	ciona_repeat
autorepeat_868	ciona_repeat
autorepeat_869	ciona_repeat
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autorepeat_3981	ciona_repeat
autorepeat_3982	ciona_repeat
autorepeat_3983	ciona_repeat
autorepeat_3984	ciona_repeat
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autorepeat_3986	ciona_repeat
autorepeat_3987	ciona_repeat
autorepeat_3988	ciona_repeat
autorepeat_3989	ciona_repeat
Asn.ATT	tRNA 
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autorepeat_871	ciona_repeat
autorepeat_872	ciona_repeat
autorepeat_873	ciona_repeat
GYPSY_DM	LTR/Gypsy  transcriptase-like enzyme.
autorepeat_874	ciona_repeat
autorepeat_875	ciona_repeat
autorepeat_876	ciona_repeat
PMER1	DNA/MER1_type  
autorepeat_877	ciona_repeat
autorepeat_878	ciona_repeat
GYPSY_DS	LTR/Gypsy  D.subobscura gypsy retrotransposon, complete sequence.
autorepeat_879	ciona_repeat
HATN3_DR	DNA
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autorepeat_3991	ciona_repeat
autorepeat_3992	ciona_repeat
autorepeat_3993	ciona_repeat
autorepeat_3994	ciona_repeat
DMRTMGD1	DNA
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autorepeat_3996	ciona_repeat
autorepeat_3997	ciona_repeat
autorepeat_3998	ciona_repeat
autorepeat_3999	ciona_repeat
MMETNLTR	LTR/Retroviral
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autorepeat_881	ciona_repeat
autorepeat_882	ciona_repeat
autorepeat_883	ciona_repeat
E_Q63776	ensembl12666/low_complexity	HYPOTHETICAL 15.4 KDA PROTEIN.
autorepeat_884	ciona_repeat
autorepeat_885	ciona_repeat
L1-5_DR	LINE/L1
autorepeat_886	ciona_repeat
autorepeat_887	ciona_repeat
autorepeat_888	ciona_repeat
autorepeat_889	ciona_repeat
ATCOPIA80LTR	LTR/Copia
C573_MM	Other/Y-chromosomal
autorepeat_890	ciona_repeat
autorepeat_891	ciona_repeat
autorepeat_892	ciona_repeat
autorepeat_893	ciona_repeat
(CGAG)n	Simple_repeat
autorepeat_894	ciona_repeat
autorepeat_895	ciona_repeat
autorepeat_896	ciona_repeat
autorepeat_897	ciona_repeat
autorepeat_898	ciona_repeat
autorepeat_899	ciona_repeat
E_Q9AYG6	ensembl40355/trans	GAG-POL.
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autorepeat_9101	ciona_repeat
autorepeat_9102	ciona_repeat
TAG3N1	DNA/HAT
autorepeat_9103	ciona_repeat
autorepeat_9104	ciona_repeat
autorepeat_9105	ciona_repeat
autorepeat_9106	ciona_repeat
autorepeat_9107	ciona_repeat
autorepeat_9108	ciona_repeat
autorepeat_9109	ciona_repeat
Ronin2_LTR1	LTR/Gypsy
Ronin2_LTR2	LTR/Gypsy
autorepeat_9110	ciona_repeat
Ronin2_LTR3	LTR/Gypsy
autorepeat_9111	ciona_repeat
Ronin2_LTR4	LTR/Gypsy
autorepeat_9112	ciona_repeat
TIRANT	DNA
autorepeat_9113	ciona_repeat
ATHILA6A_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_9114	ciona_repeat
79391,144728	DNA
autorepeat_9115	ciona_repeat
autorepeat_9116	ciona_repeat
autorepeat_9117	ciona_repeat
autorepeat_9118	ciona_repeat
autorepeat_9119	ciona_repeat
E_O18521	ensembl134444/low_complexity	POL (FRAGMENT).
RLTR9C	LTR/ERVK	not a consensus yet, ETn related
19080..126187,150778,86666,142908	DNA
RLTR10	LTR/ERVK  3% div
autorepeat_9120	ciona_repeat
autorepeat_9121	ciona_repeat
RLTR12	LTR/ERVK  MYSERV
autorepeat_9122	ciona_repeat
autorepeat_9123	ciona_repeat
RLTR14	LTR/ERV1
autorepeat_9124	ciona_repeat
autorepeat_9125	ciona_repeat
autorepeat_9126	ciona_repeat
autorepeat_9127	ciona_repeat
autorepeat_9128	ciona_repeat
autorepeat_9129	ciona_repeat
gi|11612459|gb|AF294472.1|AF294472	DNA
autorepeat_9130	ciona_repeat
gi|18087069|gb|AF387858.1|AF387858	DNA
autorepeat_9131	ciona_repeat
autorepeat_9132	ciona_repeat
autorepeat_9133	ciona_repeat
DMHRPT1	DNA
autorepeat_9134	ciona_repeat
autorepeat_9135	ciona_repeat
autorepeat_9136	ciona_repeat
autorepeat_9137	ciona_repeat
autorepeat_9138	ciona_repeat
autorepeat_9139	ciona_repeat
L1_Felidae	LINE/L1  11% div
E_Q9ZQU3	ensembl2934/trans	POLYPROTEIN (FRAGMENT).
ATCOPIA12LTR	LTR/Copia 
(CCAA)n	Simple_repeat
autorepeat_9140	ciona_repeat
autorepeat_9141	ciona_repeat
autorepeat_9142	ciona_repeat
autorepeat_9143	ciona_repeat
autorepeat_9144	ciona_repeat
autorepeat_9145	ciona_repeat
E_Q963U9	ensembl12566/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_9146	ciona_repeat
autorepeat_9147	ciona_repeat
autorepeat_9148	ciona_repeat
168197	DNA
autorepeat_9149	ciona_repeat
ATCOPIA70_I	LTR/Copia
BATUMI_LTR	LTR/PAO
Hu-U40_U46	snoRNA Human U40 gmeth c/d snoRNA intron 2 ribosomal protein S8 gi|1770524|emb|Z69628.1|HSSNORU40
PREM1_ZM	LTR?
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autorepeat_9151	ciona_repeat
(GGGAA)n	Simple_repeat
autorepeat_9152	ciona_repeat
autorepeat_9153	ciona_repeat
DGRSAT1	Satellite  D.grimshawi satellite DNA.
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autorepeat_9155	ciona_repeat
autorepeat_9156	ciona_repeat
autorepeat_9157	ciona_repeat
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Tyr.GTA	tRNA 
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autorepeat_8503	ciona_repeat
autorepeat_8504	ciona_repeat
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AluY	SINE/Alu
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autorepeat_9163	ciona_repeat
autorepeat_8508	ciona_repeat
autorepeat_9164	ciona_repeat
ATCOPIA97_I	LTR/Copia
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autorepeat_9165	ciona_repeat
autorepeat_9166	ciona_repeat
autorepeat_9167	ciona_repeat
autorepeat_9168	ciona_repeat
autorepeat_9169	ciona_repeat
ATGP10LTR	LTR/Gypsy
gi|18087074|gb|AF387861.1|AF387861	DNA
E_Q9AVM9	ensembl8250/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
WIS21A	LTR/Wheat  T.aestivum Wis-2-1A retrotransposon-like element.
META1_I	LTR/Copia
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autorepeat_9171	ciona_repeat
91861,176582,5025	DNA
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autorepeat_9176	ciona_repeat
autorepeat_9177	ciona_repeat
autorepeat_9178	ciona_repeat
autorepeat_9179	ciona_repeat
L1PBb_5end	LINE/L1
ARS406_DM	Unknown D. melanogaster autonomous replication sequence (ars) 406.
PABL_A-int	LTR/ERV1
SHOOTER	DNA/Maize
E_Q9TYX8	ensembl16641/low_complexity	R11E3.3 PROTEIN.
DNA11TA1_DR	DNA
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autorepeat_9187	ciona_repeat
autorepeat_9188	ciona_repeat
CR1-F3	LINE/CR1 12.5% 
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IAP-d	LTR/ERVK (internal deletion product)
ATCOPIA65LTR	LTR/Copia
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autorepeat_9193	ciona_repeat
E_Q9XUX1	ensembl21240/low_complexity	F57G4.9 PROTEIN.
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autorepeat_9197	ciona_repeat
autorepeat_9198	ciona_repeat
E_P26808	ensembl41091/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)].
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Ala	tRNA.AGC 
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autorepeat_8541	ciona_repeat
autorepeat_8542	ciona_repeat
autorepeat_5200	ciona_repeat
autorepeat_8543	ciona_repeat
(CAAT)n	Simple_repeat
autorepeat_5201	ciona_repeat
autorepeat_8544	ciona_repeat
E_P91062	ensembl127964/low_complexity	HYPOTHETICAL 60.2 KDA PROTEIN.
autorepeat_5202	ciona_repeat
autorepeat_8545	ciona_repeat
autorepeat_5203	ciona_repeat
autorepeat_8546	ciona_repeat
E_P21414	ensembl24221/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE].
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autorepeat_5205	ciona_repeat
autorepeat_8548	ciona_repeat
autorepeat_5206	ciona_repeat
autorepeat_8549	ciona_repeat
autorepeat_5207	ciona_repeat
autorepeat_5208	ciona_repeat
ATCOPIA64_I	LTR/Copia
autorepeat_5209	ciona_repeat
MREP_MC	Other
RLTR9A	LTR/ERVK
5602	DNA
RLTR9B	LTR/ERVK
gi|3095120|gb|AF054212.1|AF054212	DNA
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autorepeat_8552	ciona_repeat
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WANDERER	DNA/Rice  Wanderer mobile element linked to Xa21.
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autorepeat_8554	ciona_repeat
autorepeat_5212	ciona_repeat
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DM412	LTR/Gypsy  Drosophila retrotransposon 412 genome.
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BEL_LTR	LTR/PAO
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autorepeat_7903	ciona_repeat
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Ile.AAT	tRNA 
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autorepeat_5229	ciona_repeat
145041..147740	DNA
tRNA-Trp	tRNA
E_Q9XE45	ensembl53057/trans	PUTATIVE NON-LTR RETROLELEMENT REVERSE TRANSCRIPTASE.
SUSHILTR	LTR/Pufferfish
E_P03555	ensembl17407/trans	ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)].
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autorepeat_7911	ciona_repeat
PRIMAX-int	LTR/ERV1
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autorepeat_7913	ciona_repeat
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autorepeat_7915	ciona_repeat
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autorepeat_7919	ciona_repeat
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autorepeat_8576	ciona_repeat
autorepeat_5234	ciona_repeat
autorepeat_8577	ciona_repeat
autorepeat_5235	ciona_repeat
autorepeat_8578	ciona_repeat
ZEON1_ZM	LTR/Maize  Zea mays A188 retrotransposon gag gene, complete cds.
autorepeat_5236	ciona_repeat
autorepeat_8579	ciona_repeat
autorepeat_5237	ciona_repeat
autorepeat_5238	ciona_repeat
autorepeat_5239	ciona_repeat
E_Q93Y79	ensembl99256/trans	PUTATIVE GAG-POL.
SIMPLEGUY1	DNA/Harbinger 5% div
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autorepeat_7921	ciona_repeat
autorepeat_7922	ciona_repeat
autorepeat_7923	ciona_repeat
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autorepeat_5242	ciona_repeat
autorepeat_7929	ciona_repeat
autorepeat_8585	ciona_repeat
E_Q9P971	ensembl16320/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_8586	ciona_repeat
autorepeat_5244	ciona_repeat
autorepeat_8587	ciona_repeat
Senkusha1A	DNA/Harbinger More common internal deletion product.
autorepeat_5245	ciona_repeat
autorepeat_8588	ciona_repeat
Senkusha1B	DNA/Harbinger More common internal deletion product.
autorepeat_5246	ciona_repeat
autorepeat_8589	ciona_repeat
autorepeat_5247	ciona_repeat
autorepeat_5248	ciona_repeat
autorepeat_5249	ciona_repeat
ATCOPIA31_I	LTR/Copia
SushiiDR1_I	LTR/Gypsy
E_Q88442	ensembl13335/trans	ORF V PROTEIN.
DMSUFFIX	DNA
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autorepeat_7931	ciona_repeat
DM297_LTR	LTR/Gypsy
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autorepeat_7933	ciona_repeat
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autorepeat_8591	ciona_repeat
autorepeat_7936	ciona_repeat
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XLLINE	LINE/CR1
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autorepeat_5251	ciona_repeat
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autorepeat_5253	ciona_repeat
autorepeat_8596	ciona_repeat
autorepeat_5254	ciona_repeat
autorepeat_8597	ciona_repeat
Senkusha2A	DNA/Harbinger only 1.7% div, no long ORF, but homology to Harbinger protein. Unclear duplication pattern (termini not allways complete)
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autorepeat_5256	ciona_repeat
autorepeat_8599	ciona_repeat
autorepeat_5257	ciona_repeat
DMAURA	DNA
autorepeat_5258	ciona_repeat
autorepeat_5259	ciona_repeat
MER70A	LTR/ERVL 21%	5 bp duplications
TZ86L	Unknown/Maize  transposon Tz86, 3' end of Tz86.
TZ86R	Unknown/Maize  transposon Tz86, 5' end of Tz86.
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XMTX1_LTR	LTR
autorepeat_7941	ciona_repeat
BS1	LTR/Maize  Maize transposon Bs1.
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autorepeat_4600	ciona_repeat
BS2	LINE/Jockey
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autorepeat_4601	ciona_repeat
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autorepeat_7945	ciona_repeat
autorepeat_4603	ciona_repeat
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autorepeat_7947	ciona_repeat
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autorepeat_4606	ciona_repeat
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autorepeat_7949	ciona_repeat
autorepeat_4607	ciona_repeat
autorepeat_5263	ciona_repeat
autorepeat_4608	ciona_repeat
autorepeat_5264	ciona_repeat
ATCOPIA58_I	LTR/Copia
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autorepeat_5265	ciona_repeat
autorepeat_5266	ciona_repeat
autorepeat_5267	ciona_repeat
ATCOPIA18ALTR	LTR/Copia
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autorepeat_5269	ciona_repeat
L1M3f_5end	LINE/L1 (L1M3e in RepBase)
GYPSY3_I	LTR/Gypsy
TNR2_OS	SINE
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autorepeat_7951	ciona_repeat
BSR	Satellite  
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autorepeat_7953	ciona_repeat
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autorepeat_4613	ciona_repeat
autorepeat_7956	ciona_repeat
autorepeat_4614	ciona_repeat
autorepeat_5270	ciona_repeat
autorepeat_7957	ciona_repeat
autorepeat_4615	ciona_repeat
autorepeat_5271	ciona_repeat
autorepeat_7958	ciona_repeat
autorepeat_4616	ciona_repeat
autorepeat_5272	ciona_repeat
autorepeat_7959	ciona_repeat
RIRE1_I	LTR/Rice gypsy
autorepeat_4617	ciona_repeat
autorepeat_5273	ciona_repeat
E_Q9LWU3	ensembl40366/trans	ESTS C97394(C60113).
autorepeat_4618	ciona_repeat
autorepeat_5274	ciona_repeat
autorepeat_4619	ciona_repeat
autorepeat_5275	ciona_repeat
autorepeat_5276	ciona_repeat
autorepeat_5277	ciona_repeat
autorepeat_5278	ciona_repeat
tRNA-Ala-GCA	tRNA
autorepeat_5279	ciona_repeat
tRNA-Ala-GCG	tRNA
MMSYN	Other
L1MEb_5end	LINE/L1
E_P20825	ensembl29039/low_complexity	RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TRANSPOSON 297 [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE].
TC1A	DNA/Tc1
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autorepeat_7961	ciona_repeat
autorepeat_7962	ciona_repeat
autorepeat_4620	ciona_repeat
autorepeat_7963	ciona_repeat
autorepeat_4621	ciona_repeat
autorepeat_7964	ciona_repeat
autorepeat_4622	ciona_repeat
autorepeat_7965	ciona_repeat
5S_ribosomal	rDNA X12811.1 Human 5S DNA // [276..396] 
autorepeat_4623	ciona_repeat
autorepeat_7966	ciona_repeat
autorepeat_4624	ciona_repeat
autorepeat_5280	ciona_repeat
autorepeat_7967	ciona_repeat
tRNA-Ala-GCY	tRNA
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autorepeat_5281	ciona_repeat
autorepeat_7968	ciona_repeat
autorepeat_4626	ciona_repeat
autorepeat_5282	ciona_repeat
autorepeat_7969	ciona_repeat
autorepeat_4627	ciona_repeat
autorepeat_5283	ciona_repeat
autorepeat_4628	ciona_repeat
autorepeat_5284	ciona_repeat
autorepeat_4629	ciona_repeat
autorepeat_5285	ciona_repeat
autorepeat_5286	ciona_repeat
autorepeat_5287	ciona_repeat
autorepeat_5288	ciona_repeat
autorepeat_5289	ciona_repeat
GYPSY5LTR_DR	LTR/Gypsy
ATLANTYS2_LTR	LTR/Gypsy
TDR10	DNA
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TDR11	DNA
autorepeat_7971	ciona_repeat
ATCOPIA52_	LTR/Copia
TDR12	DNA
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TDR13	DNA
autorepeat_4630	ciona_repeat
autorepeat_7973	ciona_repeat
TDR14	DNA
autorepeat_4631	ciona_repeat
autorepeat_7974	ciona_repeat
TDR15	DNA
autorepeat_4632	ciona_repeat
autorepeat_7975	ciona_repeat
TDR16	DNA
autorepeat_4633	ciona_repeat
autorepeat_7976	ciona_repeat
Phe	tRNA.GAA 
TDR17	DNA
autorepeat_4634	ciona_repeat
autorepeat_5290	ciona_repeat
autorepeat_7977	ciona_repeat
TDR18	DNA
autorepeat_4635	ciona_repeat
autorepeat_5291	ciona_repeat
autorepeat_7978	ciona_repeat
TDR19	DNA
autorepeat_4636	ciona_repeat
autorepeat_5292	ciona_repeat
autorepeat_7979	ciona_repeat
autorepeat_4637	ciona_repeat
BBSINE1	SINE/Toad (Bufo bufo)
autorepeat_5293	ciona_repeat
autorepeat_4638	ciona_repeat
autorepeat_5294	ciona_repeat
autorepeat_4639	ciona_repeat
autorepeat_5295	ciona_repeat
autorepeat_5296	ciona_repeat
autorepeat_5297	ciona_repeat
autorepeat_5298	ciona_repeat
autorepeat_5299	ciona_repeat
gi|6671102:8474-9743,	DNA
TDR20	DNA
MER61-int	LTR/ERV1 mer4 group  
autorepeat_7980	ciona_repeat
TDR21	DNA
autorepeat_7981	ciona_repeat
TDR22	DNA
autorepeat_7982	ciona_repeat
TDR23	DNA
autorepeat_4640	ciona_repeat
autorepeat_7983	ciona_repeat
TDR24	DNA
autorepeat_4641	ciona_repeat
autorepeat_7984	ciona_repeat
TDR25	DNA
autorepeat_4642	ciona_repeat
autorepeat_1300	ciona_repeat
autorepeat_7985	ciona_repeat
E_Q9NBI1	ensembl9032/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_4643	ciona_repeat
autorepeat_1301	ciona_repeat
ALR/alpha	Satellite/centromeric
autorepeat_7986	ciona_repeat
autorepeat_4644	ciona_repeat
autorepeat_1302	ciona_repeat
autorepeat_7987	ciona_repeat
autorepeat_4645	ciona_repeat
autorepeat_7988	ciona_repeat
autorepeat_4646	ciona_repeat
autorepeat_1303	ciona_repeat
autorepeat_7989	ciona_repeat
GypsyDR1_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_4647	ciona_repeat
autorepeat_1304	ciona_repeat
autorepeat_4648	ciona_repeat
autorepeat_1305	ciona_repeat
autorepeat_4649	ciona_repeat
autorepeat_1306	ciona_repeat
autorepeat_1307	ciona_repeat
autorepeat_1308	ciona_repeat
autorepeat_1309	ciona_repeat
E_Q9I7N4	ensembl12274/low_complexity	CG18665 PROTEIN.
HATN7_DR	DNA
autorepeat_7990	ciona_repeat
autorepeat_7991	ciona_repeat
autorepeat_7992	ciona_repeat
autorepeat_4650	ciona_repeat
autorepeat_7993	ciona_repeat
autorepeat_4651	ciona_repeat
autorepeat_7994	ciona_repeat
autorepeat_4652	ciona_repeat
autorepeat_1310	ciona_repeat
autorepeat_7995	ciona_repeat
CR1-3_DR	LINE/L2
autorepeat_4653	ciona_repeat
autorepeat_1311	ciona_repeat
autorepeat_7996	ciona_repeat
autorepeat_4654	ciona_repeat
autorepeat_7997	ciona_repeat
autorepeat_4655	ciona_repeat
autorepeat_1312	ciona_repeat
autorepeat_7998	ciona_repeat
Chaplin5a_FR	DNA/MER1 2.2% div.
autorepeat_4656	ciona_repeat
autorepeat_1313	ciona_repeat
autorepeat_7999	ciona_repeat
autorepeat_4657	ciona_repeat
autorepeat_1314	ciona_repeat
autorepeat_4658	ciona_repeat
autorepeat_1315	ciona_repeat
autorepeat_4659	ciona_repeat
autorepeat_1316	ciona_repeat
autorepeat_1317	ciona_repeat
autorepeat_1318	ciona_repeat
autorepeat_1319	ciona_repeat
(TAGA)n	Simple_repeat
SUSHIIDR1_LTR	repeat
L1-9_DR	LINE/L1
183236	DNA
ZAM_LTR	LTR/Gypsy
TC5A	DNA/Pogo
E_O17182	ensembl17147/low_complexity	HYPOTHETICAL 63.8 KDA PROTEIN.
TC5B	DNA/Pogo
autorepeat_4660	ciona_repeat
autorepeat_4661	ciona_repeat
autorepeat_4662	ciona_repeat
autorepeat_1320	ciona_repeat
TRANSPAC_LTR	LTR/Gypsy
ATCOPIA84LTR	LTR/Copia
autorepeat_4663	ciona_repeat
gi|18087067|gb|AF387857.1|AF387857	DNA
autorepeat_4664	ciona_repeat
autorepeat_1321	ciona_repeat
BRSATI	Satellite
autorepeat_4665	ciona_repeat
autorepeat_1322	ciona_repeat
autorepeat_4666	ciona_repeat
autorepeat_1323	ciona_repeat
autorepeat_4667	ciona_repeat
autorepeat_1324	ciona_repeat
autorepeat_4668	ciona_repeat
autorepeat_1325	ciona_repeat
autorepeat_4669	ciona_repeat
autorepeat_1326	ciona_repeat
autorepeat_1327	ciona_repeat
autorepeat_1328	ciona_repeat
autorepeat_1329	ciona_repeat
36468	DNA
E_O10377	ensembl9603/trans	POLYPROTEIN, REVERSE TRANSCRIPTASE, RNASE H (FRAGMENT).
gi|6671102:10-250,	DNA
RNONCLTR	LTR/Retroviral
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178997..31758,177854	DNA
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gi|159625|gb|M35452.1|MSQRTR1E	DNA
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183258	DNA
E_Q9V9E2	ensembl20260/trans	CG3013 PROTEIN.
HERVFH19I	LTR/ERV1 LTR19
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DMGATA12	DNA
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RLTR1	LTR/ERV1
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RLTR7	LTR/Retroviral
LTR64a	LTR/ERVK
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RLTR8	LTR/ERVK
Senkusha1	DNA/Harbinger May contain large internal deletions; ORF pos 796-1716 encodes protein (fragment) 48% similar to Harbinger,  and somewhat less to Candystripe and Turmoil. About 5% divergence; closely related elements abound (Senkusha is harbinger/forerunner in Japanese) First Harbinger in vertebrates.
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E_Q9NA48	ensembl4808/trans	Y73F8A.28 PROTEIN.
tRNA-Ser-TCA	tRNA
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tRNA-Ser-TCC	tRNA
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tRNA-Ser-TCG	tRNA
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Ser.TGA	tRNA 
E_Q9SPN6	ensembl21053/trans	RETROTRANSPOSON DEL1-46 HOMOLOG (FRAGMENT).
FERV-R2_I	LTR/ERV1 Internal sequence of an endogenous retrovirus closely related tp FERV-R1 (83% similarity over full-length internal sequence. Several other closely realted branches of this family are present in the Fugu genome. Some copies are < 4% diverged from this consensus as well, so FERV-R1 and 2 are sister groups, rather than one being ancestral to the other.  
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tRNA-Ser-TCY	tRNA
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ATSAT2	Satellite/Salamander (Amphiuma tridactylum)
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E_Q23828	ensembl62545/trans	TRANSPOSASE (FRAGMENT).
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MLT1E1A	LTR/MaLR
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BLOODI	LTR/Gypsy  sequence.
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MYSPL-int	LTR/ERVK
ATCOPIA16LTR	LTR/Copia 
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ATDNAI27T9A	DNA/MuDR
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ATDNAI27T9B	DNA/MuDR
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ATDNAI27T9C	DNA/MuDR
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D20S16_	Satellite
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E_Q19700	ensembl5502/low_complexity	F22B3.3 PROTEIN.
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ATREP1	DNA/Helitron
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ATREP2	DNA/Helitron
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ATREP3	DNA/Helitron
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ATREP4	DNA/Helitron
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ATREP5	DNA/Helitron
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ATREP6	DNA/Helitron 8%
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ATREP7	DNA/Helitron
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ATREP8	DNA/Helitron
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ATREP9	DNA/Helitron
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E_O44807	ensembl26768/trans	F14D2.9 PROTEIN.
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Glu.CTC	tRNA 
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BSR/beta	Satellite   linked with LSAU
QUASIMODO_LTR	LTR/Gypsy
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E_Q24397	ensembl11576/trans	PUTATIVE TRANSPOSASE.
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HERVIP10F	LTR/ERV1
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E_O61450	ensembl15349/low_complexity	TRANSPOSASE.
Tigger1a_Art	DNA/MER2_type 15-16% div, 17-18% subst Eutheria; Cetartiodactyla
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L1MC4a	LINE/L1
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ATCOPIA50LTR	LTR/Copia
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LTRBLD_DM	LTR/Gypsy  LTR from BLOOD LTR-retrotransposon - a consensus sequence.
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(CACCAT)n	Simple_repeat
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ATCOPIA69LTR	LTR/Copia
gi|11612472|gb|AF294485.1|AF294485	DNA
MMETN	LTR/Retroviral  
Chaplin3_FR	DNA/MER1 deletion product; closest similarity to Charlie3 (there is another *very* close match to Charlie3 in Fugu, with 2 copies so far.); 8% div
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OSVALDO_I	LTR/Gypsy
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7345bp	DNA
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AT9MU1	DNA/MuDR
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Pro.TGG	tRNA 
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PALTTAA1_CE	DNA/PiggyBac?
gi|159622|gb|M35449.1|MSQRTR1B	DNA
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tRNA-Ile-ATA	tRNA
Leu.AAG	tRNA 
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tRNA-Ile-ATC	tRNA
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XFB_XL	DNA/T2
E_Q9NBI6	ensembl9030/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
LTR12	LTR/ERV1 HERV9 8%  
LTR13	LTR/ERVK HERVK13 LTR  7& div
LTR14	LTR/ERVK HERVKC4-LTR  11% div
LTR15	LTR/ERV1 HERV15 LTR 8%
tRNA-Ile-ATT	tRNA
LTR17	LTR/ERV1  < 6% div
LSAU	Satellite linked with BSR (chromosome 4 specific)
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LTR1B	LTR/ERV1 mer4 group HUERS-P2 LTRs
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LTR1C	LTR/ERV1 
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LTR1D	LTR/ERV1 
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ULYSS_I	LTR/Gypsy  D.virilis Ulysses retrotransposon.
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E_Q9ZQ67	ensembl10323/trans	PUTATIVE RETROELEMENT POL POLYPROTEIN.
LTR22	LTR/ERVK 6bp duplications   9% div
LTR23	LTR/ERV1 mer4 group 'HERV'23 LTR 15% div
MINISAT1_CE	Satellite
LTR24	LTR/ERV1 mer4 group  14%
LTR25	LTR/ERV1 mer4 group  13-14%, bias for NTAN
LTR26	LTR/ERV1 15% div
LTR27	LTR/ERV1 mer4 group  15% div
LTR28	LTR/ERV1 mer4 group  19% div
LTR29	LTR/ERV1 mer4 group 20% div
CER	Satellite
LOOPERN1_DR	DNA
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LTR2B	LTR/ERV1 7% div HERVE/Harlequin LTR
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LTR2C	LTR/ERV1 8% div 
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LTR30	LTR/ERV1  6% div
LTR31	LTR/ERV1 mer4 group  16% div
LTR32	LTR/ERVL  17% div HERVL32-LTR
LTR33	LTR/ERVL  29% div
LTR34	LTR/ERV1 mer4 group  17% div
LTR35	LTR/ERV1 mer4 group 14-15%
LTR36	LTR/ERV1 mer4 group 14-17%
LTR38	LTR/ERV1 mer4 group  11%
LTR39	LTR/ERV1 mer4 group  16% div
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LTR3A	LTR/ERVK HERVK3 LTR 
E_O17677	ensembl5501/low_complexity	C49A1.8 PROTEIN.
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LTR3B	LTR/ERVK HERVK3 LTR  9-10% div
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LDR1	LINE/L1
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ATCOPIA71_I	LTR/Copia
(CAGCC)n	Simple_repeat
GYPSY6_LTR	LTR/Gypsy
LTR41	LTR/ERVL  26% div
LTR42	LTR/ERVL 15%
FUSHI_DM	Unknown
LTR43	LTR/ERV1 mer4 group   14%
LTR44	LTR/ERV1 mer4 group  18% div
LTR45	LTR/ERV1 mer4 group  16% div
LTR46	LTR/ERV1  9% & 13% subs
LTR48	LTR/ERV1 mer4 group 16%
LTR49	LTR/ERV1 mer4 group 13%
RMER10A	LTR
RMER10B	LTR
LTR3b	LTR/ERVK HERVK3 LTR  9-10% div
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E_Q9TYB6	ensembl25996/low_complexity	DNA, W-SAMURAI RAPD MARKER IN RETROTRANPOSABLE ELEMENT (REVERSE TRANSCRIPTASE), STRAIN P50 (FRAGMENT).
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(CATTT)n	Simple_repeat
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B1-F	SINE/Alu
LTR50	LTR/ERVL 24%
LTR51	LTR/ERV1 mer4 group 11%
LTR52	LTR/ERVL  18%
LTR53	LTR/ERVL mer73-type 17% (in dog)
LTR54	LTR/ERV1   15%
LTR55	LTR/ERV   20%
LTR56	LTR/ERV1 mer4 group 12%
LTR57	LTR/ERVL 13%
gi|5804801|emb|AJ006556.1|AST6556	DNA
LTR58	LTR/ERV1 mer4 group 17%
LTR59	LTR/ERV1 mer4 group 17%
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LTR5B	LTR/ERVK HERVK LTR  5-10%
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E_P03356	ensembl19191/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)].
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LTR60	LTR/ERV1 mer4 group  14%
LTR61	LTR/ERV1  ltr4-like HERV3
LTR62	LTR/ERVK 14% div
LTR64	LTR/ERVK 15-16%
LTR65	LTR/ERV1  18%
E_Q9GP60	ensembl123224/low_complexity	POL PROTEIN.
LTR66	LTR/ERVL  8% HERVL66 LTR
LTR67	LTR/ERVL  <~27% matches MLT1J and up as well
LTR68	LTR/ERV1 mer4 group 22% div
LTR69	LTR/ERVL 18-19% div
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LTR6A	LTR/ERV1 HERVHC2/HERVS71 LTR  8% div
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LTR6B	LTR/ERV1 HERVHC2/HERVS71 LTR  3.5% div
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DMTHB1	DNA
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LTR70	LTR/ERV1 
LTR72	LTR/ERV1 14%
LTR73	LTR/ERV1 19%
LTR75	LTR/ERVL 20% div, 5 bp target duplication site
LTR76	LTR/ERV1 12%
LTR77	LTR/ERV1 19%
RMER13A	LTR
RMER13B	LTR
MON1	SINE/Monotremes
gi|18087065|gb|AF387856.1|AF387856	DNA
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LTR7A	LTR/ERV1 to replace LTR7
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LTR7B	LTR/ERV1 8% div
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ATHATN1	DNA/HAT 10%
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ATHATN2	DNA/HAT 5%
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ATHATN3	DNA/HAT 10%
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ATHATN4	DNA/HAT 10%
ATHATN5	DNA/HAT 10%
ATHATN6	DNA/HAT
ATHATN7	DNA/HAT
ATHATN8	DNA/HAT
ATHATN9	DNA/HAT
AR12	Satellite
HETRP_DM	Satellite  repeat sequence.
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LTR8A	LTR/ERV1 mer4 group 13%  HUERS-P1 LTR
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ATHILA4B_LTR	LTR/Gypsy
E_Q9NBI7	ensembl9011/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
NOF_FB	DNA/Tc1  gb|X15469|FB|FBgn0002949|NOF FB 4347bp Derived from X51937 (g8297) (Rel. 44, Last updated, Version 6).
autorepeat_8640	ciona_repeat
E_Q27293	ensembl3070/trans	HYPOTHETICAL 17.3 KDA PROTEIN ON TRANSPOSON HB1.
autorepeat_8641	ciona_repeat
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154843,28995	DNA
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LTR9B	LTR/ERV1 mer4 group  14% div HUERS-P3 LTR
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autorepeat_8649	ciona_repeat
104184	DNA
autorepeat_5307	ciona_repeat
168884..79501	DNA
autorepeat_5308	ciona_repeat
ATCOPIA65_I	LTR/Copia
autorepeat_5309	ciona_repeat
ORR1A-internal	LTR/MaLR
(CTTTA)n	Simple_repeat
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PALNN1_CE	DNA/Mirage
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ZEON1_ZM_LTR	LTR/Gypsy
RMER17A	LTR/ERVK
RMER17B	LTR/ERVK  11%
gi|18087073|gb|AF387860.1|AF387860	DNA
RMER17C	LTR  5/6 bp duplication
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ATCOPIA88LTR	LTR/Copia
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E_Q10255	ensembl63168/trans	HYPOTHETICAL PROTEIN C56F8.07 IN CHROMOSOME I.
STONOR_LTR	LTR/Maize copia
(CGGAA)n	Simple_repeat
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E_O31103	ensembl4152/trans	TRANSPOSASE FOR INSERTION SEQUENCE IS1485.
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E_O00363	ensembl19102/trans	PUTATIVE P150.
ATCOPIA39_LTR	LTR/Copia
RMER19A	LTR  6p dupl, orientation unknown 12% div
RMER19B	LTR  6p dupl, orientation unknown 19% div
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E_Q95XH6	ensembl12295/low_complexity	HYPOTHETICAL 118.9 KDA PROTEIN.
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ATCOPIA32_I	LTR/Copia
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DMIS1360	DNA
L1R2_RN	LINE/L1
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ATDNA2T9A	DNA/MuDR
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ATDNA2T9B	DNA/MuDR
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(CGAGT)n	Simple_repeat
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RLTR_4	LTR/Retroviral
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HARBINGERN2_DR	DNA
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ONSATB	Satellite/Cichlid (Oreochromis niloticus)
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RLTR13Ba	LTR/ERVK
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E_Q93YE6	ensembl8859/trans	PUTATIVE POLYPROTEIN.
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ATCOPIA59_I	LTR/Copia
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(CATAT)n	Simple_repeat
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gi|1480674|gb|U60876.1|AAU60876	DNA
GYPSY4_I	LTR/Gypsy
HETA	LINE/Telomere
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RIRE2_I	LTR/Rice
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E_Q963X1	ensembl42543/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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ATHILA8BLTR	LTR/Gypsy
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TRANSIB1	DNA
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TRANSIB2	DNA
TRANSIB3	DNA
TRANSIB4	DNA
16029,156106..52766	DNA
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HAL1b	LINE/L1
(CATG)n	Simple_repeat
IAPLTR2_MM	LTR/ERVK
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CATCH1I_DR	LTR
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MMIAPLTRL	LTR/Retroviral
Chaplin2a_FR	DNA/MER1 internal deletion prod with partial coding sequence; best matches to Charlie 8 and Cheshire; 8 bp dups with NTCTAGAN bias, 3.7% div. 
AluYa5	SINE/Alu
SVA2	Other
AluYa8	SINE/Alu
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INVADER4_LTR	LTR/Gypsy
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ID1_MM	SINE/ID
ATCOPIA54LTR	LTR/Copia
GYPSY_I	LTR/Gypsy
LTR71A	LTR/ERV1
LTR71B	LTR/ERV1
AluYb8	SINE/Alu
AluYb9	SINE/Alu
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COPIA2	DNA
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LINE2D_CE	LINE/CR1
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DMARS312	DNA
AluYc2	SINE/Alu (a better name may be AluYb2a1, as it shares a C->A transversion with the B branch, and just has a G->A transition on top)
AluYc3	SINE/Alu
LTR72B	LTR/ERV1 
AluYc5	SINE/Alu
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I_DM	LINE/I  D.melanogaster (W-IR1 mutation) I factor DNA, complete cds.
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autorepeat_2089	ciona_repeat
E_Q25436	ensembl18619/low_complexity	TRANSPOSASE.
RIRE1_LTR	LTR/Rice gypsy
AluYd2	SINE/Alu 3% outside CpGs (renamed from original AluYc, characterized by deletion compared to other Alus)
E_Q16925	ensembl8599/trans	TRANSPOSASE.
TRIM	LINE/LOA  D.miranda retrotransposon TRIM.
AluYd8	SINE/Alu (renamed from original AluYc5)
24557..9411	DNA
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autorepeat_4774	ciona_repeat
CHR-1	SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla
autorepeat_1432	ciona_repeat
CHR-2	SINE/whales  
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autorepeat_1433	ciona_repeat
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autorepeat_2091	ciona_repeat
autorepeat_1435	ciona_repeat
autorepeat_4778	ciona_repeat
autorepeat_2092	ciona_repeat
autorepeat_1436	ciona_repeat
MER50-int	LTR/ERV1 mer4 group
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autorepeat_2093	ciona_repeat
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DM14101	DNA
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autorepeat_2099	ciona_repeat
(CACTT)n	Simple_repeat
IR1_CE	DNA
E_Q9Y1H0	ensembl16861/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN (FRAGMENT).
AluYe5	SINE/Alu
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E_Q26816	ensembl45357/trans	ORF 1.
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autorepeat_1447	ciona_repeat
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Ronin1_I	LTR/Gypsy Closely related to Sushi and Samurai. Products of gag-ORF (pos 18-995) 54% andof pol-ORF (1253-4405) 74% similar over full length to SUSHI products. Average divergence 6%, but diagnostic substitutions of subfamilies accounting for about half of these (Ronin is a wandering Samurai)
autorepeat_1449	ciona_repeat
OPIE2_ZM_I	LTR/Copia
MARINER4_CE	DNA/Mariner
(CAAGA)n	Simple_repeat
tandem_repeat_shown_with_two_copies_1	ciona_repeat
ATCOPIA4LTR	LTR/Copia 
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autorepeat_4791	ciona_repeat
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autorepeat_4799	ciona_repeat
autorepeat_1457	ciona_repeat
autorepeat_1458	ciona_repeat
autorepeat_1459	ciona_repeat
E_Q9S1F2	ensembl7533/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
DMCBHETLA	DNA
ATHILA4_LTR	LTR/Gypsy
IAPEY_LTR	LTR/ERVK
Undet.???	tRNA 
LOOPERN5_DR	DNA
autorepeat_1460	ciona_repeat
Thr.TGT	tRNA 
autorepeat_1461	ciona_repeat
autorepeat_1462	ciona_repeat
E_Q07431	ensembl8217/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
autorepeat_1463	ciona_repeat
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autorepeat_1465	ciona_repeat
autorepeat_1466	ciona_repeat
autorepeat_1467	ciona_repeat
autorepeat_1468	ciona_repeat
autorepeat_1469	ciona_repeat
ROO	LTR/PAO Drosophila roo transposable element from 68C glue gene cluster.
E_Q9U1N9	ensembl11673/trans	ZK262.5 PROTEIN.
LTR3_FR	LTR Contains a variety of subfamilies; 4 bp duplication sites
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autorepeat_1471	ciona_repeat
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autorepeat_1473	ciona_repeat
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autorepeat_1475	ciona_repeat
autorepeat_1476	ciona_repeat
autorepeat_1477	ciona_repeat
autorepeat_1478	ciona_repeat
autorepeat_1479	ciona_repeat
5246,117537..181028	DNA
(CAGGC)n	Simple_repeat
DMRGA	DNA
DMRER1DM	DNA
autorepeat_1480	ciona_repeat
autorepeat_1481	ciona_repeat
autorepeat_1482	ciona_repeat
autorepeat_1483	ciona_repeat
autorepeat_1484	ciona_repeat
autorepeat_1485	ciona_repeat
autorepeat_1486	ciona_repeat
autorepeat_1487	ciona_repeat
autorepeat_1488	ciona_repeat
autorepeat_1489	ciona_repeat
E_O44315	ensembl16596/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
VL30LTR	LTR/Retroviral
E_O96546	ensembl16601/low_complexity	PUTATIVE ENDONUCLEASE/REVERSE TRANSCRIPTASE.
gi|4099802|gb|U89799.1|AGU89799	DNA
E_Q09656	ensembl7819/trans	HYPOTHETICAL 52.6 KDA PROTEIN ZK1320.8 IN CHROMOSOME II.
tRNA-His-CAC	tRNA
autorepeat_1490	ciona_repeat
ATCOPIA20LTR	LTR/Copia 
autorepeat_1491	ciona_repeat
HELITRON1_CE	DNA/Helitron
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autorepeat_1493	ciona_repeat
autorepeat_1494	ciona_repeat
autorepeat_1495	ciona_repeat
autorepeat_1496	ciona_repeat
autorepeat_1497	ciona_repeat
autorepeat_1498	ciona_repeat
gi|3095118|gb|AF054211.1|AF054211	DNA
HELICOPY1	DNA/Helicop
autorepeat_1499	ciona_repeat
HELICOPY2	DNA/Helicop
HELICOPY3	DNA/Helicop
Tc1N1_DR	DNA/TC1
E_Q01379	ensembl12270/low_complexity	CONTAINS REVERSE TRANSCRIPTASE AND CYS FINGER DOMAINS.
tRNA-His-CAY	tRNA
(CAAG)n	Simple_repeat
GGXHOI	Satellite/W-chromosome
CR1-X1a	LINE/CR1 20% 
26S_ribosomal_RNA_gene	ciona_repeat
TOL_OLR	DNA/hAT
ZDE_ZD	LTR/Gypsy
RSP	Satellite  D.melanogaster Rsp repetitive element.
E_O16635	ensembl124611/low_complexity	HYPOTHETICAL 88.3 KDA PROTEIN.
TOURIST	DNA/Maize  Transposon Mutant, 150 nt].
E_Q93YE2	ensembl126942/trans	PUTATIVE POLYPROTEIN (FRAGMENT).
MAR1	SINE/Marsupials
MER51-internal	LTR/MER4_group
COPIA_I	LTR/Copia  Drosophila melanogaster transposable element copia.
E_Q94254	ensembl134471/low_complexity	HYPOTHETICAL 43.1 KDA PROTEIN.
G3_DM	LINE/Jockey
ETNERV	LTR/Retroviral  
E_Q9BLI3	ensembl13712/trans	TRAS5 PROTEIN (FRAGMENT).
MIR_cat	SINE/MIR
E_Q87040	ensembl14607/trans	POL PROTEIN (FRAGMENT).
MER34-int	LTR/ERV1
Looper	DNA/T2_type  19%
autorepeat_9300	ciona_repeat
autorepeat_9301	ciona_repeat
autorepeat_9302	ciona_repeat
autorepeat_9303	ciona_repeat
autorepeat_9304	ciona_repeat
5249bp	DNA
autorepeat_9305	ciona_repeat
autorepeat_9306	ciona_repeat
ATCOPIA38A_I	LTR/Copia
autorepeat_9307	ciona_repeat
autorepeat_9308	ciona_repeat
ART_LINE1	LINE
autorepeat_9309	ciona_repeat
HSAT3	Satellite/centromeric
HSAT4	Satellite/centromeric
HSAT5	Satellite
HSAT6	Satellite unit is palindromic
ATCOPIA73LTR	LTR/Copia
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autorepeat_9311	ciona_repeat
HSATI	Satellite (Chr 21, 22)
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autorepeat_9313	ciona_repeat
autorepeat_9314	ciona_repeat
autorepeat_9315	ciona_repeat
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autorepeat_9317	ciona_repeat
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(CACAT)n	Simple_repeat
autorepeat_9319	ciona_repeat
E_Q03269	ensembl13486/trans	RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TYPE I RETROTRANSPOSABLE ELEMENT R1 [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE] (FRAGMENT).
(CTATT)n	Simple_repeat
MAUI	LINE/Pufferfish  
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autorepeat_9321	ciona_repeat
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SSMER1	Other/Pig  
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(GGAAA)n	Simple_repeat
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autorepeat_9325	ciona_repeat
autorepeat_9326	ciona_repeat
BAGGINS1	LINE/LOA
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autorepeat_9329	ciona_repeat
55564	DNA
ENDOVIR1LTR	LTR/Copia
DMR_DV	Unknown
DMGATA4	DNA
DMGATA5	DNA
CINFUL2_I	LTR/Maize gypsy
GYPSY3_LTR	LTR/Gypsy
DMGATA6	DNA
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DMGATA9	DNA
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DMRP1	Unknown
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L1M4b_5end	LINE/L1
gi|600844|gb|U11658.1|AGU11658	DNA
E_Q05405	ensembl446/trans	MARINER TRANSPOSASE 1 (FRAGMENT).
Hu-mgU6-53	snoRNA Human mgU6-53 gmeth(U6) c/d snoRNA gi|6468235|emb|AJ243222.1|HSA243222
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gi|11612471|gb|AF294484.1|AF294484	DNA
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autorepeat_9344	ciona_repeat
DMRPR	Unknown Drosophila repeat from 68C glue gene cluster.
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ATCOPIA72_I	LTR/Copia
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TAR1_TA	LTR/Copia
E_Q963V5	ensembl7718/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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HARBINGERN6_DR	DNA
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HRES1	LTR/Retroviral  
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RNaseMRP_RNA	miscRNA X51867.1 H.sapiens MRP RNA gene encoding the RNA component of RNase MRP // [716..980] extracted from this accession - MRP RNA o
(gi|6671107:<1-220,	DNA
MDM1_OS	DNA/MuDR
E_Q9BM79	ensembl6934/low_complexity	GAG-POL POLYPROTEIN.
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DMRS1	DNA
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E_Q9BLI2	ensembl17476/trans	TRAS6 PROTEIN (FRAGMENT).
RATID	SINE
NOMAD_LTR	LTR/Gypsy
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151106..32741,59170..160640	DNA
DMSC1XHO	DNA
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INVADER	DNA
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ATGP8LTR	LTR/Gypsy
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AluYd3a1	SINE/Alu (renamed from original AluYc3)
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ART-LINE2	LINE 
HELITRON1_OS	DNA/Helitron
L1B_OC	LINE/L1  
SINE_DR1	SINE
SINE_DR2	SINE
Ser.GCT	tRNA 
Expander2	LINE/RTE Sister lineage to Expander to which it is 80% similar (DNA) over the full length (except 3' UTR). The Expanders are also very similar to Rex3; and fit in the RTE group that also includes Bov-B in ruminants. Coding ORF from 172-3348. Ave subst level 6%, younger elements present.
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Bov-B	LINE/BovB  
Bov-D	SINE/BovD  
BaEV-int	LTR/ERV1  
DM2	LTR/Gypsy  Drosophila retroposon microcopia Dm-2 3'end.
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ATCOPIA66_I	LTR/Copia
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autorepeat_6065	ciona_repeat
autorepeat_6066	ciona_repeat
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ATMUNX1	DNA/MuDR
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ATCOPIA58LTR	LTR/Copia
(CGGA)n	Simple_repeat
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DNA16TA1_DR	DNA
MER84-internal	LTR/Retroviral
(CGACG)n	Simple_repeat
PROTOP_A	DNA/P
PROTOP_B	DNA/P
PLMYS1	LTR/Other
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autorepeat_5423	ciona_repeat
autorepeat_8766	ciona_repeat
ATCOPIA36_LTR	LTR/Copia
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autorepeat_8767	ciona_repeat
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TIR54TA1_CE	DNA
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KIDDOA_OS	DNA
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DOC	LINE/Jockey
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SAR	Satellite
ATHATN3A	DNA/HAT
(CTAAT)n	Simple_repeat
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(CAGAGA)n	Simple_repeat
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Arg.ACG	tRNA 
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autorepeat_6094	ciona_repeat
gi|18087064|gb|AF387855.1|AF387855	DNA
autorepeat_5439	ciona_repeat
autorepeat_6095	ciona_repeat
autorepeat_6096	ciona_repeat
MER48	LTR/ERV1	HERVH48 LTRs, 10-11% diverged
(TTAAG)n	Simple_repeat
autorepeat_6097	ciona_repeat
RIRE2_OS_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_6099	ciona_repeat
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autorepeat_8783	ciona_repeat
14377	DNA
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autorepeat_8788	ciona_repeat
ATCOPIA92LTR	LTR/Copia
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ATCOPIA33_I	LTR/Copia
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autorepeat_2111	ciona_repeat
gi|3095116|gb|AF054210.1|AF054210	DNA
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E_Q946T0	ensembl30261/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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GYPSYDR1	repeat
GYPSYDR2	repeat
GYPSY5_I	LTR/Gypsy
TSCL	LINE? 
DT1	DNA/Mariner
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ATCOPIA28_LTR	LTR/Copia
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autorepeat_5471	ciona_repeat
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RIRE3_I	LTR/Rice gypsy
ATHAT1	DNA/HAT
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ATHAT2	DNA/HAT
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PALTA4_CE	DNA/Tc1?
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ATHAT3	DNA/HAT
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autorepeat_2134	ciona_repeat
ATLINEIII	LINE/L1 
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autorepeat_2136	ciona_repeat
autorepeat_5479	ciona_repeat
ATHAT7	DNA/HAT
CHR-2A	SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Ruminantia
TDR1	DNA/TC1
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CHR-2B	SINE/tRNA-Glu Eutheria; Cetartiodactyla; Ruminantia
TDR2	DNA
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TDR3	DNA
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TDR4	DNA
TDR5	DNA
TDR6	DNA
TDR7	DNA
TDR8	DNA
TDR9	DNA
E_O48730	ensembl3532/trans	EN/SPM-LIKE TRANSPOSON PROTEIN.
7SK_RNA	miscRNA X05490.1 Human 7SK RNA gene only positions [245..575]
LTR1	LTR/ERV1 mer4 group  11% div HUERS-P2 LTRs
Hu-U50prime	snoRNA Human U50prime gmeth c/d snoRNA intron 5 U50HG gi|5821114:1701-1733,
LTR2	LTR/ERV1  8% div   HERVE/Harlequin LTR 169
LTR3	LTR/ERVK HERVK3 LTR 
LTR4	LTR/ERV1 HERV3 (and HERVR?) LTRs
LTR5	LTR/ERVK HERVK LTR  <5%
autorepeat_4820	ciona_repeat
LTR6	LTR/Retroviral
autorepeat_4821	ciona_repeat
LTR7	LTR/ERV1 HERVH-LTR  6-7%
autorepeat_4822	ciona_repeat
LTR8	LTR/ERV1 mer4 group  10-11%  HUERS-P1 LTR
autorepeat_4823	ciona_repeat
LTR9	LTR/ERV1 mer4 group  16% div  HUERS-P3 LTR
autorepeat_4824	ciona_repeat
autorepeat_5480	ciona_repeat
autorepeat_4825	ciona_repeat
autorepeat_5481	ciona_repeat
autorepeat_4826	ciona_repeat
autorepeat_5482	ciona_repeat
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autorepeat_5483	ciona_repeat
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autorepeat_5484	ciona_repeat
autorepeat_2142	ciona_repeat
autorepeat_4829	ciona_repeat
autorepeat_5485	ciona_repeat
autorepeat_2143	ciona_repeat
autorepeat_5486	ciona_repeat
autorepeat_2144	ciona_repeat
autorepeat_5487	ciona_repeat
autorepeat_2145	ciona_repeat
autorepeat_5488	ciona_repeat
ZEON1_ZM_I	LTR/Gypsy
autorepeat_2146	ciona_repeat
autorepeat_5489	ciona_repeat
autorepeat_2147	ciona_repeat
autorepeat_2148	ciona_repeat
autorepeat_2149	ciona_repeat
INVADER1_LTR	LTR/Gypsy
BAGGINS	DNA
ERE1	SINE/horse  
autorepeat_4830	ciona_repeat
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autorepeat_4833	ciona_repeat
ATCOPIA24LTR	LTR/Copia
autorepeat_4834	ciona_repeat
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MER83B-int	LTR/ERV1 mer4 group
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HAT3_CE	DNA/HAT
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E_O77146	ensembl26118/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE SJR1 (FRAGMENT).
E_Q946U4	ensembl17821/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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Contig10	WI_ciona_repeat
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Contig11	WI_ciona_repeat
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Contig12	WI_ciona_repeat
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ATCOPIA27_I	LTR/Copia
Contig13	WI_ciona_repeat
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Contig14	WI_ciona_repeat
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Contig15	WI_ciona_repeat
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Contig16	WI_ciona_repeat
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Contig17	WI_ciona_repeat
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Contig18	WI_ciona_repeat
Contig19	WI_ciona_repeat
OPIE2_ZM_LTR	LTR/Copia
DMARS406	DNA
tRNA-Arg-AGA	tRNA
LINE_DR	LINE/L2
tRNA-Arg-AGG	tRNA
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Contig20	WI_ciona_repeat
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Contig21	WI_ciona_repeat
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Contig23	WI_ciona_repeat
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Contig24	WI_ciona_repeat
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Contig25	WI_ciona_repeat
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Contig26	WI_ciona_repeat
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Contig28	WI_ciona_repeat
Contig29	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1523	ciona_repeat
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HATN13_DR	DNA
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SPRINGER	DNA
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autorepeat_1525	ciona_repeat
Contig30	WI_ciona_repeat
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Contig31	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1527	ciona_repeat
Contig32	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1528	ciona_repeat
Contig33	WI_ciona_repeat
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DMSAT	DNA
Contig34	WI_ciona_repeat
autorepeat_2186	ciona_repeat
Contig35	WI_ciona_repeat
autorepeat_2187	ciona_repeat
(CCCTAA)n	Simple_repeat
Contig36	WI_ciona_repeat
autorepeat_2188	ciona_repeat
Contig37	WI_ciona_repeat
autorepeat_2189	ciona_repeat
Contig38	WI_ciona_repeat
Contig39	WI_ciona_repeat
LTRIS_MM	LTR/ERV1   MMURS LTR
E_Q963X2	ensembl42545/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_4871	ciona_repeat
autorepeat_4872	ciona_repeat
autorepeat_1530	ciona_repeat
autorepeat_4873	ciona_repeat
autorepeat_1531	ciona_repeat
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autorepeat_1532	ciona_repeat
autorepeat_4875	ciona_repeat
autorepeat_1533	ciona_repeat
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autorepeat_1534	ciona_repeat
autorepeat_4877	ciona_repeat
autorepeat_2191	ciona_repeat
autorepeat_1535	ciona_repeat
Contig40	WI_ciona_repeat
autorepeat_4878	ciona_repeat
autorepeat_2192	ciona_repeat
autorepeat_1536	ciona_repeat
Contig41	WI_ciona_repeat
autorepeat_4879	ciona_repeat
autorepeat_2193	ciona_repeat
autorepeat_1537	ciona_repeat
Contig42	WI_ciona_repeat
autorepeat_2194	ciona_repeat
autorepeat_1538	ciona_repeat
Contig43	WI_ciona_repeat
autorepeat_2195	ciona_repeat
autorepeat_1539	ciona_repeat
Contig44	WI_ciona_repeat
autorepeat_2196	ciona_repeat
Contig45	WI_ciona_repeat
autorepeat_2197	ciona_repeat
Contig46	WI_ciona_repeat
autorepeat_2198	ciona_repeat
Contig47	WI_ciona_repeat
autorepeat_2199	ciona_repeat
Contig48	WI_ciona_repeat
Contig49	WI_ciona_repeat
5.8S_ribosomal	rDNA U13369.1 Human ribosomal DNA complete repeating unit [6623..6779]
ULYSS_LTR	LTR/Gypsy  D.virilis Ulysses retrotransposon.
Bridge2(Xena)	LINE/Penelope  5' truncated LINE consensus. Only a fragment of the old Bridge2 in here (pos 116-502 corresponds to bp 1-387 of old entry). Remainder of old entry is another repeat. The current sequence aligns (with 18-20% divergence) to Bridge1. Xena is the name given in a GenBank entry; they think it to be an LTR element. Very young (ave 8%, but some < 1% diverged) 
autorepeat_4880	ciona_repeat
ATCOPIA77LTR	LTR/Copia
autorepeat_4881	ciona_repeat
DMTOM1_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_4882	ciona_repeat
autorepeat_1540	ciona_repeat
autorepeat_4883	ciona_repeat
autorepeat_1541	ciona_repeat
autorepeat_10	ciona_repeat
autorepeat_4884	ciona_repeat
autorepeat_1542	ciona_repeat
autorepeat_11	ciona_repeat
autorepeat_4885	ciona_repeat
autorepeat_1543	ciona_repeat
MST-INTERNAL	LTR/MaLR  
autorepeat_12	ciona_repeat
autorepeat_4886	ciona_repeat
autorepeat_1544	ciona_repeat
RLTR5_MM	LTR/ERV1  MuRVY
autorepeat_13	ciona_repeat
autorepeat_4887	ciona_repeat
autorepeat_1545	ciona_repeat
150034	DNA
Contig50	WI_ciona_repeat
autorepeat_14	ciona_repeat
autorepeat_4888	ciona_repeat
autorepeat_1546	ciona_repeat
Contig51	WI_ciona_repeat
autorepeat_15	ciona_repeat
autorepeat_4889	ciona_repeat
autorepeat_1547	ciona_repeat
Contig52	WI_ciona_repeat
autorepeat_1548	ciona_repeat
Contig53	WI_ciona_repeat
autorepeat_16	ciona_repeat
autorepeat_1549	ciona_repeat
Contig54	WI_ciona_repeat
autorepeat_17	ciona_repeat
Ronin2_I	LTR/Gypsy Closely related to Sushi and Samurai. Products of gag-ORF (pos 17-994) 59% and of pol-ORF (~1260-4329) 73% similar over full length to SUSHI products. Consensus derived for all copies <15% diverged from this consensus; average subst level 10%, but reflects existence of multiple subfamilies.
Contig55	WI_ciona_repeat
autorepeat_18	ciona_repeat
Contig56	WI_ciona_repeat
autorepeat_19	ciona_repeat
Contig57	WI_ciona_repeat
Contig58	WI_ciona_repeat
Contig59	WI_ciona_repeat
E_Q9P957	ensembl8215/trans	POL (REVERSE TRANSCRIPTASE-RNASE H) (FRAGMENT).
SN5	Other/centromeric
autorepeat_4890	ciona_repeat
DMSTEGHA	DNA
autorepeat_4891	ciona_repeat
DMSTEGHB	DNA
autorepeat_4892	ciona_repeat
autorepeat_1550	ciona_repeat
autorepeat_4893	ciona_repeat
autorepeat_1551	ciona_repeat
autorepeat_20	ciona_repeat
autorepeat_4894	ciona_repeat
autorepeat_1552	ciona_repeat
autorepeat_21	ciona_repeat
autorepeat_4895	ciona_repeat
autorepeat_1553	ciona_repeat
autorepeat_22	ciona_repeat
autorepeat_4896	ciona_repeat
autorepeat_1554	ciona_repeat
autorepeat_23	ciona_repeat
autorepeat_4897	ciona_repeat
autorepeat_1555	ciona_repeat
Contig60	WI_ciona_repeat
autorepeat_24	ciona_repeat
autorepeat_4898	ciona_repeat
autorepeat_1556	ciona_repeat
Contig61	WI_ciona_repeat
autorepeat_4899	ciona_repeat
autorepeat_1557	ciona_repeat
Contig62	WI_ciona_repeat
autorepeat_25	ciona_repeat
autorepeat_1558	ciona_repeat
Contig63	WI_ciona_repeat
autorepeat_26	ciona_repeat
autorepeat_1559	ciona_repeat
Contig64	WI_ciona_repeat
autorepeat_27	ciona_repeat
Contig65	WI_ciona_repeat
autorepeat_28	ciona_repeat
Contig66	WI_ciona_repeat
autorepeat_29	ciona_repeat
Contig67	WI_ciona_repeat
Contig68	WI_ciona_repeat
Contig69	WI_ciona_repeat
ERV1-I_DR	LTR/ERV
ATHILA7LTR	LTR/Gypsy
FERV-R2_LTR	LTR/ERV1
autorepeat_1560	ciona_repeat
94667..185337	DNA
autorepeat_1561	ciona_repeat
autorepeat_30	ciona_repeat
autorepeat_1562	ciona_repeat
autorepeat_31	ciona_repeat
autorepeat_1563	ciona_repeat
autorepeat_32	ciona_repeat
autorepeat_1564	ciona_repeat
autorepeat_33	ciona_repeat
autorepeat_1565	ciona_repeat
Contig70	WI_ciona_repeat
autorepeat_1566	ciona_repeat
Contig71	WI_ciona_repeat
autorepeat_34	ciona_repeat
autorepeat_1567	ciona_repeat
SUSHII	LTR/Pufferfish
Contig72	WI_ciona_repeat
autorepeat_35	ciona_repeat
autorepeat_1568	ciona_repeat
Contig73	WI_ciona_repeat
autorepeat_36	ciona_repeat
autorepeat_1569	ciona_repeat
Contig74	WI_ciona_repeat
autorepeat_37	ciona_repeat
Contig75	WI_ciona_repeat
autorepeat_38	ciona_repeat
Contig76	WI_ciona_repeat
autorepeat_39	ciona_repeat
T412LTR	LTR
Contig77	WI_ciona_repeat
Contig78	WI_ciona_repeat
Contig79	WI_ciona_repeat
autorepeat_1570	ciona_repeat
autorepeat_1571	ciona_repeat
DMMINIDNA	DNA
autorepeat_40	ciona_repeat
autorepeat_1572	ciona_repeat
autorepeat_41	ciona_repeat
autorepeat_1573	ciona_repeat
autorepeat_42	ciona_repeat
autorepeat_1574	ciona_repeat
autorepeat_1575	ciona_repeat
Contig80	WI_ciona_repeat
autorepeat_43	ciona_repeat
autorepeat_1576	ciona_repeat
Contig81	WI_ciona_repeat
autorepeat_44	ciona_repeat
autorepeat_1577	ciona_repeat
Contig82	WI_ciona_repeat
autorepeat_45	ciona_repeat
autorepeat_1578	ciona_repeat
Contig83	WI_ciona_repeat
autorepeat_46	ciona_repeat
E_P09523	ensembl10158/trans	ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)].
autorepeat_1579	ciona_repeat
Contig84	WI_ciona_repeat
autorepeat_47	ciona_repeat
E_Q9TZF8	ensembl11382/trans	F58E1.1 PROTEIN.
Contig85	WI_ciona_repeat
autorepeat_48	ciona_repeat
Contig86	WI_ciona_repeat
autorepeat_49	ciona_repeat
Contig87	WI_ciona_repeat
Contig88	WI_ciona_repeat
SAMURAI	LTR/Pufferfish
Contig89	WI_ciona_repeat
E_Q24691	ensembl6557/trans	MANIRER-2 PROTEIN (FRAGMENT).
E_Q9U3R4	ensembl6588/trans	C06B8.5 PROTEIN.
gi|1381121|gb|L78796.1|MSQTNTATAC	DNA
DMRER2DM	DNA
autorepeat_1580	ciona_repeat
autorepeat_1581	ciona_repeat
autorepeat_50	ciona_repeat
autorepeat_1582	ciona_repeat
L1M3c_5end	LINE/L1
autorepeat_51	ciona_repeat
autorepeat_1583	ciona_repeat
autorepeat_1584	ciona_repeat
autorepeat_52	ciona_repeat
autorepeat_1585	ciona_repeat
Contig90	WI_ciona_repeat
autorepeat_53	ciona_repeat
autorepeat_1586	ciona_repeat
Contig91	WI_ciona_repeat
autorepeat_54	ciona_repeat
autorepeat_1587	ciona_repeat
Contig92	WI_ciona_repeat
autorepeat_55	ciona_repeat
autorepeat_1588	ciona_repeat
Contig93	WI_ciona_repeat
autorepeat_56	ciona_repeat
autorepeat_1589	ciona_repeat
Contig94	WI_ciona_repeat
autorepeat_57	ciona_repeat
Contig95	WI_ciona_repeat
autorepeat_58	ciona_repeat
Contig96	WI_ciona_repeat
autorepeat_59	ciona_repeat
Contig97	WI_ciona_repeat
Contig98	WI_ciona_repeat
Furousha	DNA/hAT_Tol2 Product of ORF 584-2056 is most similar to the human transposase-derived gene Tramp (47% over 398 AA)  8 bp duplications; 4.5% div (furou is 'wandering around' in Japanese, furousha is vagabond/tramp)
L1ME3A	LINE/L1
Contig99	WI_ciona_repeat
L1ME3B	LINE/L1  
gi|159634|gb|M35465.1|MSQRTR1N	DNA
THE1A	LTR/MaLR
THE1B	LTR/MaLR
THE1C	LTR/MaLR
ATHILA6A_I	LTR/Gypsy
THE1D	LTR/MaLR
STALKER2_I	LTR/Gypsy
autorepeat_1590	ciona_repeat
autorepeat_1591	ciona_repeat
autorepeat_60	ciona_repeat
autorepeat_1592	ciona_repeat
autorepeat_1593	ciona_repeat
autorepeat_61	ciona_repeat
autorepeat_1594	ciona_repeat
autorepeat_62	ciona_repeat
autorepeat_1595	ciona_repeat
autorepeat_63	ciona_repeat
autorepeat_1596	ciona_repeat
STALKER2_LTR	LTR/Gypsy
autorepeat_64	ciona_repeat
autorepeat_1597	ciona_repeat
autorepeat_65	ciona_repeat
autorepeat_1598	ciona_repeat
autorepeat_66	ciona_repeat
autorepeat_1599	ciona_repeat
autorepeat_67	ciona_repeat
autorepeat_68	ciona_repeat
autorepeat_69	ciona_repeat
L1ME4A	LINE/L1
autorepeat_70	ciona_repeat
autorepeat_71	ciona_repeat
autorepeat_72	ciona_repeat
autorepeat_73	ciona_repeat
DMDM11	DNA
autorepeat_74	ciona_repeat
autorepeat_75	ciona_repeat
autorepeat_76	ciona_repeat
autorepeat_77	ciona_repeat
gi|6671102:c1100-8,	DNA
autorepeat_78	ciona_repeat
autorepeat_79	ciona_repeat
L1ME4a	LINE/L1
140246,23112	DNA
autorepeat_80	ciona_repeat
autorepeat_81	ciona_repeat
autorepeat_82	ciona_repeat
CIN4L_ZM	LINE/L1
autorepeat_83	ciona_repeat
autorepeat_84	ciona_repeat
autorepeat_85	ciona_repeat
autorepeat_86	ciona_repeat
autorepeat_87	ciona_repeat
autorepeat_88	ciona_repeat
autorepeat_89	ciona_repeat
ORR1B-INT	LTR/MaLR
MER31-int	LTR/ERV1 mer4 group  
108266	DNA
DMW1DOC	DNA
(CGATA)n	Simple_repeat
E_Q23827	ensembl62544/trans	TRANSPOSASE (FRAGMENT).
E_Q9YW31	ensembl16643/low_complexity	ORF MSV061 PUTATIVE LINE REVERSE TRANSCRIPTASE, SIMILAR TO CAENORHABDITIS ELEGANS GB:U00063.
autorepeat_90	ciona_repeat
autorepeat_91	ciona_repeat
autorepeat_92	ciona_repeat
autorepeat_93	ciona_repeat
autorepeat_94	ciona_repeat
autorepeat_95	ciona_repeat
autorepeat_96	ciona_repeat
autorepeat_97	ciona_repeat
autorepeat_98	ciona_repeat
autorepeat_99	ciona_repeat
ATCOPIA43LTR	LTR/Copia
ALA_DM	Unknown Drosophila melanogaster ALA-D DNA repeat region.
(CATATA)n	Simple_repeat
ES22	Satellite/Horse
SVA	Other
PROTOP	DNA/P
autorepeat_9400	ciona_repeat
autorepeat_9401	ciona_repeat
autorepeat_9402	ciona_repeat
autorepeat_9403	ciona_repeat
autorepeat_9404	ciona_repeat
autorepeat_9405	ciona_repeat
ATCOPIA38B_I	LTR/Copia
autorepeat_9406	ciona_repeat
U4atac	snRNA U62822.1 Human small nuclear RNA U4atac, partial sequence
autorepeat_9407	ciona_repeat
autorepeat_9408	ciona_repeat
autorepeat_9409	ciona_repeat
Leu.CAA	tRNA 
ATSINE2A	SINE?
autorepeat_9410	ciona_repeat
autorepeat_9411	ciona_repeat
Leu.CAG	tRNA 
autorepeat_9412	ciona_repeat
autorepeat_9413	ciona_repeat
autorepeat_9414	ciona_repeat
autorepeat_9415	ciona_repeat
autorepeat_9416	ciona_repeat
E_Q24697	ensembl13674/trans	PLANARIAN MARINER-0 GENE (FRAGMENT).
autorepeat_9417	ciona_repeat
autorepeat_9418	ciona_repeat
autorepeat_9419	ciona_repeat
(CGAGG)n	Simple_repeat
(CAACC)n	Simple_repeat
162113..115626	DNA
REX3_XM	LINE/Platyfish (Xiphophorus maculatus)
51691..13951	DNA
TRAM_I	LTR/PAO  D.miranda LTR retrotransposon TRAM; an internal sequence.
autorepeat_9420	ciona_repeat
autorepeat_9421	ciona_repeat
autorepeat_9422	ciona_repeat
autorepeat_9423	ciona_repeat
autorepeat_9424	ciona_repeat
autorepeat_9425	ciona_repeat
autorepeat_9426	ciona_repeat
autorepeat_9427	ciona_repeat
autorepeat_9428	ciona_repeat
autorepeat_9429	ciona_repeat
(CATAG)n	Simple_repeat
ATLINE1_3A	LINE/L1
L1-2_DR	LINE/L1
L1VL2_5end	LINE/L1
autorepeat_9430	ciona_repeat
autorepeat_9431	ciona_repeat
autorepeat_9432	ciona_repeat
autorepeat_9433	ciona_repeat
autorepeat_9434	ciona_repeat
autorepeat_9435	ciona_repeat
autorepeat_9436	ciona_repeat
autorepeat_9437	ciona_repeat
autorepeat_9438	ciona_repeat
XDMR	Unknown   XDMR is a dispersed repetitive element.
autorepeat_9439	ciona_repeat
gi|159627|gb|M35454.1|MSQRTR1G	DNA
62893	DNA
ERVL	LTR/ERVL  15-18% div, MLT2B1/B2 LTRs
autorepeat_9440	ciona_repeat
autorepeat_9441	ciona_repeat
E_Q03272	ensembl3769/low_complexity	RETROVIRUS-RELATED POL POLYPROTEIN FROM TYPE I RETROTRANSPOSABLE ELEMENT R1 [CONTAINS: REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); ENDONUCLEASE] (FRAGMENT).
autorepeat_9442	ciona_repeat
autorepeat_6100	ciona_repeat
autorepeat_9443	ciona_repeat
autorepeat_6101	ciona_repeat
autorepeat_9444	ciona_repeat
autorepeat_6102	ciona_repeat
autorepeat_9445	ciona_repeat
autorepeat_6103	ciona_repeat
autorepeat_9446	ciona_repeat
ATCOPIA96LTR	LTR/Copia
autorepeat_6104	ciona_repeat
autorepeat_9447	ciona_repeat
autorepeat_6105	ciona_repeat
autorepeat_9448	ciona_repeat
autorepeat_6106	ciona_repeat
autorepeat_9449	ciona_repeat
autorepeat_6107	ciona_repeat
autorepeat_6108	ciona_repeat
ATCOPIA73_I	LTR/Copia
autorepeat_6109	ciona_repeat
M4DM	DNA
47694..3737	DNA
gi|5804813|emb|AJ006564.1|AAR6564	DNA
B2_Felis	SINE/B2 10% div, undoubtedly heterologous
autorepeat_9450	ciona_repeat
autorepeat_9451	ciona_repeat
autorepeat_9452	ciona_repeat
autorepeat_6110	ciona_repeat
autorepeat_9453	ciona_repeat
autorepeat_6111	ciona_repeat
autorepeat_9454	ciona_repeat
autorepeat_6112	ciona_repeat
autorepeat_9455	ciona_repeat
autorepeat_6113	ciona_repeat
autorepeat_9456	ciona_repeat
MMRVL13	Other
autorepeat_6114	ciona_repeat
autorepeat_9457	ciona_repeat
autorepeat_6115	ciona_repeat
autorepeat_9458	ciona_repeat
autorepeat_6116	ciona_repeat
autorepeat_9459	ciona_repeat
autorepeat_6117	ciona_repeat
autorepeat_6118	ciona_repeat
autorepeat_6119	ciona_repeat
DOC3_DM	LINE/Jockey
autorepeat_8800	ciona_repeat
autorepeat_8801	ciona_repeat
autorepeat_8802	ciona_repeat
autorepeat_8803	ciona_repeat
autorepeat_8804	ciona_repeat
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E_Q02964	ensembl17404/trans	ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)].
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164553..80272	DNA
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Hu-U13 Human	snoRNA U13 rRNA cleavage c/d snoRNA No GENBANK entry. Literature PMID|2531075
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E_O18588	ensembl62540/trans	MARINER TRANSPOSASE (FRAGMENT).
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TABOR	DNA
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HsTC2-2	DNA/Tc2 (think of good name)   12jul2001
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(CCCCAA)n	Simple_repeat
subtelomeric	Satellite
31561,163513	DNA
RLTRMRS_PS	LTR/ERV
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IDEFIX_I	LTR/Gypsy
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E_Q9N6Y0	ensembl26750/low_complexity	ORF1 PROTEIN.
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ATCOPIA40_I	LTR/Copia
DMSUF	DNA
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67752,112434,31539	DNA
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Glu.TTC	tRNA 
gi|1196519|gb|L76231.1|MSQTUCU	DNA
gi|1381120|gb|L78795.1|MSQTNTATAB	DNA
gi|11612470|gb|AF294483.1|AF294483	DNA
(CGAAA)n	Simple_repeat
CINFUL2_ZM_I	LTR/Gypsy
(CACTG)n	Simple_repeat
(CA)n	Simple_repeat
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BOMZH1	DNA/MuDR
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BOMZH2	DNA/MuDR
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ATCOPIA67_I	LTR/Copia
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E_P26809	ensembl19187/trans	POL POLYPROTEIN [CONTAINS: PROTEASE (EC 3.4.23.-); REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49); RIBONUCLEASE H (EC 3.1.26.4)].
85328..125865	DNA
RC123	Satellite
ATCOPIA33_LTR	LTR/Copia
TA1_AT	LTR/Gypsy
EN1	DNA/Maize  Autonomous DNA transposon En-1.
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PRE1d2	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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ARLTR2	LTR  
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MMETn-int	LTR/ERVK  
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37327	DNA
ATCOPIA62LTR	LTR/Copia
E_Q963V6	ensembl26526/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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PRE1f2	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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TC1	DNA/Tc1
DMTNCIRC	DNA
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TC2	DNA/Pogo
TC4	DNA/Pogo
TC5	DNA/Pogo
TC6	DNA
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ATCOPIA34_I	LTR/Copia
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HSREP271	Satellite/telomeric
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hY4_RNA	scRNA X57566.1 Human hy4 Ro RNA (associated with erythrocyte Ro RNP's)
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PRE1a	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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PRE1b	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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PRE1c	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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Contig132	WI_ciona_repeat
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PRE1d	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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Contig133	WI_ciona_repeat
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PRE1e	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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Contig134	WI_ciona_repeat
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PRE1f	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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Contig135	WI_ciona_repeat
PRE1g	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
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Contig136	WI_ciona_repeat
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Contig137	WI_ciona_repeat
PRE1h	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
PRE1i	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
S50810	DNA
AT_rich	Low_complexity
Contig138	WI_ciona_repeat
PRE1j	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
Contig139	WI_ciona_repeat
PRE1k	SINE/tRNA-Glu  Eutheria; Cetartiodactyla; Suina
GYPSY6_I	LTR/Gypsy
HELITRONY1_CE	DNA/Helitron   HELITRONY1_CE is a nonautonomous DNA transposon - a consensus.
TZ86R_ZM	Unknown
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Ronin3_LTR	LTR/Gypsy
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gi|1381252|gb|L78798.1|MSQTNTATAE	DNA
Contig140	WI_ciona_repeat
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Contig141	WI_ciona_repeat
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Contig143	WI_ciona_repeat
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E_Q95NH2	ensembl42540/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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Contig144	WI_ciona_repeat
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Contig145	WI_ciona_repeat
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Contig146	WI_ciona_repeat
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Contig148	WI_ciona_repeat
Contig149	WI_ciona_repeat
GTWIN	DNA
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13857	DNA
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MLT-INTERNAL	LTR/MaLR  MLT1A1
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(CAGCT)n	Simple_repeat
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E_Q9NBJ3	ensembl9043/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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autorepeat_2242	ciona_repeat
Contig150	WI_ciona_repeat
autorepeat_4929	ciona_repeat
autorepeat_5585	ciona_repeat
autorepeat_2243	ciona_repeat
COPIA2_LTR_DM	LTR/Copia
Contig151	WI_ciona_repeat
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Contig152	WI_ciona_repeat
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Contig153	WI_ciona_repeat
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Contig154	WI_ciona_repeat
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Contig155	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2249	ciona_repeat
Contig156	WI_ciona_repeat
Contig157	WI_ciona_repeat
Contig158	WI_ciona_repeat
Contig159	WI_ciona_repeat
gi|18087063|gb|AF387854.1|AF387854	DNA
CEREBA_HV_I	LTR/Gypsy
E_Q9TVZ9	ensembl25995/low_complexity	DNA, W-SAMURAI RAPD MARKER IN RETROTRANPOSABLE ELEMENT (REVERSE TRANSCRIPTASE), PARTIAL CDS, STRAIN C137 (FRAGMENT).
(TGG)n	Simple_repeat
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VANDALNX1	DNA/MuDR
Contig160	WI_ciona_repeat
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Contig161	WI_ciona_repeat
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VANDALNX2	DNA/MuDR
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Contig162	WI_ciona_repeat
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Contig163	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2256	ciona_repeat
Contig164	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2257	ciona_repeat
78597..76870	DNA
autorepeat_2258	ciona_repeat
Contig165	WI_ciona_repeat
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Contig166	WI_ciona_repeat
Contig167	WI_ciona_repeat
Contig168	WI_ciona_repeat
Contig169	WI_ciona_repeat
RIRE8A_OS_I	LTR/Gypsy
60994..164577	DNA
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autorepeat_4942	ciona_repeat
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autorepeat_1605	ciona_repeat
ATREP10	DNA/Helitron
autorepeat_4948	ciona_repeat
autorepeat_2262	ciona_repeat
autorepeat_1606	ciona_repeat
ATREP11	DNA/Helitron
Contig170	WI_ciona_repeat
autorepeat_4949	ciona_repeat
E_O49919	ensembl2438/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_2263	ciona_repeat
autorepeat_1607	ciona_repeat
ATREP12	DNA/Helitron
Contig171	WI_ciona_repeat
EAVHP_LTR	LTR/ERV
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autorepeat_1608	ciona_repeat
ATCOPIA28_I	LTR/Copia
Contig172	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1609	ciona_repeat
Contig173	WI_ciona_repeat
ATREP13	DNA/Helitron
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ATREP14	DNA/Helitron
autorepeat_2267	ciona_repeat
Contig174	WI_ciona_repeat
ATREP15	DNA/Helitron
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ATLINE1A	LINE/L1 
Contig175	WI_ciona_repeat
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Contig176	WI_ciona_repeat
Contig177	WI_ciona_repeat
Contig178	WI_ciona_repeat
Contig179	WI_ciona_repeat
(CACAG)n	Simple_repeat
E_Q24698	ensembl6556/trans	PLANARIAN MARINER-3 GENE.
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GypsyDR2_I	LTR/Gypsy   Gypsy Danio rerio 2.
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Contig180	WI_ciona_repeat
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Contig181	WI_ciona_repeat
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Contig182	WI_ciona_repeat
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Contig183	WI_ciona_repeat
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Contig184	WI_ciona_repeat
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Contig185	WI_ciona_repeat
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Contig186	WI_ciona_repeat
Contig187	WI_ciona_repeat
Contig188	WI_ciona_repeat
Contig189	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1626	ciona_repeat
Contig190	WI_ciona_repeat
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ATHILA0_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_1627	ciona_repeat
Contig191	WI_ciona_repeat
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Contig192	WI_ciona_repeat
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Contig193	WI_ciona_repeat
autorepeat_2287	ciona_repeat
Contig194	WI_ciona_repeat
autorepeat_2288	ciona_repeat
Contig195	WI_ciona_repeat
autorepeat_2289	ciona_repeat
Contig196	WI_ciona_repeat
Contig197	WI_ciona_repeat
ATCOPIA47LTR	LTR/Copia
Contig198	WI_ciona_repeat
Contig199	WI_ciona_repeat
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autorepeat_4971	ciona_repeat
autorepeat_4972	ciona_repeat
E_P21329	ensembl25817/low_complexity	RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE FROM MOBILE ELEMENT JOCKEY (EC 2.7.7.49) (REVERSE TRANSCRIPTASE).
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autorepeat_1631	ciona_repeat
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autorepeat_1637	ciona_repeat
autorepeat_2294	ciona_repeat
autorepeat_1638	ciona_repeat
E_O00362	ensembl31353/trans	PUTATIVE P150.
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autorepeat_1639	ciona_repeat
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autorepeat_2297	ciona_repeat
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tRNA-Leu-CTA	tRNA 
tRNA-Leu-CTG	tRNA
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autorepeat_4981	ciona_repeat
autorepeat_4982	ciona_repeat
autorepeat_1640	ciona_repeat
autorepeat_4983	ciona_repeat
autorepeat_1641	ciona_repeat
MT-int	LTR/MaLR
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E_Q9P8H7	ensembl31116/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
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autorepeat_4985	ciona_repeat
autorepeat_1643	ciona_repeat
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autorepeat_1644	ciona_repeat
autorepeat_4987	ciona_repeat
autorepeat_1645	ciona_repeat
tRNA-Leu-CTT	tRNA
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autorepeat_1646	ciona_repeat
autorepeat_4989	ciona_repeat
autorepeat_1647	ciona_repeat
(CCGTT)n	Simple_repeat
autorepeat_1648	ciona_repeat
autorepeat_1649	ciona_repeat
Ronin3_I	LTR/Gypsy 73% identical (DNA level) over full length to Ronin2. Consensus derived for all copies <15% diverged from this consensus; average subst level 11%, but reflects existence of multiple subfamilies.
(TGGGGG)n	Simple_repeat
tRNA-Leu-CTY	tRNA
(CAAGC)n	Simple_repeat
gi|159629|gb|M35457.1|MSQRTR1I	DNA
DMYW14G7	DNA
HATN4_DR	DNA
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autorepeat_4991	ciona_repeat
autorepeat_4992	ciona_repeat
autorepeat_1650	ciona_repeat
autorepeat_4993	ciona_repeat
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autorepeat_4994	ciona_repeat
autorepeat_1652	ciona_repeat
autorepeat_4995	ciona_repeat
autorepeat_1653	ciona_repeat
autorepeat_4996	ciona_repeat
autorepeat_1654	ciona_repeat
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autorepeat_1655	ciona_repeat
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autorepeat_1656	ciona_repeat
autorepeat_4999	ciona_repeat
autorepeat_1657	ciona_repeat
autorepeat_1658	ciona_repeat
autorepeat_1659	ciona_repeat
L1-6_DR	LINE/L1
DM20D5M1	DNA
DM20D5M2	DNA
DM20D5M3	DNA
DM20D5M4	DNA
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autorepeat_1661	ciona_repeat
DM20D5M6	DNA
autorepeat_1662	ciona_repeat
DM20D5M7	DNA
XR_XL	DNA/T2
ATCOPIA81LTR	LTR/Copia
autorepeat_1663	ciona_repeat
DM20D5M8	DNA
autorepeat_1664	ciona_repeat
DM20D5M9	DNA
autorepeat_1665	ciona_repeat
autorepeat_1666	ciona_repeat
autorepeat_1667	ciona_repeat
autorepeat_1668	ciona_repeat
autorepeat_1669	ciona_repeat
MMCMLTR	LTR/Retroviral
HUERS-P3b	LTR/ERV1 mer4 group  LTR8/9  14-16% div
I-1_DR	N
autorepeat_1670	ciona_repeat
autorepeat_1671	ciona_repeat
(TAA)n	Simple_repeat
autorepeat_1672	ciona_repeat
autorepeat_1673	ciona_repeat
autorepeat_1674	ciona_repeat
autorepeat_1675	ciona_repeat
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autorepeat_1677	ciona_repeat
autorepeat_1678	ciona_repeat
autorepeat_1679	ciona_repeat
gi|3095151|gb|AF054229.1|AF054229	DNA
TIR21T5A_CE	DNA
autorepeat_1680	ciona_repeat
autorepeat_1681	ciona_repeat
autorepeat_1682	ciona_repeat
autorepeat_1683	ciona_repeat
autorepeat_1684	ciona_repeat
autorepeat_1685	ciona_repeat
autorepeat_1686	ciona_repeat
autorepeat_1687	ciona_repeat
autorepeat_1688	ciona_repeat
autorepeat_1689	ciona_repeat
U11	snRNA X13707.1 Human U11 small nuclear RNA gene
U12	snRNA J04119.1 Human small nuclear RNA U12
U13	snRNA
E_P15629	ensembl17822/trans	ENZYMATIC POLYPROTEIN [CONTAINS: ASPARTIC PROTEASE (EC 3.4.23.-); ENDONUCLEASE; REVERSE TRANSCRIPTASE (EC 2.7.7.49)].
U14	snRNA
TR5	Unknown
U17	snRNA
MER66-int	LTR/ERV1 mer4 group 
ATHILA6B_I	LTR/Gypsy
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autorepeat_1691	ciona_repeat
autorepeat_1692	ciona_repeat
autorepeat_1693	ciona_repeat
autorepeat_1694	ciona_repeat
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autorepeat_1696	ciona_repeat
autorepeat_1697	ciona_repeat
autorepeat_1698	ciona_repeat
autorepeat_1699	ciona_repeat
E_P91509	ensembl11564/trans	HYPOTHETICAL 43.3 KDA PROTEIN.
169397..94135	DNA
gi|5804811|emb|AJ006562.1|AME6562	DNA
gi|1480676|gb|U60878.1|AAU60878	DNA
DMDMRA	DNA
DMDMRB	DNA
DMDMRC	DNA
ATCOPIA13LTR	LTR/Copia 
TIR9TA1A_CE	DNA
ATCOPIA80_I	LTR/Copia
FAM	SINE/Alu
gi|1381251|gb|L78797.1|MSQTNTATAD	DNA
ERV1-LTR_DR	LTR/ERV
(CTAAG)n	Simple_repeat
(GA)n	Simple_repeat
BARE1_HV_I	LTR/Copia
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autorepeat_9501	ciona_repeat
autorepeat_9502	ciona_repeat
autorepeat_9503	ciona_repeat
ATCOPIA8AI	LTR/Copia 
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autorepeat_9508	ciona_repeat
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HARBINGER	DNA/Harbinger
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autorepeat_9511	ciona_repeat
autorepeat_9512	ciona_repeat
autorepeat_9513	ciona_repeat
ATCOPIA8BI	LTR/Copia 
autorepeat_9514	ciona_repeat
autorepeat_9515	ciona_repeat
autorepeat_9516	ciona_repeat
TART_B1	LINE/Telomere  Drosophila melanogaster TART-B1 transposon.
autorepeat_9517	ciona_repeat
TART_B2	LINE  Drosophila melanogaster TART-B2.
autorepeat_9518	ciona_repeat
autorepeat_9519	ciona_repeat
TX1	LINE/L1
(GGGA)n	Simple_repeat
XL1723I	DNA/hAT
XL1723L	DNA/hAT
E_Q9BKT6	ensembl12623/low_complexity	HYPOTHETICAL 55.2 KDA PROTEIN.
autorepeat_9520	ciona_repeat
autorepeat_9521	ciona_repeat
autorepeat_9522	ciona_repeat
autorepeat_9523	ciona_repeat
XL1723R	DNA/hAT
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autorepeat_9525	ciona_repeat
autorepeat_9526	ciona_repeat
autorepeat_9527	ciona_repeat
DMSC1KPN	DNA
autorepeat_9528	ciona_repeat
autorepeat_9529	ciona_repeat
PVSAT	Satellite/Cod  (Pollachius virens)
ATCOPIA66LTR	LTR/Copia
BARI_DM	DNA/Tc1
autorepeat_9530	ciona_repeat
S78304	DNA
7SK	RNA
autorepeat_9531	ciona_repeat
autorepeat_9532	ciona_repeat
7SL	RNA
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autorepeat_9534	ciona_repeat
autorepeat_9535	ciona_repeat
autorepeat_9536	ciona_repeat
autorepeat_9537	ciona_repeat
autorepeat_9538	ciona_repeat
autorepeat_9539	ciona_repeat
DMCR1A	LINE/CR1
ORR1A1	LTR/MaLR
ORR1A2	LTR/MaLR
ORR1A3	LTR/MaLR
(CGG)n	Simple_repeat
autorepeat_9540	ciona_repeat
TZF	DNA/TC1 consensus
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autorepeat_9546	ciona_repeat
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autorepeat_9547	ciona_repeat
autorepeat_6205	ciona_repeat
autorepeat_6206	ciona_repeat
autorepeat_6207	ciona_repeat
autorepeat_6208	ciona_repeat
ATCOPIA74_I	LTR/Copia
autorepeat_6209	ciona_repeat
ORR1B1	LTR/MaLR
ORR1B2	LTR/MaLR
E_Q9LR94	ensembl19114/trans	T23E23.16.
B4-5	SINE/B4 
RMER2	Unknown
RMER3	LTR
RMER4	LTR
RMER5	LTR/ERV1 partially matches MER4D
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autorepeat_6211	ciona_repeat
autorepeat_6212	ciona_repeat
autorepeat_6213	ciona_repeat
autorepeat_6214	ciona_repeat
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autorepeat_6216	ciona_repeat
autorepeat_6217	ciona_repeat
autorepeat_6218	ciona_repeat
autorepeat_6219	ciona_repeat
ATCOPIA65A_I	LTR/Copia
autorepeat_8900	ciona_repeat
L1_Cric	LINE/L1
autorepeat_8901	ciona_repeat
autorepeat_8902	ciona_repeat
autorepeat_8903	ciona_repeat
MMLTRIS	LTR
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autorepeat_8905	ciona_repeat
autorepeat_8906	ciona_repeat
autorepeat_6220	ciona_repeat
autorepeat_8907	ciona_repeat
COW_LINE	LINE
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autorepeat_8908	ciona_repeat
autorepeat_6222	ciona_repeat
autorepeat_8909	ciona_repeat
autorepeat_6223	ciona_repeat
autorepeat_6224	ciona_repeat
ATMU3N1	DNA/MuDR
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autorepeat_6226	ciona_repeat
autorepeat_6227	ciona_repeat
E_Q9N4R7	ensembl16642/low_complexity	Y58G8A.2 PROTEIN.
autorepeat_6228	ciona_repeat
autorepeat_6229	ciona_repeat
E_Q9NBI0	ensembl9037/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_8910	ciona_repeat
autorepeat_8911	ciona_repeat
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autorepeat_8913	ciona_repeat
autorepeat_8914	ciona_repeat
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autorepeat_8919	ciona_repeat
autorepeat_6233	ciona_repeat
autorepeat_6234	ciona_repeat
autorepeat_6235	ciona_repeat
XDMR_DM	Unknown D.melanogaster dispersed middle repetitive DNA sequence.
autorepeat_6236	ciona_repeat
autorepeat_6237	ciona_repeat
autorepeat_6238	ciona_repeat
autorepeat_6239	ciona_repeat
NPALTA1_CE	DNA
MICROPIA_LTR	LTR/Gypsy
(CAGA)n	Simple_repeat
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autorepeat_8921	ciona_repeat
autorepeat_8922	ciona_repeat
autorepeat_8923	ciona_repeat
autorepeat_8924	ciona_repeat
autorepeat_8925	ciona_repeat
(CAGGT)n	Simple_repeat
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autorepeat_6246	ciona_repeat
autorepeat_6247	ciona_repeat
CATCH1LTR_DR	LTR
autorepeat_6248	ciona_repeat
autorepeat_6249	ciona_repeat
(TAGGG)n	Simple_repeat
SINE_FR2	SINE/Mermaid  very young (3% average, incl CpGs) tRNA-Gly-GGA (83% bp 10-70), MER6 (83% bp 80-350) 
MER31-internal	LTR/MER4-group  
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autorepeat_8931	ciona_repeat
autorepeat_8932	ciona_repeat
autorepeat_8933	ciona_repeat
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autorepeat_6250	ciona_repeat
autorepeat_8937	ciona_repeat
autorepeat_6251	ciona_repeat
autorepeat_8938	ciona_repeat
ATCOPIA30_LTR	LTR/Copia
autorepeat_6252	ciona_repeat
autorepeat_8939	ciona_repeat
95130..22811	DNA
autorepeat_6253	ciona_repeat
143634..148567	DNA
autorepeat_6254	ciona_repeat
autorepeat_6255	ciona_repeat
autorepeat_6256	ciona_repeat
autorepeat_6257	ciona_repeat
autorepeat_6258	ciona_repeat
autorepeat_6259	ciona_repeat
SYNREP_MM	Satellite
(CCTCG)n	Simple_repeat
PREM1	LTR/Maize  Putative LTR-retroelement (a consensus).
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autorepeat_8941	ciona_repeat
autorepeat_8942	ciona_repeat
autorepeat_5600	ciona_repeat
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autorepeat_8945	ciona_repeat
autorepeat_5603	ciona_repeat
autorepeat_8946	ciona_repeat
autorepeat_5604	ciona_repeat
autorepeat_6260	ciona_repeat
autorepeat_8947	ciona_repeat
autorepeat_6261	ciona_repeat
autorepeat_5605	ciona_repeat
autorepeat_8948	ciona_repeat
MIRAGE1	DNA/Mirage
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autorepeat_6262	ciona_repeat
autorepeat_8949	ciona_repeat
autorepeat_5607	ciona_repeat
autorepeat_6263	ciona_repeat
autorepeat_5608	ciona_repeat
autorepeat_6264	ciona_repeat
ATCOPIA68_I	LTR/Copia
autorepeat_5609	ciona_repeat
autorepeat_6265	ciona_repeat
autorepeat_6266	ciona_repeat
autorepeat_6267	ciona_repeat
TIGGU1B	DNA/Tigger  TA duplication, only 2.5% kimura. Short similarity to Tigger2 (44% similar,27$ ident at coding level). No full-length element yet,
autorepeat_6268	ciona_repeat
autorepeat_6269	ciona_repeat
TNR3_OS	DNA/En-Spm
autorepeat_8950	ciona_repeat
autorepeat_8951	ciona_repeat
autorepeat_8952	ciona_repeat
autorepeat_5610	ciona_repeat
autorepeat_8953	ciona_repeat
autorepeat_5611	ciona_repeat
autorepeat_8954	ciona_repeat
ATENSPM10	DNA/En-Spm
MLT1-INTERNAL	LTR/MaLR  MLT1C
autorepeat_5612	ciona_repeat
autorepeat_8955	ciona_repeat
ATENSPM11	DNA/En-Spm
autorepeat_5613	ciona_repeat
autorepeat_8956	ciona_repeat
autorepeat_5614	ciona_repeat
autorepeat_6270	ciona_repeat
autorepeat_8957	ciona_repeat
autorepeat_5615	ciona_repeat
autorepeat_6271	ciona_repeat
autorepeat_8958	ciona_repeat
4656..3837,91448..121204,45884..130839,183128..74459	DNA
autorepeat_5616	ciona_repeat
autorepeat_6272	ciona_repeat
autorepeat_8959	ciona_repeat
autorepeat_5617	ciona_repeat
autorepeat_6273	ciona_repeat
autorepeat_5618	ciona_repeat
autorepeat_6274	ciona_repeat
DRSATII	Satellite
autorepeat_5619	ciona_repeat
autorepeat_6275	ciona_repeat
autorepeat_6276	ciona_repeat
TIGGU2A	DNA/Tigger 
autorepeat_6277	ciona_repeat
autorepeat_6278	ciona_repeat
autorepeat_6279	ciona_repeat
PAL8C_1	DNA/HAT
Hu-U15a	snoRNA Human U15a cleavage? c/d snoRNA intron 1 ribosomal protein S3 (rps3) gi|347528|gb|L15616.1|HUMU15AX
PAL8C_2	DNA/HAT
Hu-U15b	snoRNA Human U15b gmeth c/d snoRNA intron 5 ribosomal protein S3 (rps3) gi|347529:1-146,
PAL8C_3	DNA/HAT
PAL8C_4	DNA/HAT
PAL8C_5	DNA/HAT
ATENSPM1A	DNA/En-Spm
E_Q9NAF7	ensembl60635/trans	Y48G10A.5 PROTEIN (Y66D12A.Y PROTEIN).
tRNA-Gln-CAA_	tRNA
gi|3095158|gb|AF054233.1|AF054233	DNA
autorepeat_8960	ciona_repeat
autorepeat_8961	ciona_repeat
L1MCa_5end	LINE/L1
autorepeat_8962	ciona_repeat
autorepeat_5620	ciona_repeat
autorepeat_8963	ciona_repeat
autorepeat_5621	ciona_repeat
autorepeat_8964	ciona_repeat
autorepeat_5622	ciona_repeat
autorepeat_8965	ciona_repeat
autorepeat_5623	ciona_repeat
autorepeat_8966	ciona_repeat
autorepeat_5624	ciona_repeat
autorepeat_6280	ciona_repeat
autorepeat_8967	ciona_repeat
autorepeat_5625	ciona_repeat
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(CAA)n	Simple_repeat
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154681..161097	DNA
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AT9TSD1	DNA/MuDR
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Arg.CCG	tRNA 
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Contig209	WI_ciona_repeat
E_Q9HBW6	ensembl20242/trans	NAG13.
tRNA-Glu-GAA	tRNA 
Hu-U17b	snoRNA Human U17B pu haca snoRNA intron 2 RCC1 gi|292872|gb|L16792.1|HUMU17BSN
Arg.CCT	tRNA 
46120,61706..141274	DNA
tRNA-Glu-GAG	tRNA 
ATCOPIA32B_LTR	LTR/Copia
3354	DNA
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Contig211	WI_ciona_repeat
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Contig212	WI_ciona_repeat
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CYRA11_MM	Unknown/Y-chromosomal
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Contig214	WI_ciona_repeat
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Contig215	WI_ciona_repeat
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PMR111	Other
ATCOPIA35_I	LTR/Copia
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Contig217	WI_ciona_repeat
Contig218	WI_ciona_repeat
MER101	LTR/ERV1 mer4 group 15%
Contig219	WI_ciona_repeat
MER103	DNA  21%
MER104	DNA/Tc2 TA dups
MER105	DNA  19%
hY1_RNA	scRNA K01562.1 Actual hY1 RNA determined by Steitz (83):
MER107	DNA/MER1_type 6% div
MER109	Unknown  19%
HATN8_DR	DNA
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VANDAL2N1	DNA/MuDR
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CR1-4_DR	LINE/L2
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MARINER2	DNA
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RNaseP_RNA	miscRNA S68670.1 H1 RNA gene {promoter}
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Contig221	WI_ciona_repeat
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Contig226	WI_ciona_repeat
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Contig227	WI_ciona_repeat
MER110	LTR/ERV1 20% div
Contig228	WI_ciona_repeat
MER112	DNA/MER1_type 21-22%
Contig229	WI_ciona_repeat
MER113	DNA/MER1_type? 8 bp dups (NTCTAGAN) 23% div
MER114	LTR/ERV  20-25% 
MER115	DNA/AcHobo 20-25% 8 bp duplications
MER116	DNA/Mariner 16-17% (quite similar to Made1; to be renamed Made2) 
MER117	DNA/MER1_type 29%?
MER119	DNA/MER1_type 24%
MER11A	LTR/ERVK  ~10% div
MER11B	LTR/ERVK  ~10% div
MER11C	LTR/ERVK  ~10% div
MER11D	LTR/ERVK  2% div
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ATCOPIA85LTR	LTR/Copia
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PSLINE	LINE/Turtle  CR1 (Platemys spixii)
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Contig231	WI_ciona_repeat
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Contig232	WI_ciona_repeat
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B5-RSINE1	SINE/B4 
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Contig233	WI_ciona_repeat
autorepeat_5668	ciona_repeat
E_P34620	ensembl3174/low_complexity	HYPOTHETICAL 42.2 KDA PROTEIN ZK1236.4 IN CHROMOSOME III.
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Contig234	WI_ciona_repeat
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Contig235	WI_ciona_repeat
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Contig236	WI_ciona_repeat
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Contig237	WI_ciona_repeat
Contig238	WI_ciona_repeat
MER121	Unknown  26-27% 
Contig239	WI_ciona_repeat
CELE11	DNA/Pogo
CELE14	DNA
E_Q9NL33	ensembl20722/low_complexity	POL POLYPROTEIN (FRAGMENT).
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Contig244	WI_ciona_repeat
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Contig245	WI_ciona_repeat
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Contig246	WI_ciona_repeat
Contig247	WI_ciona_repeat
Contig248	WI_ciona_repeat
Contig249	WI_ciona_repeat
FTZ_DM	Unknown Drosophila melanogaster inverted repeat in ftz gene.
120439..4033	DNA
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Contig250	WI_ciona_repeat
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MER34B-int	LTR/ERV1
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Contig251	WI_ciona_repeat
autorepeat_5686	ciona_repeat
EAVHP_I	LTR/ERV
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Contig252	WI_ciona_repeat
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Contig253	WI_ciona_repeat
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Contig254	WI_ciona_repeat
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autorepeat_2347	ciona_repeat
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146168..188327	DNA
Contig255	WI_ciona_repeat
autorepeat_2349	ciona_repeat
Contig256	WI_ciona_repeat
Contig257	WI_ciona_repeat
Contig258	WI_ciona_repeat
Contig259	WI_ciona_repeat
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autorepeat_5691	ciona_repeat
autorepeat_5692	ciona_repeat
autorepeat_2350	ciona_repeat
DPSAT1	Satellite  D.pulchellus satellite DNA.
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autorepeat_2352	ciona_repeat
Contig260	WI_ciona_repeat
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Contig261	WI_ciona_repeat
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Contig262	WI_ciona_repeat
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Contig263	WI_ciona_repeat
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Contig264	WI_ciona_repeat
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Contig265	WI_ciona_repeat
autorepeat_2359	ciona_repeat
Contig266	WI_ciona_repeat
Contig267	WI_ciona_repeat
REX1-1_DR	LINE/L2
Contig268	WI_ciona_repeat
Contig269	WI_ciona_repeat
UHU	DNA/Tc1  Drosophila heteroneura DNA for Tc1-like transposable element Uhu.
CELE42	DNA
E_Q95NS5	ensembl1729/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
60805,109722,101367..11901,167795,108371..46158,115954	DNA
CELE45	SINE 
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autorepeat_1701	ciona_repeat
autorepeat_1702	ciona_repeat
autorepeat_1703	ciona_repeat
autorepeat_2360	ciona_repeat
autorepeat_1704	ciona_repeat
autorepeat_2361	ciona_repeat
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autorepeat_2362	ciona_repeat
autorepeat_1706	ciona_repeat
Contig270	WI_ciona_repeat
autorepeat_2363	ciona_repeat
autorepeat_1707	ciona_repeat
DMHMR1	Unknown
Contig271	WI_ciona_repeat
autorepeat_2364	ciona_repeat
autorepeat_1708	ciona_repeat
DMHMR2	Unknown D.melanogaster Heterochromatin repeat.
ATCOPIA29_I	LTR/Copia
Contig272	WI_ciona_repeat
autorepeat_2365	ciona_repeat
autorepeat_1709	ciona_repeat
autorepeat_2366	ciona_repeat
L1MEc_5end	LINE/L1
Contig273	WI_ciona_repeat
E_Q9Y027	ensembl17898/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
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Contig274	WI_ciona_repeat
autorepeat_2368	ciona_repeat
Contig275	WI_ciona_repeat
autorepeat_2369	ciona_repeat
Contig276	WI_ciona_repeat
Contig277	WI_ciona_repeat
Contig278	WI_ciona_repeat
Contig279	WI_ciona_repeat
135355..106927,141388,90855	DNA
tRNA-Arg-CGA	tRNA
tRNA-Arg-CGC	tRNA
tRNA-Arg-CGG	tRNA
WALDOA	DNA
WALDOB	DNA
ATCOPIA17LTR	LTR/Copia 
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Contig280	WI_ciona_repeat
autorepeat_2373	ciona_repeat
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Contig281	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1718	ciona_repeat
autorepeat_2375	ciona_repeat
autorepeat_1719	ciona_repeat
Contig282	WI_ciona_repeat
autorepeat_2376	ciona_repeat
EXPANDER	LINE/Pufferfish  
Contig283	WI_ciona_repeat
autorepeat_2377	ciona_repeat
Contig284	WI_ciona_repeat
autorepeat_2378	ciona_repeat
Contig285	WI_ciona_repeat
Sushi_LTR	LTR/Gypsy (unchanged)
autorepeat_2379	ciona_repeat
Contig286	WI_ciona_repeat
tRNA-Arg-CGY	tRNA
Contig287	WI_ciona_repeat
Contig288	WI_ciona_repeat
Contig289	WI_ciona_repeat
E_Q9U4W1	ensembl51779/low_complexity	POL-LIKE PROTEIN.
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autorepeat_1721	ciona_repeat
autorepeat_1722	ciona_repeat
DNA13TA1a_DR	DNA
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Contig290	WI_ciona_repeat
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Contig291	WI_ciona_repeat
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autorepeat_1729	ciona_repeat
Contig292	WI_ciona_repeat
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Contig293	WI_ciona_repeat
autorepeat_2387	ciona_repeat
Contig294	WI_ciona_repeat
autorepeat_2388	ciona_repeat
Contig295	WI_ciona_repeat
autorepeat_2389	ciona_repeat
Contig296	WI_ciona_repeat
Contig297	WI_ciona_repeat
Contig298	WI_ciona_repeat
Contig299	WI_ciona_repeat
141557,148249..88001,141557	DNA
PABL_A	LTR/ERV1 mer4 group 9-10%
PABL_B	LTR/ERV1 mer4 group  8%
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autorepeat_2394	ciona_repeat
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PAL9A_CE	DNA/MuDR
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autorepeat_1739	ciona_repeat
autorepeat_2396	ciona_repeat
autorepeat_2397	ciona_repeat
autorepeat_2398	ciona_repeat
autorepeat_2399	ciona_repeat
1862,1675,187084	DNA
autorepeat_1740	ciona_repeat
autorepeat_1741	ciona_repeat
autorepeat_1742	ciona_repeat
autorepeat_1743	ciona_repeat
gi|1381119|gb|L78794.1|MSQTNTATAA	DNA
gi|18087062|gb|AF387853.1|AF387853	DNA
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autorepeat_1745	ciona_repeat
autorepeat_1746	ciona_repeat
autorepeat_1747	ciona_repeat
autorepeat_1748	ciona_repeat
autorepeat_1749	ciona_repeat
OSSAT1	Satellite/Centromeric  
SUSHIIDR1	repeat
OSSAT2	Satellite/Centromeric  
RIRE8A_I	LTR/Rice gypsy
HERVP71A	LTR/ERV1 LTR71
ATCOPIA51LTR	LTR/Copia
autorepeat_1750	ciona_repeat
autorepeat_1751	ciona_repeat
autorepeat_1752	ciona_repeat
autorepeat_1753	ciona_repeat
autorepeat_1754	ciona_repeat
autorepeat_1755	ciona_repeat
autorepeat_1756	ciona_repeat
autorepeat_1757	ciona_repeat
autorepeat_1758	ciona_repeat
autorepeat_1759	ciona_repeat
LINE2A_CE	LINE/CR1
HERVS71	LTR/ERV1  HERVHC2 (LTR6A/B)
Ile.TAT	tRNA 
BURDOCK_I	LTR/Gypsy  Drosophila melanogaster BURDOCK retrotransposon - internal sequence.
E_Q95NL0	ensembl82345/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE (FRAGMENT).
autorepeat_1760	ciona_repeat
autorepeat_1761	ciona_repeat
ARET1I	LTR/Gypsy Arabidopsis   Internal part of Ty3/Gypsy-type retrotransposon ARET1.
autorepeat_1762	ciona_repeat
autorepeat_1763	ciona_repeat
autorepeat_1764	ciona_repeat
autorepeat_1765	ciona_repeat
autorepeat_1766	ciona_repeat
autorepeat_1767	ciona_repeat
ATREPX1	Other/Composite  contains ATHATN1
autorepeat_1768	ciona_repeat
autorepeat_1769	ciona_repeat
Chaplin4_FR	DNA/MER1 protein encoded by bp 283-1965 is very similar to the Charlie8 product (> 60% similar over 538 AA); 2.3% div.
FASAT	Other/Satellite  
120179	DNA
E_Q9YGS2	ensembl12261/low_complexity	REVERSE TRANSCRIPTASE-LIKE PROTEIN.
autorepeat_1770	ciona_repeat
autorepeat_1771	ciona_repeat
autorepeat_1772	ciona_repeat
autorepeat_1773	ciona_repeat
autorepeat_1774	ciona_repeat
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autorepeat_1776	ciona_repeat
autorepeat_1777	ciona_repeat
autorepeat_1778	ciona_repeat
autorepeat_1779	ciona_repeat
gi|5804807|emb|AJ006560.1|AME6560	DNA
E_Q9I5L3	ensembl7535/trans	HYPOTHETICAL PROTEIN PA0715.
E_Q84682	ensembl40465/trans	REVERSE TRANSCRIPTASE.
PALTTAA2_CE	DNA/PiggyBac?
(CCCCG)n	Simple_repeat
ULYSS	LTR/Gypsy  D.virilis Ulysses retrotransposon.
autorepeat_1780	ciona_repeat
autorepeat_1781	ciona_repeat
autorepeat_1782	ciona_repeat
autorepeat_1783	ciona_repeat
autorepeat_1784	ciona_repeat
autorepeat_1785	ciona_repeat
autorepeat_1786	ciona_repeat
(GAGAA)n	Simple_repeat
autorepeat_1787	ciona_repeat
autorepeat_1788	ciona_repeat
autorepeat_1789	ciona_repeat
E_Q24363	ensembl103850/low_complexity	I FACTOR.
Chaplin7a_FR	DNA/MER1  2.2% div., internal deletion product. Remaining coding region most smilar to Charlie8, Cheshire; typical NTCTAGAN duplications
